genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7001874--7001945	25	2.9	24	72	13	74	50	15	2	31	1.58
7001907--7001950	23	1.9	23	81	9	54	50	18	2	29	1.59
7002245--7002269	13	1.9	13	100	0	50	76	0	8	16	1.02
7005263--7005320	14	4.1	14	72	24	50	75	1	1	20	0.97
7005271--7005326	19	3.0	19	77	12	62	75	1	1	21	0.99
7005264--7005331	23	3.0	22	78	18	75	76	1	1	20	0.94
7007112--7007138	14	1.9	14	100	0	54	33	22	7	37	1.82
7008844--7009343	156	3.3	154	96	1	916	30	12	15	41	1.85
7009257--7009430	87	2.0	87	86	8	248	27	13	17	40	1.88
7009106--7009804	239	3.0	238	90	8	1077	29	13	16	40	1.87
7009524--7009662	67	2.1	67	97	0	260	28	13	20	38	1.90
7009374--7009817	222	2.0	217	93	4	750	29	13	16	40	1.87
7009591--7009965	154	2.4	155	97	1	709	28	13	16	41	1.86
7010442--7010597	52	3.0	52	87	1	215	25	24	8	41	1.83
7010623--7010665	22	2.0	22	95	0	77	48	25	0	25	1.51
7010623--7010664	11	3.8	11	90	0	66	50	26	0	23	1.50
7011540--7011684	52	2.8	52	84	4	177	25	24	8	41	1.84
7011721--7011763	22	2.0	22	86	9	61	48	25	0	25	1.51
7011721--7011763	11	3.9	11	81	6	52	48	25	0	25	1.51
7011792--7012151	147	2.4	149	87	2	510	30	13	15	41	1.85
7016075--7016126	18	2.9	18	79	0	59	21	3	3	71	1.18
7016069--7016113	6	7.8	6	95	2	58	24	0	4	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7017382--7017578	50	3.8	50	77	5	187	51	7	12	28	1.66
7018607--7018659	17	3.5	17	69	28	55	24	22	3	49	1.66
7018591--7018657	28	2.4	28	89	0	98	23	25	4	46	1.71
7021637--7021711	9	8.0	9	75	19	64	76	0	21	2	0.92
7021648--7021731	10	8.8	10	73	12	70	78	0	20	1	0.82
7021638--7021732	16	5.7	17	70	18	67	77	0	20	2	0.86
7021640--7021699	17	3.4	17	84	13	68	78	0	18	3	0.89
7021638--7021735	20	5.2	18	78	17	74	77	0	20	2	0.87
7021648--7021732	29	3.0	28	79	14	86	78	0	20	1	0.81
7023092--7023134	20	2.1	21	86	4	61	41	16	13	27	1.86
7023026--7023197	77	2.2	79	89	2	258	37	10	18	34	1.85
7023103--7023256	59	2.6	58	83	4	186	34	12	21	31	1.91
7023503--7023724	41	5.4	41	86	4	288	24	13	20	42	1.87
7023502--7023731	83	2.8	82	87	4	313	25	13	20	41	1.88
7023510--7023758	83	3.0	83	85	3	306	23	13	19	42	1.87
7023503--7023762	42	6.3	41	84	5	269	24	13	20	42	1.87
7024611--7024653	21	2.0	22	82	8	54	67	0	32	0	0.91
7024925--7024962	4	9.8	4	82	5	51	21	0	5	73	1.02
7025177--7025227	7	7.0	7	97	2	84	72	0	0	27	0.85
7025392--7025559	53	3.1	53	76	3	183	51	5	12	30	1.63
7027615--7027682	35	1.9	35	90	0	109	25	20	20	33	1.97
7029913--7029937	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7030675--7030739	24	2.7	23	75	13	69	47	6	13	32	1.68
7032053--7032086	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
7033865--7033917	15	3.7	15	77	7	65	15	0	28	56	1.39
7033899--7033937	20	2.0	20	94	0	69	17	2	28	51	1.59
7033899--7033944	20	2.3	20	88	0	65	17	2	30	50	1.58
7034170--7034215	22	2.1	22	91	0	74	34	0	0	65	0.93
7034505--7034538	10	3.4	10	87	0	50	26	2	2	67	1.19
7035760--7035807	25	2.0	24	84	12	62	41	6	0	52	1.27
7036161--7036425	84	3.2	84	78	6	254	37	14	17	29	1.90
7036265--7036431	83	2.0	85	84	2	221	37	17	17	27	1.92
7036398--7036606	104	2.0	104	82	0	256	33	15	13	37	1.86
7036590--7036677	22	4.0	21	75	11	72	31	15	22	29	1.95
7036578--7036674	23	4.3	23	76	6	83	32	14	20	31	1.93
7036637--7036693	22	2.6	22	83	5	71	31	14	24	29	1.94
7037053--7037192	73	1.9	73	79	5	158	30	12	18	39	1.87
7037078--7037150	32	2.3	32	78	0	74	28	12	19	39	1.88
7037147--7037231	26	3.3	26	88	3	109	27	10	20	42	1.84
7038141--7038192	18	3.1	16	82	17	61	26	5	1	65	1.26
7037950--7038361	215	1.9	207	83	8	526	36	10	7	45	1.67
7037950--7038361	214	1.9	208	83	8	528	36	10	7	45	1.67
7039479--7039519	12	3.2	13	83	10	50	19	0	4	75	0.98
7039496--7039565	32	2.2	32	80	14	81	14	0	12	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7039521--7039558	18	2.1	18	95	0	67	13	0	13	73	1.09
7039517--7039582	25	2.6	25	84	15	84	10	1	15	72	1.18
7039858--7039971	59	1.9	59	89	0	174	37	21	13	28	1.90
7039917--7040438	49	10.5	50	78	10	457	35	21	14	29	1.92
7039917--7040431	48	10.3	47	77	11	424	35	20	14	28	1.92
7039917--7040428	99	5.1	96	79	7	470	35	20	14	28	1.92
7039830--7040438	198	3.0	198	84	7	671	35	20	14	29	1.92
7040298--7040409	56	2.0	56	92	0	188	33	24	15	26	1.95
7041155--7041198	8	5.2	8	78	10	52	9	9	0	81	0.87
7041155--7041198	18	2.7	15	80	19	52	9	9	0	81	0.87
7051010--7051061	19	2.5	20	82	11	61	5	0	17	76	0.97
7051010--7051062	20	2.7	20	83	13	58	5	0	18	75	0.99
7051048--7051073	5	5.2	5	100	0	52	0	0	19	80	0.71
7052500--7052551	18	3.1	16	82	17	61	26	5	1	65	1.26
7053884--7053947	22	2.8	24	84	13	75	14	0	14	71	1.14
7053879--7053964	32	2.7	33	83	7	99	13	1	12	72	1.19
7053897--7053933	17	2.2	17	95	0	65	13	0	13	72	1.11
7053903--7053964	17	3.8	17	81	16	69	14	1	14	69	1.27
7053892--7053964	7	9.4	7	74	22	58	12	1	15	71	1.22
7055039--7055083	8	5.6	8	92	7	74	88	0	0	11	0.50
7055039--7055083	17	2.8	17	93	6	76	88	0	0	11	0.50
7055358--7055403	20	2.3	20	88	0	65	82	4	13	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7055763--7055847	22	4.2	21	74	21	83	70	0	21	8	1.13
7055761--7055858	37	2.6	37	82	14	119	72	0	19	8	1.09
7055761--7055870	31	3.6	31	72	10	102	72	0	20	7	1.07
7055797--7055856	24	2.5	24	81	10	79	71	0	20	8	1.11
7055854--7055896	12	3.4	12	80	6	50	74	0	23	2	0.93
7055806--7055905	49	2.0	49	83	7	123	74	0	20	6	1.03
7055856--7055890	18	1.9	18	94	0	61	71	0	25	2	1.00
7057288--7057583	21	13.5	21	72	15	163	38	10	13	37	1.80
7057336--7057405	36	1.9	36	94	0	122	44	11	11	32	1.76
7057369--7057585	46	4.7	46	89	2	303	39	10	13	36	1.79
7057530--7057661	33	4.0	33	72	18	105	35	9	15	40	1.79
7057719--7057757	20	2.0	20	89	0	60	33	15	23	28	1.95
7057737--7057850	43	2.7	44	86	5	162	35	8	17	37	1.81
7057879--7057919	16	2.6	16	88	3	57	36	7	9	46	1.65
7058098--7058276	41	4.4	41	81	4	211	22	11	20	45	1.83
7058098--7058276	81	2.2	82	87	6	249	22	11	20	45	1.83
7059547--7059594	8	6.4	7	79	11	51	77	2	0	20	0.88
7059547--7059594	15	3.2	14	77	11	51	77	2	0	20	0.88
7059567--7059591	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
7059924--7060107	97	1.9	98	82	5	230	47	9	13	29	1.74
7060636--7060824	91	2.0	94	86	5	267	54	10	11	23	1.67
7060920--7060952	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7061046--7061291	88	2.8	88	91	2	379	52	10	14	23	1.71
7061400--7061570	92	1.9	88	86	4	243	52	12	12	22	1.72
7061134--7062335	285	4.2	289	79	11	1242	50	10	15	24	1.75
7061697--7061862	91	1.8	91	90	0	269	54	10	13	21	1.68
7061946--7062138	97	2.0	97	90	4	309	54	12	10	22	1.68
7062270--7062612	184	1.9	184	89	0	533	44	10	16	29	1.81
7066015--7066059	24	1.9	23	86	4	63	62	20	4	13	1.48
7077646--7077685	8	5.2	8	87	6	57	77	0	0	22	0.77
7077657--7077706	17	2.7	18	85	14	59	74	2	2	22	1.03
7077662--7077706	18	2.3	21	81	14	60	73	2	2	22	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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