genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  69  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22061393--22061433	16	2.7	16	81	7	50	51	4	0	43	1.23
22062171--22062377	81	2.6	81	83	5	242	33	6	7	51	1.57
22066323--22066373	22	2.3	22	93	0	84	47	11	5	35	1.65
22066639--22066705	30	2.2	30	84	5	82	17	23	28	29	1.97
22068738--22068780	22	2.0	22	81	9	52	69	4	2	23	1.18
22069312--22069363	24	2.2	24	89	6	79	44	0	1	53	1.11
22078080--22078278	52	3.8	51	85	3	254	25	14	24	35	1.94
22084862--22084904	22	2.0	22	85	0	59	20	16	13	48	1.80
22097701--22097812	55	2.0	55	100	0	224	45	17	9	26	1.80
22099337--22099377	18	2.4	17	87	4	55	36	0	0	63	0.95
22100576--22100838	143	1.8	143	86	0	382	36	14	13	36	1.85
22101674--22101727	20	2.8	19	79	20	67	51	0	0	48	1.00
22101680--22101722	22	2.1	19	87	12	59	46	0	0	53	1.00
22101683--22101753	29	2.4	29	86	6	108	52	1	0	46	1.09
22101807--22101913	34	3.1	35	89	5	164	19	35	0	44	1.51
22101941--22101982	12	3.4	12	83	6	57	83	9	7	0	0.81
22102455--22102501	12	3.9	12	97	0	76	46	0	44	8	1.33
22102614--22102665	11	4.9	11	83	9	72	50	1	0	48	1.12
22108576--22108640	24	2.5	26	90	7	98	27	10	10	50	1.70
22108623--22108704	31	2.7	31	88	1	121	26	14	10	47	1.77
22108934--22109205	119	2.3	118	82	3	314	47	10	15	25	1.78
22108934--22109198	60	4.5	59	85	1	298	48	10	15	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22109633--22109676	23	1.9	23	95	0	79	68	2	0	29	1.02
22109635--22109686	23	2.3	23	86	6	70	71	1	0	26	0.97
22125409--22125474	26	2.5	26	85	0	87	34	21	15	28	1.93
22129175--22129229	17	3.2	17	76	0	56	23	20	9	47	1.78
22130253--22130327	26	2.9	26	86	6	107	29	18	20	32	1.96
22132016--22132089	25	2.8	26	77	6	78	40	21	14	22	1.90
22152937--22152987	16	3.3	15	84	15	61	78	0	19	1	0.85
22152954--22152987	15	2.4	14	85	9	50	82	0	17	0	0.67
22156463--22156501	19	2.1	19	85	9	53	66	0	0	33	0.92
22157272--22157353	27	3.0	27	94	3	139	26	15	32	24	1.95
22158589--22158620	6	5.2	6	92	7	55	84	0	15	0	0.63
22158589--22158617	13	2.2	13	100	0	58	86	0	13	0	0.58
22158616--22158679	32	2.0	32	100	0	128	43	18	9	28	1.81
22160418--22160459	22	1.9	22	85	0	57	42	14	2	40	1.58
22162948--22163073	63	2.0	63	96	0	234	44	20	11	23	1.83
22163058--22163295	117	2.0	117	86	1	334	30	17	18	33	1.94
22163537--22163817	62	4.8	59	81	15	318	53	15	7	23	1.67
22163598--22163860	52	4.7	51	74	18	172	52	14	6	25	1.67
22163520--22163761	110	2.2	112	91	5	393	53	16	7	22	1.67
22163857--22163893	18	2.1	18	94	0	65	54	5	10	29	1.57
22164196--22164283	35	2.5	35	83	3	97	29	13	15	40	1.86
22164417--22164546	49	2.6	49	75	6	120	23	19	18	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22170777--22170820	19	2.3	20	80	11	65	50	6	15	27	1.70
22178054--22178091	6	6.3	6	90	0	58	50	15	2	31	1.58
22191725--22191768	22	2.0	22	86	8	63	29	2	0	68	1.02
22196587--22196694	24	4.4	25	76	9	91	34	25	18	22	1.96
22202720--22202765	9	5.2	9	77	15	51	65	0	2	32	1.05
22202720--22202768	25	1.9	26	91	4	82	63	0	2	34	1.06
22202720--22202765	16	2.6	18	73	16	51	65	0	2	32	1.05
22203733--22203772	21	2.0	21	85	14	57	55	25	12	7	1.63
22211991--22212034	14	3.0	14	80	6	52	40	0	0	59	0.98
22213930--22213972	3	14.3	3	95	0	77	32	30	0	37	1.58
22215593--22215632	21	1.9	21	94	0	71	27	15	25	32	1.95
22216087--22216125	14	2.7	14	84	4	51	64	5	7	23	1.40
22216087--22216130	15	3.0	15	80	6	54	65	4	6	22	1.35
22221760--22221809	25	2.0	25	96	0	91	34	12	8	46	1.70
22221977--22222006	14	2.1	14	93	0	51	30	0	20	50	1.49
22222194--22222246	19	2.7	20	88	2	72	56	5	0	37	1.23
22231157--22231380	29	7.6	29	74	9	143	37	17	3	40	1.67
22231187--22231391	30	6.9	30	75	13	133	38	17	3	40	1.66
22235012--22235046	12	2.9	12	91	0	52	51	8	22	17	1.72
22237388--22237425	18	2.1	18	95	0	67	28	13	26	31	1.93
22239020--22239056	4	9.8	4	94	5	60	81	0	18	0	0.70
22239118--22239162	20	2.2	20	92	7	74	73	2	24	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22239985--22240051	6	10.3	6	87	10	89	77	0	20	1	0.85
22240895--22241167	49	5.6	49	71	6	169	36	15	27	19	1.92
22240945--22241191	97	2.5	98	75	4	275	37	15	27	19	1.92
22241428--22242350	123	7.5	123	87	0	1294	39	19	19	21	1.92
22243771--22243977	30	6.9	29	76	12	143	37	20	2	39	1.66
22243771--22243977	60	3.5	60	75	7	190	37	20	2	39	1.66
22247068--22247109	21	2.0	22	95	4	77	66	4	0	28	1.12
22247112--22247140	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
22247139--22247191	3	17.7	3	96	0	97	64	0	1	33	1.05
22249449--22249600	50	3.0	50	70	7	146	24	18	20	36	1.94
22249304--22249880	100	5.8	100	76	7	422	27	17	18	36	1.93
22257382--22257419	20	1.9	20	89	10	60	76	0	0	23	0.79
22257589--22257645	19	2.9	21	80	14	61	78	5	1	14	0.99
22257918--22257992	29	2.5	30	82	4	80	69	5	8	17	1.32
22280837--22280938	46	2.2	46	92	0	168	40	19	9	30	1.84
22280854--22280930	24	3.3	24	67	20	63	40	19	9	31	1.83
22280824--22281038	109	2.0	105	87	3	304	42	18	9	29	1.82
22281922--22281963	21	2.0	21	100	0	84	57	9	14	19	1.64
22282814--22282978	82	2.0	83	84	7	219	26	18	25	29	1.98
22282809--22283004	42	4.8	40	81	7	218	27	17	25	29	1.98
22287515--22287545	16	1.9	16	93	0	53	41	29	3	25	1.71
22287932--22287973	21	2.0	21	86	13	59	42	4	4	47	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22297615--22297725	55	2.0	55	100	0	222	30	16	18	35	1.92
22301694--22301763	26	2.7	26	82	4	79	34	22	12	30	1.92
22301744--22301834	25	3.6	25	79	5	103	35	23	14	27	1.93
22301727--22301840	50	2.3	50	82	10	142	35	25	13	26	1.92
22310207--22310304	44	2.2	44	94	0	169	9	10	24	56	1.62
22314182--22314214	16	2.1	16	88	5	50	15	30	3	51	1.58
22319858--22319965	37	2.9	37	88	0	153	33	34	18	13	1.90
22334510--22334562	29	1.9	28	81	11	65	13	5	9	71	1.29
22346234--22346283	19	2.6	19	73	20	50	68	10	16	6	1.38
22353069--22353147	36	2.2	36	97	2	149	26	27	11	34	1.91
22356208--22356291	40	2.1	40	100	0	168	28	27	7	36	1.83
22360114--22360170	24	2.4	24	84	0	78	33	14	3	49	1.60
22361424--22361461	18	2.1	18	90	0	58	44	2	2	50	1.30
22362767--22364279	270	5.6	268	76	9	1216	37	12	12	38	1.81
22363493--22363534	19	2.2	19	83	8	50	59	4	9	26	1.48
22364171--22364200	15	2.0	15	93	0	51	30	20	10	40	1.85
22364217--22364338	58	2.1	59	96	3	237	31	8	18	40	1.80
22364614--22364657	18	2.5	17	89	7	70	47	4	13	34	1.63
22364368--22364874	270	1.9	270	81	5	612	37	12	13	37	1.82
22365095--22366448	270	5.1	267	78	6	1132	36	12	12	37	1.82
22365216--22366448	541	2.3	538	80	6	1298	36	12	12	37	1.82
22370955--22371003	9	5.4	9	83	13	57	75	0	14	10	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22379456--22379480	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
22395950--22396115	45	3.6	45	77	13	160	36	6	16	40	1.74
22398181--22398245	28	2.3	27	84	10	78	50	13	4	30	1.62
22400632--22400665	14	2.4	14	100	0	68	29	41	14	14	1.86
22400934--22400969	13	2.8	13	86	0	54	33	0	25	41	1.55
22404015--22404050	11	3.2	11	92	4	54	52	0	0	47	1.00
22415135--22415206	22	3.3	22	82	7	101	50	6	19	23	1.72
22419124--22419154	14	2.1	15	94	5	55	25	3	19	51	1.62
22419612--22419872	96	2.7	98	79	3	258	17	23	20	38	1.93
22424671--22424713	18	2.3	19	80	4	52	9	30	2	58	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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