genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19572036--19572072	19	1.9	19	88	0	56	40	5	8	45	1.56
19572385--19572431	15	3.3	15	85	5	53	57	0	0	42	0.98
19572399--19572440	14	3.1	14	83	13	52	57	0	0	42	0.99
19572381--19572424	20	2.1	21	87	4	63	56	0	0	43	0.99
19572507--19572569	32	1.9	33	81	9	76	42	4	0	52	1.22
19572539--19572584	20	2.3	19	82	10	56	47	2	0	50	1.13
19572642--19572683	21	2.0	21	85	0	57	45	0	0	54	0.99
19573522--19573576	25	2.2	24	78	15	58	41	7	0	50	1.30
19573534--19573587	25	2.2	24	81	12	65	42	3	0	53	1.18
19573555--19573593	13	2.9	13	88	11	53	46	0	0	53	1.00
19573562--19573643	31	2.5	33	73	15	82	45	2	1	51	1.22
19574006--19574067	28	2.0	33	85	14	89	40	3	6	50	1.44
19574571--19574654	27	3.5	24	74	25	81	46	1	0	52	1.08
19574570--19574660	24	3.8	24	76	16	100	47	1	0	51	1.07
19574565--19574661	9	11.9	9	73	20	72	47	1	0	51	1.07
19575012--19575051	10	3.9	11	87	12	50	52	2	0	45	1.14
19575019--19575061	14	3.1	14	83	10	52	55	0	0	44	0.99
19575038--19575070	17	1.9	17	88	11	50	60	0	0	39	0.97
19576110--19576145	11	3.2	12	85	14	51	41	0	0	58	0.98
19576275--19576313	19	2.1	18	90	4	60	46	0	0	53	1.00
19576853--19576916	31	2.1	31	82	8	78	46	3	3	46	1.34
19576999--19577076	41	1.9	40	87	10	113	46	2	0	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19577055--19577130	12	6.8	12	73	14	72	52	0	0	47	1.00
19577048--19577135	20	4.7	20	74	24	77	51	0	0	48	1.00
19577102--19577164	20	3.0	20	81	6	54	44	0	1	53	1.10
19577124--19577180	22	2.7	23	76	17	61	45	0	1	52	1.11
19578025--19578065	20	2.0	22	90	9	68	46	0	2	51	1.14
19578590--19578624	15	2.3	15	90	0	52	40	0	5	54	1.24
19578632--19578691	29	2.0	31	83	6	79	40	1	5	53	1.33
19578936--19578996	12	4.8	12	78	13	52	44	1	0	54	1.10
19578950--19578996	13	3.5	13	77	11	51	46	0	0	53	1.00
19579139--19579190	22	2.2	25	83	10	74	55	0	0	44	0.99
19579139--19579183	17	2.6	17	82	6	56	55	0	0	44	0.99
19579155--19579261	17	6.2	17	66	25	64	51	0	1	46	1.11
19579282--19579342	17	3.3	19	80	19	67	39	4	0	55	1.21
19579526--19579875	181	1.9	181	81	4	420	42	10	7	40	1.66
19580261--19580431	41	4.2	39	71	22	102	48	1	1	48	1.19
19580382--19580576	24	8.1	23	68	25	77	52	0	3	43	1.22
19580764--19580812	20	2.5	19	77	6	53	51	2	6	40	1.38
19580915--19580962	21	2.4	19	80	16	53	41	2	6	50	1.39
19581002--19581075	31	2.3	34	81	11	93	48	2	1	47	1.24
19581030--19581074	17	2.7	18	83	10	60	44	4	0	51	1.21
19581066--19581120	21	2.6	21	88	2	74	45	1	5	47	1.36
19581111--19581171	18	3.6	17	75	25	58	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19581107--19581172	21	3.0	22	80	6	80	50	0	0	50	1.00
19581102--19581275	17	9.8	18	67	24	68	49	1	1	47	1.19
19581250--19581298	13	3.6	14	77	17	50	48	2	0	48	1.12
19581198--19581300	41	2.4	44	80	11	115	50	3	1	43	1.31
19581248--19581300	24	2.2	25	80	10	65	52	1	0	45	1.11
19581283--19581341	29	2.0	30	86	6	84	50	0	5	44	1.24
19581423--19581457	18	1.9	18	88	0	52	42	2	2	51	1.31
19581722--19581783	23	2.5	24	74	7	63	51	1	4	41	1.33
19581770--19581811	21	2.0	20	86	13	57	42	0	0	57	0.99
19583890--19584417	181	2.9	180	80	5	589	38	10	10	41	1.73
19584199--19584780	301	1.9	301	84	2	776	38	10	8	42	1.70
19584500--19584865	181	2.0	181	85	3	486	43	9	7	39	1.66
19586740--19586779	20	2.0	21	85	14	57	50	2	2	45	1.28
19586927--19586965	21	1.9	19	85	10	51	30	2	5	61	1.31
19586927--19586975	19	2.5	20	83	12	57	30	2	4	63	1.24
19586953--19587044	44	2.1	43	80	11	98	39	6	4	50	1.48
19587078--19587126	25	2.0	23	88	7	71	48	0	0	51	1.00
19587418--19587482	22	2.9	22	72	2	58	49	1	0	49	1.10
19587438--19587542	54	1.9	54	82	5	129	47	3	0	48	1.20
19587494--19587559	29	2.3	26	74	20	60	45	1	0	53	1.09
19588279--19588352	23	3.0	24	75	20	64	41	2	2	52	1.29
19588281--19588340	22	2.6	22	78	19	61	43	1	1	53	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19588455--19588492	20	1.9	20	94	0	67	44	7	0	47	1.32
19588608--19588686	26	3.1	26	82	7	92	53	0	0	46	1.00
19588715--19588773	27	2.1	29	81	6	68	49	1	1	47	1.21
19588625--19588778	27	5.7	26	66	19	66	50	1	0	46	1.17
19590015--19591468	179	8.2	176	74	10	873	42	8	8	40	1.66
19590353--19591092	356	2.1	358	77	7	745	43	8	7	40	1.64
19590836--19591293	180	2.5	181	78	8	468	42	8	8	40	1.67
19590244--19591351	537	2.1	536	78	5	1150	42	8	8	40	1.67
19591668--19591709	20	2.2	20	82	4	50	38	4	0	57	1.20
19592154--19592586	179	2.4	176	82	5	480	43	7	9	39	1.65
19592829--19592858	15	2.0	15	93	0	51	36	10	6	46	1.64
19592901--19592951	17	2.9	17	72	13	50	49	7	17	25	1.74
19593008--19593108	7	15.4	7	75	10	81	14	0	40	43	1.52
19593009--19593108	13	7.7	13	75	9	71	15	1	41	43	1.53
19593006--19593103	20	5.1	20	79	9	96	16	1	40	41	1.55
19593040--19593122	27	3.1	28	76	10	84	16	0	36	46	1.48
19594262--19594314	24	2.2	24	74	12	56	41	5	0	52	1.25
19593857--19602249	181	46.2	180	72	10	3742	40	8	9	41	1.67
19593858--19601403	720	10.4	719	71	12	1872	40	8	9	41	1.67
19596402--19596432	15	2.1	15	100	0	62	54	12	0	32	1.38
19596224--19596613	195	2.0	196	83	8	501	42	8	9	39	1.68
19596645--19596669	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19596464--19596850	195	2.0	195	83	4	487	40	9	9	41	1.68
19597547--19597579	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
19596428--19602247	361	16.2	355	72	10	1973	40	8	9	41	1.67
19598683--19598949	145	1.8	145	86	1	383	40	8	8	41	1.66
19598934--19599019	35	2.5	35	88	0	118	45	9	9	36	1.69
19598963--19601981	180	16.8	179	75	8	855	39	8	9	42	1.67
19602285--19603340	180	5.9	180	77	6	917	42	8	7	41	1.65
19602264--19603340	356	3.0	356	80	5	1116	41	9	7	41	1.65
19603245--19603437	106	1.8	106	86	4	282	47	6	9	36	1.61
19603940--19603973	18	2.0	17	88	11	52	44	11	2	41	1.56
19603406--19604048	346	1.9	340	79	7	717	41	9	8	41	1.67
19603760--19604972	179	6.8	177	76	9	961	41	10	7	40	1.68
19603750--19604786	352	2.9	353	77	9	889	41	10	7	40	1.68
19603746--19604969	531	2.3	533	77	8	1154	41	10	7	40	1.68
19605597--19606017	173	2.4	173	78	8	404	44	10	7	37	1.67
19605245--19608360	180	17.3	180	73	8	1870	42	9	7	39	1.67
19605278--19613283	362	22.5	348	69	14	1067	42	9	7	39	1.67
19608082--19608672	317	1.8	320	79	7	680	44	8	7	39	1.64
19609355--19613537	358	11.7	359	72	10	2164	42	9	8	39	1.68
19609133--19613535	181	24.7	180	71	11	1889	42	9	8	39	1.68
19611242--19613537	180	12.9	178	71	14	550	41	9	8	40	1.68
19611527--19611826	160	1.9	155	82	4	377	41	7	8	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19612843--19613439	176	3.3	176	75	10	435	44	10	7	37	1.67
19614289--19614339	21	2.5	20	81	9	59	21	27	17	33	1.96
19614783--19615952	181	6.6	178	74	8	823	42	10	7	39	1.67
19614975--19615286	170	1.8	170	83	6	416	43	9	6	39	1.64
19615600--19615934	176	1.9	178	80	5	401	41	9	8	39	1.70
19616337--19616641	163	1.9	160	80	4	362	43	10	6	39	1.65
19616861--19616892	14	2.1	16	88	11	50	31	15	6	46	1.71
19616587--19617138	284	1.9	284	80	5	623	39	11	7	41	1.69
19616877--19618496	182	9.0	179	75	8	1117	41	9	8	40	1.68
19617004--19618352	363	3.7	351	76	9	955	40	9	8	41	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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