genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22304920--22304958	16	2.4	16	82	0	51	35	0	0	64	0.94
22306183--22306255	27	2.8	27	80	15	75	35	0	0	64	0.94
22306197--22306257	16	3.8	16	78	10	70	37	0	0	62	0.96
22306228--22306292	17	3.8	17	79	15	62	46	0	0	53	1.00
22309305--22309345	3	13.7	3	94	0	73	68	2	0	29	1.03
22311801--22311878	40	1.9	42	84	5	106	44	5	7	42	1.55
22318664--22318721	26	2.2	25	80	14	64	51	1	1	44	1.21
22318750--22318801	20	2.6	20	81	6	61	38	3	1	55	1.29
22318980--22319014	18	1.9	18	94	0	61	48	17	0	34	1.47
22318981--22319022	18	2.3	18	87	0	57	52	14	2	30	1.54
22319621--22319662	22	2.0	21	85	4	57	80	2	2	14	0.90
22322789--22322827	18	2.2	18	86	9	53	0	41	5	53	1.23
22325129--22325172	23	1.9	23	85	0	61	50	9	6	34	1.61
22326929--22327009	34	2.4	34	83	2	92	50	9	6	33	1.60
22326947--22327046	34	2.9	34	80	7	96	50	10	6	34	1.60
22330665--22330718	28	2.0	27	85	10	74	22	3	1	72	1.10
22330811--22331061	118	2.1	118	86	2	353	33	9	6	49	1.62
22331256--22331309	23	2.3	23	87	0	81	38	16	24	20	1.92
22336467--22336517	26	1.9	26	88	4	75	41	0	7	50	1.31
22336670--22336785	39	3.0	39	65	18	96	45	3	2	48	1.33
22337501--22337527	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22338842--22338907	33	2.0	33	96	0	123	33	19	28	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22339399--22339456	29	2.0	29	93	0	98	46	5	25	22	1.72
22339934--22339970	18	2.0	19	89	5	58	40	5	0	54	1.24
22340008--22340043	13	2.6	15	83	16	51	58	5	0	36	1.22
22343963--22344019	24	2.5	24	80	11	66	49	0	1	49	1.11
22343978--22344053	29	2.5	30	79	14	77	50	0	1	48	1.09
22344036--22344083	15	3.1	15	82	14	62	68	0	2	29	1.01
22344036--22344083	8	6.3	7	79	15	51	68	0	2	29	1.01
22345365--22345418	23	2.4	21	76	11	54	33	0	14	51	1.43
22345366--22345594	116	2.0	116	86	3	318	38	0	10	51	1.36
22345556--22345817	140	1.9	140	90	1	418	34	14	17	33	1.90
22346311--22346340	9	3.3	9	95	0	51	30	26	0	43	1.55
22348758--22348798	22	1.9	21	90	5	64	75	0	12	12	1.05
22348907--22348991	32	2.6	32	77	3	80	40	14	9	36	1.78
22352096--22352150	26	2.1	26	89	0	83	38	10	7	43	1.68
22352109--22352150	13	3.2	13	77	12	50	33	9	9	47	1.68
22355925--22355991	5	13.8	5	70	17	52	74	1	4	19	1.07
22356851--22356887	3	12.3	3	88	11	58	70	0	0	29	0.88
22360406--22360446	20	2.0	20	85	9	55	41	0	9	48	1.36
22362070--22362104	16	2.1	17	89	5	54	51	2	14	31	1.57
22364123--22364148	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
22365013--22365056	22	1.9	22	90	9	70	54	0	11	34	1.36
22364943--22365424	258	1.9	258	98	0	930	44	3	12	39	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22365305--22365539	116	2.0	115	97	2	445	52	2	9	35	1.47
22366216--22366254	19	2.0	21	85	10	55	33	10	5	51	1.58
22367654--22367687	17	2.0	17	94	0	59	35	11	14	38	1.83
22370932--22370960	13	2.3	13	94	5	51	51	3	0	44	1.18
22370957--22371011	28	2.0	28	85	7	76	41	9	1	47	1.46
22375364--22375389	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
22375659--22375701	22	2.0	21	86	4	59	34	2	2	60	1.22
22376989--22377135	33	4.5	33	76	5	118	21	28	17	33	1.95
22379476--22379514	18	2.1	18	85	4	51	56	0	0	43	0.99
22380529--22380555	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
22380985--22381081	16	5.9	17	69	15	78	47	30	2	19	1.61
22381036--22381066	15	2.1	15	94	5	55	41	32	3	22	1.70
22380985--22381082	18	5.9	18	76	13	70	46	31	2	19	1.61
22381146--22381221	29	2.7	29	76	13	77	48	27	1	22	1.58
22382815--22382862	22	2.2	22	85	7	62	22	0	4	72	1.01
22393692--22394761	171	6.3	170	84	4	1172	22	21	12	43	1.86
22393690--22394759	342	3.1	339	84	3	1348	22	21	12	43	1.85
22394720--22394804	34	2.5	33	81	7	116	20	23	11	44	1.84
22395014--22395105	36	2.6	36	83	0	121	22	16	10	50	1.76
22396802--22396898	17	5.9	16	78	8	88	47	30	3	18	1.64
22396797--22396900	32	3.2	31	74	15	93	48	29	2	19	1.63
22408086--22408129	22	2.0	22	90	0	70	38	13	13	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22409328--22409353	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22411613--22411656	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
22415295--22415378	22	3.6	23	91	4	125	38	19	28	14	1.90
22415528--22415571	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
22424799--22424837	19	2.2	18	86	9	53	74	5	0	20	1.01
22424814--22424848	14	2.6	13	86	8	52	77	0	2	20	0.90
22426007--22426050	21	2.0	22	86	8	63	34	2	2	61	1.21
22426582--22426637	2	28.0	2	92	0	67	44	0	7	48	1.30
22427018--22427051	17	1.9	17	88	5	50	44	2	17	35	1.64
22427315--22427650	63	5.5	62	72	9	231	47	4	5	42	1.45
22427416--22427462	24	2.0	24	91	0	76	61	0	2	36	1.08
22427327--22427569	120	2.0	123	82	4	296	48	5	5	40	1.48
22431541--22431567	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
22432740--22432785	11	3.6	13	75	16	51	6	13	2	78	1.04
22434666--22434730	34	1.9	34	87	0	94	29	10	15	44	1.80
22440299--22440464	83	2.0	83	96	0	305	32	16	12	38	1.86
22442643--22442832	93	2.0	93	88	0	281	33	13	9	43	1.76
22442858--22443776	239	3.8	237	79	6	980	34	11	11	42	1.77
22442858--22443766	479	1.9	478	86	3	1283	34	11	11	42	1.77
22443575--22443965	188	2.1	187	83	5	495	35	10	9	44	1.72
22443762--22444883	239	4.7	238	82	5	1232	33	11	12	42	1.79
22443762--22444883	475	2.4	474	86	2	1516	33	11	12	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22446035--22446078	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
22449720--22449781	25	2.6	25	89	5	92	37	19	29	14	1.91
22449929--22449972	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
22455746--22455771	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
22466612--22466650	19	2.2	18	86	9	53	74	5	0	20	1.01
22466627--22466661	14	2.6	13	86	8	52	77	0	2	20	0.90
22466864--22466933	30	2.3	30	77	18	74	44	1	1	52	1.18
22468888--22469241	63	5.8	62	71	16	231	48	4	5	41	1.46
22468990--22469034	24	1.9	23	81	4	54	60	2	2	35	1.22
22468901--22469143	118	2.0	123	81	7	284	48	5	5	39	1.50
22469680--22469796	61	2.0	60	81	6	139	48	3	5	41	1.44
22475325--22475357	12	2.8	12	95	4	59	36	9	45	9	1.68
22476429--22476471	21	2.0	21	90	0	68	27	9	0	62	1.25
22477838--22477871	17	2.0	17	88	0	50	17	5	0	76	0.98
22478114--22478156	21	2.0	21	90	0	68	4	11	4	79	1.04
22478230--22478275	11	3.6	13	75	16	51	6	13	2	78	1.04
22478623--22478691	24	2.9	24	78	8	68	21	1	4	72	1.10
22484920--22485032	55	2.0	56	93	5	194	33	15	10	39	1.82
22485832--22485997	83	2.0	83	92	0	278	32	15	12	39	1.85
22488168--22488357	93	2.0	93	90	2	301	32	10	11	46	1.73
22488383--22490505	239	8.9	236	79	5	2010	33	11	12	42	1.77
22488355--22490505	478	4.5	478	84	3	2567	33	11	12	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22490489--22490521	16	2.1	16	94	0	57	24	21	9	45	1.80
22504119--22504278	77	2.1	77	93	5	272	31	5	18	44	1.73
22509484--22509596	38	3.0	38	94	0	199	15	6	24	53	1.65
22511159--22511244	43	2.0	43	97	0	163	25	17	18	38	1.92
22512728--22512798	25	2.8	26	80	4	83	50	1	1	46	1.18
22512728--22512798	26	2.8	25	79	8	81	50	1	1	46	1.18
22512762--22512847	16	5.5	15	70	21	52	50	1	1	47	1.16
22513098--22513161	29	2.3	27	78	7	67	51	0	3	45	1.17
22520174--22520256	43	2.0	43	92	2	141	61	7	13	18	1.54
22520187--22520254	22	3.1	22	67	12	59	63	8	10	17	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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