genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7077679--7077729	18	2.7	19	81	9	59	72	1	5	19	1.15
7078515--7078548	9	3.8	9	88	0	50	76	0	14	8	1.01
7078544--7078662	3	41.3	3	80	8	104	61	1	5	31	1.30
7078606--7078667	16	4.1	15	76	12	65	64	4	0	30	1.14
7079027--7079261	60	3.9	60	76	5	224	37	17	24	20	1.93
7079039--7079261	120	1.9	120	83	3	297	37	17	24	20	1.93
7079234--7079479	114	2.2	115	82	5	302	36	13	25	25	1.92
7081229--7081438	58	3.6	58	81	7	210	37	13	5	44	1.66
7081288--7081457	62	2.8	60	79	8	184	35	12	4	47	1.60
7081473--7081501	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
7082906--7082953	17	2.8	17	80	3	51	72	2	6	18	1.15
7082905--7082959	23	2.4	23	84	6	67	74	1	5	18	1.10
7082914--7082959	23	2.0	24	91	4	76	71	2	4	21	1.14
7083242--7083272	9	3.6	9	91	8	55	0	0	9	90	0.46
7083241--7083288	23	2.1	22	88	3	69	2	0	10	87	0.62
7083241--7083280	17	2.4	16	84	12	53	0	0	12	87	0.54
7083243--7083288	8	5.9	8	82	5	58	2	0	10	86	0.64
7083162--7083401	130	1.8	131	92	0	410	29	13	13	43	1.82
7083371--7083427	11	4.7	11	76	19	60	0	0	17	82	0.67
7083381--7083427	15	3.4	14	81	18	55	0	0	17	82	0.66
7083432--7083522	41	2.2	42	92	2	148	31	25	17	25	1.97
7083471--7083580	58	1.9	58	94	3	195	29	26	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7083432--7083621	99	1.9	99	93	2	328	31	25	17	25	1.97
7083529--7084066	41	13.2	41	89	4	813	36	23	16	22	1.94
7084361--7084441	43	1.9	42	87	7	119	34	17	11	37	1.85
7085791--7085835	10	4.5	10	82	0	54	2	13	0	84	0.72
7090500--7090666	60	2.8	58	82	6	183	33	12	5	47	1.66
7090680--7090721	6	7.3	6	80	20	54	85	0	0	14	0.59
7090679--7090712	15	2.2	15	94	5	59	88	0	0	11	0.52
7090679--7090723	14	3.1	16	75	18	53	84	0	0	15	0.62
7092075--7092126	22	2.3	21	83	9	59	75	1	5	17	1.10
7092084--7092127	22	2.0	23	90	4	72	70	2	4	22	1.17
7099789--7099843	22	2.5	22	90	0	83	29	9	25	36	1.87
7105191--7105588	49	8.3	49	86	5	530	28	13	23	35	1.92
7105191--7105588	95	4.2	95	86	6	520	28	13	23	35	1.92
7106823--7106849	10	2.7	10	100	0	54	22	0	7	70	1.12
7107398--7107430	12	2.8	12	90	9	50	66	3	0	30	1.06
7107488--7107862	190	2.0	189	93	2	646	36	12	14	37	1.84
7110978--7111010	14	2.2	16	89	10	52	3	0	9	87	0.63
7110978--7111011	8	4.4	8	92	3	52	2	0	8	88	0.62
7112252--7112299	23	2.1	22	88	11	71	45	6	0	47	1.27
7113231--7113276	18	2.6	17	80	19	58	71	0	8	19	1.11
7113295--7113330	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
7113393--7113450	25	2.6	22	80	17	66	48	3	5	43	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7114551--7114594	18	2.6	18	82	7	56	65	2	11	20	1.35
7114571--7114632	17	3.6	17	74	22	58	72	0	4	22	1.03
7115075--7115121	17	2.6	17	78	18	51	19	10	2	68	1.30
7120850--7120879	12	2.5	12	88	0	51	60	0	0	40	0.97
7126357--7126384	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
7128218--7129279	518	2.1	516	93	1	1797	33	15	14	36	1.88
7129180--7129526	180	1.9	179	93	0	595	33	15	15	35	1.89
7134189--7134254	34	2.0	34	88	8	100	71	0	9	19	1.12
7134208--7134335	40	3.3	38	80	8	141	71	0	8	19	1.17
7134264--7134321	24	2.4	25	83	13	68	72	0	5	22	1.04
7138567--7138618	26	2.0	26	100	0	104	23	15	11	50	1.76
7145837--7145919	42	2.0	43	87	2	123	49	3	16	30	1.63
7146163--7146197	10	3.5	10	84	0	52	62	31	5	0	1.18
7148321--7148364	22	2.0	22	95	0	79	40	6	13	38	1.71
7149542--7149579	17	2.3	17	90	4	60	18	0	2	78	0.86
7157551--7157581	11	2.8	11	95	0	53	16	6	9	67	1.39
7167863--7167913	22	2.2	24	82	6	61	35	9	1	52	1.46
7170356--7170416	22	2.7	22	82	12	70	73	1	6	18	1.12
7170369--7170498	41	3.1	40	78	11	120	70	1	8	19	1.20
7170405--7170515	18	5.7	18	66	19	71	71	1	8	18	1.20
7170409--7170522	13	8.6	13	70	11	63	71	1	8	18	1.21
7170444--7170522	26	3.0	26	77	15	72	72	0	7	20	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7170422--7170524	44	2.4	45	82	12	110	70	1	9	17	1.23
7170468--7170538	34	2.1	34	84	5	90	73	0	8	18	1.08
7170563--7170589	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
7179228--7179720	245	2.0	246	96	0	916	29	14	19	36	1.92
7183204--7183269	22	3.0	22	95	0	114	39	7	15	37	1.75
7189169--7189211	17	2.4	18	84	7	52	18	6	4	69	1.29
7195126--7195200	3	25.3	3	80	8	82	65	2	1	30	1.15
7195301--7195338	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
7195466--7195569	14	7.3	14	69	16	61	52	30	1	14	1.52
7195577--7195622	22	2.1	22	91	0	74	47	30	0	21	1.51
7195544--7195625	35	2.3	36	82	2	103	53	31	0	14	1.41
7195598--7195745	30	5.1	29	83	6	183	47	29	0	22	1.56
7195601--7195762	60	2.8	58	84	7	193	48	28	0	22	1.55
7195594--7195761	30	5.7	30	81	4	164	48	28	0	22	1.55
7199076--7199106	11	2.7	11	95	5	53	22	0	0	77	0.77
7199089--7199140	25	2.1	25	81	0	59	23	7	3	65	1.35
7199226--7199313	21	4.4	20	75	12	83	26	4	3	65	1.27
7199512--7199538	12	2.2	12	100	0	54	59	7	33	0	1.25
7199551--7199612	17	3.8	16	72	23	58	14	8	1	75	1.10
7199552--7199622	5	13.8	5	75	21	51	15	5	1	77	1.02
7199576--7199623	25	1.9	25	91	0	78	14	6	2	77	1.06
7199627--7199664	17	2.3	17	86	4	51	71	7	0	21	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7199641--7199996	60	6.0	59	88	2	480	44	8	13	33	1.73
7199641--7199996	119	3.0	118	85	5	482	44	8	13	33	1.73
7202407--7202454	21	2.3	21	96	0	87	47	8	20	22	1.77
7211531--7211580	9	5.7	9	92	2	84	74	0	16	10	1.08
7212592--7212766	41	4.3	40	89	3	251	24	15	23	36	1.93
7212669--7212803	41	3.2	41	82	2	108	25	15	22	36	1.94
7213140--7213227	21	4.4	20	75	12	83	26	4	3	65	1.27
7214136--7214168	12	2.7	13	90	9	52	27	0	0	72	0.85
7214189--7214250	17	3.8	16	72	23	58	14	8	1	75	1.10
7214190--7214260	5	13.8	5	75	21	51	15	5	1	77	1.02
7214214--7214261	25	1.9	25	91	0	78	14	6	2	77	1.06
7214280--7214695	59	7.0	58	85	6	510	45	8	12	33	1.72
7214296--7214696	120	3.4	117	83	6	522	44	8	13	33	1.74
7214296--7214695	179	2.2	177	89	3	599	44	8	13	34	1.73
7215250--7215849	316	1.9	313	95	1	1092	38	17	14	30	1.90
7215250--7215849	157	3.8	157	96	1	1094	38	17	14	30	1.90
7215873--7215903	16	1.9	16	93	0	53	80	6	0	12	0.89
7216018--7216047	12	2.5	12	100	0	60	6	30	46	16	1.73
7216293--7216336	20	2.2	20	100	0	88	4	27	31	36	1.77
7216300--7216344	20	2.2	20	88	0	63	11	24	33	31	1.90
7216349--7216407	31	1.9	31	96	0	109	23	23	28	23	1.99
7216789--7216855	34	2.0	33	88	8	100	67	2	7	22	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7216755--7216857	34	3.4	28	73	20	82	66	2	7	23	1.32
7216847--7216904	12	5.0	12	78	19	61	75	1	0	22	0.89
7216847--7216902	6	9.2	6	74	18	53	76	1	0	21	0.87
7217077--7217134	20	3.0	20	89	5	91	22	27	31	18	1.97
7217238--7217329	1	92.0	1	84	0	121	1	0	6	92	0.43
7217353--7217706	40	8.7	39	83	13	389	37	20	19	22	1.95
7218867--7218939	23	3.0	24	78	15	87	4	15	0	80	0.85
7218877--7218926	21	2.4	21	77	12	66	4	14	0	82	0.82
7218884--7218921	10	3.7	10	93	6	67	0	10	0	89	0.49
7218867--7218939	26	3.0	24	75	22	80	4	15	0	80	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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