genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21744274--21744331	30	2.0	29	90	10	91	15	17	0	67	1.24
21748947--21748999	19	2.5	23	76	14	60	79	5	0	15	0.91
21748950--21748998	14	3.5	14	82	15	57	79	6	0	14	0.91
21749812--21749841	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
21750500--21750606	21	5.2	21	75	10	87	50	2	0	46	1.16
21750519--21750551	16	2.1	16	94	0	57	57	3	0	39	1.14
21750548--21750613	21	3.1	22	75	16	68	43	0	0	56	0.99
21750519--21750646	20	6.7	19	71	23	74	50	1	0	48	1.10
21751442--21751887	128	3.5	128	79	4	409	39	10	8	41	1.70
21752057--21752184	60	2.2	59	79	13	138	38	14	3	43	1.63
21752085--21752191	30	3.6	30	74	12	103	37	14	3	44	1.62
21753943--21753986	23	1.9	23	82	17	56	11	13	0	75	1.06
21753963--21753995	17	1.9	17	88	11	50	9	12	0	78	0.95
21753967--21754004	17	2.2	18	85	4	51	7	18	0	73	1.06
21754549--21754582	15	2.3	15	89	0	50	8	2	2	85	0.80
21757749--21757788	19	2.2	18	86	4	53	47	0	0	52	1.00
21774204--21774231	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21775287--21775338	11	4.8	11	78	2	52	75	1	19	3	1.06
21777156--21777290	67	2.0	67	94	0	234	44	8	16	31	1.77
21777812--21777855	21	2.0	22	91	4	72	34	4	22	38	1.75
21784805--21784836	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
21792286--21792369	30	2.8	30	82	8	109	53	2	2	41	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21792272--21792340	15	4.5	15	68	15	52	53	2	1	42	1.24
21792286--21792370	29	2.9	29	80	13	93	52	3	2	41	1.31
21792746--21792770	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
21795979--21796017	17	2.1	20	86	13	57	28	0	5	66	1.12
21795965--21796020	29	2.0	29	85	3	78	30	0	3	66	1.09
21798848--21798887	21	1.9	21	84	0	53	10	30	0	60	1.30
21806522--21806564	10	4.3	10	84	0	59	46	0	0	53	1.00
21809537--21809575	4	9.8	4	94	0	69	23	2	0	74	0.94
21809911--21809939	12	2.3	13	94	5	51	24	0	13	62	1.32
21810116--21810158	15	2.9	15	82	6	52	72	0	25	2	0.97
21810123--21810162	19	2.0	19	85	9	53	70	0	30	0	0.88
21815058--21815106	17	2.8	17	84	6	62	85	0	8	6	0.73
21815058--21815092	10	3.5	10	88	0	52	88	0	8	2	0.61
21816923--21817054	39	3.2	40	78	5	122	24	12	17	46	1.82
21816826--21817175	40	8.5	43	75	9	248	26	11	17	44	1.83
21816826--21817175	85	4.2	84	74	11	267	26	11	17	44	1.83
21817108--21817245	70	2.0	71	91	4	226	28	13	15	43	1.83
21817179--21817324	43	3.4	43	85	0	204	30	13	12	43	1.81
21818823--21818944	54	2.3	52	81	12	142	57	7	9	26	1.56
21820088--21820113	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
21822054--21822100	24	2.0	24	86	0	67	61	6	0	31	1.21
21828198--21828341	69	2.1	69	87	3	202	45	4	19	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21835154--21835185	6	5.3	6	96	0	55	21	43	18	15	1.87
21836400--21836443	21	2.2	20	84	8	54	50	0	2	47	1.13
21841189--21841276	24	3.7	23	77	10	88	80	6	1	11	0.94
21841189--21841277	18	4.8	18	73	8	63	80	6	1	11	0.94
21841188--21841272	32	2.7	30	79	15	84	80	7	1	11	0.97
21841209--21841272	6	10.3	6	80	15	51	82	7	1	7	0.89
21841630--21841654	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21841610--21841655	23	2.0	23	83	8	58	67	2	0	30	1.03
21841724--21841762	21	1.9	19	90	10	60	79	7	2	10	1.02
21845877--21845928	24	2.1	25	82	10	63	40	5	3	50	1.45
21846190--21846220	6	5.0	6	92	7	53	35	0	0	64	0.94
21853700--21853826	63	2.0	63	96	0	236	44	18	11	25	1.82
21856404--21856455	15	3.3	15	77	15	59	50	3	0	46	1.20
21861911--21861968	24	2.4	24	76	0	62	56	15	0	27	1.39
21863007--21863056	20	2.6	18	79	14	55	72	2	22	4	1.12
21863833--21864344	58	8.7	58	73	13	383	39	11	5	42	1.65
21864144--21864195	16	3.3	15	79	12	52	48	7	1	42	1.43
21863787--21864261	235	2.0	236	88	3	699	38	11	5	43	1.66
21863826--21864343	235	2.2	234	81	6	593	39	11	5	43	1.65
21864365--21864425	5	11.4	5	79	10	59	75	0	6	18	1.01
21865220--21865374	14	11.7	13	68	19	72	65	0	4	29	1.12
21865221--21865378	13	10.7	15	70	23	81	65	0	4	29	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21865221--21865291	3	22.7	3	72	13	54	70	0	4	25	1.05
21865221--21865295	20	3.9	20	84	6	84	70	0	4	25	1.04
21865308--21865357	24	2.1	23	85	10	66	56	0	4	40	1.18
21865238--21865364	16	8.1	15	68	21	57	62	0	5	31	1.18
21865581--21865889	45	7.0	44	80	4	327	43	20	14	22	1.87
21865581--21865981	175	2.3	175	80	5	427	43	19	13	22	1.87
21867003--21867034	10	3.3	10	95	4	57	9	0	6	84	0.78
21877500--21877950	58	7.7	58	85	4	550	38	13	5	42	1.67
21877962--21878039	5	14.6	5	81	7	75	76	1	5	16	1.02
21877962--21878011	6	8.8	6	88	2	61	78	0	4	18	0.91
21877962--21878039	17	4.9	15	72	20	59	76	1	5	16	1.02
21878069--21878113	3	14.7	3	86	4	63	66	2	0	31	1.04
21878934--21879002	6	11.5	6	73	11	52	73	0	2	23	0.96
21878933--21879021	24	3.6	25	75	13	87	71	0	3	24	1.01
21878937--21879005	20	3.6	20	82	7	81	72	0	2	24	0.98
21878997--21879064	31	2.3	28	85	12	84	60	1	4	33	1.26
21879075--21879122	13	3.7	13	75	8	53	77	0	2	20	0.88
21879075--21879122	19	2.5	20	80	13	55	77	0	2	20	0.88
21884588--21884633	24	2.0	21	84	12	56	41	0	6	52	1.27
21884581--21884635	23	2.4	22	79	17	58	43	0	5	50	1.25
21884632--21884674	19	2.3	19	88	8	61	60	2	0	37	1.10
21884632--21884690	19	2.9	19	78	16	57	59	3	0	37	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21885476--21885502	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
21888617--21888655	19	2.1	19	90	4	62	74	7	2	15	1.15
21888605--21888630	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
21888721--21888768	17	2.8	16	78	12	51	72	0	4	22	1.01
21888996--21889025	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
21889006--21889076	36	1.9	36	82	2	88	30	1	5	61	1.27
21889053--21889108	23	2.4	24	82	8	62	32	1	3	62	1.23
21889210--21889358	79	1.9	78	80	8	176	30	3	7	58	1.42
21889289--21889398	25	4.2	25	72	16	89	34	2	2	60	1.26
21892185--21892383	78	2.6	78	93	0	335	26	10	13	49	1.73
21896179--21896205	14	1.9	14	100	0	54	44	22	0	33	1.53
21898851--21898893	21	2.0	21	90	0	68	18	34	16	30	1.93
21899962--21900012	11	4.6	11	90	7	77	86	0	13	0	0.58
21899961--21900012	19	2.8	19	91	8	81	84	0	15	0	0.62
21899962--21900012	22	2.3	22	93	6	86	86	0	13	0	0.58
21902631--21902669	18	2.1	19	86	13	55	35	5	0	58	1.20
21916152--21916191	20	1.9	22	90	10	66	17	0	7	75	1.03
21917657--21917689	10	3.3	10	84	16	50	57	0	3	39	1.14
21927068--21927125	14	3.9	15	74	14	50	13	1	6	77	1.05
21927138--21927243	4	27.2	4	74	11	78	28	3	0	66	1.14
21927182--21927243	26	2.3	27	86	2	81	29	4	1	64	1.23
21927197--21927264	14	4.4	15	73	12	50	29	5	2	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21927179--21927260	26	3.2	26	81	6	69	30	4	2	62	1.29
21927167--21927270	22	4.7	22	69	25	76	29	3	1	64	1.22
21927321--21927352	15	2.2	14	94	5	55	0	9	0	90	0.45
21927322--21927352	11	2.7	11	95	5	53	0	9	0	90	0.46
21928182--21928298	10	11.3	10	70	13	53	22	2	2	72	1.09
21928186--21928299	21	4.9	23	66	23	69	23	2	2	71	1.12
21928246--21928298	5	10.6	5	78	13	56	16	3	0	79	0.88
21928310--21928650	60	5.7	60	83	8	435	45	5	11	36	1.64
21928310--21928650	121	2.8	119	91	2	531	45	5	11	36	1.64
21930822--21930861	22	1.9	20	85	10	53	70	12	5	12	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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