genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  1  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31911--31940	8	3.9	8	95	4	53	0	10	0	90	0.47
33624--33662	12	3.2	12	85	0	51	43	0	23	33	1.54
34936--34987	25	2.1	25	100	0	104	46	13	7	32	1.72
57172--57480	160	1.9	161	89	1	476	20	15	17	45	1.85
59428--59472	11	3.5	13	82	14	58	68	4	0	26	1.08
72781--72814	17	2.0	17	88	0	50	41	14	8	35	1.77
73299--73344	12	3.8	13	85	8	62	67	4	0	28	1.10
73471--73511	11	3.8	11	93	3	66	29	0	4	65	1.13
83956--84028	5	14.6	5	76	20	64	38	0	4	57	1.18
83984--84030	19	2.6	17	90	10	67	42	0	0	57	0.98
85566--85604	6	6.3	6	84	3	51	15	20	17	46	1.84
85909--85937	14	2.0	15	93	6	51	75	0	10	13	1.04
93109--93147	21	1.9	19	85	10	51	43	2	5	48	1.38
98818--98949	28	4.7	28	72	3	122	29	11	20	38	1.87
98830--98937	56	1.9	56	94	0	189	29	13	19	37	1.91
101958--102025	3	22.3	3	83	5	84	63	2	1	32	1.18
102895--102934	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
103792--104204	43	9.5	44	74	11	205	27	21	21	29	1.99
103613--104213	217	2.8	218	86	3	838	26	20	21	30	1.98
103964--104209	87	2.8	90	73	10	249	26	21	21	29	1.99
104354--104394	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
116722--116763	3	13.7	3	90	5	66	64	4	0	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116722--116784	12	5.2	12	74	11	56	63	3	1	31	1.19
117647--117677	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
119858--119917	28	2.2	28	82	8	70	46	1	0	51	1.10
120764--120809	24	2.0	23	82	4	56	47	2	0	50	1.13
136340--136391	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
138307--138358	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
139244--139295	26	2.0	26	92	0	86	38	11	11	38	1.78
145868--145933	23	2.8	23	97	2	123	19	18	16	45	1.86
146985--147067	43	1.9	43	82	4	105	49	1	13	36	1.50
147053--147084	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
147107--147177	8	9.1	8	76	11	58	53	1	8	36	1.40
147114--147190	10	7.2	11	75	12	63	57	1	5	36	1.30
147127--147188	22	2.9	22	92	4	101	59	0	6	33	1.23
147100--147190	30	2.9	31	81	12	96	56	1	7	35	1.35
151177--151212	13	2.8	13	91	0	54	52	8	2	36	1.46
153948--154150	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
153882--154150	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
154114--154259	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
158372--158405	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
161205--161245	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
163148--163181	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
174232--174280	23	2.1	23	85	7	64	57	2	0	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183053--183246	44	4.5	41	78	10	174	31	15	22	29	1.95
183086--183247	85	1.9	87	83	7	213	31	16	22	30	1.95
190377--190497	54	2.2	54	83	0	152	28	18	13	39	1.88
199892--199989	28	3.5	28	88	0	151	34	12	23	29	1.91
202929--202953	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
205019--205080	31	2.0	31	87	9	90	61	0	1	37	1.06
205079--205141	29	2.1	30	85	8	85	57	0	4	38	1.20
205079--205141	30	2.1	30	88	8	58	57	0	4	38	1.20
205126--205190	30	2.2	30	91	0	103	63	0	4	32	1.15
205019--205152	11	12.9	11	71	19	83	58	0	2	38	1.14
205032--205182	41	3.7	40	87	6	216	59	0	3	36	1.16
210287--210355	23	3.0	23	89	0	102	44	4	26	24	1.72
214763--214831	23	3.0	23	89	0	102	44	4	27	23	1.72
221088--221118	12	2.6	12	100	0	62	25	45	22	6	1.76
227051--227103	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
240448--240646	44	4.6	43	83	5	201	30	15	24	30	1.95
240454--240647	85	2.3	87	81	10	229	30	14	24	29	1.95
247786--247904	54	2.2	54	87	0	166	27	19	13	39	1.89
250149--250184	16	2.2	16	100	0	72	22	19	38	19	1.93
250901--251190	120	2.4	120	90	3	476	42	3	4	50	1.37
251028--251086	14	4.2	14	74	21	61	42	0	0	57	0.98
251142--251176	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251130--251404	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
251289--251323	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
251485--251579	45	2.1	45	88	1	138	34	26	4	34	1.76
260804--261024	33	6.7	33	75	3	158	30	2	40	26	1.68
260797--260988	66	2.9	65	76	7	181	30	2	42	25	1.66
272695--272738	24	1.9	23	82	17	56	43	0	0	56	0.99
278201--278590	196	2.0	196	89	1	602	30	13	21	35	1.91
281986--282013	14	2.0	14	100	0	56	21	14	35	28	1.92
284436--284505	33	2.2	33	97	2	133	31	17	8	42	1.79
286498--286573	3	26.0	3	73	5	66	34	6	1	57	1.33
288280--288338	20	2.9	19	74	18	57	40	10	10	38	1.73
288363--288406	22	1.9	24	90	9	74	40	11	2	45	1.53
290904--290983	31	2.7	29	80	5	90	51	8	2	37	1.47
312004--312064	32	1.9	32	82	0	77	57	8	8	26	1.56
324569--324594	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
332074--332148	22	3.4	22	78	10	73	44	1	0	54	1.08
332608--332636	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
335504--335540	17	2.3	17	86	9	51	24	2	0	72	0.97
336835--337267	215	2.0	216	83	1	546	33	13	16	35	1.89
338104--338140	17	2.1	19	85	10	51	70	5	0	24	1.08
338250--338286	19	1.9	19	94	0	65	18	16	13	51	1.76
338262--338839	152	3.9	151	85	6	754	31	10	6	51	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338843--339332	152	3.2	152	88	4	713	52	7	10	29	1.64
339444--339481	18	2.1	19	85	5	51	18	0	5	76	0.97
341575--341618	21	2.2	20	87	4	61	34	31	4	29	1.78
343837--343898	29	2.1	30	82	17	76	38	19	9	32	1.84
344646--344670	12	2.1	12	100	0	50	24	8	36	32	1.84
346678--346737	29	2.1	29	90	0	93	48	0	1	50	1.11
348438--348695	129	2.0	129	100	0	516	31	16	17	34	1.92
353185--353218	12	2.8	12	90	0	59	58	0	0	41	0.98
353185--353218	6	5.7	6	92	0	50	58	0	0	41	0.98
353248--353365	59	2.0	59	100	0	236	47	3	13	35	1.60
354607--354638	7	4.6	7	100	0	64	75	0	12	12	1.06
354677--354701	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
362048--362121	24	3.2	24	70	12	64	37	8	4	50	1.51
363051--363126	22	3.3	22	70	20	73	44	14	17	23	1.85
363655--363969	43	7.3	43	79	4	149	28	29	17	24	1.97
363693--363989	43	6.9	42	80	5	281	30	29	16	22	1.96
363651--363989	86	3.9	86	80	4	344	29	29	17	23	1.97
363701--364031	86	3.8	86	77	5	213	31	29	16	23	1.96
364334--364426	21	4.4	21	80	0	105	8	44	13	33	1.75
364456--364586	66	2.0	66	83	5	167	15	24	17	42	1.88
370080--370174	9	11.2	9	76	13	94	32	1	18	47	1.56
370084--370174	25	3.6	25	87	0	137	32	1	19	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
370080--370170	16	5.4	17	75	16	82	32	1	18	47	1.56
370222--370264	12	3.6	12	83	0	59	30	2	13	53	1.53
370471--370525	16	3.6	16	76	14	71	27	1	25	45	1.64
370454--370528	29	2.6	29	95	0	132	29	2	22	45	1.66
370420--370531	16	7.2	16	65	15	65	30	3	23	42	1.71
370596--370624	9	3.3	9	95	4	51	24	0	27	48	1.51
370735--370785	13	3.8	13	74	5	57	31	5	15	47	1.70
370734--370790	27	2.1	27	83	0	69	31	5	15	47	1.68
371915--372042	29	4.6	29	71	7	111	47	22	8	21	1.77
372715--372812	47	2.0	49	88	7	148	41	1	8	48	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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