genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24685456--24685487	17	1.9	16	93	6	55	50	6	0	43	1.27
24685444--24685487	15	2.9	15	82	3	52	47	9	0	43	1.35
24685772--24685796	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24685893--24685925	17	2.0	16	94	5	57	54	9	0	36	1.32
24695881--24695928	23	2.1	23	96	0	87	50	14	22	12	1.77
24697116--24697140	13	1.9	13	100	0	50	52	0	32	16	1.44
24697150--24697192	21	2.0	21	86	0	59	44	0	16	39	1.48
24697615--24697830	110	2.0	110	92	0	360	42	8	12	36	1.75
24702754--24702797	20	2.2	20	84	8	54	47	0	0	52	1.00
24702830--24702910	21	3.8	21	68	14	58	62	2	1	33	1.16
24706801--24706843	19	2.3	19	88	4	61	41	2	4	51	1.35
24707106--24707148	15	2.8	16	78	7	52	48	2	0	48	1.14
24707544--24707574	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
24707558--24707684	22	5.9	22	68	13	66	40	7	6	45	1.58
24712396--24712435	3	13.3	3	94	0	71	65	0	0	35	0.93
24712396--24712441	9	5.2	9	94	2	58	63	0	0	36	0.95
24720208--24720241	17	2.0	17	94	0	59	29	32	26	11	1.92
24720661--24720837	94	1.9	94	95	0	318	37	20	11	29	1.88
24723824--24723855	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
24724245--24724305	30	2.1	29	90	3	95	50	0	3	45	1.17
24726309--24726339	16	1.9	16	93	0	53	67	3	0	29	1.06
24727137--24727161	12	2.1	12	100	0	50	8	28	8	56	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24730761--24730850	45	2.0	45	91	0	144	42	14	10	33	1.79
24731784--24731821	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
24743870--24743931	28	2.0	28	85	14	79	43	1	3	51	1.27
24743880--24743931	13	3.4	15	82	17	63	48	0	1	50	1.12
24743933--24743985	27	2.1	26	82	10	65	50	1	3	43	1.30
24743944--24743997	26	2.0	27	89	3	83	55	0	1	42	1.10
24764697--24764723	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
24764726--24764774	18	2.7	18	80	3	62	79	6	8	6	1.05
24764697--24764785	37	2.4	36	78	15	94	79	3	10	6	1.02
24765751--24766052	49	6.1	49	77	8	252	33	11	16	38	1.84
24768043--24768083	21	1.9	22	90	5	66	21	2	12	63	1.40
24769015--24769054	18	2.1	20	86	9	57	67	10	2	20	1.31
24771641--24771687	22	2.2	21	88	3	67	59	4	6	29	1.41
24788483--24788524	17	2.3	20	80	19	56	64	0	2	33	1.07
24788489--24788526	19	1.9	19	89	5	58	60	0	2	36	1.11
24797100--24797131	2	17.0	2	87	12	50	50	0	50	0	1.00
24797503--24797545	21	2.0	21	90	0	68	58	0	0	41	0.98
24799304--24799333	11	2.6	12	94	5	53	30	0	0	70	0.88
24802075--24802137	22	2.9	21	70	11	56	50	0	0	49	1.00
24802261--24802325	29	2.2	29	81	10	71	43	10	1	44	1.48
24802319--24802383	30	2.2	30	82	0	76	46	6	3	44	1.44
24802438--24802498	29	2.1	28	87	3	86	62	1	1	34	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24807679--24807712	4	8.2	4	87	6	50	20	0	2	76	0.92
24807679--24807712	13	2.7	13	86	4	52	20	0	2	76	0.92
24807954--24807987	7	5.0	7	85	7	52	70	0	0	29	0.87
24812118--24812162	22	2.1	21	84	12	56	42	8	8	40	1.67
24812379--24812420	10	4.3	10	87	6	59	83	0	14	2	0.75
24812378--24812416	19	2.0	20	95	5	71	82	0	15	2	0.79
24813852--24813921	22	3.2	21	80	8	59	38	18	7	35	1.78
24814612--24814821	43	4.9	43	74	9	153	31	8	10	49	1.67
24814684--24814842	86	1.8	86	82	12	202	33	8	11	45	1.72
24814699--24814843	43	3.4	42	75	10	125	34	8	10	46	1.69
24816476--24816512	18	2.0	20	84	10	51	29	5	13	51	1.63
24817189--24817251	25	2.5	25	76	7	65	49	9	3	38	1.51
24822161--24822194	9	3.4	10	88	12	52	88	0	8	2	0.62
24823632--24823749	22	5.4	22	73	4	76	36	20	11	31	1.89
24824396--24824630	44	5.4	43	74	9	172	34	8	11	45	1.72
24824395--24824630	87	2.7	85	77	7	222	33	8	11	45	1.72
24825316--24825359	8	5.4	8	81	5	52	15	2	9	72	1.19
24825814--24825917	53	2.0	53	86	7	149	46	4	11	37	1.62
24827198--24827234	18	2.0	20	84	10	51	29	5	13	51	1.63
24827940--24827995	26	2.2	25	83	3	67	50	7	3	39	1.47
24828234--24828300	15	4.6	14	71	14	55	49	4	0	46	1.22
24838747--24838786	21	2.0	20	90	5	62	57	0	10	32	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24842356--24842395	16	2.5	16	87	0	53	22	0	2	75	0.93
24843864--24843888	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24845852--24845881	8	3.6	8	91	8	51	23	43	23	10	1.83
24851995--24852022	9	3.1	9	100	0	56	21	0	0	78	0.75
24852487--24852544	29	2.0	29	86	3	82	60	1	5	32	1.29
24852512--24852557	24	1.9	24	86	8	67	60	4	6	28	1.40
24853491--24853518	13	2.2	13	100	0	56	64	14	0	21	1.29
24855657--24855685	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
24860811--24860850	17	2.4	17	88	12	57	80	0	10	10	0.92
24860811--24860850	18	2.2	17	86	8	53	80	0	10	10	0.92
24861563--24861593	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
24865383--24865444	26	2.6	23	82	10	63	74	1	4	19	1.09
24866164--24866233	34	2.0	35	94	2	124	35	20	17	27	1.94
24874009--24874053	21	2.1	21	88	8	65	64	0	8	26	1.23
24879157--24879189	17	1.9	17	88	11	50	39	21	6	33	1.78
24881176--24881209	14	2.3	15	90	10	52	58	0	0	41	0.98
24891652--24891699	25	1.9	25	91	0	78	33	4	6	56	1.44
24892271--24892317	24	1.9	24	82	4	58	63	8	0	27	1.23
24893323--24893375	26	2.0	26	100	0	106	24	30	7	37	1.83
24895304--24895352	24	2.0	24	92	0	80	14	28	22	34	1.93
24901059--24901130	25	2.9	24	82	10	81	18	25	15	41	1.89
24904772--24904815	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24907225--24907262	20	1.9	20	84	10	51	76	2	5	15	1.08
24914048--24914083	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
24915358--24915478	15	8.7	14	67	21	58	52	3	6	38	1.44
24915408--24915495	29	3.1	28	80	6	106	54	4	6	34	1.47
24915730--24915759	11	2.6	11	94	5	51	40	0	0	60	0.97
24916240--24916284	21	2.1	21	84	8	56	44	0	4	51	1.21
24916456--24916516	30	2.0	30	84	6	79	37	6	18	37	1.76
24916800--24916843	23	1.9	23	81	9	54	50	0	2	47	1.13
24931746--24931780	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
24934333--24934389	12	4.5	13	78	18	59	56	5	1	36	1.32
24935334--24935395	25	2.5	25	76	5	63	43	1	4	50	1.33
24935535--24935624	38	2.4	38	86	0	135	38	15	12	33	1.85
24938183--24938447	82	3.0	83	82	14	343	44	7	17	30	1.75
24938266--24938452	99	1.9	96	90	6	299	45	6	18	29	1.75
24940365--24940413	23	2.1	24	88	3	73	53	6	0	40	1.26
24941859--24941898	19	2.0	20	90	4	64	57	2	0	40	1.12
24943181--24943226	12	3.8	12	91	0	74	21	21	0	56	1.42
24944677--24944709	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
24949189--24949263	37	2.0	37	89	0	114	26	20	18	34	1.95
24967711--24967759	4	12.2	4	95	0	53	38	0	10	51	1.36
24972087--24972143	24	2.4	24	69	0	60	47	8	0	43	1.34
24972880--24972945	28	2.4	28	75	14	66	42	1	4	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24973011--24973061	12	4.2	12	80	9	50	50	1	1	45	1.24
24975370--24975422	23	2.3	23	90	0	79	41	1	1	54	1.22
24975502--24975589	45	1.9	45	90	6	142	40	4	4	50	1.43
24980177--24980209	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24980209--24980233	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
24986077--24986145	32	2.3	29	85	7	84	50	2	2	43	1.32
24986097--24986145	16	3.1	16	74	11	55	53	4	4	38	1.39
24987285--24987342	26	2.2	26	87	6	82	51	5	0	43	1.24
24993100--24993180	34	2.3	35	85	4	101	39	3	7	49	1.49
24996071--24996106	13	2.6	14	86	8	56	86	5	0	8	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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