genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168270.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_5, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27802247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21058668--21058837	3	60.0	3	67	19	62	34	4	4	56	1.41
21058622--21058740	20	6.0	20	72	21	65	36	0	10	52	1.43
21058637--21058741	32	3.3	31	78	11	88	38	0	9	51	1.41
21058729--21058809	34	2.3	36	82	12	98	32	7	3	56	1.44
21058717--21058817	37	2.7	37	78	17	102	32	6	3	56	1.44
21058717--21058838	40	3.2	38	81	13	135	32	5	3	58	1.38
21058780--21058831	16	3.5	15	89	5	79	30	3	0	65	1.10
21070956--21071027	35	2.1	35	100	0	144	33	11	26	29	1.91
21071750--21071788	20	2.0	20	89	0	60	43	5	0	51	1.24
21072208--21072263	19	3.0	18	76	7	58	35	0	3	60	1.14
21075808--21076147	127	2.7	126	83	5	319	39	12	15	32	1.84
21075945--21076147	65	3.2	64	74	6	205	36	12	15	34	1.85
21079422--21079524	12	8.1	12	75	18	75	46	26	6	20	1.75
21079418--21079497	25	3.2	25	89	5	117	47	26	7	18	1.75
21079484--21079555	28	2.6	28	86	0	108	48	25	2	23	1.64
21086895--21087319	161	2.6	159	81	8	418	33	11	14	40	1.81
21090295--21090341	22	2.2	21	88	3	67	12	8	0	78	0.95
21090296--21090414	20	6.2	19	75	14	102	20	4	1	73	1.08
21090366--21090402	12	3.2	12	85	14	51	21	0	0	78	0.75
21090586--21090636	15	3.5	14	78	21	52	78	0	1	19	0.85
21095180--21095246	13	5.1	14	71	14	70	38	4	5	50	1.47
21095180--21095253	26	2.8	26	100	0	148	40	4	8	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21095848--21095913	32	2.1	32	100	0	132	40	9	9	40	1.68
21097941--21098040	19	5.2	18	74	16	76	21	4	3	72	1.15
21098251--21098301	17	3.1	16	85	5	66	76	0	1	21	0.88
21098259--21098312	11	5.0	11	72	18	51	77	1	1	18	0.95
21098250--21098294	13	3.3	13	87	9	63	73	0	2	24	0.95
21101384--21101409	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21103053--21103257	110	1.9	109	85	4	286	36	6	6	49	1.56
21104607--21104644	13	3.0	13	80	3	51	55	2	0	42	1.14
21105531--21105623	34	2.7	34	76	14	93	51	9	5	33	1.57
21105677--21105710	18	1.9	18	88	5	52	61	5	0	32	1.20
21108440--21108476	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
21112350--21112401	16	3.3	16	83	2	52	23	0	26	50	1.50
21112374--21112439	8	8.5	8	75	9	57	18	1	30	50	1.56
21112375--21112438	15	4.2	15	78	9	67	18	1	31	48	1.58
21112399--21112485	45	1.9	45	83	4	113	24	3	25	47	1.68
21112502--21112531	16	1.9	16	93	6	53	26	0	23	50	1.50
21113583--21113644	20	3.1	20	84	9	74	0	29	0	70	0.87
21113594--21113636	16	2.8	14	86	13	50	0	30	0	69	0.88
21113675--21113716	14	2.9	14	86	6	57	4	23	0	71	1.05
21116620--21116645	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
21116680--21116745	16	4.3	15	75	14	64	25	3	21	50	1.63
21116680--21116764	45	1.9	44	83	7	109	24	2	23	49	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21116756--21116821	30	2.2	30	83	8	80	24	3	24	48	1.65
21118085--21118134	20	2.9	16	76	23	57	0	30	0	70	0.88
21118475--21118513	15	2.5	15	87	4	51	0	2	12	84	0.72
21118970--21119024	27	2.0	27	96	0	101	25	14	41	18	1.88
21119071--21119100	15	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
21122294--21122398	52	2.0	52	87	3	149	26	26	9	37	1.87
21122415--21122461	22	2.1	22	84	0	58	51	23	2	23	1.59
21122423--21122464	11	3.8	11	83	0	57	50	28	0	21	1.49
21122423--21122465	22	2.0	22	90	0	68	48	27	0	23	1.51
21122807--21122890	31	2.7	31	83	0	105	28	23	17	29	1.97
21123387--21123520	52	2.6	52	89	2	198	26	22	8	43	1.81
21123557--21123595	11	3.5	11	89	0	60	58	25	0	15	1.37
21124428--21124509	39	2.1	39	97	0	155	41	4	12	41	1.64
21124511--21124550	9	4.1	9	82	17	53	32	2	0	65	1.06
21124505--21124550	21	2.2	20	96	3	83	30	4	0	65	1.12
21127369--21127837	58	7.9	58	81	7	509	33	11	6	47	1.65
21127364--21127837	118	4.0	118	86	6	588	34	12	6	47	1.66
21127364--21127837	176	2.7	176	83	7	534	34	12	6	47	1.66
21127894--21127929	14	2.5	15	86	9	56	72	2	0	25	0.98
21127903--21127943	21	2.0	21	90	0	64	73	2	2	21	1.07
21127899--21127947	17	2.9	16	82	11	53	73	4	2	20	1.10
21129793--21129917	66	1.9	68	91	3	209	58	10	14	16	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21129867--21129954	44	2.0	44	90	2	140	45	11	20	22	1.83
21129867--21129954	45	2.0	44	91	4	142	45	11	20	22	1.83
21130761--21131632	86	10.2	86	78	5	663	23	18	13	43	1.86
21130761--21131631	258	3.4	258	79	4	749	23	18	13	43	1.86
21130759--21131802	86	12.2	86	76	6	584	23	18	13	44	1.85
21132990--21133283	58	5.0	56	80	8	302	45	7	12	35	1.70
21132990--21133283	59	5.0	58	81	6	342	45	7	12	35	1.70
21133850--21133877	14	2.0	14	100	0	56	57	7	7	28	1.52
21134688--21134748	3	20.3	3	86	0	86	32	4	1	60	1.28
21135551--21135624	30	2.3	32	80	15	91	22	5	1	70	1.16
21135558--21135609	16	3.4	15	76	10	52	21	3	1	73	1.10
21135577--21135636	28	2.2	28	84	3	77	21	3	1	73	1.07
21135603--21135642	18	2.1	20	86	9	57	25	2	0	72	0.97
21146033--21146471	174	2.5	173	78	6	474	23	26	15	34	1.94
21146477--21146692	112	1.9	112	83	1	281	31	25	11	32	1.90
21146451--21146709	54	4.7	54	77	5	234	32	25	10	31	1.90
21147064--21147140	6	12.8	6	97	0	127	33	11	0	54	1.37
21147571--21147637	30	2.3	29	87	5	98	22	2	26	47	1.65
21147965--21148032	34	1.9	34	85	8	91	16	2	2	77	1.00
21147946--21148042	28	3.7	25	76	18	83	17	4	2	76	1.04
21148328--21148358	15	2.0	16	93	6	55	77	0	0	22	0.77
21149162--21149227	6	11.3	6	75	12	66	16	0	4	78	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21149157--21149228	14	5.0	13	74	22	56	18	0	4	77	0.92
21149156--21149227	29	2.5	28	77	20	78	16	0	4	79	0.89
21150834--21150862	11	2.5	12	88	11	51	72	6	10	10	1.28
21154588--21154631	23	1.9	23	85	0	61	50	4	18	27	1.66
21154980--21155132	64	2.3	66	86	5	204	35	12	13	37	1.83
21155095--21155152	21	2.8	20	89	7	82	39	13	12	34	1.82
21155057--21155242	95	2.0	92	84	6	241	33	13	16	36	1.88
21155290--21155378	43	2.1	43	89	0	133	39	8	15	35	1.79
21155622--21155892	42	6.4	42	82	5	312	23	12	18	46	1.82
21155622--21155916	86	3.5	84	82	4	332	23	12	18	45	1.84
21155622--21155934	44	7.3	42	80	6	319	23	12	17	46	1.83
21155816--21155909	41	2.3	42	84	1	118	26	13	18	41	1.88
21155931--21155967	14	2.6	14	88	12	58	86	8	0	5	0.70
21155932--21155967	15	2.5	14	90	4	54	88	5	0	5	0.61
21156165--21156232	6	11.2	6	78	9	66	14	0	5	79	0.91
21156165--21156242	24	3.3	24	74	15	83	15	0	5	79	0.90
21156165--21156242	12	6.7	11	77	12	68	15	0	5	79	0.90
21156263--21156288	10	2.6	10	100	0	52	84	0	7	7	0.77
21159585--21159609	7	3.6	7	100	0	50	24	0	12	64	1.27
21162662--21162722	30	2.1	30	87	6	90	62	0	1	36	1.05
21166089--21166160	24	3.0	22	80	9	72	29	1	1	68	1.07
21166088--21166146	24	2.5	22	83	5	73	28	3	1	66	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21166136--21166169	16	2.1	16	88	0	50	35	0	2	61	1.11
21166340--21166365	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
21169042--21169120	22	3.4	23	76	13	81	41	3	2	51	1.33
21170691--21170720	13	2.3	13	94	0	51	90	3	0	6	0.56
21170996--21171059	29	2.3	28	80	15	71	57	1	1	39	1.17
21170980--21171064	26	3.3	24	71	19	57	57	1	1	40	1.14
21172168--21172218	17	2.9	18	80	14	70	60	0	0	39	0.97
21174905--21174999	36	2.6	36	81	3	111	48	7	12	31	1.69
21177840--21177865	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21178883--21178915	15	2.3	15	89	5	50	30	0	18	51	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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