genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300--345	24	2.0	24	83	12	60	41	4	13	41	1.63
7765--7808	22	1.9	24	86	9	65	34	0	2	63	1.07
9648--9681	10	3.5	10	96	4	61	44	0	0	55	0.99
15362--15952	62	9.4	63	71	12	319	34	12	12	40	1.80
15330--15724	125	3.1	124	77	10	372	35	11	12	40	1.80
15567--15799	130	1.8	128	79	7	274	34	9	15	41	1.78
16939--16998	30	2.0	30	96	0	111	38	10	11	40	1.75
19571--19608	2	19.5	2	94	5	69	52	0	47	0	1.00
20783--20812	14	2.1	15	93	6	53	13	16	6	63	1.50
22627--22756	21	6.3	21	70	19	78	29	3	2	64	1.23
22715--22756	3	13.7	3	95	5	75	33	0	0	66	0.92
23628--23665	20	1.9	20	84	10	51	18	0	5	76	0.97
24804--24911	54	2.0	54	94	0	189	37	25	11	26	1.89
34791--35269	89	5.4	89	78	4	446	19	21	14	44	1.85
35313--35516	111	1.8	111	83	6	270	16	22	18	42	1.89
36008--36032	9	2.8	9	100	0	50	8	12	0	80	0.92
36879--36913	15	2.4	15	90	4	54	28	0	0	71	0.86
36885--36937	21	2.6	20	73	5	61	24	3	0	71	1.02
36943--37005	26	2.5	26	84	2	83	47	7	3	41	1.48
41277--41302	13	2.0	13	100	0	52	53	0	23	23	1.46
43957--43986	13	2.3	13	94	0	51	26	6	10	56	1.57
45172--46347	162	7.3	162	74	7	729	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45362--46345	324	3.1	319	77	4	946	32	9	14	43	1.78
51989--52035	17	2.8	17	83	0	58	44	8	2	44	1.46
55184--55218	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
62748--62802	17	3.2	17	77	10	58	45	3	3	47	1.38
63758--64224	233	2.0	233	90	1	731	39	10	12	37	1.77
64363--64419	21	2.7	21	71	10	53	29	22	19	28	1.98
66254--66294	13	3.2	13	86	3	57	60	2	0	36	1.10
66246--66294	25	2.0	24	84	4	62	61	4	0	34	1.15
69359--69462	54	1.9	54	88	0	154	28	5	13	51	1.64
71741--71770	14	2.1	14	93	0	51	30	6	13	50	1.67
78992--79031	19	2.1	19	95	0	71	32	0	7	60	1.25
84973--85017	21	2.1	21	91	0	72	42	8	8	40	1.67
89286--89321	16	2.2	16	100	0	72	36	5	5	52	1.48
91959--91993	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
95811--95922	55	2.0	55	88	10	167	16	4	21	57	1.57
95842--95944	33	3.5	29	73	17	81	18	1	22	57	1.50
96265--96336	21	3.6	21	71	22	73	36	1	8	54	1.39
97236--97344	54	2.0	54	98	0	209	33	7	19	39	1.79
103076--103108	15	2.2	15	94	0	57	30	0	21	48	1.50
103653--103715	22	2.9	22	73	17	60	39	0	1	58	1.07
109007--109040	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
115118--115151	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116152--116180	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
121099--121138	3	13.7	3	89	5	64	65	2	0	32	1.06
121921--122188	58	4.7	58	83	2	362	35	15	7	42	1.75
121918--122186	114	2.4	113	87	4	387	35	15	7	41	1.76
122206--122295	6	15.5	6	71	14	64	77	2	5	14	1.04
122206--122295	17	5.2	17	76	14	78	77	2	5	14	1.04
122207--122295	23	3.9	22	73	16	74	77	2	5	14	1.05
123137--123189	23	2.3	23	81	9	63	75	3	0	20	0.96
123330--123363	15	2.2	16	89	5	52	67	2	2	26	1.19
123417--123442	7	3.7	7	100	0	52	61	0	11	26	1.30
123400--123448	14	3.8	13	82	12	57	71	2	6	20	1.18
123630--124042	42	10.1	41	83	8	423	36	23	15	25	1.94
123629--124023	83	4.9	82	80	10	373	36	23	15	24	1.94
123630--124023	125	3.2	123	84	6	448	36	23	15	24	1.94
123796--124028	116	2.0	116	91	1	378	35	24	15	24	1.94
135442--135875	57	7.7	56	78	7	443	36	13	6	42	1.72
135442--135875	165	2.6	167	81	7	513	36	13	6	42	1.72
135893--135985	6	15.5	6	71	17	52	78	3	4	13	1.03
135923--135991	17	3.8	18	81	12	79	81	1	4	13	0.91
135923--135974	8	6.1	8	79	20	61	84	1	1	11	0.78
135888--135978	47	1.9	47	84	6	121	78	3	4	14	1.04
135893--136000	11	9.2	11	71	15	56	76	2	4	15	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136039--136210	77	2.2	77	94	0	299	23	26	30	19	1.98
136527--136570	19	2.3	19	88	0	61	36	20	27	15	1.93
136987--137026	11	3.5	12	75	25	50	60	5	7	27	1.45
137110--137150	15	2.7	16	85	7	59	70	2	2	24	1.11
138613--138647	14	2.6	14	90	4	54	51	0	5	42	1.25
147850--147883	11	3.1	11	95	0	59	26	61	0	11	1.30
158477--158543	34	2.0	34	93	0	116	41	14	14	28	1.86
158932--158966	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
160880--160938	29	2.0	29	96	0	109	35	0	30	33	1.58
161325--161406	42	2.0	42	95	0	146	45	0	15	39	1.47
167325--167353	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
170450--170497	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
174647--174760	47	2.6	42	81	12	156	17	21	13	48	1.81
174662--174756	47	2.0	47	97	0	181	18	20	12	48	1.80
194210--194441	61	3.8	61	89	4	310	35	10	5	47	1.62
194455--194520	15	4.6	14	79	9	71	75	1	4	18	1.04
194466--194525	28	2.2	27	88	8	86	78	1	1	18	0.92
194455--194539	42	2.0	42	86	4	118	76	1	5	16	1.04
194552--194604	25	2.1	26	85	3	72	77	0	0	22	0.77
194552--194604	16	3.1	16	81	10	61	77	0	0	22	0.77
194558--194616	12	4.8	12	76	17	50	79	0	1	18	0.81
194466--194614	9	16.4	8	71	22	84	75	3	2	18	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195466--195540	39	1.9	39	86	10	109	69	2	6	21	1.24
195621--195649	13	2.3	13	94	5	51	86	0	13	0	0.58
195619--195651	17	2.0	16	94	5	57	84	0	15	0	0.61
195669--195711	7	6.0	7	81	13	52	65	2	4	27	1.25
195669--195711	15	3.0	14	83	12	52	65	2	4	27	1.25
195930--196063	43	3.0	44	89	5	200	38	24	14	22	1.91
196078--196128	15	3.3	15	78	21	61	5	0	9	84	0.78
196097--196151	17	3.2	17	92	2	92	14	0	9	76	1.02
196159--196372	42	5.1	42	85	2	236	35	22	15	25	1.94
197381--197413	7	4.9	7	85	7	50	12	0	0	87	0.53
197380--197415	13	2.6	13	91	8	54	13	0	0	86	0.58
201716--201922	106	2.0	106	93	0	351	41	9	11	37	1.74
202592--202628	20	1.9	20	94	5	67	24	27	8	40	1.83
204935--204962	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
209313--209362	19	2.5	20	79	17	59	46	2	0	52	1.12
214815--214856	14	2.9	15	82	3	50	45	4	0	50	1.23
217103--217146	14	3.1	15	87	9	65	50	0	0	50	1.00
221736--221987	130	2.0	125	86	6	346	46	5	9	37	1.61
221863--222046	56	3.2	58	81	10	211	45	5	9	39	1.60
225598--226017	211	2.0	211	97	0	786	29	13	17	39	1.88
226040--226091	7	7.4	7	79	14	54	84	0	5	9	0.77
226046--226073	13	2.2	13	100	0	56	85	0	0	14	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226053--226096	21	2.0	22	86	4	63	81	0	9	9	0.87
227243--227282	20	2.0	21	90	5	64	40	2	15	42	1.60
227303--227372	21	3.2	23	76	11	76	35	10	12	41	1.77
227477--227550	17	4.4	17	74	3	60	35	13	10	40	1.80
227484--227680	34	5.8	34	72	5	112	34	17	9	39	1.82
227538--227584	17	2.7	17	80	3	58	38	17	8	36	1.80
227683--228029	59	5.8	58	79	9	317	49	4	12	34	1.61
227692--228036	121	2.9	121	86	5	454	48	4	12	33	1.61
229797--229913	22	5.5	22	73	13	91	51	4	5	39	1.44
229808--229883	21	3.6	22	75	12	61	48	6	3	40	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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