genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21339428--21339466	21	1.9	20	89	5	60	30	0	0	69	0.89
21347192--21347237	24	2.0	23	83	12	58	45	4	2	47	1.34
21347301--21347339	20	2.0	20	89	0	60	46	0	0	53	1.00
21347284--21347381	47	2.0	49	81	11	114	50	1	2	46	1.19
21347382--21347425	21	2.0	21	82	8	52	52	0	2	45	1.13
21347456--21347546	29	3.1	30	72	12	82	51	0	2	46	1.13
21347711--21347741	13	2.3	14	94	5	55	51	3	0	45	1.17
21349555--21349593	19	2.1	19	90	0	60	35	7	0	56	1.28
21349839--21349899	31	2.0	31	87	3	88	47	3	8	40	1.49
21357769--21357796	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21360436--21360465	15	1.9	16	93	6	53	6	6	10	76	1.15
21364413--21364489	19	4.3	19	70	18	67	66	2	6	24	1.28
21364417--21364471	16	3.4	16	71	14	58	63	3	7	25	1.37
21364406--21364472	33	2.0	33	100	0	134	61	5	8	23	1.48
21368551--21368585	18	1.9	18	100	0	70	62	5	8	22	1.45
21372652--21372695	19	2.3	19	80	7	54	68	0	6	25	1.14
21372689--21372733	20	2.2	20	88	0	63	77	4	0	17	0.92
21382097--21382134	10	3.8	10	96	0	67	21	7	21	50	1.74
21383051--21383339	131	2.2	131	83	5	350	39	19	9	31	1.84
21388849--21389120	98	2.7	101	78	8	270	38	12	12	37	1.81
21389399--21389609	98	2.2	98	75	5	210	40	12	11	35	1.79
21389528--21389688	79	2.0	79	83	4	200	37	9	14	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21389313--21389730	177	2.4	177	79	4	486	38	11	13	35	1.82
21389609--21389915	98	3.1	97	78	6	307	37	12	14	35	1.84
21390459--21390559	45	2.3	44	89	5	150	25	8	6	58	1.53
21390986--21391016	14	2.2	14	100	0	62	35	12	25	25	1.92
21391958--21392300	43	7.9	43	77	6	287	44	18	13	24	1.85
21391982--21392300	87	3.7	87	81	4	347	45	16	13	24	1.83
21393749--21393814	26	2.6	26	86	9	84	12	10	1	75	1.11
21393762--21393838	32	2.5	32	78	20	83	12	10	1	75	1.11
21393771--21393823	25	2.2	24	83	12	65	9	11	1	77	1.07
21394467--21394531	33	2.0	32	91	5	105	35	18	12	33	1.88
21400005--21400104	45	2.3	44	84	6	123	27	10	7	56	1.58
21400631--21400712	29	2.8	29	90	0	110	13	21	34	30	1.92
21401317--21401351	19	1.9	17	88	11	52	40	31	2	25	1.70
21401552--21401612	20	3.1	20	77	11	63	52	14	13	19	1.74
21401552--21401612	19	3.2	19	71	11	52	52	14	13	19	1.74
21402123--21402198	30	2.5	30	78	4	82	40	15	15	27	1.88
21403927--21403975	21	2.3	22	86	6	66	32	8	14	44	1.74
21404140--21404172	16	2.0	17	94	5	59	60	0	0	39	0.97
21405892--21405933	4	10.5	4	89	0	66	52	21	0	26	1.47
21406645--21406828	22	8.4	22	71	12	128	38	8	8	45	1.64
21406614--21406939	66	4.8	66	73	12	187	38	10	7	43	1.67
21406645--21406939	44	6.5	43	72	13	175	39	9	6	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21406842--21406939	22	4.5	21	78	10	99	39	11	5	43	1.62
21406723--21406938	118	1.8	118	80	9	262	39	9	6	44	1.62
21406953--21407077	22	5.8	22	79	11	107	40	12	1	44	1.52
21406986--21407077	21	4.3	22	82	10	100	41	13	2	43	1.55
21407061--21407094	16	2.2	15	89	5	50	35	8	5	50	1.58
21407142--21407196	21	2.5	22	80	11	60	38	7	7	47	1.59
21407155--21407196	22	2.0	21	85	4	57	38	4	7	50	1.51
21407219--21407290	22	3.3	22	72	5	65	34	5	5	54	1.47
21407742--21407795	22	2.5	22	87	0	81	44	12	0	42	1.43
21407853--21407904	22	2.4	22	83	6	61	34	9	0	55	1.32
21407937--21408127	22	8.9	22	66	10	90	34	11	6	47	1.66
21408116--21408154	19	2.1	19	85	0	51	28	5	5	61	1.39
21408188--21408485	22	13.7	22	69	9	94	35	7	6	51	1.54
21409474--21409619	52	2.9	50	77	6	114	38	8	16	36	1.80
21410044--21410087	24	1.9	22	90	9	70	18	0	4	77	0.94
21410185--21410210	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
21411020--21411115	45	2.1	44	81	9	113	25	10	5	59	1.51
21411587--21411622	16	2.2	16	90	9	56	30	13	8	47	1.73
21412557--21412590	14	2.4	14	100	0	68	20	14	29	35	1.93
21414325--21414391	11	5.9	11	80	17	75	79	0	7	13	0.94
21414306--21414442	17	7.5	17	68	26	50	78	1	12	8	1.03
21414309--21414442	11	12.8	10	71	17	69	78	1	12	7	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21414325--21414391	22	2.9	23	86	8	84	79	0	7	13	0.94
21414325--21414393	23	3.0	23	83	10	86	78	0	8	13	0.97
21414354--21414425	22	3.3	22	80	9	76	77	1	13	6	1.03
21414378--21414442	26	2.5	26	82	5	78	78	3	13	4	1.03
21415364--21415677	115	2.7	115	78	1	335	19	22	14	42	1.87
21415947--21415996	17	2.9	17	77	14	57	38	14	10	38	1.79
21415978--21416176	69	2.9	69	77	7	179	32	15	15	37	1.89
21416015--21416302	155	1.9	155	85	2	400	31	16	14	37	1.88
21421293--21421328	16	2.3	15	90	4	54	86	2	2	8	0.77
21421592--21421670	41	1.9	41	87	5	115	75	1	12	10	1.09
21421622--21421660	16	2.4	16	84	12	53	79	0	10	10	0.94
21421622--21421660	17	2.4	16	83	8	51	79	0	10	10	0.94
21421612--21421697	10	8.3	10	69	13	50	79	3	11	5	1.04
21421613--21421697	25	3.2	26	77	14	75	78	3	11	5	1.04
21422515--21423006	114	4.3	115	76	6	333	22	25	12	39	1.90
21423185--21423370	86	2.2	86	89	0	273	31	16	12	39	1.86
21424025--21424170	52	2.8	52	76	5	145	38	7	16	37	1.77
21424033--21424173	50	2.8	50	79	4	158	38	7	15	38	1.77
21424668--21424718	23	2.2	23	82	6	59	17	5	3	72	1.20
21427808--21427846	15	2.7	15	84	4	53	79	5	7	7	1.05
21429999--21430148	35	4.3	35	89	2	205	57	10	12	20	1.63
21430023--21430168	35	4.2	34	87	4	150	54	13	13	19	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21430331--21430433	35	2.9	36	74	9	88	46	9	22	21	1.80
21430379--21430448	35	2.0	36	85	2	97	48	5	22	22	1.72
21430872--21430964	35	2.7	35	73	9	91	46	11	22	19	1.82
21430997--21431210	35	6.1	34	70	9	117	47	11	22	18	1.81
21431692--21431739	18	2.7	18	90	0	69	43	14	18	22	1.87
21431969--21432037	32	2.2	32	86	0	93	30	11	17	40	1.85
21431962--21432140	85	2.1	84	89	5	272	34	12	17	35	1.88
21434399--21434440	6	7.3	6	89	5	61	0	19	0	80	0.70
21434403--21434439	16	2.2	17	95	4	67	0	18	0	81	0.70
21447608--21447669	6	9.0	7	80	16	51	35	1	3	59	1.23
21447628--21447669	3	13.7	3	85	14	59	33	0	0	66	0.92
21447623--21447668	13	3.2	14	87	12	67	34	0	2	63	1.07
21447623--21447670	16	3.1	15	88	11	62	33	0	2	64	1.05
21448086--21448134	26	2.0	24	88	8	71	38	4	14	42	1.64
21448150--21448215	31	2.1	31	86	5	89	31	21	19	27	1.97
21448584--21448620	19	1.9	19	94	0	65	10	0	5	83	0.79
21448645--21448684	17	2.3	18	82	8	55	12	7	5	75	1.18
21448735--21449189	57	7.7	57	84	8	599	44	7	13	34	1.71
21448716--21449189	177	2.7	173	88	6	680	45	7	12	34	1.71
21449221--21449259	12	3.2	12	92	0	60	15	7	7	69	1.35
21453781--21453816	18	2.0	18	100	0	72	27	33	16	22	1.95
21457922--21457968	19	2.4	20	82	13	62	34	6	0	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21458204--21458246	16	2.6	16	88	7	59	41	0	0	58	0.98
21458209--21458246	16	2.3	17	90	4	60	39	0	0	60	0.97
21470662--21471380	358	2.0	359	89	3	1101	24	12	15	47	1.80
21491825--21492073	62	4.0	61	71	7	153	33	10	11	43	1.76
21493003--21493053	25	2.0	25	96	0	93	27	15	21	35	1.94
21493726--21493754	10	2.7	11	89	10	51	44	0	0	55	0.99
21497276--21497349	27	2.7	27	77	4	78	37	20	5	36	1.76
21497541--21497612	32	2.2	32	78	9	76	41	15	4	38	1.66
21511887--21511928	18	2.3	18	88	8	59	19	23	9	47	1.78
21516199--21516274	4	18.2	4	73	8	53	67	5	2	25	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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