genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  19  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7795831--7795863	15	2.3	15	89	5	50	66	0	3	30	1.06
7797431--7797495	34	1.9	34	84	6	87	46	3	3	47	1.33
7797495--7797527	12	2.5	14	85	14	52	36	9	18	36	1.82
7797611--7797657	24	2.0	24	86	0	67	68	8	0	23	1.17
7808296--7808335	5	8.0	5	100	0	80	0	40	0	60	0.97
7811905--7811934	12	2.6	11	90	10	51	0	20	0	80	0.72
7819333--7819368	18	2.0	18	88	0	54	58	0	5	36	1.22
7828108--7828157	24	2.1	24	100	0	100	34	8	20	38	1.82
7835457--7835546	45	2.1	42	82	12	103	37	6	6	48	1.56
7836453--7836478	13	2.0	13	100	0	52	23	15	46	15	1.83
7846856--7846900	6	7.5	6	97	0	81	0	64	0	35	0.94
7863983--7864133	75	2.0	74	86	6	207	45	7	7	38	1.63
7870172--7870209	19	2.0	19	100	0	76	26	10	21	42	1.85
7870867--7870925	30	2.0	30	89	0	91	54	11	10	23	1.67
7909912--7909951	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
7913014--7913094	24	3.2	24	70	10	63	14	39	18	27	1.90
7931659--7931730	30	2.4	30	78	19	78	45	0	2	51	1.15
7947356--7947389	18	1.9	18	88	5	52	52	5	5	35	1.50
7959537--7959658	52	2.3	52	100	0	244	40	18	9	31	1.82
7961560--7961629	29	2.4	29	83	6	81	37	1	5	55	1.32
7969841--7969875	17	2.1	17	100	0	70	28	11	22	37	1.89
7974845--7974899	15	3.2	18	70	17	53	63	0	1	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7979974--7980011	19	2.0	19	89	0	58	68	0	0	31	0.90
7992432--7992464	12	2.5	13	85	14	50	60	12	9	18	1.57
7992532--7992569	18	2.1	18	90	0	58	52	10	10	26	1.68
7993254--7993312	31	1.9	31	85	0	82	40	16	10	32	1.82
7993546--7993755	114	1.8	113	83	11	275	39	14	17	29	1.89
7994374--7994417	10	4.2	11	85	8	56	70	0	0	29	0.88
8000830--8000878	17	2.9	17	84	0	62	71	2	0	26	0.97
8006771--8007356	61	9.8	60	77	11	513	31	19	13	35	1.91
8006769--8007356	62	9.8	60	74	14	414	31	19	13	35	1.91
8007918--8007988	37	1.9	37	82	5	90	38	5	4	52	1.45
8011247--8011466	45	5.1	44	62	18	104	38	7	4	49	1.51
8011245--8011769	83	6.3	83	90	3	790	37	5	4	52	1.45
8011247--8011769	246	2.1	252	89	3	810	37	5	4	52	1.45
8011948--8011995	20	2.4	20	82	0	60	14	29	20	35	1.93
8014201--8014292	30	3.1	30	81	6	89	25	7	6	60	1.48
8015205--8015514	60	5.2	60	86	6	423	36	14	19	29	1.91
8020124--8020172	19	2.5	20	83	9	66	34	4	2	59	1.28
8020813--8020844	15	2.1	15	94	0	55	59	0	12	28	1.34
8023844--8023932	17	5.3	17	85	8	128	42	0	1	56	1.06
8023868--8023932	6	11.3	6	75	15	66	41	0	1	56	1.08
8023843--8023949	51	2.1	50	81	5	126	46	1	0	50	1.18
8025668--8025875	29	7.1	29	78	9	172	37	23	2	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8025697--8025895	59	3.4	58	80	10	201	38	23	2	35	1.67
8025705--8026057	29	12.2	27	74	11	206	36	24	5	33	1.79
8025877--8026036	57	2.8	55	83	8	196	32	23	9	34	1.87
8025732--8026041	86	3.6	85	75	10	251	35	25	5	33	1.80
8027269--8027295	1	27.0	1	100	0	54	0	100	0	0	0.00
8031049--8031077	14	2.1	14	100	0	58	48	20	6	24	1.74
8032703--8032764	29	2.1	29	90	0	97	35	22	9	32	1.87
8035586--8035668	17	5.2	17	75	21	81	45	1	1	51	1.16
8035594--8035635	11	3.7	11	83	3	57	45	0	2	52	1.13
8035601--8035668	6	11.8	6	73	14	63	45	1	0	52	1.09
8037377--8037442	30	2.2	29	86	7	89	39	25	4	30	1.76
8037377--8037811	29	14.9	28	71	16	139	37	24	3	34	1.73
8037390--8037555	59	2.8	59	79	6	194	37	20	3	37	1.70
8037537--8037872	86	3.9	87	79	8	305	36	25	5	32	1.78
8037595--8037929	57	5.8	59	75	10	207	35	25	6	31	1.83
8037520--8037903	86	4.4	86	78	9	281	35	26	5	32	1.79
8037564--8037918	29	12.4	28	74	11	193	36	26	5	30	1.80
8042119--8042143	9	2.8	9	100	0	50	32	0	20	48	1.50
8042977--8043022	11	4.1	11	91	2	74	50	0	17	32	1.47
8042977--8043022	22	2.0	23	95	4	85	50	0	17	32	1.47
8048320--8048344	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
8053924--8054023	36	2.8	36	90	3	157	34	15	27	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8065110--8065136	6	4.5	6	100	0	54	29	37	0	33	1.58
8067454--8067500	20	2.3	20	81	0	58	68	2	8	21	1.27
8068340--8068364	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8069379--8069415	18	2.2	18	86	13	53	48	0	0	51	1.00
8069672--8069698	1	27.0	1	100	0	54	0	100	0	0	0.00
8073537--8073579	19	2.3	18	88	11	61	58	4	0	37	1.19
8073549--8073669	18	6.7	18	71	14	79	56	1	1	40	1.19
8073600--8073669	9	7.7	9	72	13	54	64	0	2	32	1.08
8082894--8082928	13	2.7	13	95	0	61	14	34	20	31	1.92
8092077--8092117	21	2.0	21	90	0	64	48	26	12	12	1.75
8095753--8095791	21	1.9	21	94	5	71	51	5	7	35	1.53
8096196--8096237	21	2.0	21	100	0	84	71	0	9	19	1.13
8096671--8096712	22	1.9	22	95	0	75	42	0	0	57	0.99
8096653--8096737	31	2.8	31	82	5	86	40	3	2	54	1.31
8100335--8100368	11	3.2	11	95	4	61	58	14	8	17	1.61
8112062--8112100	14	2.5	16	84	16	55	61	0	2	35	1.10
8112068--8112097	15	2.1	15	93	6	53	63	0	3	33	1.11
8113024--8113048	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
8113696--8113741	24	1.9	24	82	8	58	52	2	6	39	1.40
8129595--8129659	18	3.5	18	69	21	53	64	0	4	30	1.14
8129595--8129773	20	9.1	20	68	12	95	55	2	5	36	1.34
8129595--8129773	38	4.6	37	73	11	112	55	2	5	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8129709--8129773	21	3.1	21	69	20	55	58	3	3	35	1.29
8129677--8129785	40	2.7	41	74	14	100	50	1	4	43	1.33
8129671--8129786	20	5.8	20	70	23	77	51	1	4	42	1.31
8130173--8130228	9	6.0	9	79	8	67	26	0	0	73	0.84
8130176--8130234	9	6.3	9	78	7	64	27	1	0	71	0.96
8130176--8130234	19	3.2	18	85	4	73	27	1	0	71	0.96
8130231--8130282	25	2.1	25	92	0	86	32	11	15	40	1.83
8131343--8131376	10	3.3	10	84	8	50	17	2	0	79	0.86
8131350--8131387	11	3.3	12	78	14	53	15	5	0	78	0.91
8131343--8131387	22	2.1	22	95	4	83	17	4	0	77	0.92
8137182--8137229	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
8142360--8142528	93	1.8	93	94	0	302	38	11	11	39	1.77
8144538--8144568	5	6.2	5	100	0	62	19	61	0	19	1.35
8144663--8144715	19	2.8	19	75	11	56	64	0	0	35	0.94
8145037--8145341	154	2.0	154	96	1	567	47	9	15	27	1.76
8147799--8147837	18	2.2	18	86	4	53	48	5	15	30	1.66
8147934--8147974	18	2.3	18	95	0	73	34	12	4	48	1.62
8163169--8163227	30	2.0	30	96	0	109	33	13	16	35	1.88
8167611--8167658	18	2.6	19	77	12	55	64	2	2	31	1.16
8176157--8176184	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
8184088--8184117	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
8184503--8184527	4	6.2	4	100	0	50	52	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8190272--8190296	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8199688--8199721	16	2.1	17	88	5	52	47	23	2	26	1.66
8200412--8200455	17	2.4	19	81	7	56	43	2	2	52	1.26
8209498--8209555	23	2.6	22	78	5	62	27	3	1	67	1.17
8211812--8211884	18	3.9	18	71	16	51	60	2	2	34	1.25
8236171--8236206	7	5.0	7	96	3	63	30	0	27	41	1.56
8261949--8262016	26	2.7	26	80	13	79	58	1	2	36	1.22
8267426--8267469	24	1.9	22	82	17	54	36	2	18	43	1.63
8267426--8267469	22	1.9	24	82	17	58	36	2	18	43	1.63
8277680--8277738	18	3.3	18	75	0	73	49	5	0	45	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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