genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17173362--17173410	25	1.9	26	87	4	73	30	0	0	69	0.89
17173441--17173483	19	2.3	19	84	8	52	62	11	0	25	1.29
17174121--17174168	17	2.9	16	87	6	69	25	4	0	70	1.04
17175615--17175737	34	3.7	34	80	9	130	39	21	13	25	1.90
17175789--17176030	126	1.9	126	80	1	279	32	13	16	37	1.87
17176465--17176559	47	2.0	47	97	0	181	32	14	17	34	1.91
17176719--17176800	37	2.2	38	81	10	91	67	2	0	30	1.04
17178983--17179035	16	3.3	16	82	12	65	69	0	5	24	1.09
17179171--17179219	19	2.5	19	76	3	53	42	28	12	16	1.84
17179705--17179733	8	3.6	8	100	0	58	34	0	0	65	0.93
17182599--17182662	26	2.4	26	81	2	83	46	34	1	17	1.57
17182689--17182765	6	11.7	7	72	17	51	44	33	1	20	1.60
17182686--17182765	20	4.2	20	78	15	80	46	32	1	20	1.58
17182716--17182765	13	4.0	13	82	10	68	46	32	2	20	1.62
17182957--17182995	13	3.0	13	88	11	62	48	38	0	12	1.42
17182951--17183011	18	3.3	19	84	8	65	47	39	0	13	1.42
17184189--17184227	20	2.0	20	94	0	69	61	2	2	33	1.23
17186602--17186671	26	2.7	26	84	2	88	75	0	18	5	0.99
17186602--17186671	14	5.4	14	70	16	51	75	0	18	5	0.99
17186617--17186671	20	2.8	20	77	2	67	78	0	16	5	0.93
17187745--17187818	24	3.0	25	76	5	71	37	1	1	59	1.14
17189237--17189286	24	2.1	24	81	7	57	32	2	4	62	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17189671--17189723	15	3.7	15	82	7	65	60	0	1	37	1.08
17189712--17189777	16	4.1	16	72	3	53	60	1	1	36	1.15
17191774--17191818	24	1.9	23	86	4	63	48	4	0	46	1.22
17194847--17194891	22	2.0	22	86	0	63	48	11	2	37	1.51
17195626--17195679	24	2.3	24	78	12	58	57	3	0	38	1.17
17195640--17195690	24	2.1	24	85	0	66	54	1	1	41	1.22
17196794--17196862	31	2.2	31	81	0	84	36	10	8	44	1.69
17196969--17197019	14	3.6	14	76	10	50	50	5	0	43	1.26
17196963--17197018	29	2.0	29	86	6	80	50	5	0	44	1.25
17196963--17197048	29	3.1	28	77	14	79	47	3	2	46	1.32
17197153--17197193	21	2.0	21	85	9	57	65	2	2	29	1.18
17197448--17197494	14	3.5	13	83	11	51	46	29	0	23	1.52
17197453--17197491	20	1.9	21	89	5	62	48	28	0	23	1.51
17198621--17198703	13	6.2	14	75	21	63	46	1	3	48	1.27
17204478--17204705	10	22.8	10	66	17	57	58	7	2	32	1.37
17204461--17204595	20	6.6	20	69	18	66	64	5	2	28	1.27
17204524--17204565	22	2.0	21	85	4	57	73	9	0	16	1.08
17204622--17204700	10	8.1	9	73	13	59	56	8	1	32	1.38
17204627--17204706	30	2.7	30	81	11	92	57	7	2	32	1.40
17204895--17204951	28	2.0	28	86	6	80	36	1	1	59	1.18
17204936--17204980	17	2.8	16	80	6	54	22	2	0	75	0.91
17205239--17205283	20	2.3	19	84	3	63	28	2	11	57	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17205269--17205311	20	2.2	19	91	4	68	41	2	2	53	1.26
17207019--17207058	21	1.9	21	85	10	55	10	2	32	55	1.47
17207352--17207391	21	2.0	20	85	5	53	12	0	27	60	1.33
17207564--17207706	49	2.9	49	81	5	164	27	17	7	46	1.75
17207863--17208007	7	22.8	6	71	14	80	46	33	0	19	1.50
17207863--17207970	13	8.3	13	71	14	55	48	31	0	20	1.50
17207866--17207970	27	4.0	26	74	11	81	46	32	0	20	1.51
17207881--17207996	31	3.5	33	71	11	96	45	34	0	19	1.51
17207951--17208010	24	2.4	24	86	5	75	46	38	0	15	1.45
17207960--17208010	12	4.2	12	77	7	50	49	37	0	13	1.43
17209062--17209125	8	7.6	8	81	8	74	81	3	1	14	0.89
17209067--17209123	9	6.6	9	85	4	64	84	1	1	12	0.79
17209062--17209125	17	3.8	17	93	0	101	81	3	1	14	0.89
17209794--17209848	10	5.5	10	75	16	60	70	9	7	12	1.32
17209766--17209849	18	4.4	18	72	20	64	72	8	7	11	1.27
17211692--17211747	26	2.2	25	81	12	69	69	1	5	23	1.18
17211750--17211800	25	2.2	23	86	10	68	78	0	5	15	0.93
17211700--17211794	12	8.0	11	69	21	50	71	2	4	22	1.14
17211761--17211800	18	2.2	19	86	4	55	77	0	7	15	0.98
17212593--17212625	3	11.3	3	87	6	50	66	0	3	30	1.06
17212878--17213027	43	3.5	42	78	5	149	41	14	16	27	1.88
17224548--17224630	38	2.2	38	97	0	157	43	12	7	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17224555--17224618	22	3.2	22	61	38	54	42	12	7	37	1.72
17224707--17224748	3	14.0	3	90	9	68	66	0	2	30	1.04
17224708--17224800	22	4.1	21	76	13	78	74	1	3	21	1.03
17224708--17224783	15	4.9	15	77	15	57	72	1	2	23	1.05
17224759--17224803	18	2.6	18	83	13	58	84	0	2	13	0.72
17224742--17224802	12	5.4	11	73	11	52	80	1	3	14	0.92
17225622--17225659	4	9.0	4	88	11	58	71	0	0	28	0.87
17228880--17228934	21	2.7	21	88	8	78	18	14	14	52	1.74
17232261--17232303	18	2.3	19	80	4	52	46	2	11	39	1.53
17238729--17238783	21	2.7	20	85	5	74	38	5	34	21	1.77
17240501--17240541	21	1.9	22	85	5	57	34	2	29	34	1.71
17241273--17241316	21	2.1	21	83	8	54	25	20	4	50	1.67
17242375--17242441	7	9.6	7	75	16	50	73	1	1	23	1.00
17242374--17242448	34	2.1	35	88	9	109	73	1	1	24	0.99
17242375--17242461	14	5.7	15	74	15	54	72	1	1	25	0.99
17242373--17242461	16	5.6	16	75	12	69	71	1	1	25	0.99
17244532--17244649	12	9.9	12	68	12	64	51	20	4	23	1.65
17244600--17244671	32	2.2	33	82	4	85	45	25	9	19	1.80
17248379--17248472	25	3.8	25	70	9	84	29	4	10	55	1.53
17248424--17248533	38	3.1	38	80	13	130	31	5	14	48	1.67
17248519--17248636	13	9.3	13	65	15	52	27	8	10	53	1.63
17248593--17248675	36	2.3	34	80	17	80	24	6	9	60	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17252636--17252694	25	2.4	25	86	5	77	45	15	22	16	1.84
17253385--17253516	61	2.2	61	83	2	158	36	12	14	36	1.84
17254546--17254614	14	5.2	13	74	17	54	27	1	1	69	1.05
17254532--17254601	32	2.3	31	80	9	81	24	2	1	71	1.08
17254557--17254613	26	2.1	27	81	15	66	29	1	0	68	1.00
17254560--17254618	21	2.7	22	74	7	59	30	1	0	67	1.00
17255469--17255521	27	2.0	27	88	3	81	32	18	9	39	1.83
17255379--17255534	59	2.5	62	79	11	176	31	17	16	33	1.93
17255365--17256068	33	21.5	33	68	19	205	31	16	16	35	1.92
17255402--17255581	93	1.9	93	81	6	213	32	18	15	34	1.92
17255386--17255810	164	2.7	158	81	6	491	31	17	16	34	1.92
17255724--17255826	32	3.2	32	77	8	102	33	16	16	33	1.91
17255724--17255829	31	3.3	32	79	8	101	32	16	16	34	1.91
17255773--17255915	72	2.0	72	81	2	171	30	16	17	34	1.93
17255844--17256064	67	3.4	66	81	7	229	32	14	17	34	1.91
17255969--17256055	32	2.7	32	77	13	88	34	13	17	34	1.89
17256232--17256289	22	2.7	22	79	12	75	25	17	20	36	1.94
17256263--17256320	29	2.0	29	86	0	80	25	13	17	43	1.86
17256298--17256372	22	3.4	21	83	7	69	22	16	24	37	1.93
17256319--17256378	22	2.7	21	85	10	75	21	18	28	31	1.97
17258686--17258728	1	43.0	1	80	0	50	0	9	0	90	0.45
17258685--17258729	11	4.1	11	88	8	65	0	13	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17258686--17258728	14	3.2	13	90	9	68	0	9	0	90	0.45
17263262--17263305	18	2.4	19	77	11	56	25	6	0	68	1.14
17263509--17263609	12	7.9	12	71	12	76	18	6	22	51	1.70
17263510--17263609	26	3.8	26	86	0	119	18	7	23	52	1.69
17264150--17264178	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
17265282--17265462	100	1.8	100	82	2	238	13	30	10	45	1.78
17266218--17266286	34	2.1	33	83	8	86	27	2	0	69	1.02
17271636--17271758	61	2.0	61	88	0	183	40	21	10	27	1.86
17274818--17274872	25	2.3	23	79	14	58	69	0	21	9	1.16
17275672--17275747	37	2.0	38	92	2	127	21	13	22	43	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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