genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  53  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17891116--17891218	23	4.6	23	85	10	110	45	2	0	51	1.16
17891118--17891218	17	6.1	17	78	9	109	45	2	0	51	1.16
17892866--17893175	161	1.9	161	87	2	453	24	17	13	45	1.83
17893274--17893408	30	4.5	30	77	5	148	40	21	2	34	1.68
17893275--17893414	60	2.3	61	87	4	196	40	22	2	35	1.69
17893425--17893557	28	4.7	29	78	12	143	30	30	3	36	1.73
17893396--17893557	56	2.8	56	84	6	209	30	29	3	37	1.75
17893426--17893595	28	6.1	27	76	13	98	31	30	4	33	1.77
17897348--17897393	24	1.9	24	81	0	56	56	8	19	15	1.65
17905326--17905682	38	9.4	37	65	29	150	35	15	18	31	1.92
17905268--17905935	76	8.8	76	91	1	946	33	16	18	32	1.92
17905707--17905834	38	3.4	37	68	20	102	34	13	18	33	1.90
17906236--17906315	6	13.3	6	80	15	94	43	2	0	53	1.14
17906223--17906312	37	2.4	37	81	12	103	41	3	0	55	1.16
17906243--17906301	31	1.9	31	93	6	102	40	3	0	55	1.16
17907501--17907540	5	7.8	5	83	5	53	80	2	17	0	0.83
17907512--17907548	11	3.5	11	92	3	58	75	0	24	0	0.80
17907981--17908283	162	1.9	162	88	0	462	24	17	13	44	1.84
17908400--17908498	30	3.3	30	84	0	135	34	24	6	35	1.80
17908393--17908531	60	2.3	60	82	2	172	36	22	5	35	1.78
17908504--17908617	29	4.0	29	69	21	78	31	27	4	36	1.76
17911538--17911571	17	1.9	18	88	5	52	44	23	2	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17913318--17913379	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
17915942--17916000	28	2.1	28	83	3	73	49	15	6	28	1.70
17919445--17919506	23	2.7	24	80	7	74	6	27	20	45	1.76
17919452--17919510	23	2.6	23	86	0	82	6	27	22	44	1.78
17919467--17919544	41	1.9	41	81	5	95	6	28	23	42	1.78
17919538--17919571	18	1.9	18	88	5	52	14	0	29	55	1.40
17924554--17924637	35	2.5	35	86	7	111	33	8	5	52	1.56
17931193--17931252	21	2.8	22	80	7	61	31	20	10	38	1.85
17932053--17932245	51	3.8	51	86	6	273	29	23	13	33	1.93
17932052--17932245	102	1.9	103	91	1	318	29	23	13	33	1.93
17939720--17939870	72	2.1	72	98	0	293	39	11	9	40	1.73
17942262--17942294	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
17942556--17942612	15	3.8	15	75	11	55	54	1	10	33	1.45
17952230--17952267	20	1.9	20	94	0	67	34	31	5	28	1.80
17953124--17953185	29	2.1	31	81	6	74	48	8	12	30	1.70
17954472--17954496	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
17954499--17954545	22	2.1	22	84	0	58	42	8	2	46	1.46
17962939--17963110	59	2.8	62	86	11	271	41	0	3	54	1.22
17965571--17965641	30	2.3	31	87	4	108	26	19	11	42	1.85
17965571--17965649	30	2.6	30	88	4	106	29	17	11	41	1.84
17970371--17970513	50	2.9	50	86	2	171	35	20	25	18	1.95
17970535--17970684	40	3.8	40	87	4	214	28	29	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17970535--17970765	79	2.9	80	84	3	297	30	26	17	25	1.97
17971320--17971349	10	3.0	10	95	0	51	53	0	0	46	1.00
17971293--17971458	59	2.9	57	86	7	230	42	0	4	53	1.20
17971451--17971479	13	2.2	13	100	0	58	65	20	0	13	1.26
17978653--17978703	20	2.4	21	83	6	68	35	5	5	52	1.50
17980906--17980962	24	2.5	22	78	18	62	56	8	1	33	1.41
17980993--17981046	23	2.4	23	85	14	69	66	0	0	33	0.92
17980997--17981046	22	2.3	20	83	12	64	66	0	0	34	0.92
17981873--17981931	30	1.9	31	89	3	93	52	5	5	37	1.46
17982310--17982354	22	2.0	22	100	0	90	17	13	4	64	1.44
17982470--17982507	16	2.4	16	95	0	67	36	0	31	31	1.58
17983820--17983871	24	2.1	25	89	3	79	57	1	0	40	1.10
17983835--17983873	18	2.2	18	85	0	51	56	2	0	41	1.13
17985644--17985906	130	2.0	130	95	0	472	31	9	23	35	1.88
17988355--17988418	3	21.3	3	90	6	58	10	31	0	57	1.33
18002458--18002499	21	2.0	21	95	0	75	40	4	16	38	1.70
18009383--18009425	19	2.3	19	83	0	50	48	0	18	32	1.48
18009584--18009622	18	2.2	18	86	9	53	74	2	17	5	1.12
18015031--18015069	17	2.3	17	86	8	53	46	23	12	17	1.83
18021928--18021970	19	2.3	19	84	8	52	58	2	0	39	1.11
18024298--18024325	13	2.2	13	100	0	56	21	14	14	50	1.78
18025648--18025693	21	2.1	23	84	8	60	45	4	8	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18025832--18025872	22	1.9	22	85	14	59	58	9	7	24	1.55
18026319--18026373	18	3.1	18	79	10	67	61	0	0	38	0.96
18026294--18026385	36	2.6	36	80	14	102	64	0	2	33	1.06
18026327--18026422	19	5.4	16	75	20	68	64	3	2	30	1.20
18026293--18026443	8	17.0	8	69	22	65	63	1	1	32	1.17
18026722--18026806	18	4.8	18	68	22	56	34	2	1	62	1.16
18026776--18026820	18	2.5	18	82	7	56	31	2	6	60	1.35
18027427--18027480	22	2.4	22	78	3	54	53	0	0	46	1.00
18027765--18027824	16	3.7	16	84	2	57	56	15	3	25	1.54
18027794--18027829	17	2.1	18	89	5	56	47	11	8	33	1.69
18028592--18028621	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
18046388--18046546	82	1.9	82	89	3	248	33	15	21	29	1.94
18049448--18049580	70	1.9	69	84	6	180	47	15	9	27	1.76
18051690--18052570	439	2.0	439	100	0	1762	33	18	12	35	1.89
18064010--18064036	5	5.4	5	100	0	54	40	40	0	18	1.51
18071789--18071829	14	2.9	14	82	10	57	65	4	0	29	1.13
18073872--18074138	136	1.9	142	83	8	350	38	1	37	22	1.64
18077361--18077388	8	3.5	8	100	0	56	89	0	10	0	0.49
18077714--18077740	9	3.0	9	100	0	54	11	11	33	44	1.75
18079567--18079616	26	1.9	26	91	0	82	28	26	22	24	1.99
18079570--18079635	26	2.6	27	79	13	68	27	25	22	24	2.00
18081935--18082060	47	2.8	42	76	15	128	70	16	5	7	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18081970--18082062	21	4.2	21	80	12	96	70	16	5	7	1.28
18081922--18082062	56	2.4	58	85	4	205	69	19	4	6	1.29
18081920--18082062	12	12.3	12	80	5	143	69	18	4	6	1.28
18082059--18082110	21	2.6	19	88	11	86	67	17	9	5	1.38
18082065--18082112	21	2.3	21	100	0	96	70	16	8	4	1.27
18084374--18084434	11	5.2	11	72	14	50	40	3	1	54	1.27
18084392--18084449	12	5.4	11	76	17	59	43	1	0	55	1.10
18089505--18089563	21	2.8	21	81	0	82	71	11	6	10	1.31
18090480--18090509	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
18100931--18100993	32	2.0	32	100	0	126	31	25	6	36	1.81
18103057--18103119	24	2.6	24	82	0	81	30	14	6	49	1.68
18104388--18104412	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18108197--18108638	195	2.3	193	80	4	478	25	26	20	27	1.99
18112307--18112382	31	2.5	31	77	14	77	26	15	11	46	1.81
18112615--18112725	31	3.7	32	70	12	108	46	8	17	27	1.76
18112603--18112769	59	2.9	57	84	7	189	49	8	14	26	1.74
18112615--18112769	31	5.3	31	64	18	89	47	9	14	27	1.76
18112988--18113021	16	2.1	16	94	0	59	0	14	0	85	0.60
18113982--18114019	17	2.2	17	90	0	58	13	15	31	39	1.86
18115439--18115519	17	4.7	18	70	20	66	40	2	37	19	1.65
18115430--18115522	34	2.7	34	96	0	168	40	2	36	20	1.65
18117401--18117471	28	2.5	28	81	2	70	38	12	19	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18117718--18117969	30	8.5	30	82	7	248	34	3	23	38	1.74
18118897--18118939	18	2.4	18	84	7	52	9	13	2	74	1.16
18119086--18119130	16	2.8	16	83	16	65	51	0	0	48	1.00
18119086--18119132	15	2.9	15	87	12	67	53	0	0	46	1.00
18119916--18120002	6	14.8	6	72	21	69	51	1	3	43	1.26
18119916--18119996	11	7.5	11	71	23	57	53	0	3	43	1.18
18119916--18119990	17	4.7	16	85	11	100	53	0	4	42	1.19
18119899--18120010	11	10.2	11	68	13	52	50	0	3	44	1.25
18122546--18122734	29	6.5	30	69	24	129	35	1	28	34	1.67
18122546--18122734	58	3.2	57	86	5	263	35	1	28	34	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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