genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8618125--8618165	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
8619055--8619094	12	3.7	11	84	15	57	17	0	12	70	1.18
8619032--8619082	26	1.9	27	84	11	70	15	1	7	74	1.13
8619101--8619152	3	17.7	3	96	4	97	32	0	0	67	0.91
8619667--8619700	17	2.0	17	94	0	59	44	5	11	38	1.65
8620074--8620133	31	1.9	31	83	12	79	41	11	5	41	1.63
8621048--8621163	62	1.9	61	80	8	137	40	3	2	53	1.32
8621447--8621500	29	1.9	29	88	7	85	35	7	1	55	1.39
8621463--8621538	39	1.9	39	86	2	107	35	7	1	55	1.37
8621461--8621538	10	7.9	10	77	12	63	35	7	1	55	1.37
8621446--8621538	15	6.5	15	70	23	51	34	6	1	58	1.31
8621553--8621622	30	2.3	32	83	11	85	47	2	0	50	1.16
8626838--8626878	21	2.0	20	85	4	55	36	0	2	60	1.10
8637269--8637303	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8639428--8639499	36	2.0	36	94	0	126	52	5	22	19	1.66
8640812--8640841	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
8641063--8641148	40	2.2	40	100	0	172	31	6	16	45	1.74
8649338--8649369	14	2.3	14	94	0	55	34	15	3	46	1.62
8657555--8657783	116	2.0	117	83	0	289	42	5	11	40	1.65
8663591--8663650	23	2.7	23	79	10	70	75	0	23	1	0.90
8663591--8663650	20	2.7	21	82	14	68	75	0	23	1	0.90
8663702--8663759	21	2.6	24	73	18	61	68	0	31	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8666353--8666390	19	2.0	20	89	5	60	84	5	5	5	0.88
8668899--8668976	26	3.0	26	94	0	129	42	3	7	46	1.51
8669230--8669262	16	2.1	16	88	11	50	63	12	0	24	1.28
8670471--8670498	11	2.5	11	100	0	56	92	0	7	0	0.37
8670645--8670685	17	2.4	17	83	0	55	73	2	12	12	1.20
8675085--8675109	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
8677151--8677185	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
8677581--8677614	9	3.4	10	92	8	52	0	0	8	91	0.43
8679484--8679527	19	2.2	20	88	4	63	9	18	0	72	1.10
8692908--8693137	117	2.0	117	82	1	282	41	5	12	40	1.67
8698971--8699014	23	2.0	23	86	4	63	70	0	29	0	0.88
8699081--8699138	21	2.6	24	73	18	61	68	0	31	0	0.89
8700993--8701022	14	2.1	14	93	0	51	26	3	6	63	1.35
8702012--8702068	29	2.0	29	85	0	78	36	19	10	33	1.86
8704270--8704347	26	3.0	26	92	0	120	43	3	6	46	1.47
8704604--8704636	16	2.1	16	88	11	50	63	12	0	24	1.28
8705846--8705875	10	3.1	10	90	9	53	90	0	10	0	0.47
8705846--8705875	9	3.2	9	95	4	51	90	0	10	0	0.47
8706018--8706058	17	2.4	17	83	0	55	73	2	12	12	1.20
8710482--8710506	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
8712562--8712595	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8714286--8714334	14	3.6	13	76	17	55	4	10	6	79	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8714749--8714789	19	2.2	18	91	4	64	9	14	0	75	1.04
8714932--8714987	15	3.6	15	71	17	51	7	14	5	73	1.23
8714928--8714992	32	2.1	31	91	5	105	6	13	6	73	1.21
8716041--8716066	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8716814--8716856	20	2.1	21	87	12	63	11	0	11	76	1.02
8717345--8717385	16	2.5	17	76	15	50	70	2	2	24	1.11
8721183--8721208	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
8721208--8721248	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
8721736--8721766	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8722812--8722841	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
8724618--8724642	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8725553--8725593	20	2.0	20	95	0	73	26	26	14	31	1.95
8726196--8726235	20	2.0	20	85	5	53	40	17	0	42	1.49
8734909--8734938	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8735586--8735617	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8737870--8738025	61	2.5	61	81	7	154	38	8	14	38	1.77
8737908--8738047	61	2.3	61	82	6	158	40	12	12	34	1.81
8738147--8738214	34	2.0	34	91	0	109	32	8	19	39	1.82
8741246--8741340	25	3.8	25	88	0	100	42	26	9	22	1.84
8741287--8741376	40	2.3	37	79	7	90	46	28	5	18	1.72
8741271--8741348	12	6.3	12	79	5	75	43	29	8	17	1.80
8741262--8741340	25	3.2	25	90	0	113	44	27	7	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8741983--8742844	191	4.5	188	77	12	680	40	9	13	36	1.77
8742337--8742844	192	2.7	191	80	7	543	41	9	13	35	1.77
8745148--8745190	21	2.0	21	95	0	77	25	11	23	39	1.88
8749046--8749124	41	1.9	41	82	7	97	40	12	12	34	1.81
8749895--8749932	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8753083--8753122	19	2.1	19	90	0	62	80	5	2	12	0.98
8755599--8755647	2	24.5	2	80	15	57	46	2	4	46	1.33
8762309--8762382	29	2.5	30	82	8	98	50	4	0	45	1.20
8763206--8763244	20	2.0	20	89	0	60	71	2	0	25	0.98
8766107--8766152	21	2.2	21	96	0	83	56	0	0	43	0.99
8769069--8769104	4	8.5	4	88	11	54	47	0	2	50	1.15
8769069--8769104	17	2.1	17	90	10	56	47	0	2	50	1.15
8780264--8780302	19	2.1	19	95	0	69	20	23	5	51	1.67
8785123--8785320	98	2.0	99	94	1	344	57	13	7	21	1.60
8786320--8786367	14	3.4	14	77	5	60	56	8	10	25	1.61
8786275--8786371	29	3.4	29	88	2	133	47	12	13	26	1.78
8790773--8790802	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
8790795--8790833	13	3.0	13	80	0	51	46	0	0	53	1.00
8790799--8790865	18	3.8	18	69	13	59	47	0	1	50	1.10
8790785--8790855	34	2.1	34	87	7	101	49	0	1	49	1.09
8791292--8791375	30	2.8	30	87	7	134	30	29	13	26	1.93
8791905--8791949	22	2.0	22	86	0	63	51	2	0	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8792252--8792290	19	2.1	19	100	0	78	15	33	10	41	1.81
8792384--8792435	17	3.1	17	78	10	54	48	0	1	50	1.12
8792470--8792512	17	2.4	19	80	11	54	39	0	0	60	0.97
8794081--8794120	18	2.2	18	95	0	71	40	15	5	40	1.68
8798382--8798418	16	2.4	15	90	4	56	32	5	8	54	1.53
8798411--8798537	3	43.7	3	76	12	115	31	3	2	62	1.26
8798536--8798588	3	17.7	3	100	0	106	33	32	0	33	1.58
8799225--8799262	19	2.0	19	94	0	67	26	5	18	50	1.68
8799512--8799679	87	1.9	87	98	0	327	28	23	14	33	1.94
8799651--8799767	58	2.0	58	98	0	225	23	29	17	29	1.97
8800314--8800450	73	1.9	74	92	1	231	26	19	16	37	1.92
8808797--8808847	24	2.1	24	85	0	66	43	19	7	29	1.79
8810623--8810680	9	7.4	8	73	23	52	36	0	0	63	0.94
8810610--8810676	12	5.3	12	77	15	73	34	0	0	65	0.93
8810609--8810684	38	2.0	38	100	0	152	36	0	0	63	0.95
8814923--8814966	23	1.9	23	81	9	54	31	2	2	63	1.19
8818583--8818631	16	3.1	16	80	11	55	36	0	4	59	1.17
8818804--8818843	16	2.5	16	87	0	62	52	7	2	37	1.43
8829569--8829636	28	2.4	28	85	2	91	42	4	0	52	1.21
8829758--8829786	8	3.8	8	90	9	51	34	0	0	65	0.93
8836511--8836536	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
8840401--8840439	20	2.0	20	94	0	69	38	17	15	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8842611--8842676	18	3.7	18	75	15	57	43	16	9	30	1.79
8842815--8843034	64	3.4	64	76	3	192	25	23	9	41	1.84
8842793--8842950	64	2.5	65	80	3	185	25	22	8	42	1.83
8842815--8843061	64	3.8	63	76	5	190	25	21	9	43	1.83
8842793--8843144	128	2.7	128	77	5	289	24	21	9	43	1.83
8843508--8843587	3	26.7	3	97	0	106	32	7	0	60	1.25
8845616--8846326	355	2.0	356	91	0	1165	22	8	15	53	1.68
8847164--8847201	20	1.9	19	89	5	58	15	10	2	71	1.25
8847855--8847890	19	1.9	18	94	5	63	61	0	2	36	1.11
8848775--8848837	26	2.4	26	94	0	108	31	4	7	55	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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