genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486664--2486700	19	1.9	19	94	0	65	37	10	16	35	1.83
2487577--2487619	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2487444--2487726	151	1.9	151	94	0	503	30	15	17	37	1.91
2488043--2488075	17	1.9	17	93	0	57	57	3	3	36	1.29
2495414--2495448	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2495958--2496025	35	1.9	35	82	5	84	63	0	1	35	1.04
2498914--2498948	15	2.3	15	90	0	52	85	2	2	8	0.79
2515978--2516049	28	2.4	30	86	9	103	52	0	1	45	1.09
2516470--2516555	29	2.8	29	72	18	68	40	10	2	46	1.51
2516605--2516641	12	3.1	12	84	0	56	78	2	2	16	0.98
2516666--2516698	17	1.9	17	88	11	50	75	0	0	24	0.80
2518957--2519075	59	2.0	59	95	3	213	50	10	16	21	1.76
2520210--2520258	16	3.2	15	77	11	55	40	0	2	57	1.10
2523217--2523262	18	2.5	20	86	10	62	32	0	2	65	1.05
2529277--2529336	6	10.0	6	85	0	75	16	1	18	63	1.40
2529475--2529710	67	3.5	67	69	15	189	32	17	12	37	1.87
2531459--2531496	18	2.3	18	86	13	55	57	5	31	5	1.43
2531572--2531616	24	1.9	23	90	4	72	73	8	17	0	1.08
2531563--2531616	24	2.5	20	73	23	54	74	9	16	0	1.07
2534650--2534681	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
2534715--2534762	24	2.0	24	88	8	71	31	0	2	66	1.03
2534690--2534772	31	2.7	31	76	9	82	37	0	3	59	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538192--2538309	59	2.0	60	83	5	150	44	5	15	34	1.68
2544166--2544212	24	2.0	23	83	4	58	70	12	12	4	1.31
2552069--2552095	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2552968--2553005	19	2.0	19	85	10	51	65	0	13	21	1.26
2560343--2560367	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2567806--2567835	16	1.9	15	93	6	51	46	3	3	46	1.35
2567788--2567837	21	2.4	21	80	9	59	46	4	4	46	1.40
2567810--2567844	16	2.2	16	89	0	52	54	5	2	37	1.39
2573808--2573850	12	3.6	11	82	14	50	62	2	0	34	1.08
2573784--2573860	24	3.1	24	75	14	68	59	1	0	38	1.06
2575790--2575828	20	2.0	20	94	0	69	43	25	17	12	1.85
2578865--2578946	25	3.3	23	67	21	58	45	0	3	51	1.19
2579306--2579375	26	2.8	26	84	4	90	51	0	1	47	1.09
2579340--2579423	16	5.1	16	70	18	66	51	0	0	48	1.00
2579330--2579424	50	1.9	48	81	8	111	52	0	1	46	1.07
2579339--2579434	19	5.6	18	72	21	66	54	0	0	45	0.99
2579454--2579518	21	2.8	24	73	22	66	44	1	3	50	1.26
2579707--2579732	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2587672--2587746	29	2.5	29	78	4	78	41	10	4	44	1.58
2598589--2599188	300	2.0	300	97	0	1137	30	22	15	32	1.95
2602271--2602305	18	1.9	18	88	0	52	37	25	14	22	1.92
2602766--2602809	22	2.0	22	90	0	70	45	4	9	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611126--2611164	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2615820--2615867	23	2.0	25	84	8	64	52	16	6	25	1.67
2620486--2620540	21	2.6	21	94	0	101	34	16	14	34	1.89
2623970--2623995	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2635861--2635895	12	2.9	12	91	8	54	68	5	0	25	1.11
2637456--2637538	44	1.9	42	85	4	112	38	2	8	50	1.46
2638801--2638847	24	2.0	24	86	0	67	29	27	23	19	1.98
2641434--2641553	33	3.6	33	85	4	152	24	19	23	33	1.97
2649536--2649580	23	2.0	22	84	16	58	62	17	2	17	1.43
2649540--2649587	23	2.2	20	80	20	53	60	16	2	20	1.46
2652645--2652671	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2656159--2656470	85	3.7	83	78	4	277	43	16	12	27	1.84
2665715--2665746	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2667616--2667745	42	3.1	41	74	4	116	38	22	20	19	1.93
2671558--2671586	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2675126--2675156	14	2.2	14	94	0	53	41	19	3	35	1.67
2677995--2678029	18	1.9	18	88	0	52	40	2	8	48	1.49
2678937--2678964	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2679139--2679197	19	3.1	20	76	9	61	57	0	0	42	0.98
2684260--2684289	14	2.1	14	100	0	60	20	13	0	66	1.24
2686545--2686577	17	1.9	17	93	0	57	24	0	3	72	0.98
2686551--2686584	17	2.0	17	88	0	50	26	2	0	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2687198--2687236	20	2.0	20	85	5	53	35	2	10	51	1.50
2691276--2691415	65	2.2	65	92	0	235	45	15	12	27	1.81
2693540--2693611	36	2.0	36	94	0	126	30	29	15	25	1.96
2696990--2697070	42	1.9	42	90	5	128	24	19	14	40	1.90
2697311--2697366	16	3.2	18	73	19	55	66	3	1	28	1.19
2700819--2700874	24	2.3	23	82	8	67	46	1	1	50	1.22
2700819--2701018	110	1.8	113	82	7	259	34	6	6	53	1.51
2701654--2701706	16	3.3	16	76	7	54	13	9	0	77	0.99
2704499--2704543	21	2.1	21	87	0	63	37	11	4	46	1.60
2705599--2705636	20	2.0	20	89	5	60	23	0	0	76	0.79
2706989--2707289	153	2.0	152	96	0	557	24	19	13	41	1.89
2712478--2712528	26	1.9	27	88	4	77	45	0	1	52	1.12
2712675--2712795	59	2.1	59	100	0	242	47	4	14	33	1.66
2714211--2714249	10	3.9	10	82	0	51	64	0	30	5	1.15
2714211--2714249	15	2.6	15	79	0	51	64	0	30	5	1.15
2716976--2717505	255	2.1	255	91	3	845	31	24	11	32	1.91
2725887--2725975	27	3.3	27	80	13	87	37	4	0	58	1.18
2726012--2726114	30	3.5	30	78	2	118	49	0	6	42	1.35
2726087--2726159	28	2.6	28	82	4	85	54	1	5	38	1.32
2732111--2732154	2	22.0	2	85	0	61	50	4	2	43	1.35
2736886--2737177	156	1.9	156	85	2	408	29	13	23	33	1.93
2740017--2740046	14	2.1	14	100	0	60	20	13	0	66	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2742303--2742335	17	1.9	17	93	0	57	24	0	3	72	0.98
2742309--2742342	17	2.0	17	88	0	50	26	2	0	70	1.01
2742954--2742992	20	2.0	20	85	5	53	35	2	10	51	1.50
2749772--2749860	27	3.3	27	80	13	87	37	4	0	58	1.18
2749897--2749999	30	3.5	30	78	2	118	49	0	6	42	1.35
2749968--2750045	29	2.7	29	78	5	79	56	1	5	37	1.30
2765647--2765695	21	2.4	22	83	10	59	63	14	0	22	1.30
2767068--2767097	14	2.1	14	93	0	51	20	13	3	63	1.43
2771023--2771051	13	2.2	13	100	0	58	44	13	0	41	1.44
2786008--2786509	255	2.0	255	85	3	679	33	13	24	28	1.93
2789708--2789836	69	1.9	68	84	6	172	37	10	13	37	1.79
2789708--2789863	69	2.3	67	80	5	163	42	8	13	34	1.76
2801126--2801210	28	3.1	28	76	20	81	32	4	0	62	1.16
2801239--2801334	30	3.2	30	79	4	106	46	2	6	44	1.40
2801247--2801335	29	3.0	29	80	4	108	49	1	5	43	1.33
2801298--2801372	29	2.6	29	75	12	73	53	1	2	42	1.23
2801816--2801857	18	2.4	18	81	18	54	47	2	0	50	1.14
2801832--2801907	31	2.6	29	80	10	100	50	1	2	46	1.24
2801832--2801906	15	5.0	15	74	9	64	50	1	2	45	1.24
2801876--2801939	21	3.2	21	82	6	71	59	1	1	37	1.16
2801832--2801921	31	3.1	29	75	17	89	52	1	2	44	1.20
2801938--2801992	18	3.2	17	75	12	58	36	1	1	60	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802017--2802082	26	2.6	24	81	13	87	45	3	0	51	1.16
2804910--2805048	73	1.9	73	82	7	174	46	3	9	41	1.53
2805073--2805302	115	2.0	113	83	4	282	49	6	8	35	1.59
2805323--2805401	40	2.0	40	82	0	95	50	7	7	34	1.59
2806710--2806802	32	2.9	32	78	7	109	39	2	6	51	1.40
2806777--2806823	20	2.3	20	88	0	67	38	0	6	55	1.26
2806794--2806856	20	3.3	19	76	17	58	30	1	3	65	1.18
2806810--2806856	19	2.5	20	82	10	62	25	2	2	70	1.10
2812608--2812640	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2812799--2812833	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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