genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  73  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23109968--23110016	17	2.6	20	84	12	68	48	0	2	48	1.12
23110808--23110915	55	2.0	55	81	7	130	58	0	5	35	1.28
23111623--23111948	163	2.0	162	87	4	469	24	15	13	46	1.82
23112045--23112160	30	3.9	29	81	10	126	37	25	3	33	1.73
23112132--23112683	59	9.4	59	88	1	759	31	28	5	34	1.80
23112131--23112683	117	4.7	117	89	3	745	31	28	5	34	1.80
23112134--23112683	176	3.1	176	90	2	829	31	28	5	34	1.80
23124626--23124738	32	3.4	32	73	12	111	34	16	21	27	1.95
23124575--23125788	69	17.5	69	89	3	1672	32	16	21	29	1.95
23125612--23125747	39	3.6	39	85	2	170	30	19	20	29	1.97
23126080--23126146	6	11.2	6	78	12	75	44	0	2	52	1.16
23126056--23126105	27	1.9	25	84	15	66	32	2	6	60	1.32
23126097--23126145	17	2.6	20	84	12	68	48	0	2	48	1.12
23127752--23128076	162	2.0	162	87	3	467	25	15	13	45	1.82
23128168--23128286	30	4.0	29	84	9	150	37	25	2	34	1.70
23128173--23128301	30	4.4	29	83	8	97	38	24	1	35	1.65
23128259--23128986	59	12.4	59	91	1	1068	32	28	4	34	1.78
23128259--23128985	176	4.1	176	91	1	1100	32	28	4	34	1.78
23136808--23136870	27	2.3	27	97	0	117	28	33	19	19	1.96
23146477--23146529	19	2.9	18	80	5	61	39	5	7	47	1.56
23150147--23150185	21	1.9	21	94	5	71	43	15	15	25	1.86
23150182--23150206	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23155344--23155382	19	2.1	18	95	4	69	0	20	0	79	0.73
23165011--23165050	21	1.9	21	85	10	55	67	5	10	17	1.37
23176064--23176100	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
23193970--23194159	30	6.6	30	75	10	164	36	3	24	34	1.73
23193992--23194158	84	2.0	83	81	5	194	35	3	25	35	1.73
23194743--23194801	21	2.6	22	76	10	57	16	15	3	64	1.42
23195099--23195123	10	2.5	10	100	0	50	56	0	16	28	1.41
23205888--23205923	15	2.4	15	100	0	72	47	13	0	38	1.44
23206351--23206404	21	2.6	21	87	0	72	37	24	9	29	1.86
23206693--23206721	14	2.1	14	100	0	58	24	27	6	41	1.80
23207142--23207376	120	2.0	120	89	0	362	28	25	16	29	1.97
23210935--23210978	18	2.4	18	80	3	52	47	11	13	27	1.77
23212776--23212818	18	2.4	17	81	18	52	48	0	0	51	1.00
23238976--23239019	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
23241011--23241055	15	3.2	15	78	18	51	0	37	2	60	1.09
23251051--23251109	24	2.5	24	81	10	59	37	5	0	57	1.21
23251127--23251222	28	3.3	31	68	20	80	42	0	2	55	1.11
23251074--23251244	58	2.9	59	81	9	199	44	1	1	52	1.18
23260722--23260778	29	2.0	30	86	6	82	28	3	5	63	1.33
23271059--23271108	19	2.8	17	80	11	55	16	10	12	62	1.55
23285158--23285240	6	14.3	6	76	12	84	39	1	2	56	1.20
23285147--23285240	17	5.5	17	88	2	134	38	1	3	57	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23285158--23285240	11	7.2	12	77	12	84	39	1	2	56	1.20
23287080--23287444	59	6.3	59	79	9	306	33	27	4	33	1.78
23287080--23287444	29	12.5	29	78	6	263	33	27	4	33	1.78
23287135--23287394	115	2.2	116	86	2	369	32	29	4	33	1.77
23287739--23287932	97	2.0	97	83	4	248	29	18	13	38	1.89
23299450--23300224	78	10.0	78	81	3	693	24	28	19	27	1.99
23299604--23300183	39	14.9	38	71	14	362	23	29	20	26	1.99
23300615--23300691	17	4.5	17	85	3	100	35	1	5	58	1.29
23300615--23300691	35	2.2	34	90	2	118	35	1	5	58	1.29
23301611--23301644	14	2.4	14	90	0	50	70	2	5	20	1.21
23302568--23302810	29	8.2	30	76	12	227	32	29	3	34	1.75
23302576--23302837	59	4.4	58	77	12	232	31	30	4	33	1.77
23302769--23302846	29	2.6	29	81	4	75	33	26	3	35	1.75
23303104--23303297	97	2.0	97	86	2	273	28	17	15	38	1.91
23306035--23306157	30	4.1	30	82	6	151	32	3	25	39	1.72
23306035--23306157	59	2.1	60	85	1	167	32	3	25	39	1.72
23306045--23306170	59	2.1	59	82	2	146	34	3	22	39	1.70
23306077--23306157	29	2.8	29	83	9	101	33	2	23	40	1.68
23307319--23307454	59	2.2	61	87	7	195	55	4	0	38	1.25
23308068--23308321	39	6.5	39	79	5	260	25	18	27	29	1.98
23308069--23308292	79	2.9	78	88	0	340	25	17	26	30	1.98
23308069--23308320	79	3.2	78	84	3	326	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23319644--23319691	4	12.0	4	79	0	51	68	4	6	20	1.28
23319818--23319882	30	2.2	30	94	0	112	32	6	24	36	1.80
23319829--23319899	30	2.4	30	83	4	83	39	5	18	36	1.74
23321112--23321147	16	2.2	16	90	0	54	75	0	2	22	0.94
23320972--23321145	59	2.9	58	83	12	237	54	4	0	40	1.23
23323095--23323149	25	2.2	25	83	0	65	25	1	0	72	0.94
23323093--23323140	19	2.6	18	87	9	69	27	0	0	72	0.84
23327452--23327495	20	2.2	20	84	15	56	38	0	0	61	0.96
23328039--23328079	19	2.0	21	86	9	59	29	0	4	65	1.13
23330023--23330047	13	1.9	13	100	0	50	96	0	4	0	0.24
23336422--23336576	81	1.9	82	81	9	192	18	25	27	28	1.98
23346969--23347011	22	2.0	22	95	0	77	11	6	13	67	1.41
23347908--23347959	18	2.8	19	79	5	70	26	23	15	34	1.94
23351354--23351407	21	2.5	22	77	14	60	33	24	12	29	1.92
23351691--23351728	19	2.0	19	100	0	76	36	15	5	42	1.70
23355018--23355061	20	2.2	20	83	0	52	18	4	4	72	1.19
23355675--23355952	146	1.9	144	87	3	403	39	12	14	34	1.83
23358655--23358889	103	2.3	105	82	4	271	31	16	24	27	1.96
23378606--23378655	19	2.8	17	80	11	64	14	12	10	64	1.51
23379224--23379270	13	3.4	14	80	14	53	72	0	25	2	0.96
23380091--23380237	30	4.9	30	76	7	120	29	5	22	42	1.76
23382023--23382237	40	5.4	40	74	2	182	26	14	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23382023--23382275	79	3.2	79	82	1	258	26	15	26	31	1.96
23382164--23382277	38	2.9	38	75	7	113	26	17	28	28	1.98
23382309--23382372	33	1.9	33	87	6	94	29	18	26	25	1.98
23382522--23382765	97	2.5	95	84	5	312	25	28	13	32	1.94
23383641--23383850	112	1.9	112	86	2	305	39	11	20	29	1.87
23388577--23388647	34	2.1	34	94	0	124	54	2	9	32	1.48
23388817--23389004	30	6.3	29	81	4	164	29	4	23	41	1.75
23390091--23390115	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
23391957--23392401	193	2.3	194	80	4	506	27	17	27	27	1.98
23395533--23395608	38	2.0	38	92	0	125	44	14	11	28	1.80
23396226--23396256	16	1.9	16	93	0	53	83	6	9	0	0.79
23396789--23396855	34	2.0	34	90	0	107	29	11	34	23	1.91
23397409--23397778	100	3.7	100	77	5	340	35	18	18	27	1.95
23398540--23398565	11	2.4	11	100	0	52	69	0	7	23	1.14
23399486--23399534	22	2.3	21	79	6	55	22	12	4	61	1.48
23407828--23407892	32	2.1	29	86	8	85	16	13	3	66	1.38
23408058--23408131	17	4.3	16	71	19	51	17	2	2	77	1.01
23408074--23408121	11	4.2	11	83	5	51	14	2	2	81	0.88
23408058--23408097	20	2.0	20	85	4	55	15	2	2	80	0.93
23408206--23408287	34	2.4	34	80	11	89	24	3	12	59	1.49
23408268--23408327	25	2.4	27	76	18	67	21	0	3	75	0.95
23414945--23415086	50	2.8	50	73	13	137	31	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23414895--23415385	101	4.9	101	80	3	269	32	18	20	27	1.96
23415007--23415168	51	3.2	51	73	15	145	28	17	22	31	1.96
23414945--23415442	101	5.0	101	81	2	529	33	18	20	27	1.96
23415003--23415237	51	4.7	49	70	16	122	31	16	22	28	1.96
23415819--23415862	23	1.9	23	90	9	72	68	11	2	18	1.30
23417175--23417226	16	3.3	15	77	17	52	15	1	3	78	0.98
23417167--23417214	16	2.9	16	78	15	53	14	2	4	79	0.98
23418254--23418291	13	2.9	13	84	7	51	50	0	5	44	1.24
23422703--23422744	17	2.5	17	92	0	66	33	11	28	26	1.92
23423930--23424127	99	2.0	99	90	0	315	27	12	26	33	1.92

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