genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   

This is table  147  of  147  ( 17591 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27737682--27738117	117	3.8	116	87	6	613	34	13	8	43	1.74
27738142--27738207	17	3.8	16	82	15	62	80	3	4	12	0.98
27738147--27738218	11	6.4	11	77	19	60	80	2	4	12	0.96
27738164--27738219	17	3.3	16	83	11	60	82	3	3	10	0.92
27738243--27738286	4	10.8	4	90	4	70	75	2	0	22	0.92
27738243--27738299	12	4.6	12	82	10	62	75	3	0	21	0.95
27738243--27738299	29	2.0	29	86	6	80	75	3	0	21	0.95
27739264--27739330	24	2.7	24	80	13	73	76	0	4	19	0.96
27739294--27739330	16	2.2	16	90	9	56	75	0	0	24	0.80
27741553--27741650	30	3.3	29	82	4	106	52	7	0	40	1.29
27741578--27741684	10	10.8	10	71	22	59	52	6	0	40	1.34
27741579--27741687	19	5.5	20	68	13	55	53	7	0	38	1.35
27741575--27741671	29	3.3	29	82	15	103	51	7	0	41	1.29
27742712--27742751	20	2.0	20	90	4	64	37	5	0	57	1.21
27742707--27742742	18	2.1	17	89	5	54	41	2	0	55	1.14
27755663--27755687	13	1.9	13	100	0	50	16	12	24	48	1.79
27756896--27756953	23	2.6	23	80	2	64	70	1	3	24	1.12
27757785--27757817	6	5.7	6	89	3	50	84	3	12	0	0.72
27757783--27757825	12	4.0	11	85	14	54	83	2	11	2	0.83
27758078--27758238	44	3.7	41	73	7	133	38	15	15	30	1.89
27758031--27758237	87	2.4	86	84	5	265	38	15	15	30	1.89
27758248--27758650	49	8.3	47	80	7	380	40	18	10	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27758248--27758646	97	4.1	96	82	5	446	40	18	10	30	1.84
27758248--27758646	146	2.7	144	83	5	482	40	18	10	30	1.84
27758956--27759195	42	5.4	45	76	15	214	41	22	12	23	1.88
27758954--27759194	90	2.7	90	88	1	340	41	22	12	23	1.87
27758954--27759245	90	3.2	90	83	2	275	41	21	11	25	1.87
27759417--27759500	41	2.0	41	86	4	116	41	23	11	22	1.87
27759073--27759646	293	2.0	295	90	0	918	39	20	12	27	1.88
27759686--27759896	42	4.6	48	73	16	155	42	21	10	24	1.85
27759735--27759906	42	4.0	41	76	12	173	44	22	9	23	1.83
27759656--27759900	90	2.7	89	84	2	301	44	22	10	23	1.83
27759368--27760188	408	2.0	406	90	2	1281	40	20	12	26	1.88
27760087--27760207	47	2.8	40	70	19	98	39	19	14	27	1.89
27762152--27762193	23	1.9	21	90	9	66	19	9	0	71	1.13
27766955--27766999	13	3.5	13	78	3	56	71	2	22	4	1.15
27769350--27769530	101	1.8	100	84	3	247	34	4	19	41	1.72
27770072--27770203	68	1.9	68	98	0	255	37	13	12	36	1.82
27776712--27776763	25	2.1	25	100	0	104	25	23	9	42	1.84
27783645--27783695	20	2.8	18	80	13	59	52	3	5	37	1.44
27783651--27783693	20	2.2	20	91	0	68	60	4	4	30	1.37
27784253--27784339	36	2.4	37	77	13	90	48	4	5	41	1.48
27784729--27784838	10	11.2	9	73	15	85	41	0	6	50	1.34
27784701--27784835	10	13.7	9	71	17	65	37	2	6	54	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27784742--27784839	29	3.4	28	81	13	108	41	0	7	51	1.29
27784729--27784838	19	5.6	19	74	8	87	41	0	6	50	1.34
27787083--27787120	16	2.2	18	90	9	62	23	0	0	76	0.79
27787074--27787150	24	3.1	23	80	14	82	18	5	0	76	0.96
27787247--27787290	21	2.0	21	86	4	61	20	4	4	70	1.23
27788130--27788173	4	10.8	4	90	4	70	22	0	2	75	0.92
27788135--27788189	25	2.2	25	83	3	65	21	0	7	70	1.11
27788195--27788234	17	2.3	18	82	8	55	12	7	2	77	1.07
27788197--27788258	28	2.2	29	80	13	76	11	6	3	79	1.04
27788207--27788273	28	2.3	29	80	17	77	11	7	2	77	1.08
27788293--27788740	59	7.6	59	84	6	595	43	8	13	35	1.74
27788297--27788740	117	3.8	116	88	5	615	43	8	13	34	1.74
27788959--27789020	31	2.0	31	100	0	124	19	12	25	41	1.87
27794105--27794555	153	3.0	152	95	0	812	37	17	14	29	1.90
27794987--27795059	31	2.4	31	86	4	94	28	23	24	23	1.99
27795372--27795404	11	2.8	12	86	9	50	78	0	0	21	0.75
27795626--27795660	18	1.9	18	88	11	54	85	0	0	14	0.59
27795697--27795761	20	3.2	20	91	0	94	20	30	32	16	1.95
27795905--27796375	41	11.5	41	89	4	641	36	22	17	23	1.95
27795905--27796369	83	5.7	83	91	4	712	36	22	17	23	1.95
27797562--27797598	8	4.6	8	87	12	58	10	13	0	75	1.04
27797562--27797598	17	2.3	17	90	9	60	10	13	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27797560--27797615	24	2.4	22	77	16	58	7	19	0	73	1.06
27797572--27797645	38	1.9	38	81	10	89	8	18	0	72	1.08
27801272--27801715	159	2.8	159	95	1	795	38	18	14	28	1.90
27802051--27802096	19	2.4	19	92	0	74	21	23	30	23	1.99
27802148--27802220	31	2.4	31	90	4	112	27	24	26	21	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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The End!