genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  32  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12403778--12403811	17	2.0	17	94	0	59	23	0	26	50	1.50
12413047--12413083	15	2.3	17	86	9	51	62	5	2	29	1.31
12414351--12414417	29	2.3	30	82	10	77	46	0	5	47	1.27
12414369--12414426	29	2.0	29	83	9	75	48	0	6	44	1.29
12422676--12422715	19	2.1	19	86	9	55	37	0	0	62	0.95
12433210--12433301	47	2.0	47	88	0	139	42	7	8	41	1.64
12435997--12436054	17	3.5	17	77	13	68	65	6	0	27	1.18
12435999--12436043	16	2.8	16	83	12	65	68	6	0	24	1.13
12436064--12436097	16	2.1	17	88	5	52	73	2	0	23	0.97
12437328--12437358	12	2.6	12	94	0	53	45	0	0	54	0.99
12438236--12438279	22	2.0	22	82	8	54	34	4	11	50	1.59
12443324--12443359	16	2.2	17	90	5	56	55	0	5	38	1.23
12445834--12445878	20	2.2	21	84	4	56	46	33	4	15	1.66
12445909--12445955	21	2.2	22	82	14	55	29	10	25	34	1.90
12451015--12451050	18	1.9	18	88	5	54	63	11	11	13	1.51
12472822--12472855	6	5.7	6	92	0	59	20	17	47	14	1.83
12480689--12480736	6	8.0	6	88	6	71	45	16	2	35	1.59
12485731--12485769	19	2.1	19	85	9	53	53	2	0	43	1.14
12499978--12500047	29	2.3	32	78	12	83	35	1	10	52	1.44
12500409--12500520	58	1.9	58	83	0	143	41	15	3	40	1.64
12505354--12505427	30	2.4	29	77	6	76	36	6	8	48	1.59
12507232--12507290	24	2.4	24	83	8	66	67	5	11	15	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12508476--12508648	42	4.1	43	84	3	226	28	26	19	26	1.98
12511734--12511783	20	2.5	21	80	9	59	58	10	26	6	1.54
12512573--12512912	41	8.4	41	85	4	431	14	33	20	30	1.93
12512573--12512912	81	4.2	81	88	2	470	14	33	20	30	1.93
12512563--12512912	122	2.9	119	85	5	461	15	32	20	31	1.93
12513186--12513302	58	2.0	58	81	0	135	42	14	5	37	1.68
12513625--12513675	24	2.1	25	82	10	70	37	3	1	56	1.29
12513661--12513686	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
12522243--12522344	24	4.4	24	67	9	77	55	2	0	40	1.21
12526444--12526485	20	2.0	20	86	9	57	64	0	0	35	0.94
12526445--12526531	27	3.2	27	75	8	95	59	1	1	37	1.12
12526699--12526760	33	1.9	32	83	9	81	17	12	8	61	1.55
12527790--12527856	33	2.1	30	84	13	82	62	8	2	25	1.39
12532750--12532807	30	2.0	29	86	3	80	36	0	6	56	1.26
12538668--12538698	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
12538777--12538830	26	2.1	26	96	0	99	31	11	3	53	1.53
12539273--12539336	24	2.5	24	82	10	65	60	0	3	35	1.12
12544716--12545068	176	2.0	175	96	0	652	24	20	16	37	1.93
12560193--12560222	12	2.5	12	94	0	51	60	0	20	20	1.37
12560775--12560823	22	2.4	19	78	15	53	51	0	2	46	1.12
12560781--12560823	21	2.0	22	90	4	70	48	0	0	51	1.00
12560784--12560844	28	2.1	30	87	6	90	52	0	1	45	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12561532--12561570	16	2.5	16	95	4	71	48	0	0	51	1.00
12561532--12561591	15	3.9	16	82	4	70	48	0	0	51	1.00
12561911--12561967	29	2.0	28	90	6	89	31	7	12	49	1.67
12561911--12561986	29	2.6	27	83	10	71	34	6	11	47	1.66
12562159--12562215	29	1.9	30	85	3	80	36	14	14	35	1.86
12567782--12567838	28	2.0	28	86	6	80	29	12	8	49	1.70
12583710--12583801	32	3.0	28	79	13	85	56	9	4	29	1.51
12583712--12583801	31	2.9	32	86	3	121	57	10	4	27	1.50
12595882--12595925	18	2.4	18	80	3	52	38	0	4	56	1.20
12596415--12596440	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
12607474--12607636	36	4.3	36	81	13	191	19	46	6	26	1.75
12607543--12607730	45	4.2	45	93	0	277	18	48	8	24	1.75
12616556--12616599	22	2.0	22	86	8	63	61	4	0	34	1.16
12626993--12627030	20	1.9	20	94	0	67	36	0	2	60	1.11
12627269--12627308	16	2.5	16	79	0	53	25	30	7	37	1.83
12631635--12631668	15	2.3	15	90	5	52	35	0	0	64	0.94
12635086--12635113	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
12635572--12635619	20	2.5	19	79	3	51	52	2	2	43	1.24
12636625--12636673	20	2.6	19	78	12	57	36	2	4	57	1.30
12642472--12642526	21	2.6	21	76	0	65	32	27	12	27	1.93
12643191--12643375	52	3.6	52	80	2	187	36	22	14	26	1.93
12651134--12651177	21	2.0	22	82	4	54	27	2	9	61	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12682623--12682667	24	1.9	23	81	4	54	15	11	13	60	1.60
12687685--12687723	1	39.0	1	100	0	78	0	0	100	0	0.00
12699864--12699895	13	2.5	13	94	0	55	34	3	6	56	1.40
12700275--12700418	55	2.6	56	80	5	159	50	1	13	34	1.51
12700275--12700418	27	5.2	27	78	3	153	50	1	13	34	1.51
12700408--12700926	28	18.8	28	76	13	377	47	3	14	35	1.61
12700427--12700894	165	2.8	166	82	5	554	47	3	13	35	1.60
12700409--12700920	110	4.6	112	78	7	494	47	3	13	35	1.61
12705709--12705733	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
12709024--12709116	28	3.2	28	80	10	107	37	1	18	43	1.57
12708993--12709239	135	1.8	135	81	6	313	37	3	17	41	1.67
12709149--12709556	28	14.5	28	81	3	374	40	4	17	38	1.69
12709250--12709741	28	17.6	28	78	6	347	44	5	13	37	1.66
12709147--12709741	56	10.6	56	79	5	443	43	4	14	37	1.66
12725407--12725439	18	1.9	18	88	11	52	54	3	6	36	1.41
12727354--12727398	22	2.0	22	95	0	81	44	4	13	37	1.64
12728145--12728250	30	3.7	29	71	16	76	46	8	12	33	1.72
12728143--12728236	29	3.3	28	72	19	86	40	11	12	35	1.80
12729663--12730144	59	8.2	59	82	8	524	34	2	28	35	1.70
12729693--12730151	29	15.7	27	68	22	170	34	2	28	35	1.70
12731301--12731356	25	2.2	25	84	6	69	41	1	0	57	1.09
12731293--12731358	10	6.2	10	76	13	51	40	1	0	57	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12732060--12732148	6	15.2	6	79	17	98	52	0	2	44	1.13
12732068--12732141	37	2.0	37	87	10	107	54	0	2	43	1.14
12732069--12732158	11	7.8	11	73	13	56	54	1	2	42	1.20
12732060--12732148	17	5.4	16	84	10	110	52	0	2	44	1.13
12732112--12732166	27	2.0	27	82	0	65	52	7	1	38	1.40
12732519--12732916	38	10.5	37	68	16	210	32	18	14	34	1.91
12732519--12733031	76	6.9	76	88	6	712	32	18	15	33	1.92
12744714--12744943	30	7.9	28	74	16	182	32	1	29	36	1.68
12744714--12744943	59	3.9	59	85	8	310	32	1	29	36	1.68
12744714--12744943	29	7.9	31	74	14	136	32	1	29	36	1.68
12746079--12746132	15	3.4	16	73	17	51	40	1	0	57	1.09
12746836--12746924	6	15.2	6	76	17	89	51	0	3	44	1.18
12746845--12746892	14	3.9	12	83	10	53	54	0	2	43	1.12
12746838--12746934	11	8.5	11	73	13	70	51	1	3	44	1.24
12746836--12746924	17	5.4	16	81	10	101	51	0	3	44	1.18
12749923--12750002	40	2.0	40	97	0	151	33	5	21	40	1.75
12752963--12753043	21	3.8	21	93	1	135	45	8	12	33	1.72
12758178--12758219	22	1.9	22	90	0	66	42	7	0	50	1.30
12758505--12758570	28	2.4	28	82	5	82	21	19	12	46	1.82
12758669--12758720	21	2.5	21	81	12	63	7	17	0	75	1.03
12780385--12780426	18	2.3	18	83	0	57	47	11	33	7	1.68
12785828--12786154	88	3.7	88	84	8	368	33	2	30	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12785831--12786201	117	3.2	114	84	9	439	33	1	28	35	1.68
12785801--12786229	29	14.7	28	80	9	287	34	2	28	35	1.69
12785939--12786229	30	9.9	30	81	8	194	34	1	28	36	1.66
12786158--12786243	30	2.9	30	81	10	97	38	0	23	38	1.55
12787821--12787894	6	12.8	6	70	18	59	54	1	4	40	1.28
12787821--12787894	17	4.3	17	89	5	105	54	1	4	40	1.28
12787821--12787907	34	2.5	34	87	10	115	56	1	3	39	1.24
12790147--12790301	76	2.0	76	98	0	301	36	9	16	38	1.80
12791321--12791441	50	2.4	50	80	5	154	35	19	19	25	1.95
12793388--12793688	59	5.2	59	87	2	410	32	31	3	32	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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