genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8850679--8850744	28	2.3	28	86	2	87	22	12	7	57	1.60
8856252--8856276	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8856387--8856426	4	9.8	4	86	5	53	75	2	2	20	1.04
8856399--8856460	17	3.6	16	76	20	63	72	3	6	17	1.19
8859154--8859217	23	2.9	22	73	15	69	34	3	1	60	1.22
8860245--8860284	19	2.0	20	85	4	55	40	10	0	50	1.36
8861904--8861938	18	1.9	18	88	0	52	68	0	2	28	1.04
8861963--8862012	21	2.4	20	80	9	55	44	0	2	54	1.11
8863840--8863875	18	1.9	19	88	5	56	38	33	0	27	1.57
8866824--8866874	22	2.3	22	83	6	59	21	17	7	52	1.69
8867324--8867408	43	2.0	43	100	0	170	34	9	25	30	1.88
8873817--8873867	25	2.0	26	85	11	70	31	9	1	56	1.43
8875139--8875216	37	2.1	38	92	2	131	23	14	17	44	1.85
8899693--8899748	30	1.9	29	85	7	78	55	0	3	41	1.17
8899948--8900011	29	2.2	28	84	10	85	48	0	0	51	1.00
8900065--8900148	29	2.8	29	87	7	107	50	0	2	47	1.14
8899948--8900139	84	2.3	83	77	12	187	47	0	2	50	1.15
8900601--8900629	6	4.8	6	100	0	58	51	0	48	0	1.00
8908477--8908507	5	6.2	5	100	0	62	80	0	0	19	0.71
8909352--8909397	20	2.3	20	85	7	58	47	0	4	47	1.21
8909921--8909972	24	2.2	24	86	6	70	63	0	1	34	1.06
8909921--8910025	12	8.8	11	71	17	52	60	1	1	35	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8915543--8915607	22	2.8	23	77	11	62	33	4	1	60	1.27
8918388--8918431	22	2.0	22	83	16	56	38	2	0	59	1.10
8920516--8920571	28	2.0	27	82	3	67	60	0	0	39	0.97
8920540--8920573	15	2.3	15	89	0	50	70	0	0	29	0.87
8920869--8920899	12	2.7	11	90	9	53	32	0	0	67	0.91
8920900--8920958	30	2.0	30	86	0	82	45	0	1	52	1.10
8928711--8928744	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8939222--8939250	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8939715--8939754	17	2.4	17	100	0	80	37	0	0	62	0.95
8939739--8939790	22	2.4	22	81	12	63	57	0	0	42	0.98
8940262--8940294	16	2.1	16	100	0	66	18	0	6	75	1.00
8942060--8942107	17	2.8	17	78	12	53	20	6	8	64	1.43
8942559--8942587	14	2.1	14	93	6	51	31	6	13	48	1.69
8942461--8942708	133	1.9	128	86	5	354	25	8	13	52	1.68
8945399--8945525	46	2.7	47	79	13	163	32	7	17	42	1.78
8945399--8945543	47	3.1	46	73	13	143	32	8	17	42	1.79
8946067--8946100	18	1.9	18	94	5	61	41	17	5	35	1.74
8946069--8946107	18	2.2	18	86	4	53	41	17	5	35	1.72
8946100--8946174	17	4.3	18	70	14	59	40	12	13	34	1.81
8946288--8946352	18	3.7	17	76	17	62	33	12	10	43	1.77
8949999--8950048	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
8950755--8950779	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8950740--8950825	17	5.2	16	69	16	50	18	8	1	72	1.16
8950935--8950959	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
8951172--8951203	14	2.1	16	88	11	50	56	0	0	43	0.99
8951981--8952131	68	2.2	69	82	8	173	45	9	15	30	1.77
8956834--8956983	76	2.0	76	83	9	189	45	10	18	26	1.81
8962244--8962418	73	2.4	70	73	8	154	48	8	14	28	1.74
8963016--8963153	72	1.9	72	81	8	165	46	8	17	27	1.77
8963663--8963698	17	2.1	18	94	5	65	52	5	11	30	1.59
8966665--8966698	16	2.2	15	89	5	50	44	0	8	47	1.34
8967075--8967126	21	2.3	23	90	9	81	55	0	0	44	0.99
8967111--8967148	6	6.5	6	82	17	53	68	0	0	31	0.90
8967111--8967156	22	2.0	22	91	4	74	67	0	2	30	1.03
8967110--8967164	23	2.4	24	82	14	71	65	0	1	32	1.03
8967376--8967405	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
8972575--8972615	18	2.3	18	95	0	73	36	0	0	63	0.95
8972630--8972696	33	2.1	33	83	8	84	55	2	0	41	1.15
8973689--8973721	17	1.9	17	100	0	66	48	12	18	21	1.80
8976218--8976248	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
8979218--8979295	41	1.9	41	82	15	99	52	1	5	41	1.32
8979995--8980061	3	23.0	3	71	17	52	35	2	2	58	1.29
8979982--8980061	16	4.9	16	77	13	67	36	5	2	56	1.35
8979996--8980058	23	2.7	22	80	11	65	36	3	3	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8980423--8980470	20	2.4	19	82	6	60	10	0	37	52	1.36
8980423--8980465	20	2.2	20	87	4	61	11	0	37	51	1.39
8980875--8980929	13	4.2	13	77	11	58	18	5	3	72	1.18
8980867--8980902	19	1.9	19	88	5	56	16	5	0	77	0.94
8980875--8980964	12	7.2	12	72	14	58	17	3	4	74	1.12
8981013--8981045	12	2.9	12	86	13	52	84	0	0	15	0.61
8981870--8981904	4	8.8	4	93	0	61	25	2	0	71	1.00
8985669--8985707	17	2.4	16	82	4	51	87	0	5	7	0.68
8985661--8985715	25	2.2	25	86	0	74	81	1	10	5	0.92
8985676--8985708	17	1.9	17	93	0	57	81	0	9	9	0.87
8986572--8986644	37	2.0	37	88	0	110	24	16	8	50	1.72
8986579--8986661	37	2.2	37	82	4	96	25	15	7	51	1.69
8986852--8986885	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
8987716--8987778	13	4.8	13	74	18	51	17	4	3	74	1.12
8987849--8987932	43	1.9	45	83	9	111	60	8	2	28	1.38
8989538--8989671	29	4.5	30	77	7	114	41	4	2	51	1.34
8989516--8989668	31	5.1	31	77	9	140	40	3	2	52	1.33
8996801--8996857	30	1.9	30	85	7	80	40	1	1	56	1.20
8996847--8996887	6	7.2	6	81	10	50	31	0	0	68	0.90
8996801--8996858	29	2.0	30	80	9	68	41	1	1	55	1.20
8996834--8996887	22	2.5	22	77	17	67	35	0	0	64	0.94
8996841--8996877	16	2.4	16	90	4	58	27	0	0	72	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8997363--8997407	21	2.1	21	83	0	54	46	0	2	51	1.13
8997638--8997682	12	4.1	12	78	21	62	51	0	0	48	1.00
8997626--8997680	20	2.5	22	88	8	78	45	0	0	54	0.99
8997698--8997736	16	2.4	17	83	8	55	58	0	0	41	0.98
8997704--8997738	15	2.2	16	95	5	63	54	0	0	45	0.99
9000603--9000629	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
9002376--9002436	7	8.3	7	81	12	52	63	0	3	32	1.10
9002508--9002577	32	2.2	31	80	9	88	52	0	0	47	1.00
9004290--9004366	24	3.3	23	81	13	86	37	2	0	59	1.11
9008752--9008796	8	5.3	9	80	20	53	55	0	0	44	0.99
9014226--9014267	21	2.0	20	86	4	57	47	0	7	45	1.30
9014922--9014954	17	1.9	17	100	0	66	51	12	6	30	1.63
9017035--9017073	17	2.3	17	86	8	53	71	2	0	25	0.98
9017034--9017118	24	3.5	25	72	13	70	67	2	0	30	1.04
9025615--9025643	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
9028096--9028389	148	2.0	148	99	0	579	32	15	19	32	1.93
9028551--9028609	23	2.6	23	73	10	57	59	0	0	40	0.97
9028578--9028617	21	2.0	20	90	5	62	65	0	0	35	0.93
9028574--9028627	27	2.0	28	85	10	76	64	0	0	35	0.94
9030200--9030268	24	3.0	24	78	4	70	66	0	1	31	1.00
9030500--9030538	11	3.7	10	83	10	51	53	0	0	46	1.00
9030507--9030578	29	2.5	30	78	17	80	52	1	0	45	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9032617--9032675	14	4.1	14	73	2	55	16	3	27	52	1.60
9032645--9032696	21	2.4	22	75	15	54	17	3	23	55	1.58
9032680--9032745	29	2.3	29	89	2	98	19	1	25	53	1.54
9032685--9032757	29	2.6	29	86	6	87	21	2	30	45	1.66
9032769--9033176	30	13.9	30	71	10	213	20	1	30	47	1.59
9032682--9032970	86	3.4	84	79	10	248	19	1	30	47	1.60
9032769--9033089	59	5.5	59	78	9	259	19	1	31	47	1.59
9032768--9033169	148	2.7	149	84	5	496	20	1	30	47	1.59
9035833--9035885	16	3.5	16	76	19	51	52	7	3	35	1.48
9036168--9036434	144	1.9	144	98	0	516	39	18	19	22	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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