genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229852--229905	11	5.0	11	77	4	56	51	3	1	42	1.30
229957--230026	22	3.2	22	72	8	70	52	7	2	37	1.44
230154--230254	21	4.7	22	77	3	98	51	8	5	33	1.57
230215--230298	22	3.9	22	73	13	75	46	2	10	40	1.52
230216--230298	44	1.9	43	82	7	105	46	2	10	39	1.52
230327--230386	21	2.8	21	85	7	68	60	0	5	35	1.19
230365--230412	19	2.5	19	86	6	62	50	0	6	43	1.27
230333--230415	22	4.0	21	79	16	75	55	0	4	39	1.21
230541--230605	22	3.0	22	81	4	78	41	12	9	36	1.75
231000--231198	22	8.9	22	68	17	106	50	7	7	35	1.57
231000--231198	67	2.9	67	79	14	198	50	7	7	35	1.57
231317--231423	44	2.4	44	79	13	121	47	1	8	42	1.44
231317--231423	22	4.8	22	76	12	103	47	1	8	42	1.44
231416--231620	22	9.4	22	73	9	125	44	8	9	37	1.67
231429--231620	44	4.4	44	77	8	142	45	8	8	36	1.66
231440--231589	66	2.3	66	81	6	171	46	8	8	36	1.64
231610--231657	22	2.2	22	84	0	60	50	4	8	37	1.52
231920--232001	32	2.6	31	80	14	87	53	6	4	35	1.47
231935--232007	32	2.2	33	83	11	89	56	5	5	32	1.45
232038--232070	16	2.1	17	88	11	52	63	9	0	27	1.24
233018--233048	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
236153--236384	43	5.4	43	82	6	249	48	16	10	24	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236153--236419	86	3.2	83	83	8	326	47	16	10	24	1.78
236153--236420	43	6.4	41	79	8	206	47	16	10	25	1.78
236923--237305	21	17.9	21	83	4	444	38	16	8	36	1.79
236923--237305	64	6.0	65	82	6	433	38	16	8	36	1.79
236923--237305	85	4.5	86	83	3	477	38	16	8	36	1.79
238375--238404	15	1.9	16	93	6	53	13	13	0	73	1.10
238399--238479	15	5.1	16	70	18	53	6	14	0	79	0.92
238414--238481	8	8.4	8	79	14	59	4	13	0	82	0.82
238414--238481	9	7.2	9	73	18	50	4	13	0	82	0.82
238362--238440	30	2.7	29	76	11	81	8	15	0	75	1.02
238407--238474	33	2.1	32	83	10	84	4	14	0	80	0.85
242691--242719	9	3.3	9	90	9	51	10	0	0	89	0.48
249212--249238	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
251277--251328	27	1.9	27	96	0	95	46	13	9	30	1.75
255763--255805	14	3.1	14	86	3	61	39	6	0	53	1.28
256051--256092	21	2.0	22	90	4	68	35	11	0	52	1.38
256166--256206	22	1.9	21	85	5	55	63	4	12	19	1.46
257925--258053	67	1.9	68	84	7	174	44	18	8	28	1.79
257928--258068	68	2.1	67	80	9	153	47	17	8	26	1.76
258083--258162	31	2.5	33	79	8	83	35	21	13	30	1.92
258252--258324	31	2.4	31	88	2	103	50	19	10	19	1.76
258413--258495	43	1.9	43	85	0	112	32	15	20	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258413--258593	65	2.8	63	73	9	161	34	14	16	33	1.90
258711--258752	20	2.0	21	90	4	68	35	11	11	40	1.79
258845--258959	43	2.7	43	82	5	142	33	14	20	31	1.93
258991--259083	42	2.2	44	80	7	102	37	18	16	27	1.92
258968--259090	22	5.7	21	77	6	95	40	17	13	27	1.88
259836--259871	6	5.7	6	87	12	54	47	13	16	22	1.82
264143--264180	17	2.2	17	90	0	58	36	0	15	47	1.46
264397--264462	21	3.2	21	81	14	68	72	3	6	18	1.18
265699--265744	15	3.1	15	76	14	51	6	13	0	80	0.89
275950--276179	59	3.9	58	80	9	214	35	11	4	49	1.59
275946--276218	118	2.3	120	84	5	322	35	11	4	47	1.61
276300--276376	17	4.5	17	73	0	64	36	12	18	32	1.89
276260--276383	34	3.7	34	75	5	108	41	12	15	31	1.84
276297--276398	34	3.0	33	76	11	98	37	12	18	31	1.89
276262--276404	68	2.1	68	77	5	146	40	11	15	32	1.82
276511--276580	21	3.2	22	78	11	74	41	12	10	35	1.77
277796--277836	9	4.7	9	85	14	59	9	2	0	87	0.62
277794--277836	16	2.8	16	92	3	70	9	2	0	88	0.60
277794--277844	16	3.1	16	86	8	68	7	3	1	86	0.77
277864--278283	211	2.0	211	95	0	759	39	17	13	29	1.88
281878--282254	58	6.2	58	76	14	303	37	10	5	46	1.61
281996--282139	71	2.0	74	85	8	197	39	9	4	45	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289516--289575	25	2.4	26	78	13	72	43	5	1	50	1.34
293821--293852	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
297139--297345	106	2.0	106	91	0	333	39	12	9	39	1.75
300174--300207	17	1.9	18	88	5	52	32	11	20	35	1.89
300174--300207	18	1.9	17	88	5	50	32	11	20	35	1.89
300253--300314	5	11.6	5	74	19	54	16	8	0	75	1.02
300245--300322	13	6.5	11	72	20	59	16	6	1	75	1.07
300253--300317	20	3.1	20	75	6	67	16	7	0	75	1.03
300255--300330	20	3.8	20	65	26	52	15	9	0	75	1.05
301784--301838	4	12.2	5	77	14	50	78	1	1	18	0.94
301787--301838	9	5.9	9	86	10	72	78	1	1	17	0.93
301805--301842	4	9.2	4	86	13	51	78	0	0	21	0.74
301784--301837	13	4.1	13	79	13	65	77	1	1	18	0.95
302464--302489	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
302572--302756	16	12.7	15	73	15	99	68	1	4	25	1.16
302583--302757	29	6.2	29	68	22	81	68	1	4	26	1.16
302628--302756	51	2.6	49	80	11	129	69	0	3	25	1.10
302687--302757	6	11.7	6	76	8	72	76	1	1	21	0.95
302664--302743	37	2.2	36	82	10	99	71	1	2	25	1.06
308078--308397	155	2.0	155	88	7	468	36	8	17	38	1.79
309270--309325	24	2.4	22	76	8	58	75	10	5	8	1.19
310022--310087	21	3.2	20	79	18	73	18	6	3	72	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311105--311164	22	2.7	22	75	17	61	23	3	5	68	1.24
311603--311631	14	2.0	15	93	6	51	75	6	0	17	1.01
311707--311749	6	6.1	7	84	15	54	79	2	2	16	0.95
314588--314623	6	5.7	6	87	12	54	22	16	13	47	1.82
315376--315498	22	5.7	21	75	6	86	28	13	17	40	1.87
315531--315601	23	3.2	23	66	11	67	28	16	19	35	1.94
315507--315621	43	2.7	43	88	0	167	30	20	16	32	1.95
315714--315755	20	2.0	21	86	4	59	38	11	14	35	1.83
315971--316053	43	1.9	43	82	0	103	32	19	15	32	1.93
316142--316229	31	2.9	31	81	3	108	22	11	19	46	1.81
316414--316542	67	1.9	68	82	7	165	27	10	18	43	1.82
317392--317429	20	1.9	19	94	5	67	71	15	2	10	1.25
318269--318309	22	1.9	21	85	5	55	19	12	4	63	1.46
318383--318424	21	2.0	22	90	4	68	52	0	11	35	1.38
318667--318710	14	3.1	14	86	0	61	52	0	6	40	1.28
321802--321837	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
322143--322349	106	2.0	106	93	0	351	38	12	10	39	1.76
328881--328942	5	11.6	5	74	19	54	17	8	0	74	1.06
328873--328950	13	6.5	11	70	20	50	17	6	1	74	1.10
328881--328945	20	3.1	20	74	14	60	18	7	0	73	1.06
330416--330464	18	2.8	17	87	9	71	79	2	2	16	0.92
330415--330464	9	5.8	8	82	17	64	80	2	2	16	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330413--330459	14	3.4	14	80	13	62	78	2	2	17	0.94
330902--330942	21	1.9	22	85	5	57	60	12	7	19	1.54
331084--331108	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
331270--331326	24	2.4	23	80	11	71	71	0	5	22	1.05
331193--331299	47	2.2	52	77	15	122	67	0	6	25	1.21
331284--331372	37	2.4	39	78	14	107	70	1	2	25	1.05
331311--331381	6	11.7	6	76	8	72	76	1	1	21	0.95
332261--332297	18	2.0	19	94	5	67	72	0	5	21	1.04
336762--337083	159	2.0	155	86	9	438	36	8	16	38	1.79
337411--337456	15	3.1	16	75	15	53	80	0	13	6	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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