genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  68  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21694645--21695133	30	16.4	30	80	7	482	39	25	1	33	1.65
21694645--21695133	59	8.2	60	81	8	529	39	25	1	33	1.65
21694611--21695162	59	9.3	58	77	11	268	38	25	2	34	1.68
21696423--21696464	18	2.3	18	91	0	66	16	14	23	45	1.84
21701088--21701122	17	2.1	17	89	10	54	42	0	22	34	1.54
21709549--21709594	20	2.3	19	82	10	56	32	0	19	47	1.50
21723861--21723936	30	2.5	30	82	4	91	61	3	1	32	1.22
21724074--21724142	29	2.2	33	87	10	101	50	0	0	49	1.00
21724074--21724155	29	2.8	29	82	15	89	50	0	0	50	1.00
21724308--21724346	20	2.0	20	85	5	53	41	0	7	51	1.31
21726866--21726912	3	16.0	3	95	4	87	68	0	31	0	0.90
21728748--21728781	13	2.7	13	90	4	52	29	2	2	64	1.22
21734013--21734051	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
21742263--21742287	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
21745362--21745427	21	3.2	21	71	25	59	51	1	1	45	1.19
21745373--21745434	25	2.6	23	76	7	61	51	1	1	45	1.20
21745608--21745635	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
21747491--21747545	16	3.2	17	73	14	51	49	0	1	49	1.11
21750512--21750554	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
21751029--21751071	14	3.1	14	80	12	52	39	9	4	46	1.57
21768834--21768882	24	2.0	24	88	0	71	30	0	4	65	1.11
21769265--21769317	9	5.8	9	75	20	56	32	0	3	64	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21769267--21769346	27	2.9	28	81	10	76	27	3	3	65	1.27
21769339--21769408	28	2.5	27	81	9	79	22	7	1	68	1.22
21769374--21769435	19	3.3	18	77	20	65	25	4	1	67	1.19
21770422--21770457	19	1.9	18	88	5	54	66	2	0	30	1.06
21774294--21774370	21	3.5	21	70	19	59	41	29	6	22	1.78
21775948--21776000	27	2.0	25	82	13	63	33	20	0	45	1.52
21779524--21784010	763	6.0	758	83	6	5347	35	15	16	32	1.90
21788009--21788125	62	1.9	60	86	5	164	52	3	2	41	1.32
21788762--21788796	17	2.1	16	89	5	52	45	2	5	45	1.41
21789127--21789288	55	3.0	53	86	8	218	43	1	7	47	1.39
21809299--21809331	16	2.1	16	88	5	50	3	6	39	51	1.42
21809816--21810281	50	9.6	49	67	17	172	27	20	18	34	1.95
21809980--21810157	97	1.8	97	85	0	248	24	22	17	34	1.96
21811237--21811301	17	3.8	17	78	8	69	36	4	9	49	1.56
21812520--21812576	30	1.9	29	89	3	87	33	24	0	42	1.55
21812520--21812752	29	8.0	30	70	16	141	32	24	3	40	1.70
21812530--21812755	59	3.8	60	84	6	250	31	23	3	40	1.72
21812555--21812785	59	3.9	59	83	6	168	32	24	4	38	1.75
21819356--21820142	48	16.3	49	79	7	781	37	23	26	12	1.91
21820424--21820523	39	2.6	39	78	7	96	23	23	23	31	1.99
21822518--21822715	59	3.4	57	84	8	240	30	26	5	37	1.78
21822518--21822710	29	6.6	29	70	10	117	31	25	5	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21826565--21826616	25	2.1	25	85	7	70	55	11	9	23	1.64
21827515--21827701	50	3.7	50	73	5	178	25	18	20	35	1.96
21827462--21827683	102	2.2	101	90	2	347	26	19	19	34	1.96
21836501--21836538	18	2.2	17	90	4	58	39	0	0	60	0.97
21836513--21836545	9	3.8	9	88	8	50	30	0	3	66	1.06
21836466--21836546	17	4.5	17	73	14	72	33	2	4	59	1.32
21838863--21839107	9	26.0	9	67	18	74	60	3	2	33	1.27
21838863--21838902	20	2.0	20	86	13	57	70	5	0	25	1.08
21839008--21839106	19	5.2	18	73	13	83	61	4	3	31	1.29
21839008--21839099	38	2.4	38	80	3	114	60	3	3	32	1.29
21839506--21839755	10	25.8	9	64	21	62	32	2	4	61	1.29
21839565--21839628	28	2.3	28	81	10	78	31	1	6	60	1.30
21839564--21839628	27	2.3	30	80	17	77	30	1	6	61	1.29
21839674--21839754	29	2.8	29	83	9	85	30	1	3	64	1.19
21844130--21844201	32	2.2	32	100	0	144	40	2	36	20	1.67
21844712--21844756	23	2.0	24	86	8	67	71	0	0	28	0.87
21845576--21845614	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
21849521--21849660	51	2.7	51	80	4	156	32	14	24	28	1.94
21856526--21856763	51	4.7	51	89	0	368	31	15	22	30	1.94
21856526--21856805	102	2.7	101	80	6	323	33	13	21	31	1.92
21866712--21866758	24	2.0	24	95	0	85	27	17	8	46	1.76
21873323--21873372	17	2.9	17	88	5	66	12	10	2	76	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21873322--21873373	16	3.1	16	84	13	61	11	9	1	76	1.09
21875039--21875090	8	7.0	8	77	20	51	53	0	46	0	1.00
21876048--21876088	18	2.3	18	87	8	57	78	0	19	2	0.87
21885418--21885459	17	2.5	17	88	7	59	80	0	19	0	0.70
21891801--21891836	18	2.1	18	94	5	65	61	11	11	16	1.57
21912387--21912561	90	1.9	89	92	3	278	48	4	12	36	1.59
21912511--21912659	52	3.0	50	80	13	182	51	0	6	42	1.31
21912610--21912697	38	2.3	39	86	5	119	47	1	6	44	1.37
21917686--21917742	12	4.5	13	81	18	59	75	0	22	1	0.90
21917703--21917740	5	7.8	5	82	5	51	78	0	21	0	0.74
21917688--21917727	7	5.9	7	86	13	57	72	0	25	2	0.97
21917688--21917732	19	2.3	20	88	11	67	73	0	24	2	0.95
21919592--21919644	26	2.0	26	92	0	88	37	13	13	35	1.83
21923001--21923124	48	2.6	48	90	1	185	24	10	13	51	1.72
21923581--21923735	80	1.9	79	90	1	247	34	20	14	30	1.93
21943370--21943613	52	4.7	52	83	4	278	32	25	15	26	1.95
21947266--21947308	21	2.0	21	95	0	77	41	16	18	23	1.89
21950390--21950638	52	4.8	52	77	0	228	32	22	15	28	1.95
21963416--21963450	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
21964221--21964263	23	1.9	22	85	4	59	41	4	6	46	1.51
21975890--21975940	20	2.6	20	81	3	59	1	31	0	66	1.03
21978268--21978348	39	2.1	39	85	0	108	9	16	22	51	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21979933--21979974	20	2.1	20	100	0	84	28	14	28	28	1.95
21987763--21987833	26	2.9	25	70	12	58	45	0	1	53	1.09
21987730--21987863	60	2.2	62	86	6	186	44	1	2	50	1.26
21988016--21988069	16	3.4	16	81	0	63	31	18	3	46	1.67
21988026--21988078	16	3.3	17	82	10	67	32	16	1	49	1.57
21992821--21993072	39	6.3	40	77	7	264	28	26	19	25	1.98
21992841--21993071	79	2.9	79	91	1	372	29	25	19	25	1.99
21994643--21994751	30	3.6	30	81	7	125	37	20	6	35	1.78
21994797--21994845	10	5.1	10	78	14	50	20	2	8	69	1.24
21995773--21995799	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
21997451--21997490	20	2.0	20	85	0	53	37	10	0	52	1.35
22001034--22001092	24	2.5	24	85	0	91	25	13	11	49	1.76
22003184--22003397	24	8.9	24	85	1	277	34	14	25	25	1.94
22009573--22009621	19	2.5	20	80	6	57	63	2	4	30	1.24
22011218--22011285	26	2.6	26	85	2	82	27	14	23	33	1.94
22018821--22018874	17	3.1	17	76	5	54	55	12	11	20	1.67
22026719--22026806	31	2.8	31	80	3	95	43	11	1	44	1.47
22027621--22028072	245	1.8	244	90	2	737	52	14	9	23	1.70
22032216--22032252	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
22032581--22032621	21	1.9	22	85	5	57	43	7	0	48	1.30
22032715--22032784	28	2.6	28	76	14	67	50	2	2	44	1.31
22032742--22032796	28	2.0	28	85	0	74	45	1	5	47	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22032984--22033033	25	2.1	24	85	7	66	38	2	6	54	1.37
22046536--22046584	24	2.0	24	100	0	98	51	16	16	16	1.78
22049705--22049748	23	1.9	24	86	9	65	63	0	9	27	1.24
22052880--22052913	17	1.9	18	94	5	61	47	0	8	44	1.34
22053808--22053846	17	2.3	17	91	8	62	48	0	7	43	1.31
22054605--22054650	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
22054651--22054691	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
22059040--22059092	20	2.7	20	79	5	54	35	5	7	50	1.54
22059202--22059262	22	2.7	23	92	2	97	37	1	0	60	1.07
22059206--22059264	23	2.6	23	89	5	77	38	1	0	59	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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