genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14742535--14742598	21	3.0	20	72	20	51	28	1	1	68	1.07
14742536--14742589	21	2.7	20	78	13	58	25	0	1	72	0.95
14743480--14743528	21	2.3	21	75	6	55	57	2	0	40	1.10
14754865--14754941	31	2.5	32	81	10	88	25	2	1	70	1.08
14754907--14755016	40	2.7	40	75	17	118	22	6	1	69	1.21
14754929--14754982	23	2.3	23	84	9	65	18	7	1	72	1.17
14755759--14755814	9	6.8	8	76	15	60	14	1	3	80	0.93
14761426--14761461	19	1.9	19	88	5	56	41	5	5	47	1.50
14762964--14762993	13	2.2	14	94	5	53	50	0	0	50	1.00
14764290--14764327	14	2.8	14	84	4	51	55	7	0	36	1.29
14764579--14764645	29	2.3	30	92	7	111	43	1	1	53	1.19
14765691--14765715	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14779533--14779574	22	1.9	22	100	0	84	35	45	4	14	1.66
14780389--14780494	49	2.2	49	81	6	117	24	16	11	47	1.80
14780206--14780569	160	2.3	160	79	6	371	28	14	11	45	1.80
14794268--14794310	22	2.0	22	85	0	59	23	0	2	74	0.93
14794272--14794306	18	1.9	18	88	0	52	25	0	2	71	1.00
14798646--14798674	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
14802089--14802133	18	2.6	18	85	3	56	11	0	42	46	1.39
14802162--14802285	20	6.2	20	69	9	65	16	1	32	49	1.56
14802144--14802228	40	2.1	41	82	6	102	17	1	31	49	1.55
14802397--14802449	25	2.1	25	89	0	79	20	0	30	49	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14804524--14804571	20	2.4	21	80	13	57	27	8	16	47	1.75
14806752--14806812	14	4.2	14	78	15	70	19	6	0	73	1.04
14806751--14806812	5	12.6	5	76	10	65	19	6	0	74	1.03
14806726--14806812	44	2.0	43	84	8	113	19	8	0	72	1.09
14806751--14806862	44	2.5	44	78	7	109	20	7	0	71	1.15
14814269--14814306	2	19.0	2	88	0	58	50	2	2	44	1.30
14814888--14814939	25	2.0	26	82	10	63	42	0	0	57	0.98
14818651--14818946	149	2.0	149	81	4	346	35	23	13	27	1.93
14818702--14818979	149	1.9	149	81	6	339	34	24	13	27	1.93
14819037--14819317	150	1.9	149	79	2	321	34	19	13	32	1.91
14835440--14835529	39	2.3	39	86	0	117	25	11	17	45	1.81
14835622--14836027	40	10.2	40	75	8	371	25	11	19	43	1.84
14835615--14836027	158	2.6	157	80	6	388	25	11	19	43	1.84
14836222--14836273	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
14836744--14836844	50	2.0	51	90	1	159	32	11	13	41	1.81
14836765--14836887	50	2.5	51	78	5	117	30	16	16	37	1.90
14837180--14837222	13	3.6	12	80	20	54	13	0	13	72	1.13
14847460--14847506	22	2.1	22	88	0	67	44	23	0	31	1.54
14849696--14849767	36	2.0	36	91	0	117	11	8	19	61	1.54
14854120--14854165	20	2.2	20	96	3	83	43	28	13	15	1.83
14855022--14855148	63	2.0	63	100	0	254	37	4	25	33	1.77
14858651--14858698	16	2.6	18	84	15	55	43	2	0	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14862438--14862513	2	38.5	2	89	2	100	51	6	0	42	1.28
14865067--14865094	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14868858--14868897	20	2.0	21	85	5	55	30	0	10	60	1.30
14870029--14870073	19	2.4	19	92	0	72	26	26	13	33	1.93
14871236--14871325	34	2.7	34	91	3	139	43	1	3	52	1.25
14871422--14871462	21	2.0	21	85	0	55	39	7	7	46	1.60
14875009--14875042	17	2.0	17	88	0	50	8	14	0	76	1.01
14876715--14876757	22	2.0	22	85	0	59	4	18	0	76	0.95
14881267--14881307	20	2.0	20	85	4	55	58	12	0	29	1.34
14885692--14885725	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
14914792--14914831	19	2.0	20	85	4	55	25	0	7	67	1.16
14914852--14914910	19	3.2	18	75	4	55	37	8	5	49	1.55
14915016--14915068	17	3.1	18	71	17	58	32	3	0	64	1.12
14915045--14915116	25	2.8	25	81	8	74	27	2	0	69	1.02
14915088--14915138	11	5.1	11	81	15	58	25	1	0	72	0.95
14915095--14915139	18	2.3	20	92	7	76	26	0	0	73	0.84
14915095--14915139	10	4.7	10	81	18	60	26	0	0	73	0.84
14915150--14915203	20	2.6	21	80	11	58	38	5	7	48	1.55
14915262--14915311	21	2.4	20	80	6	55	46	4	2	48	1.32
14915605--14915702	22	4.5	22	77	2	81	36	10	2	51	1.48
14915631--14915702	22	3.3	22	82	1	83	37	11	2	48	1.53
14915923--14915966	22	2.0	22	90	0	70	34	9	6	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14915934--14915990	22	2.6	22	80	5	62	31	12	5	50	1.62
14916003--14916048	22	2.1	22	84	15	60	36	8	4	50	1.53
14923327--14923428	50	2.0	51	94	1	179	34	6	20	38	1.79
14925119--14925176	27	2.0	29	84	15	77	39	3	3	53	1.35
14925937--14926041	40	2.7	40	79	4	106	40	10	12	36	1.77
14929197--14929253	23	2.4	23	82	8	71	63	1	8	26	1.34
14932222--14932252	14	2.2	14	94	0	53	70	16	0	12	1.16
14933934--14933972	19	2.0	20	90	10	62	41	5	15	38	1.69
14936168--14936384	116	1.9	116	82	4	278	27	16	23	32	1.96
14947739--14947917	89	2.0	90	91	2	290	40	6	4	48	1.50
14949814--14949865	19	2.6	20	80	17	63	48	5	3	42	1.45
14950180--14950225	19	2.4	20	78	10	51	56	0	6	36	1.25
14950317--14950366	26	2.0	26	88	11	77	52	6	8	34	1.55
14951681--14951728	18	2.6	19	77	9	55	60	6	6	27	1.45
14952283--14952324	21	2.0	21	86	9	59	45	11	0	42	1.41
14955406--14955449	21	2.1	21	86	0	61	59	13	6	20	1.57
14958315--14958563	134	1.9	134	83	1	329	34	20	14	30	1.93
14958520--14958604	41	2.1	41	90	0	134	36	18	10	34	1.86
14958552--14958639	26	3.6	26	71	20	89	31	17	14	36	1.90
14959094--14959331	87	2.7	87	87	3	329	37	21	12	28	1.89
14959256--14959395	65	2.2	66	88	2	203	37	22	12	27	1.91
14959181--14959483	152	2.0	152	89	0	462	35	21	12	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14959321--14959562	87	2.8	87	85	0	342	35	21	13	30	1.91
14959470--14959701	127	1.8	126	87	4	342	35	18	12	33	1.89
14960357--14960753	145	2.7	145	83	3	451	33	16	9	40	1.81
14961771--14961810	21	1.9	21	84	0	53	20	5	12	62	1.48
14963520--14963552	16	2.1	16	100	0	66	33	6	24	36	1.80
14966797--14966871	32	2.4	32	81	2	89	42	1	1	54	1.17
14967661--14967703	19	2.3	19	88	8	61	39	2	0	58	1.11
14978958--14978997	21	2.0	19	90	9	62	35	7	5	52	1.51
14979179--14979254	34	2.2	32	78	17	82	34	7	9	48	1.64
14979469--14979508	22	1.9	20	90	10	62	35	10	10	45	1.71
14979348--14979685	102	3.3	101	75	8	301	37	11	8	42	1.73
14981830--14981879	24	2.1	23	92	3	82	44	0	2	54	1.11
14981857--14981941	18	4.8	18	72	18	56	50	1	1	47	1.16
14981875--14981966	34	2.6	35	80	13	84	52	3	1	43	1.24
14981962--14982036	28	2.8	27	69	16	66	41	2	1	54	1.23
14981988--14982024	19	2.0	19	89	5	58	48	0	2	48	1.15
14981988--14982075	42	2.0	47	84	10	123	45	0	2	52	1.13
14982032--14982082	21	2.4	21	84	9	68	49	0	1	49	1.12
14988053--14988658	159	3.8	160	94	2	1019	38	17	14	29	1.90
14988687--14988748	23	2.6	22	82	12	70	80	9	0	9	0.90
14988722--14988751	9	3.4	9	95	4	53	93	6	0	0	0.35
14988714--14988750	15	2.5	15	95	0	65	91	8	0	0	0.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14988759--14988808	15	3.2	16	83	11	59	2	34	44	20	1.63
14988771--14988808	5	7.6	5	82	11	51	0	34	44	21	1.52
14989028--14989072	19	2.4	19	84	0	63	22	20	31	26	1.98
14989134--14989206	31	2.4	31	90	4	112	27	24	26	21	2.00
14989620--14989653	3	11.7	3	93	6	61	70	0	0	29	0.87
14989990--14990088	1	99.0	1	77	0	90	5	0	7	87	0.65
14989977--14990089	16	6.8	16	78	17	106	6	0	7	85	0.73
14989978--14990086	9	10.9	10	82	11	93	6	0	7	86	0.72
14990096--14990914	42	20.0	41	89	6	1136	38	22	17	22	1.93
14990096--14990914	123	6.7	123	91	4	1289	38	22	17	22	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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