genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   

This is table  120  of  147  ( 17591 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21517205--21517258	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
21517361--21517699	86	4.0	85	77	6	333	43	14	19	23	1.87
21529289--21529505	57	3.8	56	76	12	199	38	10	5	44	1.64
21529388--21529421	17	2.0	17	88	0	50	47	0	5	47	1.26
21530449--21530487	16	2.4	16	86	0	51	15	7	0	76	0.99
21532558--21532649	23	4.0	23	76	6	78	75	1	16	7	1.09
21532889--21532922	7	4.9	7	96	0	50	14	14	17	52	1.74
21533161--21533331	95	1.8	93	93	2	297	31	21	25	21	1.98
21536984--21537013	15	2.0	15	93	0	51	56	0	10	33	1.32
21538712--21538748	19	1.9	19	88	0	56	27	5	16	51	1.66
21539968--21540165	52	3.8	52	88	1	263	25	26	8	39	1.84
21540435--21540509	25	3.1	25	71	7	73	21	34	12	32	1.90
21541042--21541198	52	3.0	52	86	1	208	26	25	8	40	1.83
21541222--21541264	11	3.9	11	90	0	68	51	25	0	23	1.49
21541219--21541265	22	2.1	22	96	0	85	46	25	0	27	1.53
21542292--21542316	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21547610--21547646	18	2.0	20	89	10	60	67	0	0	32	0.91
21550416--21550508	32	2.9	32	82	3	107	27	10	23	37	1.88
21552063--21552443	196	2.0	194	92	2	629	37	13	11	37	1.80
21559484--21559543	25	2.3	26	86	11	79	8	5	8	78	1.09
21560253--21560287	12	2.8	12	91	4	52	34	0	0	65	0.93
21560314--21560684	206	1.8	205	79	8	441	32	13	9	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21560896--21560927	13	2.5	13	94	0	55	6	28	37	28	1.81
21561757--21561802	22	2.1	22	83	0	56	10	10	50	28	1.71
21561900--21561933	11	3.1	11	84	16	52	2	0	14	82	0.79
21571259--21571313	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
21575219--21575255	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
21575277--21575302	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
21575634--21575698	16	4.1	16	71	15	53	40	0	1	58	1.07
21575642--21575714	17	4.7	15	73	14	58	31	0	1	67	1.00
21575650--21575721	17	4.4	17	70	22	73	36	0	0	63	0.94
21575729--21575753	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
21576484--21576528	19	2.3	19	84	3	54	6	4	17	71	1.25
21576919--21576968	11	4.4	11	82	5	55	22	6	2	70	1.20
21579853--21579908	26	2.2	26	93	0	94	41	5	5	48	1.49
21604019--21604046	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
21605746--21605788	23	2.0	21	82	13	52	41	4	0	53	1.21
21616750--21616801	25	2.1	25	82	7	61	50	9	3	36	1.54
21618928--21618957	12	2.4	13	88	11	53	50	23	6	20	1.71
21621348--21621401	27	2.0	27	100	0	108	33	18	14	33	1.92
21627074--21627142	35	2.0	35	83	5	88	59	0	5	34	1.21
21627301--21627334	13	2.6	13	86	13	52	47	0	0	52	1.00
21627596--21627661	6	11.0	6	85	6	71	62	1	0	36	1.05
21628185--21628220	18	2.0	18	89	10	56	61	0	2	36	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21630247--21630310	32	2.0	32	96	0	119	17	3	23	56	1.55
21631053--21631104	27	1.9	27	88	0	77	21	26	3	48	1.67
21633361--21633429	17	3.7	20	72	18	67	49	13	5	31	1.65
21633472--21633531	19	3.3	19	75	17	72	58	10	5	26	1.51
21633625--21633694	22	3.3	20	71	13	61	57	8	4	30	1.48
21633625--21633710	41	2.1	41	86	0	118	55	8	5	30	1.52
21633629--21633709	21	4.0	19	71	17	56	55	8	6	29	1.54
21633751--21633812	20	3.2	20	81	2	72	54	8	6	30	1.55
21634701--21634890	43	4.4	43	79	2	195	35	17	15	31	1.91
21634701--21634890	86	2.2	85	83	5	231	35	17	15	31	1.91
21634925--21634991	35	1.9	35	85	11	93	40	25	8	25	1.84
21636292--21636336	24	2.0	23	86	8	65	31	8	4	55	1.51
21638730--21638805	37	2.1	37	94	0	134	26	25	9	39	1.85
21644163--21644213	25	2.2	24	83	13	63	29	5	17	47	1.71
21644610--21645103	247	2.0	247	96	0	916	30	23	3	41	1.72
21647001--21647050	24	2.1	24	81	7	57	40	0	8	52	1.31
21648901--21648971	36	2.0	36	91	5	117	14	9	7	69	1.37
21651901--21651971	30	2.4	29	77	15	74	36	22	9	30	1.87
21653645--21653700	16	3.4	16	76	18	53	83	3	7	5	0.88
21654537--21654581	17	2.7	16	80	10	54	75	2	0	22	0.91
21655428--21655472	19	2.4	19	80	0	54	84	2	4	8	0.84
21655988--21656080	47	2.0	47	85	4	125	35	19	15	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21656042--21656160	44	2.8	43	79	9	136	33	18	14	33	1.91
21656280--21656528	119	2.2	113	82	7	290	33	21	11	33	1.89
21656698--21656743	19	2.6	18	83	10	60	73	0	23	2	0.94
21657322--21657460	74	1.9	74	86	5	201	33	12	16	38	1.86
21657497--21657725	104	2.2	103	85	0	305	34	13	14	36	1.87
21657692--21657751	22	2.7	22	82	10	86	28	20	15	36	1.92
21657605--21657999	126	3.1	125	80	5	431	34	14	13	37	1.85
21657943--21658006	22	2.9	22	79	9	76	29	15	17	37	1.91
21662830--21662877	22	2.3	21	83	16	57	22	4	4	68	1.24
21662976--21663018	22	2.0	22	90	0	68	39	9	4	46	1.57
21663410--21663438	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21664873--21664898	6	4.3	6	100	0	52	50	50	0	0	1.00
21665760--21665814	25	2.2	25	93	0	92	21	14	25	38	1.92
21666213--21666263	21	2.4	22	75	15	54	54	0	11	33	1.37
21668682--21668719	20	1.9	20	84	10	51	50	5	0	44	1.24
21670201--21670243	3	14.3	3	100	0	86	32	32	0	34	1.58
21670242--21670276	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
21673276--21673348	31	2.3	32	76	6	78	38	21	4	35	1.73
21674490--21674524	17	2.1	17	100	0	70	22	34	11	31	1.90
21688480--21688527	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
21692516--21692560	23	1.9	24	86	13	67	73	2	22	2	1.05
21710026--21710059	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21710739--21710768	15	2.0	15	100	0	60	33	6	40	20	1.78
21710901--21710973	29	2.4	29	84	4	101	45	0	4	50	1.20
21711067--21711116	26	1.9	26	83	0	64	36	2	4	58	1.29
21723346--21723385	15	2.6	15	88	4	62	52	0	2	45	1.14
21723312--21723382	26	2.8	25	83	8	90	49	0	2	47	1.16
21723346--21723432	16	5.2	16	75	15	70	51	0	1	47	1.08
21723346--21723442	18	5.7	16	76	17	65	53	0	1	45	1.07
21723471--21723561	15	5.9	15	74	18	80	42	0	2	54	1.12
21723473--21723566	22	4.2	22	76	11	68	42	0	2	55	1.12
21723528--21723579	22	2.4	21	81	12	61	42	1	1	53	1.23
21723561--21723611	19	2.8	18	80	13	52	45	3	0	50	1.20
21723675--21723758	43	2.0	42	81	11	100	44	8	0	47	1.33
21723727--21723776	22	2.3	22	86	3	66	32	8	2	58	1.39
21724702--21724734	17	1.9	18	88	11	52	57	0	0	42	0.98
21724590--21724886	153	1.9	153	93	0	504	40	7	10	41	1.66
21725419--21725444	7	3.7	7	100	0	52	30	11	46	11	1.76
21726591--21726643	15	3.5	15	80	12	63	71	1	0	26	0.96
21727074--21727137	24	2.5	24	80	12	65	65	0	0	34	0.93
21728281--21728310	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
21729116--21729148	7	4.9	7	85	7	50	87	0	12	0	0.53
21729114--21729175	30	2.0	31	84	6	81	80	1	12	4	0.94
21737009--21737045	19	1.9	19	89	10	58	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21738957--21739012	24	2.3	24	84	9	69	37	0	0	62	0.95
21741131--21741160	10	3.1	10	95	4	53	0	40	0	60	0.97
21741394--21741449	26	2.2	26	86	0	76	14	12	7	66	1.44
21741906--21741954	15	3.1	15	82	8	62	38	16	18	26	1.91
21741923--21741956	17	2.0	17	94	0	59	38	17	20	23	1.93
21742365--21742417	22	2.5	20	77	14	52	47	7	9	35	1.64
21742593--21742639	23	2.1	23	84	4	60	44	12	12	29	1.80
21742819--21742903	23	3.9	21	71	18	66	44	15	5	34	1.70
21742793--21742893	23	4.4	23	73	14	84	43	13	7	34	1.74
21742790--21742893	44	2.3	46	86	8	142	42	14	7	35	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147