genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  58  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18971468--18971500	14	2.4	14	94	0	57	48	0	9	42	1.35
18972708--18972770	31	2.1	28	83	13	74	46	12	7	33	1.71
18976666--18976712	22	2.1	23	88	4	69	51	8	17	23	1.72
18977542--18977591	23	2.2	22	96	3	91	52	0	0	48	1.00
18978071--18978119	19	2.4	21	74	19	50	38	2	0	59	1.09
18979750--18979986	79	3.0	79	89	0	350	31	27	18	22	1.97
18984490--18984529	12	3.4	12	86	6	55	30	0	20	50	1.49
18991714--18991746	16	2.0	17	94	5	59	42	0	0	57	0.98
18994164--18994216	6	8.8	6	87	8	81	16	1	15	66	1.35
18997176--18997225	25	2.0	25	96	0	91	26	20	6	48	1.72
18997260--18997320	27	2.3	27	94	0	104	21	39	24	14	1.91
18997518--18997558	20	1.9	23	85	14	61	31	7	0	60	1.24
18997685--18997747	27	2.3	27	94	0	108	19	33	31	15	1.93
19000768--19000808	18	2.3	18	91	0	64	19	29	24	26	1.98
19000821--19000908	27	3.2	27	75	1	68	22	20	19	37	1.94
19000815--19000890	14	5.6	13	74	9	62	19	19	21	39	1.93
19010299--19010346	21	2.3	21	100	0	96	47	14	14	22	1.81
19010361--19010416	22	2.5	22	97	2	103	42	26	21	8	1.82
19012941--19012996	22	2.5	22	80	8	60	19	32	17	30	1.95
19012976--19013017	18	2.3	18	87	0	57	19	30	23	26	1.98
19012963--19013076	11	10.2	11	69	17	74	17	30	25	26	1.97
19012985--19013069	18	4.7	18	80	0	98	17	29	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19013026--19013215	7	28.4	7	75	9	128	18	21	23	35	1.95
19012985--19013076	25	3.5	25	84	11	130	17	29	27	26	1.97
19013051--19013208	40	3.9	40	86	2	192	18	19	23	37	1.94
19013031--19013208	20	8.9	20	79	4	173	18	20	23	37	1.94
19028861--19028973	60	1.9	60	94	0	199	34	9	7	47	1.66
19031622--19031654	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
19036480--19036964	41	11.8	41	80	3	456	23	26	27	23	2.00
19036440--19036964	123	4.3	122	79	9	514	23	25	26	23	2.00
19038935--19039056	42	2.9	42	98	0	235	21	21	13	43	1.87
19040214--19040370	66	2.4	66	86	2	217	43	15	24	15	1.86
19040357--19040394	11	3.5	11	80	20	53	28	23	47	0	1.52
19040356--19040408	21	2.5	21	93	0	88	32	20	47	0	1.51
19040709--19040822	43	2.7	43	94	0	201	25	24	30	19	1.98
19051431--19051472	12	3.6	12	77	6	50	19	14	26	40	1.89
19051408--19051477	23	3.0	23	85	2	86	22	11	21	44	1.84
19054332--19054670	162	2.1	162	91	0	543	25	17	12	43	1.85
19054755--19054837	40	2.1	40	97	0	157	26	30	2	40	1.69
19054795--19055120	30	11.1	29	66	21	105	31	28	2	36	1.72
19054795--19055190	59	6.7	59	86	2	537	31	28	3	36	1.74
19054795--19055190	117	3.4	117	87	3	571	31	28	3	36	1.74
19055234--19055293	28	2.1	27	85	11	77	30	28	11	30	1.92
19057894--19058114	43	5.0	42	79	11	167	27	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19058233--19058266	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19060212--19060251	19	2.1	19	85	0	53	47	0	2	50	1.14
19061593--19061695	41	2.5	41	82	0	134	20	28	19	32	1.97
19061668--19061719	26	2.0	26	100	0	104	19	30	23	26	1.98
19061666--19061726	26	2.4	25	89	7	97	19	31	22	26	1.98
19061635--19061760	67	1.9	67	89	0	198	19	30	18	30	1.96
19061593--19061801	108	1.9	108	89	1	321	18	30	19	31	1.96
19061698--19061843	41	3.6	41	83	1	168	19	31	17	31	1.95
19062397--19062506	57	1.9	57	100	0	220	26	33	8	31	1.86
19062642--19062702	32	1.9	32	96	0	113	47	18	9	24	1.78
19067429--19067458	16	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
19080237--19080296	30	2.0	30	87	6	86	10	26	33	30	1.89
19084476--19084672	52	3.8	52	87	5	256	32	24	14	27	1.94
19085526--19085566	20	2.0	20	90	9	66	34	24	0	41	1.55
19087330--19087397	28	2.4	29	85	7	86	35	4	11	48	1.60
19093670--19093741	37	1.9	37	91	0	117	26	20	16	36	1.94
19093557--19093864	160	1.9	160	89	1	483	23	21	16	38	1.93
19097845--19098064	23	9.5	23	86	3	235	44	20	21	13	1.85
19097848--19098064	46	4.7	46	83	2	265	43	20	22	13	1.86
19097848--19098040	69	2.8	69	90	1	287	44	20	21	13	1.86
19106233--19106267	16	2.2	16	89	0	52	51	8	17	22	1.72
19106397--19106701	29	10.7	28	78	7	276	38	3	25	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19107751--19107788	13	3.2	12	85	11	51	39	0	0	60	0.97
19108565--19108618	15	3.2	17	84	10	58	64	0	3	31	1.11
19109842--19109883	6	6.7	6	84	10	57	0	64	0	35	0.94
19109842--19109883	13	3.3	12	83	9	57	0	64	0	35	0.94
19113150--19113174	12	2.1	12	100	0	50	32	0	20	48	1.50
19114080--19114172	6	15.8	6	72	12	68	41	0	2	55	1.11
19114070--19114164	17	5.6	17	85	8	122	40	1	2	56	1.18
19114115--19114174	23	2.6	24	81	7	79	43	0	1	55	1.10
19114708--19114754	24	1.9	25	86	4	69	34	4	0	61	1.15
19115659--19115785	29	4.4	30	84	7	131	35	23	3	37	1.71
19115723--19115820	28	3.4	29	84	4	117	40	24	2	32	1.67
19115739--19115899	58	2.8	56	79	8	173	36	26	3	33	1.72
19115739--19115899	29	5.6	27	72	13	117	36	26	3	33	1.72
19115954--19116003	18	2.8	18	84	6	66	20	4	0	76	0.95
19116014--19116043	15	1.9	16	93	6	53	20	10	0	70	1.16
19127806--19128094	39	7.4	39	76	7	300	23	31	19	25	1.98
19127790--19128094	78	3.9	78	87	0	457	23	31	20	25	1.98
19127806--19128129	156	2.1	155	86	3	454	24	30	19	25	1.98
19128590--19128614	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
19128598--19128684	17	5.1	17	84	5	104	37	2	3	56	1.29
19128593--19128692	6	16.8	6	70	11	55	40	2	3	55	1.27
19128598--19128682	35	2.5	33	83	11	109	37	2	3	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19130210--19130317	30	3.7	30	82	6	114	34	25	3	37	1.74
19130233--19130419	29	6.4	29	79	6	128	33	24	4	36	1.77
19130333--19130434	30	3.4	30	74	8	100	37	23	3	35	1.74
19130292--19130447	59	2.7	58	82	4	183	33	25	5	35	1.78
19131882--19131940	31	1.9	30	86	3	82	5	23	3	67	1.26
19131879--19131940	15	4.0	15	73	21	56	6	22	4	66	1.35
19139122--19139165	21	2.1	21	83	4	54	45	4	2	47	1.35
19139869--19139900	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
19140098--19140140	22	2.0	22	86	13	63	55	0	34	9	1.32
19140755--19140797	20	2.2	19	83	4	50	32	11	0	55	1.36
19141666--19141720	27	2.0	29	89	7	87	49	16	20	14	1.80
19141764--19141812	25	2.0	24	84	11	64	42	0	2	55	1.11
19148029--19148072	22	2.2	20	84	12	54	29	4	6	59	1.44
19148163--19148250	46	1.9	46	88	0	131	40	22	9	27	1.84
19151420--19151471	24	2.1	25	85	7	70	44	9	21	25	1.82
19153035--19153149	51	2.3	51	81	3	124	45	3	5	46	1.42
19154953--19155010	31	1.9	30	92	3	98	55	1	0	43	1.10
19157340--19157411	33	2.2	32	87	2	99	37	12	9	40	1.76
19157620--19157665	21	2.1	21	84	8	56	43	10	2	43	1.51
19160700--19160766	17	3.8	17	84	4	80	37	0	1	61	1.05
19162627--19162950	29	11.1	29	72	9	214	33	28	5	33	1.80
19162631--19162858	59	3.9	58	80	10	216	35	26	3	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19163181--19163369	97	1.9	97	89	2	290	29	16	16	38	1.90
19173311--19173411	41	2.4	41	80	6	96	42	20	21	14	1.88
19174188--19174736	208	2.6	207	89	1	794	36	18	23	21	1.95
19175035--19175093	11	5.3	11	78	8	57	35	0	1	62	1.05
19175040--19175089	17	2.9	17	90	0	82	38	0	2	60	1.09
19176923--19177334	29	14.1	29	74	14	228	34	27	4	33	1.77
19176923--19177203	59	4.8	59	78	10	276	35	27	3	33	1.75
19176923--19177293	59	6.3	59	75	14	258	35	26	4	33	1.77
19176928--19177242	117	2.7	118	79	10	317	36	26	3	33	1.73
19176923--19177330	87	4.7	86	78	12	359	34	26	4	34	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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