genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28522255--28523617	216	6.3	217	82	5	1478	27	15	13	42	1.85
28522262--28528734	432	15.2	432	81	6	6901	27	16	13	41	1.86
28523618--28528734	216	23.9	214	82	5	4563	28	16	13	41	1.86
28523618--28528734	431	12.0	428	81	6	5348	28	16	13	41	1.86
28538624--28538695	30	2.4	30	79	9	83	23	23	29	23	1.99
28545580--28550469	216	22.9	215	81	6	4318	27	16	14	41	1.87
28546411--28550469	216	18.9	216	82	4	4505	28	16	14	41	1.87
28545580--28550469	431	11.5	432	81	6	5264	27	16	14	41	1.87
28560453--28560523	30	2.4	31	83	4	83	25	23	28	22	2.00
28568831--28568881	24	2.1	25	82	10	61	23	11	11	52	1.70
28569654--28569710	30	1.9	30	85	0	78	26	17	31	24	1.97
28570910--28572528	216	7.6	216	83	3	1911	27	16	13	41	1.87
28570907--28572528	430	3.8	428	85	4	2006	27	16	13	41	1.87
28573803--28573879	15	5.1	15	73	13	61	22	24	27	25	2.00
28575110--28576514	215	6.4	212	74	13	938	27	16	13	41	1.87
28575383--28575759	203	1.9	200	88	3	578	27	18	14	40	1.88
28575582--28576043	254	1.8	256	85	2	662	27	17	13	41	1.87
28575374--28576237	469	1.9	458	82	6	1087	27	17	13	40	1.87
28578057--28582247	216	19.4	216	85	2	5254	27	17	14	40	1.88
28578061--28582247	431	9.7	432	87	3	5373	27	17	14	40	1.88
28582361--28582712	180	2.0	180	79	1	391	26	18	14	40	1.89
28582541--28585951	216	15.9	215	83	4	3901	27	16	14	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28582541--28588685	431	14.4	430	82	5	6614	27	17	14	41	1.88
28585760--28586141	191	2.0	191	88	1	568	28	18	12	41	1.86
28585951--28587518	216	7.3	216	83	3	1778	27	17	14	40	1.88
28587357--28587707	189	1.9	188	84	1	470	27	15	15	40	1.88
28587533--28588685	216	5.4	215	82	5	1319	26	17	14	41	1.87
28587533--28588685	429	2.7	431	83	4	1416	26	17	14	41	1.87
28588504--28588864	180	2.0	179	81	5	426	27	18	13	40	1.88
28589433--28590518	433	2.5	432	85	2	1421	27	16	13	41	1.86
28589433--28590559	216	5.2	215	83	4	1345	27	16	14	41	1.87
28592657--28597633	216	23.1	216	84	3	5563	27	16	14	40	1.88
28592657--28600501	216	36.1	214	76	9	5491	28	17	14	40	1.88
28592657--28600501	431	18.0	430	78	7	6726	28	17	14	40	1.88
28600952--28601108	80	2.0	79	93	1	269	29	14	20	35	1.92
28601541--28601660	48	2.5	48	91	1	188	51	14	8	25	1.69
28610015--28610052	17	2.2	17	86	9	51	5	21	0	73	1.02
28610914--28610964	25	2.1	24	85	10	68	50	13	11	23	1.74
28613646--28613677	11	2.8	11	95	4	55	18	0	9	71	1.12
28614784--28614903	48	2.5	47	93	1	195	51	14	9	25	1.71
28615331--28615684	195	1.8	195	87	1	530	27	17	14	39	1.89
28615491--28618366	216	13.4	216	82	2	3158	28	17	13	40	1.88
28615491--28618769	432	7.7	431	80	4	3320	28	17	14	40	1.88
28618181--28618562	196	1.9	195	85	5	529	28	17	13	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28618762--28653369	216	159.7	216	75	8	22907	27	17	14	40	1.88
28621225--28621621	196	2.0	195	81	1	463	26	17	15	40	1.89
28623795--28624148	196	1.8	197	85	1	505	27	17	14	40	1.88
28623795--28624191	196	2.0	195	83	4	487	27	17	14	40	1.88
28626582--28626978	196	2.0	195	79	2	429	26	16	15	41	1.88
28629673--28636789	431	16.7	431	79	5	6818	28	17	14	40	1.88
28635193--28635553	196	1.8	196	84	5	498	27	18	13	40	1.88
28635389--28636789	433	3.3	431	81	6	1556	27	16	14	40	1.88
28636658--28636942	153	1.9	154	84	2	385	28	12	15	43	1.84
28649394--28649433	19	2.1	19	100	0	80	25	15	10	50	1.74
28649188--28649649	235	2.0	235	86	2	651	29	15	12	42	1.84
28652424--28652463	19	2.1	19	100	0	80	25	15	10	50	1.74
28652208--28652679	235	2.0	235	87	3	682	28	16	12	42	1.85
28653267--28653479	110	1.9	109	88	2	320	24	18	13	43	1.86
28653376--28654664	432	3.0	427	81	5	1312	27	16	14	41	1.87
28653727--28654664	215	4.3	216	82	4	1004	27	16	14	41	1.87
28654658--28655716	216	5.0	216	80	6	1090	27	16	13	42	1.86
28653852--28655472	808	2.0	808	83	2	2056	28	16	13	41	1.86
28655285--28655665	197	1.9	197	87	3	561	29	14	12	43	1.83
28661992--28667008	216	23.3	216	83	2	5771	28	16	13	41	1.87
28681577--28681952	23	16.3	23	89	1	547	33	5	13	46	1.68
28681577--28681952	92	4.1	92	93	1	619	33	5	13	46	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28685221--28685372	25	6.0	25	78	6	135	38	22	14	24	1.91
28685278--28685397	25	4.7	25	82	6	98	35	21	16	25	1.94
28692314--28692487	25	6.9	25	76	7	136	39	24	14	21	1.91
28692335--28692484	49	3.0	50	80	7	144	39	24	14	22	1.91
28692314--28692484	74	2.2	76	82	7	195	40	23	14	21	1.90
28696330--28696398	20	3.5	20	79	0	84	11	30	17	40	1.85
28701190--28701249	19	3.1	19	78	4	57	45	13	6	35	1.70
28710985--28711018	5	6.8	5	93	0	59	41	35	0	23	1.55
28711657--28711730	29	2.4	30	82	6	78	48	9	5	36	1.59
28711678--28711736	31	2.0	29	86	6	82	52	8	1	37	1.42
28711678--28711739	29	2.1	28	82	11	72	51	8	1	38	1.41
28712675--28712701	12	2.2	12	100	0	54	85	7	7	0	0.75
28715886--28715988	45	2.3	45	82	0	134	29	26	18	26	1.98
28727491--28728634	459	2.5	459	85	1	1515	26	22	16	34	1.95
28730688--28730722	19	1.9	17	88	11	52	2	17	0	80	0.84
28739875--28739915	21	2.0	21	85	9	57	36	17	12	34	1.87
28746460--28746503	18	2.4	18	80	0	52	38	20	18	22	1.93
28751137--28751177	13	3.2	13	92	0	64	2	41	9	46	1.50
28751778--28751825	25	2.0	23	84	12	60	37	8	4	50	1.52
28755664--28755706	19	2.2	19	83	4	50	23	6	2	67	1.27
28759737--28759786	21	2.4	20	83	9	64	60	10	14	16	1.59
28763288--28763317	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28763290--28763323	15	2.4	14	90	9	52	14	17	0	67	1.23
28774599--28774644	17	2.9	15	84	12	56	10	15	0	73	1.08
28777312--28777352	18	2.3	18	87	8	57	78	0	21	0	0.76
28780199--28780255	12	4.7	12	72	12	53	33	8	17	40	1.81
28786790--28786855	34	1.9	34	84	0	87	21	21	9	48	1.77
28787416--28787457	17	2.5	17	88	7	59	80	0	19	0	0.70
28793785--28793828	18	2.5	18	92	3	72	61	13	9	15	1.56
28797319--28797501	92	2.0	92	100	0	366	24	19	19	36	1.95
28807453--28807485	15	2.1	16	88	5	50	30	6	12	51	1.63
28808799--28808824	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
28822802--28822976	90	1.9	89	91	3	269	47	4	12	36	1.59
28822926--28823074	52	3.0	50	81	11	198	49	0	6	42	1.34
28827497--28827535	17	2.3	17	86	0	51	20	12	15	51	1.76
28828103--28828159	12	4.5	13	81	18	59	75	0	22	1	0.90
28828120--28828157	5	7.8	5	82	5	51	78	0	21	0	0.74
28828105--28828144	7	5.9	7	86	13	57	72	0	25	2	0.97
28828105--28828149	19	2.3	20	88	11	67	73	0	24	2	0.95
28830028--28830080	26	2.0	26	92	0	88	35	15	15	33	1.88
28840612--28840732	48	2.6	48	90	2	183	24	9	12	53	1.67
28841168--28841324	80	2.0	79	89	1	242	35	21	14	28	1.93
28847278--28847397	48	2.4	51	83	9	165	21	10	14	54	1.69
28847291--28847403	48	2.4	48	92	0	181	23	10	14	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28847862--28848016	80	1.9	79	92	1	256	34	20	14	30	1.92
28862247--28862336	46	1.9	47	88	2	137	33	20	15	31	1.93
28867364--28867406	6	6.7	6	85	15	59	2	16	2	79	0.95
28872227--28872288	11	5.2	12	71	11	56	74	1	3	20	1.05
28873429--28873477	11	4.2	12	85	10	59	0	16	6	77	0.96
28875294--28875373	9	8.8	9	74	16	58	32	2	3	61	1.27
28875294--28875374	17	4.5	17	73	14	72	33	2	3	60	1.27
28877690--28877754	19	3.4	19	82	2	76	69	6	0	24	1.11
28877691--28877756	29	2.2	30	84	7	82	69	6	0	24	1.10
28877692--28877800	10	11.8	9	68	15	53	64	4	1	29	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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