genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7836857--7836905	20	2.4	21	80	19	59	26	4	14	55	1.57
7842607--7842656	25	2.0	25	88	0	73	52	10	0	38	1.35
7842621--7842667	25	2.0	24	87	8	69	57	8	0	34	1.29
7843235--7843268	6	5.8	6	89	3	52	85	0	2	11	0.71
7843236--7843272	18	2.2	16	90	9	56	83	0	5	10	0.79
7846325--7846349	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
7846303--7846360	30	1.9	30	82	10	73	27	0	5	67	1.12
7848945--7848978	2	16.5	2	87	6	50	44	2	2	50	1.32
7851015--7851069	23	2.4	23	79	11	60	27	3	7	61	1.39
7851271--7851370	49	2.0	49	98	0	191	45	16	3	36	1.62
7852046--7852337	148	2.0	146	87	2	415	42	7	13	36	1.72
7852942--7853005	22	3.0	22	72	9	69	46	6	10	35	1.64
7852948--7853014	22	3.1	22	68	19	52	47	5	11	34	1.65
7852998--7853047	22	2.3	22	82	0	64	56	4	6	34	1.43
7853052--7853157	44	2.4	44	75	0	104	50	8	7	33	1.61
7853815--7853892	32	2.4	32	80	0	93	8	21	21	47	1.78
7854523--7854585	16	3.6	17	72	16	56	57	0	3	39	1.15
7855694--7856154	152	3.0	156	90	4	743	38	17	15	29	1.90
7856195--7856224	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
7856545--7856590	20	2.3	20	84	0	56	17	21	28	32	1.96
7856643--7856701	31	1.9	31	96	0	109	23	22	27	27	1.99
7857040--7857072	11	2.9	12	86	13	52	78	0	0	21	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7857357--7857395	20	2.0	20	100	0	78	20	30	30	17	1.96
7857504--7857599	1	96.0	1	91	0	156	0	0	4	95	0.25
7857601--7857931	42	8.0	41	92	3	504	35	24	17	22	1.95
7858998--7859049	9	5.6	9	74	17	52	11	5	0	82	0.82
7858944--7859050	15	6.9	15	76	19	80	12	12	0	75	1.04
7858980--7859037	8	8.1	7	80	19	59	13	10	0	75	1.04
7862095--7862134	20	2.0	20	100	0	80	25	20	10	45	1.81
7870870--7870928	29	2.0	31	90	6	95	35	3	6	54	1.44
7879044--7879087	19	2.2	20	84	4	54	63	4	2	29	1.26
7884267--7884360	47	2.0	47	93	0	161	39	19	5	36	1.74
7894713--7894753	6	6.8	6	82	0	55	41	0	0	58	0.98
7894762--7894811	25	2.0	25	84	7	66	34	2	2	62	1.18
7895106--7895143	19	2.0	20	85	15	53	60	0	0	39	0.97
7894989--7895230	127	1.9	130	89	7	386	48	1	2	47	1.23
7895252--7895526	154	1.8	146	87	9	403	22	8	28	40	1.84
7897525--7897571	21	2.3	19	85	10	58	36	14	4	44	1.65
7905347--7905381	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
7909915--7909974	9	6.6	9	75	14	52	45	20	3	31	1.67
7909939--7909974	16	2.2	16	90	0	54	44	19	2	33	1.65
7914973--7915001	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
7924850--7924938	37	2.5	37	87	5	130	44	0	1	53	1.07
7924865--7925067	15	13.8	15	69	20	83	46	0	1	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7924902--7925035	30	4.6	30	72	10	98	48	0	1	50	1.10
7924857--7924954	37	2.5	37	85	9	126	44	0	1	54	1.07
7924852--7925023	37	4.9	36	76	14	110	48	0	1	49	1.11
7924909--7925094	93	2.0	89	79	11	191	49	0	1	48	1.15
7924847--7925064	11	20.0	11	68	21	95	46	0	1	50	1.15
7925269--7925315	20	2.3	21	85	3	60	70	14	10	4	1.31
7930730--7930767	19	2.0	19	100	0	76	42	31	15	10	1.81
7938436--7938490	20	2.6	22	77	11	69	63	0	0	36	0.95
7938715--7938770	20	2.9	19	82	17	71	53	0	0	46	1.00
7951108--7951151	23	1.9	23	90	0	70	59	4	2	34	1.30
7955815--7955860	25	1.9	24	82	8	58	50	2	2	45	1.26
7959475--7959540	29	2.3	28	84	7	80	50	0	0	50	1.00
7960508--7960565	25	2.3	25	78	3	62	39	5	15	39	1.70
7963213--7963264	23	2.3	24	78	12	58	53	3	0	42	1.19
7963490--7963538	25	2.0	25	88	8	73	40	2	0	57	1.10
7968004--7968056	23	2.2	24	86	3	72	60	0	0	39	0.97
7968004--7968065	25	2.6	25	82	5	65	59	0	0	40	0.97
7970546--7970588	6	7.0	6	78	5	50	76	4	2	16	1.05
7970929--7971140	44	4.8	43	77	6	185	41	10	12	35	1.78
7970929--7971161	88	2.6	87	74	7	211	41	11	12	35	1.78
7980824--7980885	31	2.0	31	100	0	124	25	16	12	45	1.83
7982524--7982549	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7982524--7982578	6	9.5	6	82	4	51	80	3	0	16	0.86
7987902--7987927	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
7987902--7987956	6	9.5	6	82	4	51	80	3	0	16	0.86
7991600--7991624	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7994057--7994086	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
7995611--7995840	123	1.9	121	81	11	281	22	8	23	46	1.78
8006736--8006772	20	1.9	20	88	5	58	48	0	0	51	1.00
8011016--8011072	23	2.6	21	76	13	53	50	1	0	47	1.11
8015859--8015912	24	2.2	25	90	3	83	59	0	0	40	0.98
8015859--8015923	25	2.7	24	87	2	85	56	0	0	43	0.99
8018998--8019040	6	7.0	6	78	5	50	76	4	2	16	1.05
8019381--8019591	44	4.8	43	77	8	185	41	10	12	35	1.78
8029255--8029316	31	2.0	31	100	0	124	25	16	12	45	1.83
8030952--8030977	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
8030952--8031006	6	9.5	6	82	4	51	80	3	0	16	0.86
8034653--8034677	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8034721--8034766	24	2.0	22	88	12	67	54	6	4	34	1.46
8037098--8037148	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
8038674--8038903	123	1.9	121	80	11	272	22	8	23	45	1.79
8047389--8047792	64	6.3	64	86	4	523	30	15	21	31	1.95
8047389--8047792	128	3.2	129	85	3	577	30	15	21	31	1.95
8048469--8048518	10	5.0	10	77	22	52	22	0	20	58	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8048437--8048524	46	2.0	44	84	8	115	23	0	23	52	1.48
8049541--8049641	21	4.8	21	74	13	75	40	4	8	45	1.57
8058545--8058575	12	2.6	12	94	0	53	54	12	22	9	1.67
8059923--8059950	8	3.5	8	100	0	56	53	0	0	46	1.00
8064179--8064231	26	2.0	26	96	0	97	52	5	7	33	1.53
8064850--8064933	41	2.0	43	90	4	136	30	3	7	58	1.42
8065938--8066040	22	4.9	21	74	10	75	46	1	7	43	1.43
8066097--8066176	22	3.7	22	79	11	76	48	7	10	33	1.65
8066109--8066233	22	5.7	22	73	5	92	47	4	11	37	1.58
8066273--8066453	22	8.2	22	68	9	64	48	3	8	39	1.53
8066353--8066416	19	3.2	19	77	12	74	53	4	4	37	1.43
8066495--8066571	22	3.5	23	76	15	65	49	9	5	36	1.57
8066602--8066654	11	4.8	11	73	0	52	52	5	3	37	1.43
8066602--8066654	22	2.4	22	90	0	79	52	5	3	37	1.43
8068471--8068516	23	2.0	22	88	12	67	23	0	8	67	1.18
8068473--8068531	29	2.1	28	81	9	66	27	0	10	62	1.27
8070718--8071167	152	3.0	152	95	1	812	38	17	14	29	1.90
8071208--8071237	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
8071191--8071231	12	3.0	14	86	10	50	85	4	0	9	0.73
8071572--8071617	20	2.3	20	84	0	56	17	21	28	32	1.96
8071634--8071677	20	2.2	20	95	0	79	4	25	31	38	1.76
8071641--8071685	20	2.2	20	84	0	54	11	22	33	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8072253--8072278	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8072552--8072670	1	119.0	1	77	0	94	6	0	5	86	0.74
8072568--8072670	19	5.2	20	85	10	108	5	0	5	87	0.71
8072552--8072670	32	3.9	30	82	13	138	6	0	5	86	0.74
8072677--8073272	41	14.5	41	92	2	955	35	25	16	22	1.95
8074516--8074586	19	3.7	18	76	12	70	7	16	0	76	1.00
8074516--8074566	20	2.4	21	87	9	77	7	15	0	76	1.00
8074962--8074998	1	37.0	1	88	0	56	0	5	0	94	0.30
8078254--8078545	152	1.9	153	95	0	523	36	17	15	30	1.90
8078997--8079034	20	1.9	20	100	0	76	5	21	28	44	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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