genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2120839--2120886	23	2.1	23	88	3	71	43	0	4	52	1.20
2120849--2120896	20	2.4	19	79	6	51	43	0	2	54	1.12
2125252--2125282	9	3.6	9	95	4	55	38	0	0	61	0.96
2125756--2125809	10	5.4	10	80	8	56	46	0	0	53	1.00
2129362--2129407	21	2.2	21	84	7	58	17	2	6	73	1.14
2133018--2133051	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2133242--2133313	29	2.4	30	74	2	74	50	4	6	38	1.49
2135665--2135712	23	2.1	23	88	3	71	43	0	4	52	1.20
2135675--2135722	20	2.4	19	79	6	51	43	0	2	54	1.12
2142177--2142223	23	2.0	23	100	0	94	19	8	0	72	1.10
2145510--2145554	13	3.5	13	76	11	56	80	2	17	0	0.82
2146103--2146130	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
2147619--2147824	103	2.0	104	92	2	344	25	15	17	41	1.89
2148289--2148348	29	2.1	29	90	0	93	48	0	0	51	1.00
2153571--2153615	7	6.7	7	80	10	58	60	8	2	28	1.39
2155811--2155838	14	2.0	14	100	0	56	0	42	0	57	0.99
2160195--2160225	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
2160663--2160714	26	2.0	26	85	7	70	50	7	1	40	1.42
2161752--2161782	16	1.9	16	93	0	53	90	0	6	3	0.55
2164672--2164728	28	2.0	28	89	0	87	38	12	12	36	1.80
2166435--2166491	27	2.1	27	86	0	78	54	1	8	35	1.42
2170669--2170714	21	2.2	21	88	7	67	17	0	6	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171416--2171455	19	2.1	18	86	9	53	37	5	5	52	1.45
2174400--2174442	17	2.6	16	78	10	50	65	0	2	32	1.06
2176239--2176276	16	2.2	18	86	9	53	71	0	0	28	0.87
2176350--2176386	10	3.6	10	92	3	56	51	0	0	48	1.00
2176350--2176403	20	2.7	21	83	11	60	59	0	0	40	0.98
2176807--2176831	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2180436--2180474	12	3.2	12	89	7	60	76	0	0	23	0.78
2180432--2180474	16	2.6	17	85	10	54	74	0	0	25	0.82
2181484--2181509	9	2.9	9	100	0	52	19	0	0	80	0.71
2181483--2181529	19	2.5	19	79	3	51	21	0	2	76	0.89
2181928--2182000	15	4.9	15	72	9	51	47	28	2	20	1.64
2181928--2181994	30	2.2	29	82	10	73	47	29	2	19	1.64
2193395--2193455	28	2.3	28	83	8	83	83	4	1	9	0.86
2194554--2196253	107	15.7	106	78	6	1259	20	21	13	43	1.86
2194613--2195577	36	26.8	36	65	10	162	21	21	13	43	1.86
2194623--2195022	37	11.0	35	67	12	130	22	20	12	44	1.85
2194684--2195001	73	4.4	72	66	12	184	22	21	13	43	1.86
2194554--2196253	217	7.9	214	80	3	1385	20	21	13	43	1.86
2194607--2196111	324	4.6	324	83	3	1661	20	21	13	44	1.86
2195874--2196037	35	4.6	36	67	7	91	21	21	14	43	1.87
2196286--2196373	36	2.5	35	80	9	106	22	17	9	51	1.73
2196663--2196708	15	3.0	15	87	3	65	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196660--2196708	18	2.8	17	85	11	64	79	0	0	20	0.73
2196673--2196705	9	3.7	9	84	15	50	78	0	0	21	0.75
2196660--2196714	8	6.9	8	78	14	51	76	0	1	21	0.88
2196673--2196708	18	2.1	18	94	5	65	80	0	0	19	0.71
2196660--2196714	24	2.3	24	87	12	78	76	0	1	21	0.88
2197732--2197771	21	1.9	21	85	10	55	22	0	5	72	1.04
2198140--2198213	15	5.0	14	70	16	60	48	31	1	18	1.57
2198140--2198222	30	2.8	30	80	10	98	48	28	1	21	1.58
2205587--2205611	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2205643--2205686	19	2.3	19	88	11	63	65	0	0	34	0.93
2205794--2205836	21	2.0	21	100	0	86	23	18	9	48	1.76
2219252--2220189	333	2.8	332	84	3	1213	35	14	11	38	1.83
2227189--2227237	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
2228942--2228978	15	2.4	16	86	9	58	35	0	0	64	0.94
2229781--2229828	23	2.1	23	84	3	62	45	0	2	52	1.12
2229791--2229838	20	2.4	19	79	6	51	43	0	2	54	1.12
2235610--2235650	20	2.0	20	95	0	73	36	9	7	46	1.65
2235996--2236023	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2240255--2240306	24	2.2	23	89	3	77	38	15	1	44	1.58
2241930--2241982	22	2.4	23	76	17	58	28	0	7	64	1.21
2242392--2242425	12	2.8	12	86	0	50	23	0	2	73	0.97
2248016--2248075	25	2.3	26	86	8	79	40	5	0	55	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2248776--2248820	7	6.7	7	80	10	58	60	8	2	28	1.39
2249307--2249342	17	2.2	17	90	5	56	52	0	0	47	1.00
2267975--2268029	20	2.7	21	81	13	62	65	0	0	34	0.93
2267984--2268036	15	3.7	14	85	9	63	66	0	0	33	0.92
2267975--2268022	22	2.3	20	85	7	60	66	0	0	33	0.92
2267975--2268035	25	2.4	26	76	12	74	65	0	0	34	0.93
2267984--2268078	38	2.5	37	80	10	95	64	0	0	35	0.94
2268005--2268072	21	3.2	20	74	13	57	64	0	0	35	0.94
2269145--2269169	12	2.1	12	100	0	50	16	16	16	52	1.76
2276452--2276487	18	1.9	19	88	5	56	30	22	11	36	1.89
2276630--2276687	28	2.1	28	86	0	80	51	22	3	22	1.63
2279165--2279222	6	10.0	6	75	20	52	32	0	0	67	0.91
2279165--2279221	22	2.5	24	83	13	75	33	0	0	66	0.92
2280987--2281032	13	3.3	14	77	20	51	67	2	0	30	1.03
2285004--2285037	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2287311--2287348	20	1.9	20	89	10	60	28	0	2	68	1.03
2287964--2288014	23	2.2	23	83	16	61	33	1	17	47	1.59
2288137--2288195	20	3.0	20	94	0	100	18	30	28	22	1.97
2288497--2288530	11	2.9	12	86	8	52	20	0	0	79	0.73
2288785--2288837	26	2.1	25	82	3	61	43	3	16	35	1.67
2288846--2288916	31	2.3	32	88	9	103	21	22	25	30	1.98
2288980--2289022	19	2.3	19	84	8	52	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289340--2289370	16	1.9	16	93	0	53	12	0	6	80	0.89
2289398--2290004	162	3.8	161	96	1	1064	28	14	17	38	1.89
2292339--2292378	20	2.0	20	90	0	62	20	30	27	22	1.98
2292559--2292604	24	2.0	24	82	4	58	17	8	4	69	1.31
2292667--2292700	11	2.9	12	86	8	52	20	0	0	79	0.73
2293016--2293086	31	2.3	32	83	11	94	22	23	23	29	1.99
2293150--2293195	19	2.4	19	81	0	56	26	30	19	23	1.98
2294656--2294688	1	33.0	1	93	0	57	96	3	0	0	0.20
2295073--2295138	16	4.2	16	76	19	61	77	0	15	7	0.98
2295082--2295133	15	3.5	15	80	14	56	76	0	15	7	0.99
2295082--2295134	8	7.1	8	82	8	60	77	0	15	7	0.98
2296327--2297239	39	23.0	39	91	6	1412	22	17	22	37	1.94
2296327--2297239	120	7.7	117	92	5	1439	22	17	22	37	1.94
2297372--2297429	20	2.9	20	94	0	98	18	31	27	22	1.97
2297618--2297663	24	2.0	24	82	4	58	17	8	4	69	1.31
2297726--2297758	12	2.9	12	86	13	52	21	0	0	78	0.75
2298070--2298141	31	2.3	32	83	13	96	22	25	23	29	1.99
2298206--2298251	19	2.4	19	81	0	56	26	30	19	23	1.98
2298469--2298496	5	5.6	5	100	0	56	17	42	39	0	1.50
2298601--2299195	157	3.8	157	94	2	1022	29	14	17	38	1.90
2306275--2306329	22	2.6	21	83	16	69	85	5	1	7	0.80
2306294--2306324	12	2.7	12	95	5	55	87	6	0	6	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306275--2306329	28	1.9	29	88	3	85	85	5	1	7	0.80
2306274--2306335	28	2.2	29	82	2	81	82	4	6	6	0.95
2306670--2306705	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2310040--2310082	18	2.5	17	81	7	50	23	0	0	76	0.78
2312118--2312160	15	2.9	16	83	16	65	30	0	0	69	0.88
2312127--2312160	7	4.6	7	89	10	50	32	0	0	67	0.91
2312167--2312223	26	2.2	26	96	0	105	28	8	17	45	1.78
2312740--2313010	144	1.9	143	81	6	332	46	6	6	40	1.55
2312710--2313010	71	4.2	71	76	8	297	46	5	7	40	1.56
2312817--2313087	147	1.9	144	81	6	332	47	7	7	38	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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