genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24206144--24206170	12	2.2	12	100	0	54	25	7	11	55	1.61
24206924--24207002	32	2.6	32	84	6	101	34	7	11	46	1.68
24207210--24207261	18	2.7	18	79	8	50	38	3	0	57	1.17
24208183--24208242	25	2.7	21	76	16	57	41	1	3	53	1.27
24215448--24215496	24	2.0	24	92	0	80	51	8	24	16	1.71
24215959--24216032	35	2.1	35	92	0	121	43	4	6	45	1.49
24217758--24217790	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24219617--24219645	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
24225998--24226049	22	2.3	23	76	3	61	42	1	7	48	1.43
24226024--24226244	58	3.8	57	86	4	291	37	9	4	49	1.54
24226024--24226237	116	1.9	115	90	3	340	38	8	4	48	1.54
24226208--24226271	27	2.4	27	92	2	103	32	20	1	45	1.61
24226164--24226330	86	1.9	86	89	4	257	34	14	3	47	1.61
24226101--24226391	145	2.0	145	85	4	399	35	12	4	48	1.60
24226244--24226433	60	3.2	59	80	4	215	33	11	5	48	1.63
24228530--24228634	18	5.7	18	69	10	52	34	11	10	43	1.75
24228791--24228947	47	3.4	46	76	7	158	37	13	9	39	1.77
24228951--24229044	23	4.2	23	70	18	63	43	10	7	38	1.68
24234469--24234517	24	2.1	22	81	7	53	42	0	4	53	1.20
24235263--24235306	7	5.9	8	89	10	51	52	0	4	43	1.22
24235272--24235307	7	5.1	7	93	0	63	55	0	2	41	1.14
24235303--24235336	13	2.4	14	90	9	52	20	0	5	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24239254--24239398	70	2.1	69	93	2	254	23	18	18	39	1.92
24267081--24267118	11	3.5	11	82	10	51	55	0	0	44	0.99
24271161--24271199	18	2.1	18	85	9	51	12	7	7	71	1.29
24271194--24271263	30	2.3	29	85	9	88	48	4	0	47	1.21
24280040--24280156	51	2.2	53	82	7	141	41	6	2	48	1.43
24280102--24280147	24	2.0	24	82	4	58	39	4	4	52	1.41
24286625--24286698	35	2.1	35	97	0	139	20	20	6	52	1.68
24307669--24307699	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
24313322--24313454	67	2.0	67	85	7	182	53	4	9	33	1.53
24313387--24313736	57	6.0	56	78	11	321	50	4	9	36	1.56
24313402--24314040	58	10.8	59	72	15	330	48	5	8	37	1.58
24314835--24314882	13	3.8	13	94	2	80	64	4	0	31	1.12
24314769--24314925	79	2.0	78	84	12	205	55	3	6	34	1.43
24314859--24315461	59	10.4	57	71	15	350	49	4	8	37	1.54
24314917--24314952	15	2.4	14	86	13	54	61	0	2	36	1.11
24315262--24315299	14	2.7	14	84	8	51	55	2	2	39	1.28
24325327--24325397	2	36.5	2	80	5	65	46	4	4	45	1.42
24325322--24325380	30	1.9	31	86	6	84	45	6	6	40	1.57
24329048--24329078	7	4.4	7	100	0	62	12	0	0	87	0.55
24331399--24331433	14	2.5	14	85	0	52	60	5	0	34	1.21
24331551--24331600	10	5.7	9	76	19	52	54	0	0	46	1.00
24331558--24331610	25	2.0	27	85	7	74	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24331678--24331872	15	12.9	15	73	17	145	42	0	1	55	1.13
24331748--24331864	24	5.0	24	69	23	81	41	0	0	56	1.11
24331689--24331862	59	2.9	59	78	14	162	43	0	1	54	1.14
24331758--24331822	35	1.9	35	87	6	98	44	1	0	53	1.09
24331689--24331862	13	11.9	15	71	24	92	43	0	1	54	1.14
24332055--24332082	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
24332056--24332089	14	2.4	14	90	5	50	50	5	0	44	1.26
24339139--24339180	18	2.3	19	87	4	59	52	0	0	47	1.00
24344564--24344607	22	2.0	22	86	0	61	40	0	2	56	1.11
24344647--24344691	11	4.1	11	81	18	58	44	0	4	51	1.21
24344935--24344989	14	3.9	14	79	6	58	52	0	0	47	1.00
24344951--24344997	15	3.2	15	84	6	60	63	0	0	36	0.94
24344928--24344997	29	2.4	29	78	0	77	58	0	0	41	0.98
24346053--24346083	14	2.1	15	94	5	55	41	0	0	58	0.98
24353381--24353408	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
24354182--24354230	17	2.8	18	81	9	57	59	2	0	38	1.09
24360309--24360343	18	1.9	18	88	0	52	80	11	5	2	1.00
24362134--24362164	14	2.2	14	94	0	53	22	0	0	77	0.77
24364983--24365048	24	2.8	24	68	27	59	46	0	16	36	1.47
24365150--24365200	27	1.9	27	88	4	77	52	0	1	45	1.12
24365157--24365208	27	2.0	26	88	3	77	53	0	1	44	1.11
24371986--24372015	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24372431--24372464	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24385558--24385643	27	3.2	27	85	3	111	29	23	37	10	1.88
24389965--24390010	24	2.0	24	82	4	58	58	0	2	39	1.10
24390026--24390081	15	3.7	15	80	4	60	41	0	0	58	0.98
24390020--24390083	22	2.8	24	77	15	73	42	0	0	57	0.98
24390049--24390100	25	2.0	27	85	7	72	34	0	1	63	1.06
24390259--24390332	14	5.4	14	67	22	50	48	0	4	47	1.20
24390428--24390495	31	2.2	31	86	0	91	47	2	7	42	1.46
24391427--24391482	15	3.8	15	79	13	71	46	0	3	50	1.19
24391425--24391482	29	2.0	29	96	0	107	46	0	3	50	1.18
24391428--24391489	29	2.1	29	90	0	97	51	0	3	45	1.17
24391733--24391776	18	2.5	17	82	10	52	52	6	0	40	1.28
24395170--24395220	22	2.3	22	76	6	59	54	1	0	43	1.11
24408667--24408773	56	1.9	55	81	9	128	28	5	13	53	1.62
24408818--24409028	107	2.0	107	85	0	287	33	16	8	41	1.78
24409065--24409312	105	2.4	102	80	7	293	36	19	6	38	1.76
24409101--24409326	105	2.2	105	86	1	301	38	16	6	37	1.75
24410529--24410587	29	2.0	31	86	6	86	45	6	10	37	1.65
24414328--24414372	18	2.4	18	85	7	54	62	2	4	31	1.27
24416825--24416881	29	2.0	29	89	0	87	28	17	7	47	1.73
24423341--24423383	19	2.3	19	100	0	86	27	37	9	25	1.87
24433899--24433968	30	2.3	30	80	9	81	42	8	4	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24434403--24435047	71	9.1	71	72	9	391	40	9	5	43	1.62
24435372--24435428	28	2.0	29	86	10	82	66	0	0	33	0.92
24435755--24435796	14	3.0	14	76	10	50	59	0	0	40	0.97
24438370--24438404	11	3.2	11	95	0	61	48	2	8	40	1.49
24438495--24438541	22	2.1	22	100	0	94	42	12	12	31	1.81
24439626--24439652	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
24439652--24439676	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24451956--24452009	24	2.2	24	96	0	99	40	18	12	27	1.87
24452380--24452487	30	3.6	30	71	13	87	38	21	1	37	1.64
24455691--24455789	30	3.4	29	69	19	80	56	7	10	26	1.58
24455678--24455757	19	4.2	19	68	23	51	61	8	7	22	1.51
24455675--24455787	57	2.0	57	94	0	199	57	7	8	25	1.56
24456110--24456139	15	2.0	15	93	0	51	50	0	3	46	1.18
24456112--24456160	18	2.7	18	87	6	64	57	0	2	40	1.10
24460173--24460247	39	1.9	39	91	0	123	36	18	1	44	1.59
24471524--24472028	47	10.6	48	79	7	449	29	11	17	41	1.84
24471524--24472028	95	5.3	96	82	7	503	29	11	17	41	1.84
24471531--24472028	143	3.5	140	81	8	479	29	11	17	41	1.84
24471667--24472024	96	3.7	94	78	11	320	30	11	16	41	1.83
24471944--24472098	82	1.9	82	84	5	206	31	10	15	41	1.82
24472029--24472135	48	2.3	45	80	7	115	33	7	15	42	1.75
24474735--24474764	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24475165--24475237	25	3.2	25	60	25	61	26	21	30	21	1.99
24475147--24475245	43	2.3	43	91	0	162	24	22	30	23	1.99
24476743--24476834	31	2.9	29	77	16	87	51	5	4	39	1.45
24476982--24477012	14	2.2	14	94	0	53	45	3	0	51	1.17
24477405--24477442	18	2.1	19	90	5	60	50	0	0	50	1.00
24478747--24478800	25	2.2	25	93	0	90	42	18	9	29	1.81
24479625--24479686	24	2.6	23	92	7	106	40	3	1	54	1.26
24485533--24486095	49	11.6	49	80	5	545	30	11	17	40	1.85
24485533--24486095	193	2.9	191	83	5	621	30	11	17	40	1.85
24485654--24486095	241	1.8	240	87	3	665	30	11	16	40	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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