genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  86  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27174361--27174394	17	2.0	17	94	0	59	73	0	20	5	1.04
27187829--27187878	15	3.2	16	83	13	61	78	2	20	0	0.86
27192583--27192629	19	2.6	18	90	6	76	31	0	21	46	1.51
27202518--27202547	14	2.1	14	93	0	51	43	23	16	16	1.87
27204652--27204873	108	2.1	107	91	2	356	41	7	8	41	1.64
27204802--27205047	122	2.0	127	85	4	340	45	8	9	37	1.66
27207468--27207504	18	2.1	18	89	0	56	29	32	13	24	1.93
27207504--27207538	18	1.9	18	100	0	70	22	17	22	37	1.94
27207470--27207601	53	2.5	53	78	7	126	27	28	18	26	1.98
27208158--27208222	27	2.4	27	85	10	96	23	29	24	23	1.99
27208140--27208219	14	5.7	14	71	11	56	22	27	27	22	1.99
27211178--27211219	19	2.2	19	86	4	57	47	7	2	42	1.43
27210960--27211630	292	2.3	297	83	7	846	43	10	3	42	1.56
27212026--27212056	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
27212055--27212080	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
27212544--27213160	42	14.5	42	82	4	702	36	24	18	20	1.95
27213568--27213654	1	87.0	1	72	0	66	0	10	3	86	0.69
27213558--27213639	40	2.0	41	83	6	105	1	15	1	81	0.81
27213562--27213644	16	4.9	16	80	11	87	1	13	1	84	0.75
27218375--27218422	4	12.0	4	86	0	69	45	4	25	25	1.71
27220612--27220667	22	2.5	22	77	8	60	60	8	10	19	1.55
27221239--27221283	23	2.1	20	84	12	54	55	11	6	26	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27229000--27229335	49	6.8	50	75	9	226	20	24	15	38	1.92
27229010--27229335	147	2.2	149	84	4	419	20	24	15	38	1.92
27239747--27239788	22	2.0	22	90	4	68	21	0	26	52	1.47
27244406--27244503	46	2.1	46	90	3	153	21	18	16	43	1.87
27248114--27248145	9	3.6	9	91	0	55	56	3	0	40	1.15
27254284--27254316	16	2.0	17	88	5	50	66	0	3	30	1.06
27254812--27254852	21	1.9	22	85	5	57	12	4	17	65	1.42
27254825--27254897	21	3.2	21	79	14	67	8	2	16	72	1.20
27254841--27254939	12	8.6	12	78	8	107	9	4	18	68	1.32
27254841--27254939	23	4.3	22	80	12	94	9	4	18	68	1.32
27254826--27254940	56	2.1	56	83	3	142	9	4	17	68	1.33
27254844--27254952	56	2.0	56	88	1	166	10	3	18	67	1.34
27255088--27255131	21	2.1	21	83	8	54	25	0	9	65	1.21
27256060--27256250	9	20.0	9	68	15	82	58	6	2	32	1.35
27256060--27256103	17	2.4	18	88	7	63	61	4	2	31	1.28
27256060--27256143	19	4.5	19	79	8	84	60	8	1	29	1.33
27259172--27259252	39	2.1	39	97	0	153	37	3	35	23	1.73
27259702--27259749	23	2.1	23	100	0	96	29	12	0	58	1.35
27259702--27259762	23	2.7	23	89	2	79	29	11	3	55	1.51
27261599--27261678	30	2.7	30	76	7	83	21	10	21	47	1.79
27264146--27264411	74	3.6	74	80	3	254	34	29	22	13	1.93
27264146--27264411	37	7.3	37	79	4	227	34	29	22	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27264592--27264663	36	2.0	36	100	0	144	16	33	16	33	1.92
27265712--27265896	92	2.0	92	98	0	361	42	21	7	28	1.80
27270232--27270281	25	1.9	27	88	8	77	38	18	8	36	1.80
27271149--27271193	22	2.0	24	86	8	67	42	2	15	40	1.59
27271409--27271456	20	2.4	20	85	0	60	35	16	12	35	1.87
27274233--27274302	37	1.9	35	83	16	90	42	2	0	54	1.15
27274242--27274441	62	3.1	64	73	19	191	44	2	3	50	1.32
27297885--27297914	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
27302193--27302220	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
27304992--27305033	17	2.5	16	82	17	50	59	9	11	19	1.59
27328683--27328910	42	5.4	42	83	10	227	25	26	11	36	1.90
27331824--27332076	126	2.0	126	98	0	488	38	14	11	35	1.83
27339055--27339093	17	2.3	17	86	8	53	58	10	12	17	1.61
27345662--27345696	18	1.9	18	88	0	52	22	14	20	42	1.88
27366399--27366630	51	4.5	51	90	0	347	31	23	13	31	1.94
27373651--27373780	51	2.5	51	89	0	206	32	24	14	28	1.95
27379770--27379896	24	5.5	24	72	11	131	37	26	5	30	1.79
27379770--27379916	45	3.3	45	91	3	235	37	27	5	29	1.79
27379794--27379916	21	5.6	21	71	11	93	37	26	5	30	1.80
27380545--27380670	51	2.5	51	98	0	243	30	24	15	29	1.95
27382406--27382443	20	1.9	19	89	5	58	23	26	2	47	1.65
27392354--27392387	15	2.3	15	89	0	50	41	0	8	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27393705--27393899	27	7.3	27	81	5	207	25	15	21	38	1.92
27393705--27393899	54	3.6	54	82	6	236	25	15	21	38	1.92
27393705--27393899	81	2.4	80	82	4	241	25	15	21	38	1.92
27396231--27396324	24	3.9	24	85	0	125	27	25	21	25	1.99
27396308--27396382	27	2.7	27	83	6	89	33	22	18	25	1.97
27406892--27406936	19	2.3	19	84	3	54	20	8	13	57	1.62
27409106--27409211	52	2.0	52	94	0	185	27	19	11	41	1.86
27414037--27414077	12	3.5	12	78	15	50	75	0	7	17	1.02
27415765--27415795	13	2.4	13	94	0	53	77	3	3	16	1.03
27419647--27419706	19	3.2	19	67	21	54	33	20	10	36	1.86
27419629--27419725	37	2.6	36	77	6	113	28	25	15	29	1.96
27419715--27419767	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
27420091--27420143	26	2.0	26	96	0	97	41	18	28	11	1.85
27420593--27420623	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
27424512--27424567	15	3.7	15	72	9	51	3	33	5	57	1.39
27424551--27424585	18	1.9	18	88	0	52	2	34	0	62	1.10
27424516--27424577	30	2.3	26	75	21	65	3	35	4	56	1.37
27442356--27442549	27	7.2	27	81	4	169	25	17	20	37	1.93
27442363--27442550	54	3.5	54	78	2	189	25	17	19	37	1.94
27459162--27459217	17	3.3	17	75	22	55	12	19	12	55	1.68
27464554--27464613	15	4.1	14	80	6	66	35	20	3	41	1.68
27464565--27464629	27	2.3	29	84	5	80	35	20	4	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27464593--27464653	29	2.2	28	85	5	79	34	18	9	37	1.83
27464582--27464845	56	4.8	55	79	10	139	27	21	9	42	1.83
27464638--27464928	28	10.5	28	76	4	250	23	22	9	43	1.83
27464636--27464880	108	2.2	111	85	4	318	22	22	9	45	1.81
27464636--27464901	56	4.8	56	85	4	326	22	22	10	44	1.83
27468533--27468768	36	6.6	36	74	3	172	25	14	22	37	1.92
27468533--27468772	108	2.2	108	83	5	308	26	14	22	37	1.92
27471863--27472000	72	1.9	72	93	0	240	22	15	23	37	1.93
27471829--27472027	36	5.5	36	79	3	186	22	15	23	38	1.92
27471829--27472027	72	2.8	72	83	3	231	22	15	23	38	1.92
27473220--27473250	13	2.3	14	94	5	55	64	16	0	19	1.29
27474996--27475045	23	2.1	24	88	3	75	48	26	18	8	1.75
27476467--27476580	29	4.0	28	80	12	133	28	20	7	43	1.77
27476638--27476719	28	2.9	28	79	0	92	26	21	8	42	1.82
27478296--27478320	13	1.9	13	100	0	50	12	8	16	64	1.49
27479279--27479319	20	2.0	21	86	13	59	68	2	0	29	1.03
27480218--27480248	9	3.6	9	95	4	55	22	0	0	77	0.77
27480278--27480320	8	5.1	8	91	5	59	39	0	0	60	0.97
27480278--27480319	9	4.9	9	94	2	61	38	0	0	61	0.96
27480278--27480320	17	2.6	16	85	10	59	39	0	0	60	0.97
27481332--27481374	22	2.0	22	85	0	59	23	16	6	53	1.67
27481480--27481538	25	2.7	21	75	25	59	35	1	3	59	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27481656--27481747	46	2.0	46	89	0	139	39	18	8	33	1.82
27487646--27487696	21	2.5	21	81	15	63	58	3	1	35	1.28
27489860--27490027	50	3.3	50	87	5	214	33	14	13	38	1.85
27490155--27490264	55	2.0	55	96	0	202	36	5	13	44	1.67
27491434--27491517	27	3.0	28	80	7	107	65	0	11	22	1.25
27493441--27493482	20	2.1	20	86	8	59	73	0	21	4	1.01
27493446--27493482	20	2.0	20	89	10	60	72	0	21	5	1.04
27493438--27493490	18	2.9	18	76	20	56	71	0	24	3	1.02
27493458--27493504	24	2.0	23	87	4	67	70	0	21	8	1.14
27494597--27494815	50	4.3	50	85	3	253	36	14	11	37	1.83

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