genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   

This is table  123  of  147  ( 17591 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22126234--22126272	10	3.9	10	89	0	60	12	0	23	64	1.28
22126234--22126272	20	2.0	20	94	0	69	12	0	23	64	1.28
22126696--22126735	5	8.0	5	89	10	64	17	2	0	80	0.83
22126816--22126857	6	7.3	6	78	10	52	80	0	2	16	0.81
22126816--22126857	17	2.5	17	88	7	59	80	0	2	16	0.81
22137373--22137547	58	3.1	55	76	8	160	55	12	18	13	1.69
22137459--22137584	50	2.4	50	81	7	135	51	12	19	15	1.76
22138909--22139022	3	36.7	3	77	13	97	35	4	2	57	1.32
22138890--22139008	36	3.2	36	78	17	118	36	2	3	57	1.29
22145047--22145288	127	1.9	127	86	3	344	46	8	16	28	1.76
22145220--22145402	90	2.0	91	92	2	305	45	7	22	24	1.78
22145413--22145437	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22145343--22145763	138	3.2	134	77	11	454	45	9	15	29	1.78
22145424--22145687	124	2.1	125	82	3	343	44	9	15	30	1.79
22149195--22149229	18	1.9	18	100	0	70	28	28	28	14	1.95
22151534--22151558	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
22156703--22156749	18	2.6	18	100	0	94	40	12	21	25	1.89
22159166--22159194	14	2.0	15	93	6	51	72	0	13	13	1.13
22161179--22161223	20	2.1	22	84	8	58	64	0	11	24	1.26
22162724--22162757	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
22166652--22166709	23	2.5	23	83	8	73	41	13	6	37	1.72
22166702--22166787	18	4.8	18	68	11	68	39	11	17	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22166865--22166934	16	4.2	17	80	7	72	45	8	14	31	1.75
22166874--22166952	16	4.8	16	78	4	77	41	10	15	32	1.80
22166865--22167087	50	4.5	49	74	6	126	40	12	15	31	1.84
22167029--22167183	50	3.1	50	73	5	134	43	12	12	31	1.80
22167091--22167129	17	2.3	17	81	0	51	43	10	12	33	1.77
22167155--22167200	17	2.7	17	79	0	56	47	6	15	30	1.70
22167345--22167391	23	2.0	23	84	8	60	55	14	2	27	1.51
22167408--22167522	44	2.6	44	84	0	140	46	13	6	33	1.69
22167487--22167612	45	2.8	45	77	14	134	43	18	4	33	1.71
22176431--22176560	67	1.9	68	87	1	190	21	17	25	35	1.95
22183351--22183397	17	2.8	17	90	0	67	36	0	6	57	1.24
22183724--22183755	16	2.1	16	94	5	57	71	0	3	25	1.00
22191122--22191161	21	2.0	20	85	5	53	35	7	10	47	1.65
22192287--22192371	42	2.0	42	100	0	170	24	25	16	32	1.96
22198739--22198763	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
22201287--22201348	29	2.2	28	79	2	70	53	1	0	45	1.10
22203456--22203498	20	2.2	20	83	8	52	51	0	2	46	1.13
22204400--22204452	21	2.5	21	76	8	63	66	11	3	18	1.38
22204864--22204928	6	10.8	6	91	0	85	70	4	0	24	1.06
22204864--22204928	9	7.2	9	89	0	85	70	4	0	24	1.06
22205304--22205376	31	2.4	31	97	0	137	46	13	16	23	1.82
22205184--22205464	151	1.9	150	84	0	382	44	16	20	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22205352--22205872	119	4.4	118	76	5	446	46	15	19	19	1.85
22206210--22206247	10	3.8	10	96	0	67	0	2	5	92	0.47
22206210--22206250	19	2.1	19	90	4	64	0	2	7	90	0.54
22206221--22206257	19	1.9	19	88	0	56	2	2	8	86	0.76
22217531--22217569	10	3.8	10	84	15	53	69	10	0	20	1.17
22217539--22217566	12	2.3	12	100	0	56	78	7	0	14	0.95
22217990--22218018	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
22218017--22218042	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22218084--22218135	26	2.0	26	88	0	77	36	30	21	11	1.89
22219844--22219882	13	3.1	13	88	3	53	66	0	0	33	0.92
22219843--22219885	6	7.2	6	84	7	52	62	0	0	37	0.95
22219991--22220029	10	3.8	10	83	6	51	53	0	0	46	1.00
22219991--22220038	20	2.2	21	85	10	62	56	0	0	43	0.99
22222972--22222997	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22224688--22224717	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22229332--22229423	34	2.8	33	72	8	89	41	9	14	34	1.78
22230009--22230052	21	2.1	21	86	0	61	18	2	13	65	1.36
22232007--22232072	33	2.0	33	93	0	114	33	3	9	54	1.47
22232428--22232641	107	2.0	107	86	0	302	51	13	10	24	1.73
22235030--22235157	68	1.9	68	80	6	152	37	7	14	41	1.72
22235329--22235393	26	2.6	24	81	11	76	81	0	16	1	0.77
22235332--22235393	15	3.9	15	74	12	52	82	0	16	1	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22235351--22235394	9	4.7	9	81	18	54	84	0	15	0	0.63
22235342--22235395	20	2.8	20	81	13	67	81	0	18	0	0.69
22235342--22235393	24	2.1	25	92	3	88	84	0	15	0	0.62
22235607--22235647	21	2.0	20	90	4	64	2	19	0	78	0.87
22237817--22237971	78	2.0	78	90	0	247	50	15	5	27	1.66
22238490--22238532	16	2.8	15	83	16	61	41	4	0	53	1.21
22240278--22240333	14	4.1	14	76	17	55	25	1	3	69	1.14
22240744--22240788	14	3.2	14	93	0	72	55	28	0	15	1.41
22240744--22240879	30	4.6	29	73	12	80	47	29	2	21	1.63
22240812--22240895	31	2.7	31	75	10	82	41	28	2	27	1.68
22240751--22240880	14	8.8	14	69	18	59	46	30	2	20	1.63
22243693--22243884	95	2.0	95	97	0	366	29	20	14	34	1.93
22247648--22247708	12	4.6	14	75	18	60	81	9	4	3	0.94
22247648--22247718	28	2.6	26	83	14	90	80	11	5	2	0.99
22248228--22248572	171	2.0	171	98	0	663	33	22	13	30	1.93
22249309--22249424	41	2.8	40	75	8	117	32	20	12	34	1.90
22249841--22249898	22	2.6	22	86	2	80	25	17	17	39	1.91
22250119--22250170	22	2.4	22	86	0	68	30	15	15	38	1.88
22250136--22250206	22	3.2	22	79	15	67	29	21	12	36	1.90
22250295--22250340	22	2.1	22	88	4	67	41	21	6	30	1.78
22250151--22250519	132	2.8	132	81	4	379	27	18	14	39	1.89
22249957--22250472	286	1.8	286	82	5	675	27	17	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22250405--22250472	22	3.1	22	77	8	75	36	20	8	33	1.84
22250567--22250647	37	2.2	37	81	0	99	18	25	13	41	1.87
22250771--22250836	22	3.0	22	80	8	80	27	24	15	33	1.95
22250830--22250900	36	2.0	36	86	5	99	16	12	21	49	1.79
22250933--22251032	37	2.8	36	72	7	85	21	19	12	48	1.80
22251355--22251400	16	2.9	16	83	3	58	69	0	0	30	0.89
22252834--22252867	15	2.2	15	89	5	50	44	0	2	52	1.16
22252814--22252867	16	3.5	15	75	7	54	42	1	1	53	1.22
22257778--22257829	25	2.1	25	85	3	70	34	17	19	28	1.94
22259214--22259264	22	2.3	22	96	0	93	29	23	9	37	1.87
22259509--22259562	26	2.1	26	92	0	90	22	20	22	35	1.96
22267285--22267678	202	2.0	202	79	7	437	35	11	6	46	1.65
22268742--22268794	22	2.3	23	77	3	54	3	5	13	77	1.09
22268759--22268820	32	2.0	31	84	15	83	3	3	12	80	0.95
22268756--22268824	31	2.3	29	81	18	79	2	2	13	81	0.92
22269163--22269617	48	9.5	47	80	8	415	37	23	11	27	1.89
22269166--22269613	190	2.3	191	83	5	537	38	23	11	27	1.89
22282225--22282284	19	3.2	18	73	15	50	6	1	11	80	0.98
22282194--22282274	42	1.9	42	82	9	103	6	6	11	76	1.14
22282221--22282274	27	2.0	28	85	3	74	5	1	11	81	0.93
22287881--22287919	19	2.1	19	100	0	78	25	15	35	23	1.94
22289257--22289303	17	2.7	18	75	18	55	78	0	0	21	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22289259--22289301	16	2.7	15	80	19	52	79	0	0	20	0.74
22289257--22289305	12	3.9	12	80	15	55	77	0	0	22	0.77
22291887--22291926	12	3.3	12	82	0	53	2	7	5	85	0.83
22296791--22296821	14	2.1	15	94	5	55	32	0	0	67	0.91
22303359--22303421	28	2.4	27	76	15	69	50	0	1	47	1.10
22303704--22303741	16	2.4	16	86	0	58	52	7	2	36	1.45
22304290--22304352	29	2.2	28	80	5	74	42	3	3	50	1.34
22304429--22304455	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
22304902--22304961	12	4.7	13	80	19	65	35	0	0	65	0.93
22304907--22304962	22	2.5	22	77	5	60	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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