genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19487447--19487478	15	2.1	16	94	5	57	65	0	9	25	1.22
19508680--19508756	28	2.8	28	83	0	91	25	23	19	31	1.98
19509760--19509868	45	2.4	45	76	3	112	21	30	22	26	1.98
19528133--19529253	181	6.2	179	76	8	773	43	8	7	40	1.64
19528711--19528743	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
19528186--19529250	362	3.0	352	78	7	927	43	8	7	40	1.63
19529276--19529300	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
19529509--19529575	19	3.6	19	78	9	66	53	1	2	41	1.25
19529823--19529903	30	2.9	28	79	16	80	41	2	0	55	1.13
19529825--19529903	15	5.4	15	70	20	60	41	2	0	55	1.13
19529928--19529982	20	2.5	20	82	11	65	41	3	0	54	1.18
19530012--19530079	19	3.7	19	74	12	54	47	1	2	48	1.26
19530058--19530132	22	3.4	23	73	23	65	45	2	5	46	1.40
19530035--19530090	20	2.8	20	78	10	69	44	1	3	50	1.29
19530179--19530211	15	2.1	16	88	5	50	48	6	0	45	1.27
19530319--19530374	23	2.4	24	88	11	82	44	1	1	51	1.22
19530551--19530620	24	3.3	20	70	18	61	48	2	1	47	1.25
19530727--19531418	179	3.8	178	79	7	571	40	8	8	42	1.65
19531281--19531326	23	2.0	23	86	4	65	50	4	8	36	1.53
19530826--19531418	179	3.3	177	79	7	603	39	8	8	43	1.66
19532007--19532056	25	2.0	24	84	3	64	40	2	2	56	1.22
19532154--19532206	17	3.1	17	79	12	56	54	1	0	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19532156--19532211	22	2.6	23	86	8	73	55	1	0	42	1.10
19532549--19532583	18	1.9	18	94	0	61	54	0	0	45	0.99
19532564--19532610	13	3.6	14	78	18	57	51	4	0	44	1.21
19532542--19532632	47	2.0	44	81	12	103	53	3	1	41	1.24
19532549--19532665	14	7.5	15	72	21	66	51	1	0	46	1.17
19532701--19532736	18	1.9	19	88	5	56	55	2	2	38	1.29
19533442--19533484	22	2.0	21	81	4	50	53	2	4	39	1.34
19533461--19533517	24	2.4	24	75	0	60	56	1	1	40	1.20
19533792--19533838	16	2.9	16	78	6	51	44	4	0	51	1.21
19533911--19533953	22	2.0	22	86	9	61	53	6	0	39	1.28
19534526--19534556	15	2.0	16	93	6	55	45	3	6	45	1.45
19534850--19534917	30	2.3	28	74	18	66	45	1	7	45	1.40
19535295--19535343	25	2.0	25	91	0	80	48	0	0	51	1.00
19535510--19535554	21	2.1	22	83	4	56	60	2	2	35	1.22
19535887--19535988	46	2.2	46	92	1	179	42	3	10	43	1.58
19536365--19536409	15	3.1	15	87	6	65	48	0	0	51	1.00
19536365--19536437	29	2.5	28	78	8	67	50	0	1	47	1.09
19537365--19537415	27	1.9	26	84	11	68	39	0	5	54	1.24
19538525--19538633	22	4.9	21	69	19	62	50	0	1	47	1.11
19538776--19538814	18	2.2	18	85	0	51	51	2	0	46	1.14
19539009--19539080	33	2.1	33	85	12	92	47	1	2	48	1.25
19541758--19541793	15	2.5	14	90	4	54	44	2	0	52	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19542244--19542280	18	2.1	18	89	0	56	43	2	0	54	1.14
19542622--19542660	6	6.7	6	82	5	53	48	2	2	46	1.29
19542622--19542661	17	2.3	17	86	4	53	50	2	2	45	1.28
19543291--19543367	13	5.6	14	72	18	54	58	0	5	36	1.21
19543297--19543374	23	3.5	24	76	18	96	58	0	3	37	1.16
19543303--19543365	19	3.1	19	71	28	58	58	0	4	36	1.19
19543674--19543714	21	2.0	21	85	9	57	48	0	0	51	1.00
19543682--19543729	21	2.3	20	76	13	53	52	0	0	47	1.00
19543689--19543734	15	3.1	15	84	6	67	50	0	0	50	1.00
19543773--19543807	18	1.9	19	88	11	56	51	5	5	37	1.50
19544662--19544744	10	8.4	10	74	6	62	53	2	0	44	1.13
19544662--19544746	38	2.3	38	80	10	95	52	2	0	44	1.13
19545518--19545821	163	1.9	163	81	4	380	40	6	8	43	1.62
19546305--19546358	18	2.8	20	75	18	60	57	0	3	38	1.17
19546469--19546498	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
19546691--19546724	15	2.3	15	89	0	50	47	0	0	52	1.00
19546832--19546900	11	6.9	11	69	20	53	55	1	0	43	1.08
19546862--19546913	22	2.4	21	75	15	52	57	1	0	40	1.10
19547560--19547615	27	2.0	28	86	10	80	46	0	3	50	1.19
19547555--19547622	27	2.6	26	82	15	79	48	0	2	48	1.16
19547603--19547678	22	3.3	22	72	18	66	52	0	1	46	1.08
19547752--19547873	13	9.1	14	70	19	50	56	0	1	40	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19547752--19547852	16	6.6	16	70	21	67	56	0	0	41	1.12
19547752--19547840	16	5.0	19	74	17	68	56	1	1	41	1.14
19547752--19547827	38	2.0	38	82	10	93	56	1	1	40	1.16
19547824--19547852	13	2.2	13	100	0	58	55	0	0	44	0.99
19547822--19547871	23	2.3	21	80	16	57	56	0	2	42	1.11
19547922--19547993	26	2.6	28	72	23	73	43	4	2	50	1.36
19548461--19548758	146	2.0	146	80	5	334	42	13	6	38	1.68
19548607--19548989	180	2.1	177	79	7	393	39	10	7	43	1.67
19549451--19549642	101	1.9	101	82	2	242	33	12	9	44	1.75
19549307--19549814	280	1.8	279	82	7	654	38	10	8	42	1.70
19549552--19551047	181	8.3	181	77	7	1250	41	9	8	40	1.68
19551193--19551263	11	6.7	11	73	19	53	49	1	1	47	1.18
19551340--19551398	31	1.9	31	83	13	77	50	1	0	47	1.11
19551432--19551475	13	3.2	13	83	6	52	45	6	0	47	1.29
19551432--19551484	25	2.0	28	82	10	67	45	5	1	47	1.37
19551949--19552002	22	2.3	24	84	12	69	55	0	0	44	0.99
19552323--19552425	32	3.2	32	69	18	79	46	1	4	46	1.35
19552423--19552473	15	3.2	16	78	15	52	45	3	3	47	1.40
19553421--19553499	28	2.9	26	75	15	79	46	0	3	49	1.19
19555781--19556542	422	1.8	421	80	5	910	40	6	9	43	1.63
19556613--19556651	18	2.2	18	85	0	51	48	2	2	46	1.29
19556752--19556790	13	3.1	13	82	17	55	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19556749--19556793	20	2.2	20	88	7	65	57	0	0	42	0.98
19556779--19556840	27	2.3	27	86	8	81	48	3	3	45	1.34
19557191--19557240	25	2.0	24	84	3	64	40	2	2	56	1.22
19557628--19557662	17	2.1	17	89	10	54	54	0	2	42	1.15
19557637--19557682	13	3.4	14	80	11	51	43	0	0	56	0.99
19557662--19557686	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19557987--19558494	180	2.8	181	82	4	578	41	7	8	42	1.63
19560015--19560046	11	3.1	11	86	13	50	56	0	0	43	0.99
19561297--19561348	10	5.6	9	76	15	52	50	1	0	48	1.12
19561334--19561374	21	1.9	22	85	5	57	58	2	0	39	1.11
19561815--19561850	17	2.1	17	100	0	72	38	11	11	38	1.76
19562139--19562206	27	2.4	28	73	11	68	58	4	1	35	1.27
19562141--19562207	26	2.6	27	72	13	68	58	4	1	35	1.28
19562544--19562581	19	2.0	19	94	0	67	55	0	0	44	0.99
19563134--19563184	21	2.4	22	80	9	61	43	3	1	50	1.31
19563134--19563190	21	2.7	20	76	10	51	43	5	1	49	1.35
19563820--19563854	12	2.8	13	87	12	56	37	0	0	62	0.95
19563879--19563924	10	4.2	11	76	18	51	47	0	2	50	1.13
19564306--19564969	182	3.7	180	77	8	615	39	9	9	41	1.70
19565008--19565091	33	2.5	33	79	11	84	45	3	0	51	1.18
19565549--19565608	23	2.6	23	78	5	68	48	0	0	51	1.00
19565542--19565604	19	3.4	19	71	16	51	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19565721--19565761	19	2.2	19	91	4	66	53	2	0	43	1.13
19565746--19565836	23	4.0	23	77	15	91	46	0	2	51	1.13
19565762--19565812	16	3.1	16	75	24	52	41	0	1	56	1.10
19565760--19565813	20	3.0	19	82	17	71	42	0	1	55	1.10
19566059--19566544	180	2.7	179	78	6	453	44	9	8	38	1.66
19569619--19569671	19	2.6	19	79	8	52	54	3	0	41	1.18
19569656--19569695	19	2.1	19	86	9	55	47	2	0	50	1.14
19570005--19570029	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
19570333--19570409	25	3.0	26	80	16	81	49	2	2	45	1.29
19571711--19571772	26	2.4	27	75	22	69	54	8	0	37	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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