genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318418--2318468	20	2.7	20	84	6	61	58	0	0	41	0.98
2318815--2318866	19	2.9	18	83	10	72	44	0	0	55	0.99
2318806--2318856	18	2.8	19	82	8	70	47	0	0	52	1.00
2320133--2320180	21	2.4	19	79	6	51	52	0	0	47	1.00
2323599--2323642	23	1.9	23	85	0	61	27	0	2	70	0.99
2323480--2324710	613	2.0	616	98	0	2369	37	10	9	43	1.70
2327521--2327573	19	2.9	19	78	15	67	43	0	0	56	0.99
2328304--2328346	22	2.0	22	85	0	59	51	0	2	46	1.13
2333720--2333765	23	2.0	23	82	4	56	45	8	6	39	1.61
2338154--2338221	24	2.8	24	76	10	68	48	1	0	50	1.10
2339216--2339248	17	2.1	17	88	11	52	33	0	6	60	1.21
2339357--2339435	30	2.6	30	85	0	95	35	8	18	36	1.83
2341993--2342031	7	5.4	7	85	14	53	84	2	2	10	0.81
2343930--2344002	36	2.0	37	89	2	112	46	2	1	49	1.24
2358638--2358665	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2358991--2359028	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
2360537--2360575	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
2360574--2360618	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
2361786--2361829	22	1.9	23	86	9	63	47	2	11	38	1.52
2366859--2366907	21	2.5	19	80	6	53	20	8	10	61	1.53
2368518--2368655	10	13.8	10	67	19	65	73	2	5	18	1.15
2368507--2368550	23	1.9	23	86	9	63	75	0	9	15	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369137--2369173	19	1.9	19	94	0	65	35	21	16	27	1.94
2369108--2369182	31	2.4	31	78	10	89	36	24	16	24	1.94
2369728--2369773	3	15.0	3	79	20	51	67	4	0	28	1.10
2369724--2369775	10	5.5	10	88	11	67	65	7	0	26	1.20
2369728--2369770	16	2.7	16	89	7	61	67	4	0	27	1.10
2372272--2372310	14	2.7	15	92	4	62	53	10	0	35	1.35
2373250--2373294	12	3.9	12	80	11	58	44	0	0	55	0.99
2373261--2373301	22	1.9	21	95	5	73	43	0	0	56	0.99
2373251--2373294	10	4.2	10	80	11	52	43	0	0	56	0.99
2373539--2373568	13	2.3	13	94	0	51	76	0	3	20	0.92
2373531--2373572	21	2.0	20	86	4	57	78	0	2	19	0.86
2374550--2374693	52	2.8	52	77	8	141	44	7	20	27	1.78
2378698--2378737	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
2380949--2380981	14	2.3	15	89	5	50	27	0	0	72	0.85
2380949--2380992	15	3.0	15	87	9	56	25	0	2	72	0.96
2382884--2382927	12	3.7	12	85	8	63	22	0	6	70	1.11
2382892--2382930	19	2.1	19	90	0	60	23	0	5	71	1.05
2382888--2382928	13	3.2	13	77	16	50	19	0	7	73	1.07
2391517--2391574	28	2.1	27	84	9	73	46	1	0	51	1.11
2392027--2392080	17	3.2	17	73	19	58	40	9	18	31	1.82
2394816--2394869	24	2.4	22	79	11	65	31	0	5	62	1.18
2394905--2394972	31	2.2	31	82	10	77	33	5	7	52	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395282--2395322	19	2.2	19	86	8	57	51	0	9	39	1.35
2395953--2396003	24	2.1	24	78	10	59	35	1	0	62	1.06
2397299--2397349	23	2.2	24	82	3	59	45	0	0	54	0.99
2397441--2397482	20	2.1	20	95	0	75	42	7	0	50	1.30
2398415--2398451	17	2.2	17	90	0	56	24	2	2	70	1.14
2399599--2399669	32	2.2	30	79	16	72	46	1	2	49	1.25
2400187--2400234	24	2.0	24	100	0	96	20	8	16	54	1.68
2404475--2404511	11	3.5	11	82	14	51	16	5	0	78	0.93
2404475--2404512	20	1.9	20	94	0	67	15	5	0	78	0.91
2404797--2404822	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2405125--2405160	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2405160--2405187	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
2406413--2406460	23	2.1	23	92	0	78	33	20	6	39	1.78
2406736--2406765	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2407937--2407980	22	1.9	23	86	9	63	47	2	11	38	1.52
2411663--2412460	161	5.0	161	92	3	1312	39	17	14	28	1.89
2411683--2412445	318	2.4	318	98	0	1483	38	17	14	29	1.90
2412492--2412516	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2412475--2412515	12	3.0	14	86	10	50	85	4	0	9	0.73
2412839--2412885	19	2.5	19	82	0	58	21	19	29	29	1.97
2413508--2413539	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2413699--2413763	20	3.2	20	93	0	94	20	27	32	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413878--2413987	1	110.0	1	77	0	94	4	0	8	87	0.67
2413871--2413988	44	2.7	41	86	10	155	5	0	9	85	0.73
2413995--2414184	41	5.1	40	74	21	162	37	21	18	22	1.94
2414103--2414515	41	10.6	38	82	13	246	39	20	16	22	1.92
2414123--2414251	67	1.9	67	96	0	240	41	17	17	24	1.90
2414194--2414538	41	8.4	40	90	6	473	39	20	16	23	1.92
2414183--2414538	83	4.3	82	93	5	587	39	21	16	23	1.92
2414187--2414538	164	2.1	164	90	8	579	39	20	16	23	1.92
2415562--2415630	9	7.7	9	83	15	81	11	17	0	71	1.15
2415555--2415657	10	11.6	9	81	13	90	10	12	0	75	1.09
2415550--2415646	17	5.6	16	75	20	79	11	15	0	73	1.10
2415543--2415631	45	1.9	47	93	4	155	11	17	0	70	1.15
2415600--2415657	9	6.8	8	86	11	53	10	8	1	79	1.01
2417996--2418024	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
2418187--2418252	20	3.3	20	89	0	87	21	28	30	19	1.98
2420047--2420085	20	2.0	20	85	10	53	41	7	5	46	1.55
2421681--2421716	18	1.9	19	88	5	56	25	16	22	36	1.94
2422417--2422463	15	2.9	16	81	6	51	63	0	2	34	1.06
2422778--2422821	16	2.7	16	82	3	52	81	2	9	6	0.94
2422925--2422955	5	6.2	5	92	0	53	22	0	0	77	0.77
2424214--2424238	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2425102--2425140	14	2.7	15	80	4	53	61	7	0	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426036--2426708	334	2.0	333	82	6	808	39	4	10	45	1.60
2428477--2428528	19	2.8	19	77	13	63	46	0	0	53	1.00
2429259--2429307	22	2.2	22	85	0	62	46	0	4	48	1.20
2429290--2429338	13	3.5	14	80	8	55	57	0	2	40	1.10
2433262--2433326	33	2.0	33	93	0	112	7	26	35	30	1.84
2433322--2433356	2	17.5	2	93	0	61	0	48	2	48	1.16
2439765--2439811	24	2.1	21	84	11	58	65	2	0	31	1.04
2439765--2439828	21	2.8	23	75	17	62	62	3	1	32	1.20
2440154--2440180	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
2443622--2443659	20	1.9	20	89	10	60	65	0	2	31	1.06
2444084--2444214	41	3.2	41	79	7	142	25	5	10	58	1.53
2444084--2444206	42	3.0	42	83	3	151	26	5	11	56	1.56
2445186--2445254	29	2.3	30	87	7	104	43	5	0	50	1.26
2446742--2446806	33	2.0	31	82	8	76	41	1	4	52	1.31
2446763--2446824	32	1.9	32	83	6	81	45	0	3	51	1.17
2446808--2446850	22	2.0	22	81	9	52	48	4	6	39	1.51
2448477--2448505	14	2.1	14	93	6	51	75	0	10	13	1.04
2448456--2448493	18	2.0	20	90	10	62	76	5	5	13	1.13
2460266--2460332	26	2.7	25	79	6	82	35	0	0	64	0.94
2465626--2465689	18	3.5	18	73	2	56	56	3	1	39	1.25
2465713--2465750	20	1.9	20	88	0	58	68	0	0	31	0.90
2465720--2465754	10	3.4	10	88	7	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469165--2469238	36	2.1	36	89	0	112	40	5	16	37	1.71
2473331--2473465	56	2.4	54	76	4	137	45	14	14	26	1.82
2473342--2473465	55	2.2	55	78	1	140	42	14	15	27	1.85
2473260--2473561	159	1.9	159	80	6	353	45	11	14	28	1.80
2474656--2474681	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2475270--2475329	28	2.1	28	96	0	111	50	10	20	20	1.76
2476495--2476534	16	2.5	16	100	0	80	25	5	17	52	1.64
2483548--2483589	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
2483616--2483687	24	2.9	25	74	13	78	47	0	0	52	1.00
2485764--2485844	38	2.1	38	86	0	108	18	13	11	56	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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