genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13748166--13748389	84	2.7	82	86	4	315	42	21	11	24	1.86
13748617--13748754	47	3.2	43	73	13	131	32	18	13	35	1.89
13748949--13749173	46	4.8	46	84	7	272	37	16	9	36	1.81
13748971--13749173	25	8.5	25	81	10	219	37	15	9	37	1.80
13748971--13749175	96	2.2	94	91	1	329	38	15	9	37	1.80
13750371--13750436	10	6.5	10	71	10	53	6	10	3	80	1.00
13750369--13750463	25	3.6	24	74	20	75	8	11	2	77	1.06
13750355--13750415	31	1.9	32	84	15	83	8	11	3	77	1.11
13750403--13750457	10	5.4	10	78	22	53	10	10	0	78	0.98
13750423--13750459	17	2.1	19	80	15	51	10	10	0	78	0.97
13750424--13750459	18	2.1	18	89	5	56	11	11	0	77	0.99
13750412--13750463	21	2.7	18	77	11	50	9	13	0	76	1.01
13754527--13754663	60	2.3	58	78	9	136	29	8	10	51	1.66
13754879--13754942	4	17.5	4	90	3	59	71	4	0	23	1.04
13758703--13758802	30	3.3	30	84	2	121	53	4	7	36	1.47
13761054--13761110	26	2.4	22	74	20	60	26	8	14	50	1.71
13761059--13761109	26	2.0	26	92	0	84	27	9	15	47	1.77
13776337--13776390	13	4.0	13	83	9	63	40	0	0	59	0.98
13776484--13776511	11	2.5	11	100	0	56	85	0	0	14	0.59
13777388--13777432	10	4.7	10	74	20	51	31	0	6	62	1.21
13777396--13777436	19	2.3	18	87	8	57	34	0	4	60	1.18
13778545--13778576	14	2.3	14	94	0	55	28	0	6	65	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13778559--13778677	59	2.1	56	87	4	166	36	8	5	49	1.57
13778706--13778776	32	2.2	33	85	7	92	74	5	1	18	1.08
13779761--13779862	46	2.2	45	80	1	123	48	17	8	25	1.76
13779830--13779975	42	3.5	42	77	8	127	45	16	12	26	1.82
13780656--13780696	22	1.9	21	85	5	55	41	19	9	29	1.83
13781061--13781220	63	2.5	62	83	4	203	25	25	13	36	1.92
13782313--13782353	11	3.6	11	83	6	55	0	14	2	82	0.76
13782330--13782359	15	2.0	15	93	0	51	3	13	0	83	0.77
13785966--13786095	61	2.1	64	80	7	142	30	11	6	50	1.65
13786646--13786691	11	4.3	11	78	13	51	0	34	0	65	0.93
13796392--13796437	24	1.9	24	86	0	65	60	2	0	36	1.09
13798399--13798433	17	1.9	19	88	11	56	37	0	0	62	0.95
13798426--13798478	20	2.7	21	80	11	67	50	1	0	47	1.12
13806708--13807146	147	3.0	145	88	2	637	36	14	8	39	1.78
13808069--13808316	80	3.1	80	84	3	347	25	9	23	41	1.85
13811976--13812163	62	3.0	61	67	13	166	31	21	15	30	1.95
13811976--13812243	125	2.1	126	93	2	468	34	20	15	30	1.93
13814336--13814390	21	2.5	21	88	5	74	43	10	5	40	1.63
13827298--13827353	24	2.3	24	85	14	71	76	0	16	7	0.99
13827310--13827360	15	3.2	15	77	20	50	78	0	13	7	0.96
13827318--13827360	8	5.2	8	81	13	52	76	0	13	9	1.01
13828378--13828515	41	3.4	42	85	6	171	23	11	20	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13834391--13835606	131	9.3	129	77	9	800	38	8	9	43	1.67
13834392--13835606	263	4.7	259	77	7	1016	38	8	9	43	1.67
13834401--13835582	262	4.5	258	78	8	904	38	8	9	43	1.67
13834887--13835595	130	5.4	128	77	9	454	38	8	8	44	1.64
13836259--13836304	16	2.8	17	74	16	51	26	0	17	56	1.41
13837598--13837817	103	2.1	104	80	5	239	44	9	9	36	1.69
13839316--13839424	23	4.7	23	71	18	84	24	5	1	67	1.21
13839346--13839406	27	2.2	29	88	5	90	22	6	1	68	1.21
13839329--13839408	22	3.6	21	75	12	70	25	6	2	66	1.28
13839770--13839805	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
13839832--13839891	21	3.1	18	80	17	66	15	8	0	76	1.00
13839822--13839887	27	2.6	25	81	13	80	16	7	0	75	1.02
13839838--13839892	15	3.4	15	81	18	58	16	9	0	74	1.06
13839822--13839887	13	5.1	13	73	21	50	16	7	0	75	1.02
13839905--13840237	58	5.7	58	79	8	395	42	6	13	37	1.69
13839920--13840237	117	2.7	118	91	2	507	42	6	13	37	1.70
13844090--13844179	29	3.0	29	79	9	92	70	1	18	10	1.22
13844094--13844175	39	2.1	39	84	10	107	73	1	17	8	1.15
13845824--13845966	41	3.5	41	86	1	205	27	15	20	37	1.92
13845824--13846236	42	10.0	41	82	7	381	26	17	20	35	1.94
13845824--13846204	83	4.6	80	83	8	308	27	17	20	35	1.94
13845896--13846233	125	2.7	126	81	8	372	26	17	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13845863--13846236	83	4.5	84	82	7	399	27	17	20	35	1.95
13846301--13846356	5	11.4	5	83	16	73	85	14	0	0	0.59
13846304--13846357	6	9.5	6	84	13	62	87	12	0	0	0.56
13846309--13846357	9	5.3	9	88	11	73	87	12	0	0	0.54
13846309--13846356	14	3.3	15	85	8	73	87	12	0	0	0.54
13846552--13846607	27	2.2	26	83	6	69	25	3	0	71	1.02
13847070--13847140	5	13.6	5	73	24	58	16	5	0	77	0.95
13847065--13847140	6	12.0	6	72	19	57	17	6	0	76	0.99
13847074--13847141	27	2.6	26	82	15	79	16	7	0	76	1.00
13847157--13847291	61	2.2	60	84	6	182	45	8	10	36	1.68
13850234--13850302	22	3.3	21	74	9	61	53	7	5	33	1.52
13850417--13850506	22	4.2	22	70	9	69	45	7	10	36	1.67
13850448--13850538	42	2.2	42	82	5	105	45	3	10	40	1.56
13850554--13850628	22	3.4	21	71	18	55	64	4	4	28	1.30
13850599--13850689	22	4.0	22	79	8	85	48	3	7	40	1.48
13850797--13850915	22	5.5	22	76	2	87	48	6	5	39	1.51
13851715--13851751	14	2.6	14	91	4	56	29	5	0	64	1.15
13853938--13854006	22	3.3	21	74	9	61	53	7	5	33	1.52
13854121--13854210	22	4.2	22	70	9	69	45	7	10	36	1.67
13854152--13854242	42	2.2	42	82	5	105	45	3	10	40	1.56
13854258--13854332	22	3.4	21	71	18	55	64	4	4	28	1.30
13854303--13854393	22	4.0	22	79	8	85	48	3	7	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13854501--13854619	22	5.5	22	76	2	87	48	6	5	39	1.51
13855418--13855454	14	2.6	14	91	4	56	29	5	0	64	1.15
13858940--13858971	16	2.0	16	100	0	64	37	0	18	43	1.51
13860730--13860770	21	2.0	21	85	0	55	19	12	31	36	1.89
13860905--13860973	27	2.5	27	83	4	84	34	10	20	34	1.86
13864081--13864115	16	2.2	16	89	0	52	42	2	14	40	1.60
13867772--13867804	17	2.0	17	88	5	50	27	6	21	45	1.75
13873034--13873071	16	2.3	16	90	4	58	52	0	0	47	1.00
13873034--13873073	15	2.5	16	88	8	55	55	0	0	45	0.99
13874327--13874369	18	2.4	17	81	11	50	30	0	6	62	1.21
13875529--13875675	63	2.3	65	84	5	183	48	7	7	36	1.59
13875552--13875682	22	6.1	22	72	10	83	49	7	9	33	1.63
13875529--13875727	66	3.1	66	81	3	181	48	8	7	35	1.61
13875570--13875878	22	14.2	22	68	8	96	49	7	9	34	1.62
13875794--13875891	43	2.2	44	82	5	128	52	4	8	35	1.50
13875570--13875891	44	7.4	44	75	6	192	49	6	9	35	1.61
13875882--13875933	22	2.3	23	74	9	54	36	1	19	42	1.62
13875957--13875998	22	1.9	22	90	0	66	50	2	14	33	1.56
13875967--13876031	32	2.0	32	100	0	130	49	3	15	32	1.60
13875941--13876104	54	3.0	54	83	7	143	49	3	12	34	1.59
13876001--13876046	22	2.1	22	87	0	65	50	2	13	34	1.53
13876007--13876128	58	2.1	58	98	0	235	49	4	12	34	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13876080--13876132	22	2.4	22	74	0	52	50	3	11	33	1.56
13876276--13876339	22	2.9	23	77	13	71	46	4	12	35	1.62
13876289--13876367	30	2.5	31	78	13	83	46	6	8	37	1.60
13876349--13876410	22	2.8	22	72	15	65	50	4	8	37	1.54
13876395--13876486	22	4.2	22	83	2	105	48	8	3	39	1.50
13876497--13876545	22	2.2	22	88	0	71	44	8	10	36	1.68
13876343--13876588	44	5.6	44	75	8	178	46	9	7	36	1.65
13876850--13877132	44	6.5	44	70	9	157	48	5	9	36	1.59
13876857--13876926	22	3.2	22	79	0	68	48	4	10	37	1.56
13877181--13877254	22	3.4	22	81	7	71	58	4	9	28	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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