genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24063419--24063454	16	2.2	17	90	5	56	27	2	2	66	1.19
24063423--24063552	35	3.7	35	73	8	93	33	2	2	61	1.21
24063460--24063622	9	17.6	9	70	12	71	35	2	4	57	1.31
24063504--24063584	26	2.9	29	78	14	89	34	2	1	61	1.17
24063528--24063622	10	9.6	10	75	10	70	34	2	5	57	1.33
24063532--24063612	30	2.7	31	77	9	80	34	1	6	58	1.31
24063652--24063698	22	2.1	23	88	4	69	42	2	4	51	1.33
24063699--24063741	19	2.4	18	85	11	54	37	0	0	62	0.95
24063708--24063775	19	3.5	20	77	13	63	30	0	2	66	1.07
24063708--24063776	20	3.6	19	74	14	70	30	0	2	66	1.06
24063841--24063880	19	2.2	18	86	4	53	30	0	7	62	1.23
24063882--24063924	19	2.2	20	87	4	61	39	0	2	58	1.11
24065887--24065943	10	5.2	11	79	14	55	47	0	0	52	1.00
24065876--24065924	25	2.0	25	84	8	64	38	0	0	61	0.96
24079035--24079101	2	33.5	2	100	0	134	50	0	49	0	1.00
24080145--24080225	27	3.0	27	71	18	62	40	6	2	50	1.40
24087059--24087104	24	1.9	24	81	0	56	52	2	2	43	1.25
24087072--24087102	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
24093965--24093998	7	4.9	7	92	0	50	14	2	8	73	1.19
24094012--24094046	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
24094526--24094559	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
24094724--24094750	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24094365--24094726	199	1.8	200	91	3	604	42	10	19	27	1.83
24094928--24095049	43	2.9	43	83	7	160	42	15	10	31	1.81
24095085--24095155	34	2.1	33	78	2	79	39	19	12	28	1.88
24094997--24095199	113	1.8	112	81	5	257	41	15	11	31	1.83
24095119--24095321	79	2.6	80	82	2	257	43	13	10	32	1.78
24097264--24097346	39	2.1	40	95	2	150	28	15	15	39	1.88
24098819--24098935	23	5.2	22	74	19	82	72	3	2	21	1.11
24098819--24098926	25	4.3	26	75	21	79	73	3	2	20	1.12
24098840--24098914	24	3.1	24	80	16	75	74	4	1	20	1.05
24098893--24098933	13	3.2	13	93	3	66	78	4	0	17	0.93
24098866--24098933	13	5.1	13	78	21	54	75	4	0	20	0.98
24099772--24099811	5	7.8	5	88	5	62	80	0	0	20	0.72
24099772--24099814	11	4.1	11	93	3	63	79	0	0	20	0.74
24099822--24099876	5	10.2	5	77	14	56	54	5	1	38	1.34
24100037--24100254	55	4.0	55	73	5	163	39	13	23	23	1.90
24100043--24100254	109	1.9	110	81	2	257	39	13	23	24	1.90
24100117--24100254	54	2.5	54	81	3	161	41	12	21	24	1.88
24105764--24105793	6	4.8	6	92	8	51	13	0	3	83	0.77
24105766--24105790	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
24105760--24105803	22	2.0	22	86	8	63	13	2	4	79	0.98
24105851--24105985	17	8.1	17	67	22	56	74	1	3	20	1.06
24105860--24105985	23	5.5	21	76	17	83	73	1	3	20	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24105860--24105968	23	4.7	23	77	14	100	73	1	4	20	1.10
24105917--24105986	12	5.5	12	80	14	70	77	1	1	20	0.93
24105937--24105986	19	2.5	20	81	15	68	80	0	2	18	0.82
24105907--24105986	42	2.0	40	87	5	115	77	1	1	20	0.91
24106801--24106860	16	3.8	16	77	4	50	68	3	0	28	1.05
24106821--24106962	13	10.3	13	74	17	90	56	7	0	35	1.28
24106848--24106964	18	6.8	17	75	10	87	55	7	0	36	1.29
24106822--24107012	26	7.7	23	72	19	111	53	9	1	35	1.41
24106917--24106965	12	3.9	13	75	15	50	65	0	0	34	0.93
24106822--24106985	5	31.6	5	73	16	120	54	8	0	35	1.35
24112935--24112974	17	2.2	18	86	8	55	27	0	0	72	0.85
24113560--24113601	18	2.2	20	87	8	61	38	0	2	59	1.10
24113556--24113618	19	3.2	20	80	15	69	39	0	1	58	1.07
24113743--24113782	16	2.5	15	84	11	53	70	0	0	30	0.88
24116722--24116757	19	1.9	18	88	5	54	52	0	0	47	1.00
24126454--24126505	26	2.0	26	92	0	86	38	11	19	30	1.87
24126719--24126749	10	3.0	10	95	4	53	41	0	9	48	1.36
24126715--24126752	10	3.5	11	89	10	51	36	0	13	50	1.42
24127751--24127826	38	2.0	38	82	12	93	64	1	1	32	1.10
24127856--24127884	13	2.1	14	93	6	51	34	10	6	48	1.64
24128270--24128298	13	2.1	14	93	6	51	34	10	6	48	1.64
24127444--24128687	412	3.0	413	94	1	2131	47	5	7	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24128578--24128662	38	2.2	38	83	12	102	58	2	1	37	1.18
24128578--24128653	38	2.0	39	85	12	104	63	1	1	34	1.11
24140577--24140993	40	10.6	40	82	4	427	26	18	17	37	1.93
24140577--24141015	158	2.8	156	83	3	540	26	17	17	37	1.92
24140577--24140993	118	3.5	120	81	3	472	26	18	17	37	1.93
24141103--24141422	38	8.2	38	76	7	250	27	11	19	41	1.86
24141104--24141422	78	4.1	78	85	3	392	26	11	19	41	1.86
24142030--24142059	10	3.0	10	95	0	51	33	0	16	50	1.46
24143058--24143143	38	2.2	38	84	12	104	55	2	1	40	1.20
24143242--24143281	19	2.1	19	86	9	55	50	7	2	40	1.44
24143194--24143301	49	2.2	51	76	6	114	39	12	12	36	1.79
24158368--24158820	223	2.0	225	97	0	865	37	11	12	38	1.80
24159019--24159069	15	3.5	15	86	2	68	49	3	1	45	1.32
24159123--24159262	71	2.0	72	90	4	221	34	13	14	37	1.85
24159331--24159358	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24160792--24160821	13	2.3	13	94	0	51	20	6	3	70	1.25
24165906--24165930	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
24166356--24166417	23	2.7	23	80	16	74	79	0	14	6	0.93
24166359--24166417	24	2.5	24	81	10	68	81	0	13	5	0.85
24167576--24167687	25	4.6	25	75	8	115	38	9	14	37	1.79
24167576--24167687	46	2.3	48	77	11	122	38	9	14	37	1.79
24167672--24167869	58	3.3	58	69	16	143	38	13	16	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24167710--24167811	21	4.9	21	83	3	116	39	13	14	32	1.86
24167730--24167812	42	2.0	43	90	2	132	38	12	16	32	1.86
24168260--24168316	16	3.6	16	71	2	53	28	14	15	42	1.86
24168481--24168631	44	3.4	44	79	7	144	24	10	16	48	1.78
24168802--24168831	13	2.3	13	94	0	51	20	6	3	70	1.25
24169189--24169301	54	2.1	54	89	0	172	25	33	13	27	1.93
24170410--24170750	59	5.8	57	80	11	334	48	6	10	34	1.63
24170399--24170705	59	5.2	58	83	7	368	50	4	10	34	1.56
24172068--24172125	25	2.3	25	81	3	71	39	1	15	43	1.57
24172021--24172206	86	2.2	85	82	6	207	37	3	18	41	1.67
24174973--24175011	6	6.7	6	85	14	55	0	15	0	84	0.62
24174981--24175011	16	1.9	16	100	0	62	0	16	0	83	0.64
24174973--24175009	10	3.8	10	83	16	51	0	16	0	83	0.64
24175571--24175608	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
24177073--24177387	157	2.0	157	91	0	504	34	14	18	32	1.91
24178243--24178331	8	11.6	8	72	20	57	58	0	0	41	0.98
24178437--24178491	26	2.0	26	82	6	65	47	3	0	49	1.19
24178608--24178647	14	2.9	14	92	3	64	42	12	2	42	1.56
24180086--24180372	143	2.0	143	91	1	459	40	17	18	23	1.91
24189641--24189691	20	2.6	19	87	6	66	68	3	5	21	1.27
24190842--24190909	34	2.0	34	85	5	93	32	2	10	54	1.49
24191873--24191931	12	4.6	13	76	16	61	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24191866--24191913	20	2.3	20	85	3	69	35	0	0	64	0.94
24194359--24194410	21	2.5	21	80	0	59	40	5	1	51	1.37
24194821--24194892	22	3.4	21	70	14	67	33	0	5	61	1.19
24194955--24195046	11	7.6	12	71	17	57	59	2	0	38	1.09
24194958--24195020	26	2.4	27	84	7	85	58	1	0	39	1.07
24194955--24195045	25	3.6	25	74	16	82	59	2	0	38	1.10
24195008--24195049	14	2.9	15	86	13	61	64	2	0	33	1.07
24197487--24197516	1	30.0	1	93	0	51	96	0	3	0	0.21
24201070--24201144	32	2.4	32	84	2	89	42	1	0	56	1.08
24201183--24201233	22	2.4	23	87	12	74	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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