genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21935220--21935259	21	1.9	21	89	0	62	37	0	0	62	0.95
21935976--21936015	18	2.5	15	78	21	53	17	22	2	57	1.52
21935981--21936018	18	2.1	18	100	0	76	15	21	5	57	1.57
21936558--21936590	10	3.3	10	91	0	57	60	0	0	39	0.97
21939311--21939338	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21945617--21945646	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21946327--21946351	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21946318--21946351	14	2.4	14	90	0	50	44	5	0	50	1.26
21948877--21948909	6	5.3	6	96	3	57	15	0	3	81	0.80
21949543--21949615	29	2.5	29	80	4	76	27	12	6	53	1.63
21949564--21949627	29	2.2	29	80	5	76	23	12	9	54	1.66
21950409--21950461	27	2.0	26	81	3	61	54	0	0	45	0.99
21950506--21950543	19	2.1	18	95	5	67	44	0	0	55	0.99
21953719--21953760	20	2.1	20	86	0	57	35	14	14	35	1.86
21954000--21954062	33	1.9	33	93	0	108	53	9	14	22	1.69
21954045--21954088	21	2.1	21	82	0	52	47	11	13	27	1.77
21954350--21954442	32	2.7	35	77	14	104	44	7	20	27	1.78
21954257--21954443	33	5.6	33	71	13	114	44	10	18	26	1.82
21954254--21954443	68	2.8	66	72	16	160	43	11	18	26	1.83
21954586--21954672	34	2.6	34	85	1	113	50	10	21	17	1.75
21956489--21956527	20	2.0	20	85	10	53	23	5	2	69	1.21
21958207--21958238	14	2.1	16	88	11	50	18	15	3	62	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21973251--21973283	16	2.1	15	94	5	57	30	15	6	48	1.69
21973660--21973697	7	5.3	7	87	6	58	73	10	0	15	1.09
21973659--21973718	14	4.3	14	77	12	61	76	8	0	15	1.00
21974993--21975038	18	2.6	18	86	6	67	67	2	4	26	1.21
21976452--21976481	5	6.2	5	92	7	53	80	20	0	0	0.72
21976452--21976481	14	2.1	15	93	6	53	80	20	0	0	0.72
21976463--21976508	24	1.9	24	86	8	67	73	15	0	10	1.08
21986978--21988121	48	23.8	48	79	6	1010	30	10	20	38	1.87
21986978--21988121	97	11.9	96	79	6	1021	30	10	20	38	1.87
21987111--21987275	84	2.0	84	90	2	260	30	9	20	39	1.84
21987065--21987325	132	2.0	132	84	6	350	31	10	19	38	1.85
21987819--21987851	15	2.3	15	89	5	50	24	9	18	48	1.76
21988436--21988466	11	2.9	11	95	4	55	87	0	0	12	0.55
21989222--21989258	19	1.9	19	89	10	58	35	40	18	5	1.74
21989453--21989492	20	2.0	21	90	5	64	70	5	0	25	1.08
21989651--21989692	11	3.9	11	82	14	52	76	0	0	23	0.79
21989653--21989692	22	1.9	20	90	10	62	77	0	0	22	0.77
21992822--21992876	27	2.0	27	85	0	74	52	5	1	40	1.35
21995848--21995915	25	2.7	24	76	15	66	35	2	0	61	1.11
22007093--22007121	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
22008141--22008182	12	3.5	12	87	9	59	30	0	0	69	0.89
22008168--22008219	6	8.7	6	76	16	54	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22008150--22008213	12	5.3	12	79	7	67	32	0	0	67	0.91
22008162--22008219	12	4.8	11	76	16	53	34	0	0	65	0.93
22008509--22008553	22	2.0	22	95	0	81	46	0	2	51	1.13
22008510--22008581	22	3.1	23	84	7	76	47	0	1	51	1.09
22008519--22008581	24	2.7	24	85	4	76	46	0	0	53	1.00
22008548--22008600	24	2.2	23	78	15	54	47	1	1	49	1.23
22008525--22008626	25	4.1	25	71	17	70	46	0	0	51	1.14
22008676--22008724	26	1.9	25	83	4	62	46	10	2	40	1.49
22012208--22012268	21	2.8	21	82	5	77	54	0	0	45	1.00
22012230--22012295	27	2.4	27	78	7	80	57	0	0	42	0.98
22012310--22012350	20	2.1	19	86	13	57	39	7	7	46	1.60
22032869--22032896	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22033748--22033790	22	1.9	23	86	13	63	48	0	0	51	1.00
22034085--22034127	22	2.0	21	86	8	61	4	9	4	81	0.97
22036286--22036340	25	2.2	25	90	0	83	81	1	5	10	0.92
22036286--22036343	13	4.5	13	73	18	59	81	1	6	10	0.95
22036762--22036798	14	2.6	14	86	0	56	83	5	8	2	0.88
22036650--22036942	159	1.8	154	82	9	374	52	10	11	25	1.69
22037923--22037996	29	2.7	28	74	14	73	45	1	4	48	1.29
22038796--22038830	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
22039067--22039219	78	2.0	78	100	0	306	65	2	3	28	1.24
22039489--22039528	20	2.0	20	85	9	55	67	5	2	25	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22040829--22040853	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
22042850--22042893	16	2.8	16	82	6	54	47	2	2	47	1.27
22042966--22043040	39	1.9	39	86	5	107	37	4	1	57	1.26
22045060--22045110	25	2.0	25	88	0	75	43	17	5	33	1.73
22045144--22045203	30	2.0	30	84	9	79	51	1	8	38	1.42
22047157--22047398	134	1.8	129	85	6	333	42	6	3	47	1.46
22047374--22047407	14	2.3	15	90	5	52	35	2	0	61	1.11
22047382--22047434	20	2.5	21	78	6	63	43	0	1	54	1.11
22048045--22048359	173	1.8	172	85	7	442	44	6	1	46	1.40
22048853--22048880	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
22054511--22054638	66	2.0	66	92	1	213	35	3	10	50	1.55
22058148--22058230	41	2.0	41	95	0	148	43	20	10	25	1.84
22068958--22069010	25	2.2	23	83	6	61	35	28	15	20	1.93
22071886--22072025	33	4.4	31	74	10	113	40	13	17	29	1.87
22071886--22072006	64	1.9	64	84	3	163	39	14	17	28	1.88
22072464--22072514	20	2.5	20	93	0	84	29	19	13	37	1.90
22074971--22075043	18	3.8	18	77	13	74	50	9	5	34	1.58
22075297--22075524	41	5.6	41	86	2	298	51	10	5	32	1.58
22075297--22075514	80	2.7	80	84	4	276	52	10	5	32	1.58
22075510--22075552	20	2.2	20	82	0	50	58	6	4	30	1.45
22075335--22075570	53	4.1	56	74	11	174	54	9	4	31	1.54
22075524--22075569	23	2.0	23	87	4	67	63	10	2	23	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22075685--22075735	18	2.8	18	81	3	66	70	7	3	17	1.27
22076601--22076654	20	2.7	20	80	11	58	5	11	3	79	1.02
22076708--22076748	4	9.8	4	86	7	55	73	2	0	24	0.96
22077024--22077181	43	3.7	43	77	6	137	43	14	11	31	1.81
22077926--22077974	24	2.0	24	88	7	73	46	8	8	36	1.63
22083450--22083497	21	2.3	21	92	0	78	27	12	16	43	1.84
22089023--22089545	260	2.0	260	96	0	974	32	17	17	32	1.94
22091007--22091359	184	1.9	184	87	3	523	24	21	12	41	1.88
22095561--22095662	20	5.3	20	69	12	72	48	10	5	35	1.63
22095813--22095862	19	2.5	20	75	21	59	58	8	4	30	1.45
22095926--22096183	21	12.5	21	81	10	291	50	11	6	31	1.64
22095924--22096246	41	8.0	41	82	8	360	51	10	6	30	1.63
22095924--22096183	80	3.1	81	87	4	351	50	11	6	31	1.64
22096189--22096226	20	1.9	20	88	0	58	52	10	7	28	1.64
22096102--22096280	76	2.3	75	81	7	191	54	10	6	29	1.59
22096155--22096287	55	2.4	55	79	6	135	56	9	7	26	1.58
22097400--22097441	4	10.0	4	85	10	57	71	0	4	23	1.05
22100505--22100559	3	19.0	3	88	7	87	67	1	0	30	1.01
22101409--22101462	3	18.0	3	81	14	58	64	1	0	33	1.04
22101409--22101468	23	2.7	23	86	2	86	68	1	0	30	0.99
22101420--22101475	28	1.9	30	89	7	89	67	3	0	28	1.07
22101615--22102075	117	4.0	117	86	3	560	42	21	11	24	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22101615--22102001	156	2.5	154	87	2	540	43	21	10	24	1.84
22101641--22102075	39	11.3	38	80	6	405	42	21	11	25	1.85
22114669--22114720	3	18.0	3	92	7	90	67	0	0	32	0.91
22123797--22123841	22	2.0	22	100	0	90	31	26	8	33	1.87
22125662--22125800	3	44.3	3	72	18	79	35	5	2	56	1.36
22125665--22125771	7	14.3	7	76	21	94	38	2	1	57	1.24
22125642--22125770	12	11.4	11	78	16	97	37	3	2	55	1.31
22125657--22125786	44	3.0	45	90	7	182	36	3	3	56	1.33
22125662--22125808	42	3.4	43	88	6	210	35	4	2	57	1.34
22125645--22125775	15	9.0	14	72	22	94	37	4	2	55	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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