genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7649727--7649907	55	3.1	54	68	24	127	35	10	7	46	1.67
7650704--7650736	15	2.1	16	88	5	50	81	0	6	12	0.85
7650732--7650858	48	2.7	46	81	11	152	58	2	4	34	1.32
7661825--7661865	5	8.6	5	78	10	50	78	4	0	17	0.93
7662701--7662829	3	43.7	3	90	3	163	63	0	3	31	1.18
7662858--7662914	25	2.2	26	87	3	80	28	21	31	19	1.97
7663040--7663658	119	5.2	118	79	5	522	45	15	20	18	1.85
7663040--7663687	237	2.7	234	79	5	650	45	15	20	18	1.85
7663040--7663740	119	5.9	119	78	5	488	45	15	20	18	1.85
7663956--7664053	34	3.0	33	75	7	101	36	21	18	23	1.95
7671882--7671908	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
7671882--7671923	14	2.9	15	86	6	52	80	0	4	14	0.86
7671881--7671922	19	2.2	19	83	8	50	80	0	4	14	0.86
7672745--7672815	3	24.0	3	84	2	54	60	1	8	29	1.35
7673193--7673235	15	2.8	16	78	3	52	30	4	18	46	1.69
7673438--7673465	10	2.8	10	100	0	56	10	35	10	42	1.74
7675854--7675972	8	14.8	8	71	13	66	21	0	27	50	1.54
7675853--7675972	16	7.5	15	72	14	80	20	0	28	50	1.54
7675855--7675972	24	4.9	24	77	7	105	21	0	27	50	1.54
7675854--7675972	32	3.7	32	76	14	93	21	0	27	50	1.54
7678913--7678945	10	3.2	11	91	8	52	6	0	9	84	0.76
7679395--7679447	27	1.9	28	88	3	81	50	0	3	45	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7679426--7679464	20	2.1	18	90	9	60	51	0	0	48	1.00
7679395--7679455	28	2.2	28	85	5	79	52	0	3	44	1.17
7682061--7682102	17	2.5	17	84	0	57	16	0	7	76	1.00
7686730--7686776	7	6.7	7	87	0	67	23	12	6	57	1.58
7686807--7686856	18	2.9	18	77	16	52	18	2	6	74	1.12
7686949--7687019	22	3.4	21	80	18	69	29	4	12	53	1.57
7694279--7694320	20	2.2	20	87	8	61	16	4	7	71	1.26
7694408--7694446	19	2.0	21	90	10	64	17	7	10	64	1.48
7694409--7694451	19	2.2	20	84	12	54	18	6	11	62	1.50
7694467--7694515	20	2.4	21	80	19	59	26	4	14	55	1.57
7699921--7699970	25	2.0	25	92	0	82	52	8	0	40	1.31
7699927--7699981	25	2.3	24	87	6	76	58	5	0	36	1.21
7700322--7700360	19	2.0	20	85	5	53	58	2	5	33	1.33
7704429--7704491	3	22.0	3	80	6	69	61	0	0	38	0.96
7704448--7704496	15	3.1	15	78	16	53	71	0	0	28	0.86
7705621--7705645	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7705951--7705994	23	1.9	23	90	0	70	45	36	0	18	1.49
7713493--7713677	88	2.1	88	83	2	228	19	19	19	41	1.90
7713657--7713700	22	2.0	22	100	0	88	27	27	18	27	1.98
7713772--7713838	23	3.0	23	75	2	82	25	23	19	31	1.98
7713776--7713844	22	3.1	22	74	2	75	26	23	18	31	1.97
7713813--7714107	110	2.7	109	79	4	333	24	20	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7714355--7714394	16	2.5	16	95	0	71	25	20	10	45	1.81
7714457--7714965	102	5.0	102	82	4	582	22	19	11	46	1.81
7714658--7714728	34	2.1	34	91	0	115	16	16	12	53	1.73
7714472--7714965	204	2.4	204	84	2	645	22	19	11	46	1.81
7714864--7715260	174	2.3	174	88	0	562	20	18	13	46	1.83
7715218--7715308	34	2.7	33	83	6	103	21	20	12	45	1.84
7715650--7715679	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
7717118--7717201	16	5.6	16	71	13	56	47	27	0	25	1.52
7717122--7717198	29	2.6	30	76	12	79	50	24	0	24	1.49
7719325--7719358	16	2.3	15	90	10	52	70	0	20	8	1.13
7719525--7719549	12	2.1	12	100	0	50	24	28	24	24	2.00
7731458--7731496	19	2.1	19	85	9	53	69	0	23	7	1.14
7732929--7733048	16	7.9	15	72	10	91	48	31	0	19	1.55
7733471--7733500	15	2.0	15	93	0	51	53	0	3	43	1.17
7740294--7740379	22	4.0	21	76	10	75	29	32	17	20	1.96
7740295--7740386	44	2.1	44	89	4	141	30	31	17	20	1.96
7740467--7740635	89	1.9	89	88	2	259	21	20	17	40	1.91
7740644--7740687	22	2.0	22	90	0	70	25	25	20	29	1.99
7740556--7741196	110	5.9	110	79	6	677	21	20	18	39	1.93
7740754--7740796	22	2.0	22	85	0	59	32	23	11	32	1.90
7740788--7740966	99	1.8	99	85	2	252	20	17	18	43	1.89
7740661--7741196	209	2.5	209	80	7	564	22	20	18	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7740462--7741394	319	3.0	302	80	8	951	22	19	18	39	1.92
7741095--7741285	89	2.2	88	86	4	262	22	20	19	37	1.95
7740985--7741558	196	2.9	196	81	5	617	22	20	18	37	1.94
7743230--7743401	16	11.2	15	69	13	100	46	31	1	20	1.59
7744055--7744085	12	2.5	12	94	5	53	45	3	0	51	1.17
7747261--7747338	32	2.5	32	78	2	86	46	14	7	32	1.72
7748957--7749002	25	1.9	23	82	8	56	30	2	2	65	1.16
7749430--7749621	16	12.5	15	70	12	131	17	2	34	45	1.60
7749430--7749598	31	5.5	31	71	10	132	17	1	35	46	1.56
7749609--7749648	21	1.9	21	89	0	62	35	0	22	42	1.54
7759580--7759613	17	2.0	17	100	0	68	17	17	52	11	1.73
7761762--7761794	7	4.7	7	100	0	66	27	12	0	60	1.32
7761757--7761826	20	3.5	20	84	5	79	18	7	5	68	1.33
7761929--7761965	17	2.0	19	85	15	51	18	8	10	62	1.52
7761963--7762020	24	2.6	21	78	13	62	25	3	15	55	1.56
7761988--7762036	20	2.4	21	80	19	59	26	4	14	55	1.57
7767799--7767848	25	2.0	25	88	0	73	52	10	0	38	1.35
7767813--7767859	25	2.0	24	87	8	69	57	8	0	34	1.29
7770451--7770488	15	2.4	16	82	13	51	18	2	0	78	0.86
7776302--7776367	22	3.0	22	97	0	123	31	12	13	42	1.81
7782154--7782249	42	2.3	43	83	8	117	44	6	11	37	1.66
7782189--7782303	22	5.3	22	82	2	117	44	4	12	39	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7782191--7782249	11	5.6	10	71	25	50	40	6	13	38	1.71
7786300--7786377	39	2.0	39	100	0	156	38	15	17	28	1.91
7787527--7787569	18	2.4	18	80	0	50	4	2	16	76	1.05
7793212--7793354	16	9.5	15	70	12	96	19	1	32	46	1.59
7793212--7793354	15	9.5	15	70	16	91	19	1	32	46	1.59
7793742--7793784	9	4.9	9	83	13	54	74	2	0	23	0.93
7794801--7794849	23	2.1	24	84	3	64	40	0	0	59	0.98
7794842--7794868	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
7799593--7799643	24	2.2	24	86	10	70	54	5	0	39	1.24
7799593--7799651	24	2.5	24	78	13	68	55	5	0	38	1.22
7808132--7808162	14	2.1	15	94	5	55	77	0	0	22	0.77
7811678--7811711	7	4.7	7	85	7	50	85	0	2	11	0.71
7811677--7811711	15	2.3	15	95	0	61	85	0	2	11	0.69
7811929--7811953	12	2.1	12	100	0	50	32	8	8	52	1.60
7812401--7812430	15	2.0	15	100	0	60	33	6	20	40	1.78
7815763--7815882	22	5.5	22	83	3	102	45	3	11	39	1.57
7815763--7815851	44	2.1	42	85	4	115	44	3	13	38	1.60
7816486--7816523	14	2.8	14	84	4	51	21	7	0	71	1.11
7817506--7817548	18	2.4	18	80	0	50	4	2	16	76	1.05
7823191--7823332	15	9.5	15	70	11	94	19	1	33	45	1.59
7823715--7823756	9	4.9	9	82	11	52	73	2	0	23	0.94
7824822--7824848	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7828185--7828216	11	2.9	11	95	0	55	25	0	28	46	1.53
7828241--7828385	52	2.8	51	88	3	209	41	8	24	25	1.84
7828928--7829019	25	3.7	23	75	12	76	36	9	33	19	1.85
7828928--7829032	49	2.1	50	85	5	142	36	9	34	20	1.85
7829269--7829300	11	2.9	11	95	0	55	25	0	28	46	1.53
7829325--7829469	52	2.8	51	88	3	209	41	8	24	25	1.84
7836646--7836689	20	2.2	20	92	4	72	15	4	9	70	1.30
7836694--7836724	4	7.8	4	92	0	53	25	0	0	74	0.82
7836798--7836834	17	2.0	19	85	15	51	18	8	10	62	1.52
7836832--7836889	24	2.6	21	78	13	62	25	3	15	55	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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