genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20535768--20535962	20	9.9	20	67	21	92	30	6	10	52	1.60
20535759--20535963	55	3.9	55	80	7	234	30	6	10	53	1.60
20536013--20536054	20	2.1	20	86	0	57	28	4	9	57	1.51
20535861--20536055	44	4.5	44	74	12	188	29	5	10	54	1.56
20536018--20536088	33	2.2	32	85	7	90	29	7	9	53	1.60
20536273--20536321	16	2.9	16	80	11	53	30	4	12	53	1.57
20536316--20536362	20	2.3	20	81	0	67	34	10	8	46	1.69
20536504--20536539	11	3.2	11	92	7	63	30	8	16	44	1.77
20538225--20538274	23	2.1	24	82	10	59	44	4	2	50	1.32
20538298--20538368	33	2.2	33	82	5	81	53	8	1	36	1.40
20539057--20539104	20	2.4	21	72	10	55	54	4	0	41	1.20
20539299--20539355	25	2.5	22	77	20	64	45	0	1	52	1.11
20557940--20557998	30	2.0	29	83	3	73	59	1	3	35	1.24
20558145--20558180	15	2.3	15	90	4	54	80	0	0	19	0.71
20559119--20559151	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
20563954--20563985	15	2.1	15	100	0	64	25	12	12	50	1.75
20570171--20570251	29	2.9	29	80	14	73	25	3	0	70	1.04
20571101--20571146	4	11.8	4	77	13	51	76	4	2	17	1.06
20571109--20571146	15	2.5	15	86	4	58	76	2	2	18	1.02
20571158--20571196	13	2.9	14	85	7	55	71	10	0	17	1.12
20575274--20575331	28	2.0	29	83	9	75	51	0	0	48	1.00
20575593--20575622	14	2.1	14	93	0	51	60	0	30	10	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20576585--20576660	36	2.1	36	85	5	98	53	0	1	44	1.08
20576705--20577050	71	4.8	71	79	7	326	41	7	5	45	1.55
20576730--20577436	142	4.9	140	79	7	564	40	9	5	45	1.59
20576802--20577200	71	5.5	73	76	10	293	41	9	5	43	1.60
20577093--20577435	70	4.9	70	74	8	250	39	9	4	46	1.57
20577143--20577436	141	2.1	140	82	3	358	39	7	5	47	1.56
20577093--20577440	71	4.9	72	74	11	254	39	9	5	46	1.58
20583550--20583600	21	2.5	21	83	3	59	49	1	7	41	1.43
20583788--20583841	23	2.4	22	78	12	56	48	0	3	48	1.19
20585657--20585689	17	1.9	17	100	0	66	12	9	12	66	1.44
20590394--20590419	6	4.3	6	100	0	52	15	0	69	15	1.20
20593495--20593537	22	1.9	23	85	4	61	60	0	4	34	1.17
20593629--20593660	15	2.0	17	88	11	50	56	3	3	37	1.31
20594757--20594806	22	2.3	21	80	10	64	50	0	6	44	1.26
20594757--20594823	22	3.0	23	78	8	59	49	1	5	43	1.36
20595983--20596025	22	2.0	22	90	9	70	39	2	0	58	1.11
20597757--20597799	3	14.0	3	95	4	77	32	2	0	65	1.06
20598570--20598595	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
20600696--20600781	40	2.2	38	82	12	95	39	6	2	51	1.42
20601072--20601250	73	2.5	73	79	4	200	41	9	3	45	1.55
20602253--20602298	12	3.8	12	83	13	58	13	4	2	80	0.95
20602272--20602351	18	4.3	18	69	23	58	22	0	5	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20602268--20602350	15	5.9	15	79	11	68	21	0	4	73	1.02
20602434--20602489	21	2.7	19	79	15	67	37	3	7	51	1.47
20602443--20602545	21	4.5	22	72	18	84	33	5	9	50	1.59
20602455--20602511	27	2.1	28	86	3	80	38	5	7	49	1.53
20603862--20603895	15	2.3	15	94	0	59	35	0	14	50	1.44
20608051--20608139	45	2.0	45	97	0	169	48	5	20	25	1.71
20608630--20608757	22	5.6	22	68	7	85	33	6	15	44	1.72
20608501--20608834	46	7.3	46	75	4	226	35	9	13	41	1.77
20609027--20609067	16	2.6	16	84	0	55	31	9	12	46	1.74
20609093--20609150	17	3.3	18	76	11	59	43	10	5	41	1.61
20609237--20609275	17	2.3	17	81	0	51	43	7	12	35	1.72
20609243--20609282	17	2.3	17	86	4	53	40	10	12	37	1.77
20609262--20609351	34	2.6	35	80	1	110	35	16	15	32	1.91
20610987--20611044	29	2.0	30	86	3	82	37	5	5	51	1.46
20613107--20613154	16	3.1	15	80	17	53	35	2	10	52	1.48
20613107--20613698	128	4.7	128	77	7	532	40	7	10	41	1.68
20613231--20613701	255	1.8	253	82	7	594	40	7	10	41	1.67
20613816--20614012	61	3.2	62	79	7	215	42	4	14	39	1.64
20613895--20613954	25	2.3	26	80	5	68	45	1	15	38	1.56
20613851--20614014	62	2.7	61	83	4	197	42	4	14	39	1.65
20614675--20614732	3	19.3	3	92	0	98	67	0	1	31	1.01
20616099--20616150	27	2.0	26	85	11	70	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20617232--20617303	31	2.2	33	82	7	94	51	1	8	38	1.41
20617905--20617964	30	2.0	30	86	0	84	33	3	1	61	1.22
20619778--20619815	20	1.9	20	84	10	51	63	15	0	21	1.31
20622076--20622120	17	2.4	17	85	14	54	46	6	0	46	1.29
20622648--20622742	33	2.8	34	82	3	102	38	10	11	38	1.76
20622682--20622768	33	2.6	33	79	1	93	35	11	11	41	1.77
20622913--20622964	27	1.9	27	88	7	79	50	7	13	28	1.69
20624189--20625250	161	6.6	161	81	4	1106	42	15	10	32	1.80
20624192--20625370	161	7.3	161	80	3	643	42	14	10	32	1.80
20624189--20625370	322	3.7	320	80	5	1175	42	14	10	32	1.80
20631485--20631789	62	5.0	59	71	9	200	33	13	11	40	1.81
20631431--20631709	123	2.2	125	80	5	307	34	12	11	40	1.80
20631431--20631760	62	5.3	61	71	8	193	35	12	11	40	1.79
20631431--20631789	185	1.9	185	83	3	454	34	12	12	40	1.80
20631484--20631789	123	2.5	123	79	4	278	33	13	11	41	1.81
20635818--20635889	35	2.1	35	91	0	117	30	20	16	31	1.95
20635928--20636160	63	3.7	63	77	7	170	33	18	15	33	1.91
20635997--20636164	61	2.7	62	81	5	187	32	19	11	36	1.87
20636740--20636919	65	2.9	63	80	11	185	32	16	12	38	1.86
20637555--20637607	27	2.0	27	92	0	88	32	15	3	49	1.62
20638115--20638162	16	3.1	15	77	11	53	4	18	0	77	0.93
20651059--20651113	12	4.8	12	77	8	60	7	12	0	80	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20662014--20662055	18	2.3	19	84	12	52	4	21	0	73	1.01
20662606--20662649	21	2.1	21	87	4	63	18	6	2	72	1.17
20671202--20671229	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
20671703--20671808	31	3.5	30	81	7	124	51	6	1	39	1.39
20672071--20672138	31	2.2	31	83	0	82	39	2	7	50	1.46
20681814--20681848	15	2.3	15	90	9	54	14	2	0	82	0.77
20685604--20685630	10	2.7	10	100	0	54	11	0	18	70	1.16
20690575--20690613	19	2.1	19	85	9	53	23	15	20	41	1.90
20693891--20693939	21	2.4	20	80	12	55	69	4	2	24	1.17
20694140--20694198	23	2.9	19	75	20	57	47	3	0	49	1.18
20694142--20694188	23	2.1	23	84	4	69	42	4	0	53	1.20
20695301--20695344	22	2.0	22	86	8	63	65	6	2	25	1.28
20700279--20700324	22	2.1	22	88	8	67	45	2	2	50	1.26
20702063--20702096	17	2.0	17	88	11	52	50	11	0	38	1.39
20702105--20702283	94	1.9	95	91	1	297	42	8	8	40	1.66
20710362--20710648	143	2.0	143	99	0	565	41	5	7	45	1.55
20715253--20715313	28	2.2	28	96	0	113	40	24	4	29	1.76
20716616--20716766	72	2.1	72	86	4	207	39	29	14	16	1.88
20717953--20717990	18	2.1	19	90	5	60	13	7	2	76	1.11
20718085--20718177	34	2.7	34	88	0	132	35	7	6	50	1.56
20718156--20718201	20	2.3	19	78	10	56	32	4	13	50	1.61
20721580--20721614	16	2.2	16	89	0	52	22	0	0	77	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20721804--20721917	37	3.2	37	78	14	150	25	9	23	41	1.85
20721811--20721948	31	4.3	31	81	11	161	26	10	21	41	1.86
20721804--20721948	68	2.1	68	96	0	263	25	10	22	41	1.85
20721848--20721948	19	5.8	18	68	18	70	24	11	21	41	1.87
20721945--20721974	13	2.3	13	94	0	51	16	6	20	56	1.62
20722166--20722197	16	2.0	17	88	11	50	40	0	0	59	0.97
20722422--20722475	3	17.3	3	79	7	54	66	3	3	25	1.25
20722422--20722464	10	4.1	10	82	11	59	69	2	2	25	1.12
20722414--20722475	22	2.8	22	90	0	97	66	6	3	24	1.30
20724143--20724167	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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