genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27214996--27215085	40	2.3	38	81	11	92	36	5	2	55	1.36
27218386--27218474	30	3.0	28	79	12	90	48	1	0	50	1.08
27218453--27218508	29	1.9	29	85	7	78	48	0	0	51	1.00
27218493--27218536	16	2.8	16	82	6	54	40	0	0	59	0.98
27220084--27220121	16	2.4	16	90	0	58	50	0	0	50	1.00
27220909--27220950	11	3.8	11	80	20	52	54	0	2	42	1.13
27220909--27220950	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
27222943--27222988	11	4.1	11	83	5	56	67	0	2	30	1.03
27222968--27223043	22	3.2	24	75	14	70	65	0	0	34	0.93
27222979--27223043	22	3.0	22	80	8	71	63	0	0	36	0.95
27223064--27223124	14	4.1	14	72	12	50	54	1	0	44	1.10
27228037--27228068	3	10.7	3	93	0	55	0	68	0	31	0.90
27228092--27228272	96	1.9	99	88	5	280	27	38	8	25	1.85
27228315--27228341	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
27228226--27228428	99	2.1	100	88	6	310	18	43	8	30	1.79
27231346--27231389	22	2.0	23	86	4	63	45	2	0	52	1.13
27233244--27233276	17	1.9	17	93	0	57	45	0	0	54	0.99
27235190--27235292	29	3.5	28	81	6	116	43	0	4	51	1.23
27237663--27237698	6	6.0	6	100	0	72	50	0	16	33	1.46
27251963--27252035	27	2.7	26	72	14	67	50	0	1	47	1.09
27258674--27258707	17	2.0	17	100	0	68	23	5	17	52	1.66
27258676--27258713	17	2.2	17	90	0	58	28	5	21	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27262742--27262776	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
27262812--27262841	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27265124--27265153	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
27271163--27271249	36	2.4	36	100	0	174	21	20	36	20	1.95
27276056--27276117	29	2.1	29	82	5	72	38	1	0	59	1.07
27276531--27276574	6	7.3	6	86	0	61	15	61	20	2	1.45
27277901--27277930	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27283428--27283523	33	3.0	31	77	8	86	53	0	2	44	1.12
27283438--27283487	18	2.7	18	78	3	64	60	0	0	40	0.97
27283447--27283507	18	3.2	19	79	9	70	54	0	0	45	1.00
27284039--27284086	20	2.5	19	76	6	51	50	0	4	45	1.21
27284055--27284127	28	2.7	27	85	6	94	47	0	1	50	1.09
27284174--27284210	19	2.0	19	94	5	67	51	5	0	43	1.24
27285347--27285382	16	2.2	16	90	5	54	75	0	0	25	0.81
27285358--27285394	16	2.2	17	86	13	51	72	2	0	24	0.97
27289918--27289971	22	2.5	21	82	8	63	46	12	1	38	1.53
27290443--27290503	32	1.9	32	82	0	77	52	4	0	42	1.23
27295188--27295236	24	2.0	24	96	0	89	22	12	22	42	1.86
27303628--27303725	21	4.4	21	68	23	58	39	0	5	55	1.22
27304987--27305018	1	32.0	1	93	0	55	0	0	3	96	0.20
27305284--27305333	23	2.2	24	78	10	59	40	2	0	58	1.10
27310263--27310292	13	2.3	13	100	0	60	20	26	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27323450--27323493	20	2.3	18	84	7	52	15	9	2	72	1.19
27324046--27324100	4	13.8	4	76	14	51	23	1	5	69	1.19
27324038--27324098	32	1.9	32	86	6	88	22	3	6	67	1.29
27330815--27330849	18	1.9	18	88	0	52	28	22	11	37	1.89
27331096--27331229	69	1.9	69	80	8	157	33	17	13	35	1.89
27331549--27331581	17	1.9	17	88	11	50	84	3	3	9	0.82
27331811--27331851	13	3.2	12	86	10	55	17	2	0	80	0.82
27331810--27331853	12	3.6	12	82	14	54	20	2	0	77	0.88
27331813--27331864	18	2.9	17	85	5	68	17	5	0	76	0.97
27332126--27332271	69	2.1	69	82	2	168	31	16	15	36	1.90
27333886--27333932	24	2.0	24	83	8	60	61	2	0	36	1.08
27335371--27335433	20	3.2	20	78	14	53	22	6	3	68	1.27
27335652--27335798	69	2.1	69	82	7	183	30	17	15	36	1.91
27336048--27336090	17	2.6	17	85	7	54	76	2	2	18	1.00
27336356--27336394	20	1.9	20	84	5	51	17	10	5	66	1.39
27340514--27340570	23	2.4	24	80	11	64	29	3	5	61	1.35
27349549--27349602	27	2.0	27	100	0	108	37	11	18	33	1.86
27361442--27361492	13	3.8	13	77	12	50	58	0	0	41	0.98
27361446--27361494	25	1.9	26	87	4	73	55	0	0	44	0.99
27361469--27361530	23	2.8	23	80	7	74	59	0	0	40	0.97
27362592--27362630	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
27363930--27363986	15	4.1	14	73	15	55	49	0	3	47	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27378358--27378395	18	2.2	17	86	9	51	28	10	5	55	1.56
27384666--27384696	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
27389119--27389199	12	6.8	12	81	2	92	51	16	2	29	1.57
27389119--27389188	4	17.8	4	82	2	88	51	18	2	27	1.60
27389691--27389821	39	3.4	39	68	18	114	48	1	3	46	1.29
27397472--27397503	7	4.6	7	92	0	55	40	43	15	0	1.47
27399415--27399444	9	3.2	9	90	9	51	0	13	0	86	0.57
27421302--27421340	19	2.0	20	85	5	53	53	12	12	20	1.71
27425529--27425591	30	2.1	30	100	0	126	19	12	19	49	1.79
27428608--27428638	16	1.9	16	100	0	62	38	6	29	25	1.81
27438578--27438612	19	1.9	19	88	11	56	51	22	0	25	1.48
27442782--27442821	19	2.1	19	90	0	62	47	5	0	47	1.24
27446467--27446546	42	1.9	42	94	0	142	33	15	17	33	1.91
27446823--27446909	43	2.0	43	97	0	165	40	14	9	35	1.79
27449057--27449369	156	2.0	156	91	0	509	41	7	6	44	1.58
27453148--27453181	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
27461612--27461670	30	1.9	31	90	10	95	50	1	0	47	1.11
27461636--27461684	24	2.0	26	88	8	75	48	0	2	48	1.12
27462477--27462622	78	1.9	76	82	12	183	44	6	8	40	1.61
27462934--27462981	26	2.0	24	84	12	62	58	2	0	39	1.10
27462954--27463013	22	2.7	23	75	14	56	55	1	1	41	1.20
27462945--27463012	21	3.1	21	76	17	59	54	1	1	42	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27463735--27463786	25	2.1	25	100	0	104	44	11	3	40	1.59
27463782--27463846	33	2.0	33	100	0	130	40	6	13	40	1.70
27463939--27463963	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27466453--27466500	20	2.4	19	80	13	53	66	2	2	29	1.14
27466662--27466715	20	2.8	20	80	2	65	64	5	1	27	1.26
27474155--27474202	24	2.0	24	95	0	87	25	8	18	47	1.76
27482516--27482572	26	2.2	25	81	9	62	22	3	7	66	1.31
27483342--27483404	4	15.8	4	86	0	81	41	0	1	57	1.08
27483342--27483404	6	10.5	6	89	0	81	41	0	1	57	1.08
27483342--27483404	10	6.3	10	86	0	81	41	0	1	57	1.08
27492152--27493424	186	6.9	184	79	8	1262	34	13	10	41	1.79
27492152--27493424	371	3.4	369	82	6	1457	34	13	10	41	1.79
27494083--27494136	25	2.2	25	82	0	63	22	9	25	42	1.83
27494097--27494136	13	3.2	13	80	20	57	20	5	30	45	1.72
27494097--27494149	25	2.1	25	85	0	70	20	3	32	43	1.70
27498743--27498836	40	2.3	42	77	17	99	48	3	3	44	1.34
27499333--27499522	97	1.9	98	93	1	328	33	32	15	18	1.93
27501454--27501493	19	2.1	19	100	0	80	32	32	5	30	1.79
27503202--27503233	16	2.0	16	93	0	55	46	0	3	50	1.17
27503557--27503586	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27503719--27503756	18	2.1	18	90	9	60	23	10	5	60	1.50
27504010--27504044	17	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27504010--27504054	19	2.5	17	82	13	54	68	2	0	28	1.01
27504425--27504469	21	2.2	21	88	7	67	48	0	2	48	1.13
27511521--27511563	15	2.9	15	82	6	52	67	0	0	32	0.91
27516090--27516116	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
27530501--27530569	32	2.2	32	84	5	86	21	14	4	59	1.53
27530515--27530579	32	2.0	32	100	0	130	23	9	6	61	1.48
27532939--27533110	92	1.9	92	88	2	265	51	4	6	37	1.48
27538751--27538779	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
27544160--27544201	22	1.9	22	90	0	66	47	7	9	35	1.64
27548120--27548161	22	1.9	22	90	0	66	50	9	7	33	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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