genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8667876--8667912	14	2.7	14	84	16	51	43	13	0	43	1.44
8672553--8672593	20	2.0	20	90	0	64	41	2	0	56	1.13
8672598--8672622	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8687248--8687402	80	1.9	80	89	2	240	43	12	3	40	1.60
8688090--8688160	34	2.1	34	100	0	142	59	8	5	26	1.49
8688934--8688996	27	2.4	25	78	17	65	46	3	0	50	1.17
8689413--8689463	25	2.1	24	85	7	68	39	5	5	49	1.51
8697458--8697497	21	1.9	21	85	10	55	17	32	5	45	1.70
8702965--8703005	21	2.0	21	85	9	57	36	4	2	56	1.34
8704304--8704339	13	2.8	13	100	0	72	52	0	25	22	1.47
8718482--8718514	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
8720472--8720518	18	2.7	18	83	3	60	59	0	0	40	0.97
8720492--8720583	9	10.0	9	72	16	73	63	1	3	32	1.18
8721026--8721266	9	26.6	9	68	18	56	34	2	2	60	1.23
8721055--8721126	26	2.7	26	76	14	67	34	2	2	59	1.26
8721144--8721168	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
8721017--8721205	19	10.3	17	65	20	60	35	2	2	59	1.23
8721232--8721269	19	2.0	19	89	0	58	26	2	5	65	1.27
8721775--8721822	18	2.5	19	90	6	71	66	8	6	18	1.39
8729271--8729313	20	2.1	20	86	4	59	44	0	4	51	1.22
8732113--8732146	18	1.9	17	88	5	50	38	11	5	44	1.65
8740350--8740387	5	7.6	5	100	0	76	39	21	0	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8740952--8741035	41	2.0	41	100	0	168	52	7	14	26	1.67
8741730--8741760	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
8750522--8750548	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8752456--8752520	30	2.2	30	91	0	103	55	15	4	24	1.59
8754669--8754707	17	2.4	17	82	4	53	38	2	2	56	1.27
8757199--8757241	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
8765373--8765407	17	2.1	17	94	5	63	57	0	0	42	0.99
8769904--8769953	25	2.0	25	84	7	66	44	4	2	50	1.32
8770647--8770711	11	6.3	10	78	16	53	67	3	1	27	1.14
8770657--8770703	11	4.2	11	82	15	60	70	4	0	25	1.05
8771502--8771556	24	2.2	25	80	3	67	36	1	1	60	1.18
8801832--8801863	5	6.4	5	92	0	55	0	0	40	59	0.97
8801832--8801868	15	2.5	15	91	4	58	0	0	43	56	0.99
8802074--8802131	19	3.0	18	85	12	71	46	0	6	46	1.29
8803800--8803845	23	1.9	23	86	8	65	56	2	2	39	1.24
8811429--8811549	23	5.2	23	80	13	140	11	23	23	41	1.87
8811429--8811549	48	2.6	46	87	7	172	11	23	23	41	1.87
8811514--8811588	39	1.9	39	91	0	123	12	22	21	44	1.85
8811548--8811641	23	4.0	23	75	16	86	11	25	19	43	1.84
8817887--8818006	23	5.1	23	84	11	163	11	25	22	40	1.87
8817887--8818006	48	2.6	46	88	7	179	11	25	22	40	1.87
8817971--8818045	39	1.9	39	91	0	123	12	22	21	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8818005--8818098	23	4.0	23	75	16	86	11	25	19	43	1.84
8820787--8820830	3	14.7	3	90	0	70	0	31	0	68	0.90
8822603--8822654	24	2.1	25	89	3	79	53	1	0	44	1.11
8826359--8826400	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
8828569--8828655	31	2.9	29	82	3	102	51	13	9	25	1.70
8828573--8828655	29	2.8	30	81	3	96	53	13	9	24	1.69
8834972--8835011	21	1.9	21	94	0	71	72	0	12	15	1.12
8844615--8844654	17	2.4	16	84	8	53	55	2	2	40	1.27
8849158--8849383	43	5.3	43	89	2	323	21	31	22	25	1.98
8849161--8849383	85	2.6	86	89	3	317	20	31	21	25	1.98
8849451--8849480	15	2.0	15	100	0	60	53	33	0	13	1.40
8849448--8849490	15	2.5	17	78	21	54	48	30	0	20	1.50
8849691--8849731	21	2.0	21	95	0	73	0	46	19	34	1.50
8849726--8849874	66	2.3	66	92	0	253	16	24	16	42	1.88
8855307--8855373	33	2.1	33	97	2	127	41	8	5	43	1.60
8855395--8855482	8	10.8	8	78	14	83	55	0	1	43	1.07
8855395--8855482	38	2.4	34	87	11	113	55	0	1	43	1.07
8855393--8855482	4	22.0	4	69	13	58	55	0	1	43	1.07
8855439--8855587	50	3.0	49	73	15	135	52	3	2	42	1.29
8855517--8856336	112	7.4	112	90	3	1222	47	4	2	45	1.37
8855894--8856048	36	4.4	35	68	17	115	46	2	2	48	1.29
8855925--8856349	113	3.8	113	90	3	614	46	4	2	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8855980--8856071	45	2.0	48	81	10	111	50	4	0	45	1.21
8856111--8856155	18	2.4	19	82	14	58	46	2	2	48	1.26
8856224--8856261	18	2.1	18	85	9	51	42	0	5	52	1.24
8856225--8856295	14	5.6	12	76	17	54	43	2	2	50	1.31
8856204--8856384	12	14.8	12	69	14	75	48	3	1	46	1.28
8856278--8856391	44	2.7	42	75	20	119	50	1	0	47	1.17
8856309--8856384	26	2.7	27	76	12	73	51	1	0	47	1.09
8857532--8857566	17	2.1	18	89	10	56	28	5	0	65	1.15
8858666--8858782	41	2.9	42	85	7	152	28	25	20	25	1.99
8863994--8864037	18	2.5	17	82	10	52	77	6	4	11	1.11
8865408--8865437	14	2.1	14	93	0	51	36	0	6	56	1.26
8866885--8866926	17	2.5	17	88	0	57	40	11	2	45	1.54
8868131--8868208	35	2.2	35	88	0	111	33	21	10	34	1.87
8873162--8873202	21	2.0	21	85	0	55	31	24	24	19	1.98
8881169--8881239	31	2.3	31	82	0	79	45	5	7	42	1.55
8904224--8904270	8	5.8	8	92	2	76	34	2	2	61	1.20
8908126--8908345	9	23.6	9	70	17	105	32	3	3	60	1.30
8908213--8908304	19	4.8	19	77	6	87	32	1	2	64	1.13
8908343--8908393	20	2.5	20	78	12	50	25	3	5	64	1.33
8919341--8919497	23	6.7	22	80	9	127	12	24	21	42	1.87
8919342--8919464	46	2.6	47	84	5	151	11	23	21	43	1.84
8919375--8919514	46	3.0	44	77	16	142	13	22	20	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8921121--8921155	16	2.1	17	89	5	54	25	0	0	74	0.82
8925971--8926009	19	2.1	19	90	0	60	56	2	0	41	1.13
8925926--8926001	9	8.4	9	75	13	50	55	2	2	39	1.28
8926654--8926694	22	1.9	22	90	5	66	9	4	14	70	1.30
8926728--8926767	11	3.6	11	79	0	53	2	0	22	75	0.93
8926720--8926765	22	2.1	22	88	4	67	6	0	17	76	1.00
8926756--8926833	21	3.7	21	74	14	79	3	7	20	67	1.31
8926729--8926852	43	2.8	43	79	8	126	4	4	20	70	1.25
8927057--8927086	13	2.3	13	94	0	51	63	0	0	36	0.95
8930502--8930533	17	1.9	16	93	6	55	71	0	0	28	0.86
8936778--8936837	22	2.7	22	100	0	120	46	3	23	26	1.68
8936778--8936836	11	5.2	12	68	15	54	47	3	23	25	1.67
8942747--8942780	6	5.8	6	86	6	52	14	73	0	11	1.10
8951409--8951462	9	6.8	9	71	25	50	51	0	0	48	1.00
8951411--8951453	21	2.0	22	90	4	70	48	0	0	51	1.00
8952052--8952249	99	2.0	99	89	0	306	36	8	31	23	1.84
8952418--8952474	30	2.0	28	86	10	80	45	0	1	52	1.11
8957207--8957287	29	2.8	28	78	17	69	32	6	3	58	1.41
8961766--8961943	90	2.0	91	92	1	295	29	6	36	27	1.82
8970169--8970214	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
8982533--8982579	21	2.3	21	75	10	53	46	6	8	38	1.60
8997636--8997799	80	2.0	80	89	0	247	20	7	40	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9000449--9000478	9	3.2	9	95	4	51	3	30	0	66	1.07
9007419--9007493	27	2.8	27	91	0	123	16	28	33	22	1.95
9007421--9007518	27	3.6	27	87	0	79	17	30	30	21	1.96
9008699--9008753	28	1.9	29	82	10	69	36	0	3	60	1.15
9008822--9008851	15	2.1	14	93	6	51	70	0	0	30	0.88
9008860--9008921	27	2.3	27	88	5	90	14	20	41	22	1.89
9011985--9012025	6	6.8	6	83	10	57	65	14	2	17	1.37
9014192--9014275	35	2.5	33	76	18	82	41	7	1	50	1.37
9014581--9014624	22	2.0	22	81	0	52	54	4	0	40	1.21
9014794--9014827	17	2.0	17	94	0	59	52	2	0	44	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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