genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  39  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14798993--14799078	11	7.5	11	75	13	66	53	1	2	43	1.21
14798995--14799068	17	4.6	16	81	11	98	55	0	2	41	1.14
14800360--14800447	19	4.3	20	79	16	92	39	0	5	54	1.24
14800387--14800446	19	3.2	19	90	2	95	40	0	3	56	1.16
14812951--14812975	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
14823284--14823341	21	2.8	21	75	15	57	1	39	8	50	1.43
14823438--14823501	24	2.7	24	85	4	85	1	45	4	48	1.32
14823460--14823637	30	6.2	30	81	12	196	2	45	4	47	1.37
14823460--14823569	6	18.2	6	70	18	59	2	47	3	46	1.34
14823438--14823619	60	3.3	54	78	16	187	2	45	4	47	1.36
14823438--14823647	30	7.7	26	76	17	144	2	46	4	46	1.37
14823460--14823649	27	6.8	27	78	14	140	2	45	4	47	1.36
14823438--14823696	54	4.7	56	76	13	218	1	45	5	47	1.37
14823492--14823667	27	6.4	27	82	7	99	2	46	5	46	1.37
14830249--14830275	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
14833386--14833785	111	3.6	113	89	3	587	33	22	16	26	1.96
14836023--14836143	47	2.6	48	90	4	201	16	11	38	33	1.85
14841112--14841150	20	2.0	19	90	5	60	56	7	2	33	1.41
14842054--14842098	8	5.6	8	97	0	72	46	0	4	48	1.22
14843880--14844083	69	3.0	67	78	7	214	41	19	9	29	1.84
14848415--14848448	17	2.1	17	89	10	54	58	0	2	38	1.13
14854566--14854678	41	2.8	41	84	2	138	33	19	21	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14854978--14855017	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
14873071--14873134	30	2.1	30	100	0	128	21	12	46	18	1.82
14877395--14877435	2	20.5	2	89	0	64	46	0	53	0	1.00
14881997--14882038	21	2.0	20	86	4	57	19	4	4	71	1.22
14884318--14884363	21	2.1	23	84	8	60	45	4	8	41	1.55
14885452--14885614	30	5.6	29	77	11	154	41	3	20	34	1.70
14885409--14885616	59	3.5	60	83	7	223	40	3	22	32	1.72
14887744--14888293	206	2.7	206	89	1	836	20	22	20	36	1.96
14888630--14888805	92	1.9	92	88	0	262	35	18	14	31	1.91
14888810--14889777	101	9.6	101	85	1	1102	14	25	20	39	1.90
14888814--14889471	50	13.0	50	63	11	146	14	24	19	40	1.90
14888810--14889776	303	3.2	303	87	0	1265	14	25	20	39	1.90
14896174--14896348	30	5.9	30	84	6	191	43	1	18	37	1.58
14897994--14898048	17	3.3	17	82	2	58	41	0	1	56	1.10
14898022--14898066	6	8.0	6	76	14	51	48	0	4	46	1.22
14898006--14898077	17	4.3	17	80	3	74	50	0	4	45	1.21
14898357--14898521	82	2.0	82	97	0	312	39	14	15	30	1.88
14898946--14898983	11	3.5	11	96	0	67	76	0	5	18	0.97
14898958--14899021	20	3.2	20	73	6	58	68	1	3	26	1.13
14898944--14899012	10	6.8	10	78	6	59	68	1	4	26	1.17
14899298--14899335	17	2.1	19	85	9	53	36	2	13	47	1.56
14911284--14911330	19	2.5	18	77	16	51	38	2	0	59	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14911842--14911876	17	2.1	17	88	0	52	62	0	8	28	1.24
14919861--14919915	25	2.2	26	80	9	69	67	0	1	30	1.01
14919868--14919949	13	6.3	13	73	12	62	60	1	1	36	1.12
14920048--14920086	14	2.8	14	88	0	51	58	2	2	35	1.25
14920194--14920232	20	2.0	20	85	10	53	64	10	0	25	1.25
14925514--14925548	17	2.1	17	94	0	61	37	2	11	48	1.54
14925607--14925635	10	2.7	11	94	5	51	37	3	0	58	1.15
14925631--14925672	12	3.2	12	90	10	57	66	4	0	28	1.12
14925631--14925672	18	2.2	20	87	12	61	66	4	0	28	1.12
14925635--14925687	28	2.0	26	81	7	61	62	5	1	30	1.29
14927413--14927559	60	2.5	60	88	1	224	39	20	3	36	1.69
14927411--14927619	30	6.9	30	76	8	192	39	21	2	35	1.68
14927411--14927605	90	2.2	89	79	5	212	40	20	3	35	1.68
14927593--14927724	58	2.2	58	90	2	201	33	28	0	37	1.63
14927564--14927684	30	4.1	30	72	17	101	36	28	0	34	1.63
14927600--14927693	28	3.2	28	70	18	93	30	32	0	36	1.58
14939440--14940576	68	16.6	68	92	3	1822	33	15	20	30	1.94
14939439--14940576	137	8.3	135	92	3	1807	33	15	20	30	1.94
14942370--14942607	30	8.0	29	77	8	210	39	21	3	35	1.70
14942372--14942552	59	3.1	59	88	7	253	40	20	3	34	1.71
14942373--14942607	89	2.6	88	82	5	267	39	21	3	35	1.70
14942581--14942716	57	2.3	58	86	7	186	30	30	2	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14948880--14948918	20	2.0	20	85	10	53	56	17	20	5	1.60
14949744--14949820	17	4.4	17	74	6	73	36	3	3	55	1.36
14949742--14949810	36	1.9	36	90	0	111	33	2	5	57	1.37
14951273--14951301	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
14955878--14955906	6	4.8	6	100	0	58	51	0	34	13	1.42
14965052--14965099	20	2.4	20	76	10	53	25	2	2	70	1.09
14965233--14965274	18	2.3	18	84	12	50	45	2	2	50	1.27
14965730--14965848	59	2.0	60	80	9	136	47	10	12	29	1.76
14973322--14973359	19	2.0	19	90	10	60	50	2	5	42	1.39
14977937--14978000	34	1.9	33	87	9	94	51	9	17	21	1.73
14982207--14982283	40	1.9	40	81	2	91	41	18	22	18	1.90
14982341--14982680	41	8.3	40	78	3	306	28	25	22	23	1.99
14982341--14982680	82	4.1	82	79	4	339	28	25	22	23	1.99
14982341--14982680	123	2.8	123	81	5	400	28	25	22	23	1.99
14983429--14983469	19	2.1	20	86	4	57	43	2	0	53	1.13
14985178--14985217	21	1.9	21	84	0	53	32	15	47	5	1.66
14985603--14985633	15	2.1	15	93	0	53	45	22	25	6	1.76
14985618--14985880	43	6.0	42	77	12	233	23	19	28	28	1.98
14985697--14985880	85	2.2	85	85	6	239	22	19	29	28	1.98
14988402--14988440	21	1.9	20	89	5	60	46	10	0	43	1.37
14988859--14988929	21	3.3	21	79	15	65	64	2	0	32	1.08
14989582--14989615	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14994885--14994956	31	2.4	30	81	4	81	36	11	9	43	1.73
14997888--14997967	27	3.0	27	69	0	79	30	21	26	22	1.99
15021572--15021606	2	18.5	2	88	11	56	48	0	0	51	1.00
15021575--15021606	11	2.9	11	100	0	64	46	0	0	53	1.00
15022764--15022800	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
15041887--15041915	15	1.9	15	100	0	58	13	20	13	51	1.75
15043258--15043317	21	2.6	23	82	15	63	36	5	0	58	1.20
15043309--15043436	58	2.2	58	86	8	172	48	1	1	48	1.20
15043521--15043603	39	2.1	39	80	12	91	40	24	4	30	1.75
15043606--15043661	16	3.5	16	87	0	85	30	26	5	37	1.79
15047181--15047237	28	2.0	28	96	0	105	49	3	19	28	1.65
15047621--15047672	24	2.1	25	96	3	97	7	19	11	61	1.53
15054081--15054113	16	2.1	16	94	0	57	45	0	15	39	1.46
15054189--15054232	19	2.2	21	84	8	56	31	2	2	63	1.19
15054169--15054258	20	4.7	18	74	17	67	34	2	3	60	1.26
15054302--15054384	42	2.0	42	100	0	166	33	12	14	39	1.83
15057139--15057166	6	4.7	6	100	0	56	17	82	0	0	0.68
15061707--15061752	23	2.1	22	88	8	67	50	4	10	34	1.57
15067212--15067281	23	3.0	23	80	2	86	30	12	15	41	1.85
15067218--15067291	23	3.2	23	78	5	60	35	10	14	39	1.82
15075071--15075140	30	2.5	28	79	13	81	45	0	2	51	1.16
15078640--15079195	159	3.5	159	97	0	1058	28	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15089393--15089442	20	2.4	22	80	6	59	68	6	0	26	1.13
15091914--15091956	13	3.5	13	75	12	54	34	0	0	65	0.93
15093156--15093199	23	1.9	24	86	9	65	65	4	4	25	1.30
15104525--15104554	12	2.5	12	88	0	51	6	10	33	50	1.62
15125127--15125163	18	2.1	18	89	0	56	24	21	0	54	1.45
15125821--15125846	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
15131131--15131178	19	2.5	19	89	0	78	20	0	35	43	1.52
15132419--15132453	17	2.2	17	90	10	56	60	0	11	28	1.32
15134252--15134428	61	2.9	58	82	7	203	46	11	18	24	1.81
15134253--15134440	60	3.1	59	83	2	223	46	11	17	24	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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