genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19796651--19797162	169	3.0	168	76	12	408	42	10	6	40	1.66
19797529--19797576	18	2.8	16	87	9	60	43	6	2	47	1.40
19798096--19801558	181	19.3	177	72	11	1862	41	9	8	41	1.67
19797956--19801558	361	10.1	355	73	10	2130	41	9	8	41	1.67
19798471--19799769	710	1.8	713	80	7	1548	42	9	7	40	1.66
19791642--19800333	719	12.2	701	72	12	1995	41	9	8	40	1.68
19799859--19800174	169	1.9	169	85	2	447	42	8	6	42	1.62
19800043--19801271	537	2.3	535	79	4	1278	41	9	7	40	1.66
19804649--19806822	181	12.1	182	75	8	1578	39	7	10	41	1.69
19804649--19806522	360	5.2	362	79	6	1720	39	8	10	41	1.69
19804649--19806522	540	3.5	534	80	6	1903	39	8	10	41	1.69
19806496--19806552	26	2.2	26	78	3	62	31	8	1	57	1.39
19806705--19806930	108	2.1	109	80	5	253	45	4	10	39	1.59
19806849--19807143	163	1.8	163	85	2	421	40	8	10	41	1.68
19807036--19808993	181	10.9	180	73	9	1066	39	7	9	42	1.67
19809341--19814216	181	27.4	180	72	10	2585	42	9	8	40	1.68
19811303--19811393	27	3.3	27	65	24	71	31	7	7	52	1.58
19811179--19811463	158	1.8	158	81	6	362	38	9	7	44	1.66
19811515--19811566	18	2.9	19	75	16	65	42	11	1	44	1.51
19811337--19814062	180	15.4	174	70	14	691	42	9	8	39	1.68
19812075--19814216	719	3.0	712	77	7	1491	42	9	7	39	1.67
19814274--19814870	181	3.3	175	77	8	535	43	8	8	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19814552--19815149	322	1.9	321	82	5	769	42	8	8	40	1.65
19814380--19815852	503	2.9	498	77	6	1334	42	8	8	39	1.66
19814875--19815353	181	2.7	182	81	6	487	42	7	7	41	1.63
19815058--19815649	322	1.8	322	80	5	721	41	8	8	40	1.67
19815363--19818715	181	18.8	180	75	9	1941	41	9	7	40	1.68
19815380--19818715	360	9.3	355	74	9	2029	41	9	7	40	1.67
19818605--19818643	20	1.9	21	84	5	53	43	10	2	43	1.52
19818225--19819183	502	1.9	504	79	4	1078	42	10	7	39	1.69
19819417--19819728	163	1.9	163	84	4	423	42	8	8	41	1.65
19819417--19820089	342	1.9	350	81	8	805	42	9	7	40	1.65
19819581--19824665	181	28.1	181	72	10	2473	42	10	7	39	1.68
19819934--19820238	162	1.9	162	82	6	386	43	7	7	40	1.61
19819060--19821145	525	4.0	519	79	7	1823	41	9	8	40	1.67
19819581--19821509	720	2.7	706	77	7	1686	41	9	8	40	1.67
19820271--19821782	538	2.8	537	77	8	1148	40	10	8	40	1.69
19820106--19821867	720	2.4	718	79	6	1789	41	9	8	40	1.68
19821664--19822113	230	1.9	233	81	4	543	43	10	9	37	1.71
19821483--19822279	412	1.9	414	84	2	1075	43	10	8	37	1.71
19823022--19823054	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
19821897--19824345	361	6.8	359	75	6	1813	42	10	8	39	1.69
19823823--19823880	30	1.9	30	82	6	73	46	6	6	39	1.57
19824328--19824366	19	2.1	19	100	0	78	48	15	5	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19830279--19830304	11	2.4	11	100	0	52	19	0	23	57	1.40
19832783--19838100	181	29.6	178	70	12	1363	41	10	8	39	1.69
19834134--19835106	535	1.8	534	80	7	1166	42	10	8	38	1.69
19834968--19835609	336	1.9	337	79	4	733	42	9	8	39	1.68
19835864--19835935	21	3.3	21	80	17	85	58	1	1	38	1.15
19835878--19835918	13	3.2	13	74	19	50	58	0	2	39	1.11
19836350--19836396	18	2.6	19	78	21	57	38	8	10	42	1.70
19835911--19838100	181	12.2	180	76	7	1657	41	9	8	39	1.68
19835911--19838096	361	6.1	357	74	8	1475	41	9	8	39	1.68
19838106--19839268	181	6.6	176	73	11	810	42	9	7	39	1.67
19837516--19838716	616	1.9	623	81	6	1436	42	10	7	39	1.67
19838106--19839072	354	2.7	344	76	10	873	41	10	7	40	1.68
19840004--19842305	181	12.9	181	78	6	1897	41	8	8	41	1.66
19840075--19842310	355	6.3	355	76	8	1838	41	8	8	41	1.67
19841294--19841626	172	1.9	171	81	4	393	38	9	8	43	1.68
19842344--19843208	181	4.8	181	80	3	850	41	9	8	40	1.67
19843245--19848933	181	31.8	180	74	7	3614	41	10	8	39	1.69
19845291--19845316	11	2.4	11	100	0	52	46	0	0	53	1.00
19843245--19849634	361	17.9	360	74	8	4032	41	10	8	39	1.69
19849018--19849627	181	3.4	178	78	6	480	44	9	7	39	1.65
19849726--19850839	179	6.3	180	73	10	667	41	10	8	39	1.69
19849877--19850839	536	1.8	531	79	7	1115	41	10	7	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19850764--19850918	77	2.0	77	100	0	310	49	7	6	36	1.57
19850843--19851561	360	2.0	359	79	4	788	41	10	8	40	1.69
19851463--19851666	107	1.9	106	81	6	241	37	12	9	40	1.75
19851284--19851848	287	2.0	286	81	4	656	40	10	8	40	1.71
19851570--19852893	181	7.4	179	77	5	1179	40	9	8	40	1.70
19852954--19854513	181	8.7	180	77	7	1267	40	10	7	41	1.68
19852954--19854513	180	8.7	180	78	7	1221	40	10	7	41	1.68
19854894--19864119	181	50.9	179	69	13	2445	41	9	8	39	1.69
19855942--19855976	18	1.9	18	94	0	61	54	8	0	37	1.31
19856094--19857658	182	8.7	177	76	8	968	41	9	8	40	1.68
19857599--19857718	59	2.0	59	95	0	213	35	14	7	43	1.73
19858382--19866567	181	44.8	180	69	12	2722	41	10	8	39	1.69
19859227--19859259	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
19858385--19864119	539	10.5	539	71	12	2469	41	9	8	39	1.69
19861079--19861155	35	2.2	36	90	4	122	38	14	3	42	1.64
19861088--19861133	16	2.7	18	73	13	51	36	17	2	43	1.61
19861330--19861603	143	1.9	144	85	5	376	43	9	6	41	1.61
19861710--19864117	358	6.7	358	75	8	1463	42	9	8	38	1.69
19863865--19864370	262	1.9	264	79	7	571	45	8	7	38	1.63
19864137--19869188	181	27.7	177	70	12	1878	42	10	8	38	1.70
19866137--19866182	24	1.9	24	81	0	56	50	2	8	39	1.46
19866561--19869196	358	7.3	353	73	11	1721	42	10	8	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19866561--19895217	538	52.8	536	70	12	5214	41	9	8	40	1.69
19868717--19869669	481	2.0	477	81	4	1136	42	10	8	39	1.69
19869197--19882184	181	72.2	179	73	10	6417	41	9	8	40	1.69
19872878--19872910	17	2.0	17	88	5	50	39	9	0	51	1.34
19877519--19892680	360	42.0	358	73	9	8265	41	9	8	40	1.69
19882201--19892680	181	57.7	181	72	10	4880	41	9	8	40	1.69
19882202--19889163	181	38.9	180	76	7	5069	41	9	8	40	1.68
19886305--19886618	160	2.0	161	83	1	398	41	10	9	38	1.72
19887751--19887786	16	2.1	17	90	10	56	38	13	2	44	1.59
19888288--19888320	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
19889215--19890380	536	2.2	537	79	4	1235	40	11	8	39	1.70
19891847--19891879	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
19890416--19892680	361	6.3	360	75	8	1230	41	9	8	40	1.69
19892679--19895217	182	14.2	179	74	8	1485	41	9	8	39	1.69
19892697--19893877	541	2.2	535	82	6	1325	41	10	8	39	1.71
19892759--19895193	720	3.4	709	76	7	2108	42	9	8	39	1.68
19894323--19894377	19	3.1	18	76	7	58	38	10	3	47	1.56
19895110--19895347	127	1.9	127	83	5	311	47	9	6	36	1.62
19895371--19898108	181	15.2	181	76	6	1893	40	8	9	41	1.68
19895373--19898108	363	7.6	359	76	8	2002	40	8	9	41	1.68
19895370--19898108	543	5.1	543	77	7	2223	40	8	9	41	1.68
19895548--19897957	900	2.7	898	77	8	1995	41	8	9	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19898245--19898691	175	2.5	178	80	3	456	41	9	8	39	1.69
19898113--19899363	181	7.0	180	75	6	764	40	7	10	41	1.67
19899530--19907821	181	45.8	179	70	12	2980	40	8	9	41	1.68
19901556--19901663	54	2.0	54	98	0	207	39	12	10	37	1.78
19901624--19907821	363	17.2	361	76	7	4414	40	8	9	41	1.68
19902607--19913686	181	60.9	180	70	11	3810	39	8	9	41	1.69
19906951--19906996	23	2.0	23	87	8	67	41	6	0	52	1.27
19907828--19913686	181	32.7	180	76	7	4270	39	8	9	41	1.70
19907828--19918307	541	19.1	540	72	11	5138	39	8	9	41	1.69
19913692--19914783	182	6.0	181	77	6	960	39	8	10	42	1.69

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