genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7544088--7544178	46	2.0	43	84	14	114	43	14	8	32	1.76
7546841--7546888	22	2.2	22	88	0	69	47	8	6	37	1.59
7547041--7547135	22	4.4	22	72	7	77	49	5	9	35	1.58
7547413--7547474	22	2.7	22	75	22	65	53	1	4	40	1.32
7547600--7548110	22	23.3	22	71	6	171	45	7	10	35	1.68
7547633--7547836	66	3.1	66	74	5	207	49	5	10	35	1.60
7547633--7547927	66	4.4	67	71	8	201	47	6	10	35	1.64
7548071--7548123	22	2.4	22	87	0	70	45	1	11	41	1.51
7548122--7548274	22	7.0	22	80	4	130	43	9	6	40	1.64
7548137--7548314	66	2.7	66	80	10	177	43	7	9	39	1.66
7548267--7548314	22	2.2	22	82	14	55	43	2	16	37	1.60
7548775--7548924	22	6.8	22	78	5	115	46	6	6	40	1.56
7548788--7548914	66	1.9	66	80	6	150	48	4	5	41	1.47
7548840--7548938	44	2.2	44	80	3	110	51	8	6	34	1.56
7549171--7549240	35	2.0	35	100	0	140	40	8	5	45	1.58
7551412--7551468	22	2.5	22	80	5	60	24	5	1	68	1.20
7551573--7551617	19	2.3	21	82	17	62	68	0	0	31	0.89
7552842--7553050	99	2.1	98	84	0	265	42	20	10	27	1.84
7552841--7553056	49	4.4	49	80	3	245	42	19	11	26	1.85
7552960--7553201	126	1.9	125	88	0	367	40	19	13	26	1.89
7553085--7553281	49	4.0	49	81	1	223	40	19	11	27	1.87
7553081--7553277	99	2.0	99	85	4	263	40	19	12	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7552861--7553277	224	1.9	225	87	1	613	40	20	12	27	1.88
7563870--7563905	15	2.2	16	90	9	56	0	2	13	83	0.76
7564362--7564396	11	3.1	11	87	4	52	0	8	5	85	0.73
7565714--7565758	19	2.3	21	82	17	62	68	0	0	31	0.89
7565737--7565769	12	2.6	13	90	4	50	72	3	0	24	0.98
7565729--7565775	22	2.2	20	82	14	51	74	2	0	23	0.93
7566736--7566767	16	2.1	15	94	5	55	84	0	6	9	0.78
7566780--7566824	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
7568935--7568984	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
7573273--7573321	20	2.5	20	89	0	80	57	10	10	22	1.62
7576652--7576676	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7577002--7577070	17	3.9	17	73	19	54	15	1	4	78	0.98
7577000--7577073	27	2.9	25	75	15	71	16	1	4	78	0.97
7577172--7577229	24	2.5	22	80	5	71	25	3	13	56	1.53
7578697--7578741	23	1.9	24	95	4	83	73	11	0	15	1.10
7579205--7579247	20	2.2	20	82	0	50	44	18	4	32	1.71
7579570--7579606	16	2.4	16	90	4	58	75	10	0	13	1.04
7579653--7579794	74	1.9	74	85	2	196	30	26	23	19	1.98
7580005--7580368	42	8.8	42	72	15	240	48	17	11	23	1.79
7580010--7580354	125	2.8	126	80	8	325	48	16	11	23	1.78
7580005--7580354	82	4.2	79	75	17	229	48	16	11	22	1.78
7580005--7580438	40	10.5	39	70	17	209	47	16	11	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7580005--7580414	83	4.9	83	75	14	305	47	17	11	23	1.80
7580897--7580951	23	2.4	23	96	0	101	41	16	10	30	1.83
7580979--7581052	21	3.3	21	73	14	76	36	14	13	35	1.86
7584434--7584472	13	2.9	13	84	3	51	35	2	10	51	1.50
7584925--7584962	20	1.9	20	84	10	51	18	2	34	44	1.64
7585548--7585620	36	2.0	36	87	10	105	56	6	2	34	1.40
7586838--7586867	15	1.9	16	93	6	53	20	16	23	40	1.91
7587378--7587450	34	2.1	34	89	0	110	35	6	30	27	1.83
7589650--7589737	8	11.9	7	74	20	56	80	1	12	5	0.93
7589648--7589739	7	11.8	8	78	12	59	80	1	13	5	0.94
7590719--7590852	42	3.2	41	67	21	105	28	20	14	37	1.91
7590648--7591022	86	4.4	87	85	4	467	28	20	14	36	1.92
7590648--7591022	171	2.2	171	86	3	522	28	20	14	36	1.92
7591900--7591931	15	2.1	15	94	0	55	34	9	6	50	1.60
7591921--7591999	3	27.0	3	84	5	108	34	5	0	60	1.18
7592348--7592385	20	1.9	20	89	10	60	18	0	34	47	1.49
7592349--7592392	20	2.2	20	84	8	54	20	0	27	52	1.47
7592957--7593031	32	2.3	31	84	15	98	56	9	2	32	1.45
7595812--7595862	16	3.3	16	76	17	54	56	21	0	21	1.42
7595815--7595929	30	3.9	29	78	7	90	52	29	0	17	1.51
7595843--7595907	28	2.2	30	86	5	89	49	32	0	18	1.48
7595821--7595936	29	4.0	29	75	7	85	51	31	0	16	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7599462--7599530	4	17.2	4	78	0	75	23	24	4	47	1.69
7608316--7608352	17	2.1	18	90	5	58	37	13	8	40	1.74
7619028--7619097	28	2.5	28	83	0	104	25	22	17	34	1.96
7627513--7628199	49	14.0	49	77	8	610	28	11	20	39	1.88
7628158--7628250	43	2.2	43	92	1	152	23	12	22	40	1.89
7628489--7628563	28	2.7	28	78	0	96	22	25	17	34	1.96
7628650--7628746	8	12.6	8	80	14	107	74	11	0	14	1.08
7628650--7628746	15	6.3	15	77	15	101	74	11	0	14	1.08
7628645--7628764	8	16.4	7	77	11	75	75	9	0	15	1.03
7628645--7628764	15	7.7	15	76	14	75	75	9	0	15	1.03
7628673--7628762	24	3.7	23	82	8	90	76	10	0	13	1.01
7629038--7629063	13	2.0	13	100	0	52	84	0	7	7	0.77
7630180--7630842	49	13.5	50	74	13	456	28	10	22	38	1.87
7630180--7630848	147	4.6	145	79	8	619	28	10	21	38	1.88
7630179--7630853	98	6.9	99	78	10	579	28	11	22	38	1.88
7631121--7631186	28	2.4	28	89	7	107	22	16	18	42	1.89
7631281--7631377	7	12.6	7	77	14	77	73	11	0	15	1.10
7631280--7631378	15	6.3	15	80	15	103	73	11	0	15	1.09
7631317--7631395	8	9.4	9	78	20	59	75	12	0	11	1.04
7631303--7631393	25	3.8	25	84	9	118	75	12	0	12	1.04
7631280--7631378	8	12.6	8	74	19	84	73	11	0	15	1.09
7631275--7631395	8	16.4	7	70	16	50	75	9	0	14	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7631280--7631395	15	7.3	15	67	14	63	75	10	0	13	1.04
7632815--7633478	48	13.9	47	71	15	259	29	9	22	38	1.86
7632815--7633469	144	4.5	140	75	13	480	29	9	22	39	1.86
7633093--7633465	48	7.7	49	76	13	310	28	9	21	40	1.84
7632822--7633466	95	6.7	96	77	13	418	28	9	22	39	1.86
7633744--7633816	28	2.6	28	82	6	103	21	20	19	38	1.94
7633913--7633987	7	9.6	7	79	17	69	73	13	0	13	1.10
7633903--7633988	17	5.3	16	78	20	90	74	12	0	12	1.08
7633904--7634003	24	4.2	25	89	6	145	76	12	0	12	1.04
7633898--7634005	25	4.4	25	87	5	132	75	11	0	12	1.04
7635426--7636253	49	17.0	49	79	8	714	28	11	21	39	1.88
7635426--7636109	99	7.0	98	81	7	682	28	11	20	39	1.88
7635434--7636096	246	2.7	245	83	6	810	28	11	20	39	1.87
7636070--7636212	43	3.1	43	82	14	187	24	13	21	39	1.90
7636112--7636233	51	2.4	51	94	1	208	25	13	19	40	1.89
7636457--7636518	28	2.2	28	82	5	72	24	22	17	35	1.95
7636583--7636694	8	14.4	8	78	14	85	74	7	0	18	1.05
7636583--7636701	32	3.9	31	81	12	131	74	7	0	17	1.04
7636583--7636700	48	2.5	47	82	9	136	74	7	0	17	1.04
7636588--7636694	15	6.8	14	72	20	63	74	7	0	17	1.04
7638044--7638086	18	2.4	18	84	7	52	65	2	4	27	1.25
7641233--7641512	149	1.8	153	87	5	426	41	7	5	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7641960--7642011	23	2.2	24	83	12	65	57	5	1	34	1.33
7644084--7644166	22	3.8	22	76	7	80	50	6	4	38	1.48
7644137--7644178	22	2.0	21	85	4	57	57	2	7	33	1.39
7644084--7644184	22	4.6	22	77	11	55	51	4	6	36	1.51
7644285--7644379	22	4.4	22	81	7	95	52	3	8	35	1.48
7644324--7644379	11	5.1	11	72	8	51	51	3	5	39	1.42
7645149--7645188	2	20.0	2	94	0	71	47	0	50	2	1.14
7649573--7649877	55	5.4	55	79	9	319	34	11	9	44	1.74
7649775--7649921	55	2.6	57	83	7	158	36	8	7	48	1.61
7649669--7649890	120	1.9	119	87	4	331	35	10	8	45	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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