genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   

This is table  118  of  147  ( 17591 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21179081--21179135	19	2.9	19	83	2	67	32	12	5	49	1.64
21179081--21179136	18	3.1	18	82	5	67	33	12	5	48	1.64
21197509--21197533	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
21200052--21200095	18	2.4	18	80	0	52	25	20	11	43	1.85
21200342--21200430	32	2.7	32	74	6	81	38	21	13	26	1.91
21200683--21200874	104	1.9	103	82	3	242	39	15	11	33	1.84
21200854--21200946	22	4.3	22	78	10	102	35	23	12	27	1.92
21200932--21201188	104	2.5	104	79	4	270	38	14	11	36	1.81
21204417--21204489	28	2.6	28	87	6	96	49	1	1	47	1.18
21204576--21204649	29	2.5	31	84	4	98	47	1	0	51	1.09
21206405--21206587	64	2.9	63	83	4	235	46	7	6	39	1.57
21208344--21208378	3	11.7	3	100	0	70	34	31	0	34	1.58
21210113--21210162	19	2.6	19	84	6	66	42	0	0	58	0.98
21210639--21210673	18	1.9	18	88	11	54	42	0	0	57	0.99
21213762--21213797	18	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
21214588--21214618	15	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
21214590--21214640	19	2.7	18	88	11	75	58	0	0	41	0.98
21214590--21214640	20	2.7	20	90	6	79	58	0	0	41	0.98
21216061--21216139	33	2.4	33	78	12	83	49	31	3	15	1.62
21216078--21216145	17	4.2	16	80	9	66	50	33	1	14	1.53
21224109--21224194	41	2.1	41	86	0	118	34	20	12	31	1.91
21224115--21224208	41	2.3	41	83	3	109	38	19	13	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21224436--21224974	110	4.9	109	78	6	347	25	19	15	39	1.91
21224623--21224666	22	2.0	22	90	0	70	34	20	11	34	1.88
21225042--21225084	22	2.0	22	81	9	52	34	23	11	30	1.90
21225112--21225216	36	2.9	36	87	4	142	18	21	10	49	1.77
21225154--21225328	69	2.5	69	76	11	160	20	21	12	45	1.84
21225229--21225697	174	2.7	172	82	4	514	21	18	12	46	1.82
21226048--21226087	21	2.0	20	90	5	62	72	0	0	27	0.85
21227065--21227107	18	2.3	18	84	4	50	25	0	4	69	1.07
21227539--21227585	16	2.9	17	78	15	55	48	40	0	10	1.38
21227534--21227617	31	2.7	30	75	14	80	46	34	1	17	1.56
21229042--21229078	19	2.0	19	94	5	67	51	0	0	48	1.00
21229154--21229198	23	2.0	23	86	8	65	66	0	4	28	1.11
21233994--21234025	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
21239309--21239348	20	2.0	20	85	5	53	20	7	0	72	1.08
21240035--21240068	17	2.0	17	94	0	59	76	2	0	20	0.92
21240265--21240363	26	3.9	24	74	19	85	18	0	6	75	1.00
21240291--21240339	17	2.8	17	78	3	53	18	0	12	69	1.19
21240263--21240424	8	18.9	8	67	22	55	19	2	4	73	1.13
21240434--21240469	17	2.0	19	89	10	58	16	2	16	63	1.42
21240511--21240545	17	1.9	19	88	11	56	25	5	5	62	1.40
21240954--21240984	11	2.7	11	95	5	53	0	0	9	90	0.46
21240952--21240984	16	2.1	16	94	5	59	0	0	9	90	0.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21241914--21241946	13	2.8	12	90	9	50	12	12	0	75	1.04
21242396--21242453	29	2.0	30	89	3	91	5	6	5	82	0.93
21242394--21242444	23	2.3	22	83	6	66	5	5	3	84	0.87
21249060--21249109	26	2.0	24	88	7	73	28	26	4	42	1.73
21256909--21256991	36	2.3	36	89	0	121	45	18	19	16	1.85
21256959--21257168	107	2.0	105	82	7	255	46	15	20	17	1.84
21256914--21257215	142	2.1	144	81	5	362	49	15	18	16	1.81
21256971--21257785	35	22.9	35	67	11	218	48	14	19	18	1.81
21257261--21257516	106	2.4	108	78	8	281	48	13	19	17	1.80
21257334--21257537	106	1.9	106	80	5	234	51	12	17	18	1.76
21257487--21257748	71	3.7	70	83	5	278	48	14	20	16	1.80
21257780--21257857	38	2.1	38	85	4	104	55	14	16	14	1.70
21258095--21258288	106	1.8	107	82	3	248	51	15	15	16	1.77
21258240--21259238	73	13.8	73	73	8	286	51	14	17	17	1.77
21257003--21258758	36	48.8	36	67	13	345	49	14	18	17	1.80
21259030--21259155	36	3.5	36	70	6	101	54	15	11	18	1.70
21259774--21259803	15	2.0	15	93	0	51	36	13	30	20	1.90
21259746--21259826	41	2.0	41	92	0	135	30	11	23	34	1.90
21261491--21261558	30	2.3	29	82	7	75	5	25	1	67	1.21
21261511--21261616	16	6.5	15	74	14	70	5	18	0	75	0.99
21261545--21261609	22	3.0	21	75	8	67	7	16	0	75	1.03
21265997--21266068	37	1.9	37	94	0	126	47	9	5	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21277504--21277530	14	1.9	14	100	0	54	25	7	0	66	1.17
21277537--21277576	21	2.0	20	85	5	53	30	0	2	67	1.04
21277505--21277574	13	5.6	13	78	14	58	30	2	1	65	1.15
21277648--21277698	20	2.5	20	83	0	57	3	17	1	76	1.03
21277839--21277867	12	2.3	13	94	5	51	6	6	10	75	1.17
21278734--21278798	30	2.2	30	82	0	76	41	0	1	56	1.08
21278771--21278824	21	2.6	21	80	13	67	50	0	0	50	1.00
21278771--21278824	23	2.5	22	88	8	76	50	0	0	50	1.00
21281998--21282040	21	2.0	21	100	0	86	41	11	23	23	1.87
21282978--21283025	8	6.0	8	85	0	51	52	2	0	45	1.12
21282974--21283008	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
21283855--21283892	12	3.2	12	100	0	76	15	15	34	34	1.90
21286276--21286492	97	2.2	97	81	8	244	41	5	5	47	1.48
21287840--21287892	12	4.5	12	76	4	54	64	9	0	26	1.24
21298459--21298974	259	2.0	259	94	0	906	38	10	11	39	1.76
21299341--21299574	10	22.9	10	68	15	52	58	5	2	33	1.33
21299372--21299415	19	2.3	19	84	7	54	63	9	2	25	1.35
21299342--21299563	20	10.9	20	70	11	121	58	5	2	33	1.33
21299343--21299563	30	7.2	30	67	10	99	58	5	2	33	1.33
21299655--21300136	9	50.8	9	65	17	131	40	1	4	52	1.32
21299772--21299827	28	1.9	29	89	7	87	33	1	8	55	1.42
21299829--21299892	30	2.2	30	82	2	76	46	0	4	48	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21299828--21299975	67	2.2	65	78	11	147	41	0	2	54	1.19
21299925--21300136	10	21.7	9	71	14	118	37	1	5	55	1.33
21299655--21300136	19	25.4	18	65	17	131	40	1	4	52	1.32
21300104--21300140	19	1.9	19	94	0	65	43	0	8	48	1.32
21300637--21301158	269	1.9	270	83	1	670	27	20	13	37	1.91
21308509--21308562	27	2.0	27	82	7	65	33	22	12	31	1.92
21312008--21312045	13	2.9	13	77	14	51	18	0	5	76	0.97
21312219--21312247	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
21313456--21313500	14	3.1	14	84	12	56	82	0	15	2	0.77
21313963--21314088	52	2.5	50	83	5	146	43	13	12	30	1.81
21314206--21314302	49	2.0	49	87	0	140	47	16	7	28	1.73
21314195--21314283	25	3.6	24	67	8	63	50	14	8	25	1.72
21314560--21314599	18	2.2	18	90	0	62	37	15	25	22	1.93
21319878--21319940	25	2.5	25	87	7	83	42	3	0	53	1.16
21321289--21321344	25	2.2	25	81	12	62	55	0	5	39	1.23
21323851--21323882	13	2.5	13	94	0	55	31	6	0	62	1.20
21323851--21323892	13	3.4	12	84	12	50	26	7	2	64	1.32
21324450--21324480	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
21325868--21325913	17	2.8	16	80	6	56	36	0	8	54	1.32
21326051--21326110	31	1.9	31	83	10	77	65	3	6	25	1.33
21326092--21326129	17	2.2	17	86	9	51	84	0	2	13	0.73
21326926--21327053	3	44.3	3	82	13	153	61	2	2	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21327198--21327366	3	58.3	3	84	11	219	62	2	1	33	1.18
21327196--21327388	9	20.3	9	74	10	91	63	2	2	31	1.19
21328191--21328242	11	4.7	11	81	6	61	55	3	3	36	1.36
21328272--21328321	21	2.4	22	80	10	59	18	26	28	28	1.98
21333192--21333273	41	2.0	41	88	2	121	40	14	15	29	1.87
21333879--21333915	20	1.9	18	89	10	56	2	0	13	83	0.74
21334840--21334884	3	16.0	3	80	13	51	62	0	4	33	1.15
21338664--21338707	3	14.3	3	95	4	79	31	0	2	65	1.05
21339375--21339425	19	2.6	20	71	6	59	62	1	3	31	1.24
21339427--21339462	19	1.9	18	94	5	63	30	0	0	69	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147