genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8079614--8079642	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
8081384--8081419	18	2.1	18	94	5	65	36	0	19	44	1.51
8082117--8082212	31	3.3	28	76	13	77	42	15	7	34	1.75
8082153--8082212	29	2.1	29	84	9	79	46	13	5	35	1.65
8084075--8084115	21	2.0	21	85	0	55	43	2	7	46	1.44
8084238--8084286	25	1.9	26	87	4	73	48	0	2	48	1.12
8084423--8084751	167	2.0	166	86	3	464	37	11	17	32	1.86
8094583--8094631	18	2.8	18	87	9	66	55	0	0	44	0.99
8094928--8094960	15	2.3	15	89	5	50	54	3	0	42	1.15
8106606--8106717	15	7.6	14	68	21	52	49	2	1	46	1.26
8106602--8106859	21	12.0	21	70	15	145	47	2	1	48	1.24
8106732--8106927	29	7.2	29	69	20	122	43	2	2	52	1.24
8106606--8106776	90	1.9	88	81	10	204	48	2	1	47	1.25
8106742--8106923	36	4.9	36	67	19	97	42	2	1	53	1.23
8106709--8107031	105	3.1	104	74	13	252	44	2	1	51	1.25
8106806--8106958	50	3.1	49	77	14	170	42	2	2	52	1.29
8106809--8106990	99	1.9	96	84	7	244	41	2	2	53	1.30
8107028--8107076	26	2.0	24	84	8	62	42	0	6	51	1.27
8107025--8107125	28	4.0	25	73	16	82	43	0	5	50	1.26
8110769--8110872	33	3.1	33	74	12	86	44	9	9	36	1.70
8112191--8114260	161	13.0	159	78	5	1572	42	13	9	34	1.77
8112233--8114148	477	4.0	475	78	6	1655	41	13	10	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8112191--8114328	637	3.3	631	77	6	1939	42	13	9	34	1.78
8112222--8114252	797	2.5	789	78	6	2167	42	13	9	34	1.78
8117713--8117752	17	2.4	17	95	4	73	20	22	5	52	1.65
8127795--8127831	3	12.7	3	94	5	67	70	0	0	29	0.88
8129787--8129851	32	2.0	33	93	3	114	49	20	7	23	1.74
8131724--8131775	18	2.9	18	79	0	59	1	34	3	59	1.27
8131821--8131854	17	1.9	18	88	5	52	5	38	5	50	1.51
8138565--8138603	2	20.0	2	89	5	62	46	0	2	51	1.14
8141830--8141854	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8147729--8147754	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
8160388--8160416	15	2.0	15	93	6	51	65	0	6	27	1.18
8174847--8174975	65	2.0	65	90	3	208	55	3	6	34	1.43
8176017--8176059	18	2.3	18	76	4	50	6	9	11	72	1.29
8176637--8176691	20	2.8	19	83	8	74	52	0	0	47	1.00
8177294--8177333	21	2.0	20	85	5	53	45	10	5	40	1.60
8179202--8179239	20	1.9	20	94	0	67	34	13	5	47	1.65
8179205--8179252	20	2.3	20	85	3	60	35	16	2	45	1.59
8179652--8179739	22	3.8	22	79	11	61	70	2	3	23	1.14
8179674--8179742	3	23.7	3	82	5	88	69	2	0	27	1.02
8180150--8180291	63	2.2	63	83	5	169	44	11	23	20	1.84
8180272--8180309	18	2.1	18	90	0	58	60	7	15	15	1.57
8180209--8180371	83	2.0	82	81	11	190	45	13	22	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8180295--8180829	65	8.3	64	75	8	336	43	11	21	23	1.84
8180483--8180787	129	2.3	129	81	6	346	43	10	21	24	1.84
8183016--8183051	18	2.0	18	94	0	63	33	8	16	41	1.78
8187989--8188071	20	4.3	19	71	10	60	14	1	33	50	1.51
8188111--8188353	20	12.1	20	72	12	131	19	7	32	41	1.79
8188120--8188359	41	5.9	40	76	9	166	19	6	32	42	1.77
8188143--8188360	21	10.8	21	72	9	114	18	6	32	42	1.76
8190103--8190497	140	2.8	141	75	7	363	40	13	12	33	1.82
8193519--8193583	29	2.2	30	77	2	69	40	6	3	50	1.43
8193531--8193589	30	2.0	29	83	3	73	38	6	1	52	1.38
8194398--8194535	60	2.2	61	79	7	163	42	5	9	43	1.59
8194398--8194536	61	2.2	62	78	8	167	41	5	9	43	1.58
8195269--8195302	17	2.0	17	94	0	59	17	20	5	55	1.62
8201939--8202128	75	2.6	72	80	5	218	24	21	17	36	1.95
8202200--8202503	55	5.5	55	71	2	164	24	26	14	34	1.94
8202207--8202490	110	2.6	109	81	2	282	24	25	15	34	1.94
8202272--8202503	110	2.1	110	83	3	288	24	25	15	34	1.94
8207100--8207147	5	8.5	6	80	15	50	66	0	14	18	1.25
8207110--8207148	18	2.2	18	85	0	51	66	0	15	17	1.25
8207988--8208046	20	3.0	20	71	16	61	55	5	3	35	1.38
8209107--8209208	52	1.9	53	90	2	161	33	14	16	35	1.90
8215010--8215043	14	2.4	14	90	9	52	14	2	0	82	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8215198--8215237	18	2.2	18	95	0	71	72	0	10	17	1.11
8221604--8221637	16	2.1	16	88	0	50	47	0	2	50	1.16
8221611--8221673	23	2.7	24	70	12	58	44	0	3	52	1.17
8222177--8222215	18	2.2	18	90	0	60	79	0	7	12	0.93
8223062--8223175	34	3.4	34	82	2	122	41	8	14	35	1.76
8224323--8224351	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8225461--8225509	3	16.7	3	95	4	91	65	0	0	34	0.93
8244220--8244253	4	8.5	4	86	0	50	70	29	0	0	0.87
8244406--8244517	55	2.0	55	89	0	170	51	16	12	19	1.75
8249038--8249089	16	3.2	16	82	12	54	15	3	19	61	1.48
8249048--8249096	15	3.1	16	83	13	57	18	6	20	55	1.64
8249100--8249167	16	4.2	16	69	14	50	33	8	8	48	1.65
8251354--8251435	39	2.1	39	100	0	164	23	7	20	48	1.74
8253359--8253389	14	2.2	14	94	0	53	41	12	9	35	1.76
8262974--8263012	14	3.0	14	85	14	57	74	10	0	15	1.07
8264136--8264227	48	2.0	45	81	12	105	42	9	13	34	1.77
8264321--8264374	3	17.7	3	82	17	67	66	0	3	29	1.09
8264386--8264445	19	3.2	19	83	6	70	83	6	5	5	0.91
8264743--8264781	19	2.2	18	90	9	62	38	23	2	35	1.68
8265537--8265598	29	2.1	29	84	0	79	45	14	14	25	1.83
8267897--8268575	364	1.9	364	87	2	1015	39	11	11	36	1.79
8271478--8271523	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8279802--8281253	718	2.0	727	87	3	2133	28	19	14	37	1.91
8282100--8282134	18	1.9	18	100	0	70	51	0	2	45	1.16
8282280--8282310	14	2.2	14	94	0	53	64	12	6	16	1.47
8285664--8285695	11	2.9	11	95	0	55	21	0	25	53	1.46
8285719--8285875	52	3.0	52	78	5	165	43	6	21	28	1.77
8289024--8289085	24	2.7	23	80	7	74	45	6	3	45	1.45
8289428--8289474	14	3.1	15	81	12	60	19	14	2	63	1.40
8289428--8289474	16	3.1	16	75	12	53	19	14	2	63	1.40
8300106--8300190	44	1.9	44	83	4	109	43	9	9	37	1.69
8300106--8300159	22	2.5	22	87	0	81	42	12	5	38	1.67
8300433--8300529	22	4.3	22	72	3	86	44	5	11	39	1.63
8300433--8300518	45	1.9	44	85	2	118	44	5	11	38	1.65
8300699--8300835	22	6.2	22	80	9	64	46	5	6	40	1.54
8300741--8300872	44	3.0	44	77	4	142	47	6	6	39	1.55
8300745--8300846	22	4.6	22	87	0	114	47	6	4	41	1.52
8300767--8300890	22	5.6	22	84	0	113	46	7	6	39	1.57
8300974--8301069	22	4.6	22	70	13	69	50	9	6	34	1.60
8301099--8301141	22	2.0	22	90	0	68	46	2	4	46	1.36
8303351--8303403	14	3.6	14	75	12	52	41	0	7	50	1.30
8303351--8303408	30	2.0	29	86	3	80	37	0	8	53	1.32
8303681--8303749	21	3.2	21	80	13	61	34	1	0	63	1.03
8304416--8304567	62	2.5	60	82	11	175	46	3	9	39	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8307528--8307559	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
8307512--8307569	20	3.0	20	76	19	68	51	0	0	48	1.00
8307512--8307569	18	3.1	18	75	22	57	51	0	0	48	1.00
8318943--8319070	16	8.2	16	79	7	138	22	0	29	47	1.52
8318950--8319094	32	4.7	31	81	9	156	22	1	29	46	1.61
8320385--8320435	11	4.5	11	73	26	52	13	7	54	23	1.65
8321526--8321560	17	2.1	17	88	0	52	80	0	5	14	0.89
8322407--8322457	22	2.3	23	80	16	63	41	15	7	35	1.76
8323692--8323717	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
8331635--8331669	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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