genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19702476--19702629	76	2.0	76	100	0	308	46	10	12	30	1.76
19703480--19703772	146	2.0	145	83	5	371	40	8	9	41	1.67
19704251--19704289	19	1.9	20	85	15	53	41	10	12	35	1.77
19703619--19705337	181	9.5	179	75	8	1198	39	8	9	42	1.68
19705221--19705253	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
19705446--19707341	176	10.7	175	70	12	806	40	8	10	40	1.70
19705975--19706948	515	1.9	512	81	4	1199	40	8	10	40	1.69
19706503--19707341	181	4.7	179	77	7	717	41	8	9	40	1.67
19706504--19707341	362	2.3	355	80	6	811	41	8	9	40	1.67
19707392--19707820	176	2.4	178	77	9	437	39	8	9	42	1.68
19707786--19707844	31	1.9	31	92	0	100	40	1	6	50	1.39
19707913--19709206	180	7.2	180	74	8	763	40	10	7	41	1.68
19708262--19708312	17	2.9	17	85	8	66	49	5	1	43	1.38
19709264--19713793	360	12.9	351	70	13	1661	41	9	8	40	1.67
19710710--19710742	18	1.9	17	88	11	50	39	6	3	51	1.42
19709272--19711221	181	10.9	181	75	9	1424	41	9	8	40	1.67
19711345--19712825	181	8.2	180	78	5	1266	40	9	8	41	1.68
19712667--19712984	168	1.9	166	82	5	392	41	10	8	39	1.70
19712833--19713793	180	5.3	183	73	10	578	43	9	7	38	1.67
19713937--19714677	181	4.1	180	74	6	491	41	9	8	41	1.68
19715485--19715813	175	1.9	174	80	8	391	44	10	6	38	1.66
19714729--19717385	181	14.9	179	74	9	1859	42	9	7	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19718092--19719309	180	6.8	179	75	8	673	41	9	7	41	1.66
19718085--19720596	181	13.9	179	74	10	1200	41	9	8	40	1.67
19718085--19720742	360	7.3	355	72	11	1211	41	9	8	41	1.67
19717490--19720585	550	5.7	540	76	9	2187	41	9	8	40	1.68
19719610--19720742	181	6.2	182	77	7	507	41	9	8	40	1.67
19720644--19720957	141	2.2	139	82	8	334	39	9	9	41	1.70
19720924--19724101	181	17.9	180	75	8	2045	41	10	7	39	1.68
19722574--19724086	179	8.4	176	76	9	666	42	9	7	40	1.66
19722031--19724108	720	2.9	710	77	7	2039	42	10	7	39	1.67
19724278--19724570	146	2.0	146	91	1	471	41	9	11	36	1.74
19724503--19725239	381	1.9	378	81	6	891	40	8	11	40	1.70
19724911--19725484	180	3.2	180	79	5	624	39	7	10	42	1.66
19724921--19727758	181	15.8	179	72	10	1215	39	7	10	41	1.68
19725335--19725640	158	2.0	153	85	4	416	41	6	11	40	1.65
19725522--19728351	181	15.7	177	74	11	1057	39	8	10	42	1.68
19724957--19725979	520	2.0	512	83	6	1292	40	7	11	40	1.69
19727035--19728614	177	8.8	177	75	10	1049	39	8	10	42	1.69
19727292--19728277	521	1.9	525	87	2	1464	39	8	10	41	1.69
19728746--19728793	18	2.8	17	78	12	53	45	0	8	45	1.33
19728629--19730221	181	8.9	178	71	10	557	39	8	9	42	1.68
19729355--19730243	182	4.9	177	73	11	624	39	8	9	42	1.68
19730456--19731008	286	1.9	286	81	3	666	42	7	11	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19730752--19740940	181	56.6	179	73	10	5392	40	8	9	41	1.68
19731921--19731965	23	1.9	23	86	4	63	37	6	0	55	1.26
19730752--19740940	361	28.3	359	73	10	5519	40	8	9	41	1.68
19734453--19734481	15	1.9	15	100	0	58	41	3	6	48	1.47
19737740--19737843	54	1.9	54	94	0	181	47	4	15	32	1.66
19738112--19738411	166	1.8	165	81	5	381	41	8	10	41	1.68
19739148--19740871	180	9.6	181	77	6	1407	41	8	9	41	1.67
19738269--19740910	360	7.4	361	73	11	1319	40	8	9	41	1.68
19740169--19740202	16	2.0	17	88	11	52	47	11	2	38	1.55
19740939--19744134	182	17.7	180	75	7	2291	39	8	10	41	1.69
19740939--19744138	363	8.8	362	75	6	2191	39	8	10	42	1.69
19744159--19749802	181	31.5	181	76	6	4082	40	8	10	41	1.69
19744159--19749802	538	10.5	539	76	7	3966	40	8	10	41	1.69
19756699--19756755	21	2.7	21	75	0	69	24	31	26	17	1.97
19757531--19758356	176	4.7	175	75	9	553	40	8	9	42	1.67
19758226--19758276	18	2.8	19	74	17	63	45	7	9	37	1.67
19758046--19758363	172	1.9	171	85	5	446	41	8	6	42	1.62
19758371--19764949	181	36.5	181	73	9	3572	42	10	7	39	1.68
19758371--19766960	538	15.9	536	73	10	4466	41	10	8	39	1.69
19758371--19766967	719	12.0	699	72	12	3112	41	10	8	39	1.69
19763784--19766940	180	17.7	176	71	10	886	41	10	8	39	1.68
19764791--19765106	157	2.0	159	83	3	406	43	9	8	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19765187--19765219	16	1.9	18	88	11	52	36	18	3	42	1.66
19764949--19766960	181	11.2	181	77	6	1685	41	10	8	40	1.69
19764949--19766939	361	5.5	356	75	9	1405	41	10	8	40	1.69
19764974--19766967	541	3.7	541	77	8	1382	41	10	8	40	1.69
19767670--19767978	154	2.0	154	93	1	530	42	9	8	40	1.67
19768313--19768483	86	2.0	86	91	0	279	45	5	8	40	1.58
19768408--19768906	180	2.8	178	79	6	494	39	10	9	40	1.71
19768558--19768955	176	2.2	177	79	7	412	41	10	7	40	1.68
19769079--19770459	181	7.7	176	74	11	662	42	10	8	39	1.68
19769028--19771719	179	15.1	179	75	9	1533	40	9	8	40	1.69
19771224--19771279	26	2.3	26	78	9	64	57	1	7	33	1.37
19770771--19771719	178	5.3	178	79	6	859	39	9	8	41	1.69
19770769--19771719	359	2.6	359	78	7	1025	39	9	8	42	1.69
19771405--19772044	318	2.0	316	82	5	783	39	8	9	42	1.68
19771725--19772239	181	2.9	179	82	7	566	39	8	8	43	1.67
19772145--19772429	157	1.8	153	82	7	369	38	12	8	40	1.73
19772298--19772649	182	1.9	185	82	5	446	44	10	7	38	1.66
19772298--19773589	181	7.0	184	69	15	459	42	9	8	38	1.69
19772763--19772832	35	2.0	35	91	0	113	48	7	5	38	1.54
19772810--19773650	181	4.7	178	77	8	713	42	10	8	38	1.69
19772810--19773650	357	2.3	358	79	5	853	42	10	8	38	1.69
19773655--19774628	181	5.4	179	74	9	608	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19774658--19774704	18	2.7	17	77	12	51	42	17	4	36	1.68
19774724--19775691	180	5.4	179	76	6	756	41	9	7	41	1.66
19773860--19775495	873	1.9	870	81	5	1973	41	10	7	40	1.68
19774724--19775598	358	2.4	358	79	5	926	41	10	7	41	1.67
19775704--19776643	180	5.2	175	75	8	463	41	7	9	41	1.65
19775716--19776770	181	5.9	181	76	8	845	41	7	9	41	1.66
19776809--19776853	21	2.1	22	91	4	74	64	4	8	22	1.40
19778018--19778368	191	1.8	191	79	3	411	45	8	6	39	1.62
19776855--19778390	830	1.8	827	80	7	1809	42	9	8	39	1.68
19778193--19780167	177	11.1	175	73	11	1197	41	8	8	41	1.66
19777683--19778792	544	2.1	532	79	6	1143	42	10	7	40	1.67
19777683--19780088	354	6.7	356	73	11	1147	42	9	7	40	1.66
19777671--19780167	181	14.0	177	73	9	1332	42	9	7	40	1.67
19780170--19780293	54	2.3	54	90	0	194	50	10	5	33	1.60
19780212--19780293	24	3.2	24	64	18	56	50	9	6	34	1.60
19780276--19782407	181	11.9	178	74	8	1463	41	9	8	40	1.68
19780276--19801489	362	58.8	356	68	14	3383	41	9	8	39	1.68
19780256--19801241	542	38.8	532	69	14	3702	41	9	8	39	1.68
19782269--19782540	147	1.9	145	82	6	343	41	8	8	41	1.66
19782414--19788742	181	35.4	180	75	8	4158	42	10	8	39	1.69
19785092--19785153	27	2.5	23	78	17	61	62	0	3	33	1.11
19785589--19785630	20	2.0	22	82	13	54	28	11	7	52	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19788635--19788853	113	1.9	113	83	4	282	46	9	8	36	1.66
19788747--19791021	358	6.4	347	76	10	1477	41	10	8	39	1.68
19788743--19791123	181	13.3	178	76	8	1636	41	10	8	40	1.68
19791035--19791080	21	2.2	21	81	11	60	34	8	6	50	1.59
19791130--19791548	181	2.3	176	75	6	407	41	9	9	39	1.70
19791561--19793496	180	10.8	181	73	9	1075	41	10	8	39	1.69
19791561--19797953	181	35.7	180	74	9	3549	41	10	8	39	1.69
19793392--19793701	166	1.9	166	86	1	451	41	10	8	39	1.70
19791558--19801543	542	18.6	532	73	10	4216	41	9	8	40	1.68
19791561--19797949	900	7.1	898	73	10	2225	41	10	8	39	1.69

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