genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28848967--28849003	16	2.2	17	86	13	51	40	2	0	56	1.13
28849087--28849121	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28849278--28849374	45	2.2	45	85	5	126	32	27	5	34	1.79
28849352--28849390	16	2.4	16	100	0	78	20	30	5	43	1.73
28849512--28849573	32	1.9	32	100	0	124	56	11	0	32	1.35
28852371--28852440	19	3.5	20	72	7	61	62	0	5	31	1.18
28855373--28855488	45	2.6	45	88	0	169	43	13	24	18	1.87
28855373--28855544	45	3.8	45	83	4	159	42	14	21	21	1.88
28855463--28855589	45	2.8	44	81	7	123	44	14	18	22	1.86
28863725--28863771	20	2.2	22	85	11	62	51	12	2	34	1.52
28880991--28881199	45	4.6	45	85	0	265	48	9	17	24	1.76
28883379--28883421	24	1.9	23	86	13	63	32	11	18	37	1.87
28903435--28903465	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
28903518--28903554	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
28903768--28903827	30	2.0	31	83	9	79	20	41	0	38	1.52
28904716--28904772	29	2.0	29	89	0	87	56	12	10	21	1.65
28907751--28907805	9	6.2	9	91	4	76	40	27	10	21	1.87
28907751--28907805	18	3.1	18	86	5	85	40	27	10	21	1.87
28908217--28908248	14	2.1	16	88	11	50	53	3	0	43	1.16
28908503--28908536	15	2.3	15	90	5	52	26	5	2	64	1.30
28913838--28913890	29	1.9	28	81	11	65	26	3	1	67	1.17
28918717--28918762	24	2.0	24	86	4	67	41	8	8	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28919534--28919597	31	2.1	31	85	11	87	46	6	0	46	1.27
28922146--28922203	30	1.9	30	89	0	89	27	13	22	36	1.92
28927091--28927131	15	2.8	15	88	3	57	75	4	7	12	1.16
28927861--28927935	26	2.9	26	80	13	75	41	36	5	17	1.72
28929465--28929507	21	2.0	21	100	0	86	32	9	9	48	1.67
28931737--28931767	16	1.9	16	100	0	62	58	6	0	35	1.24
28934247--28934541	126	2.4	126	88	1	432	33	18	21	27	1.96
28937717--28937813	34	2.7	36	87	7	128	48	6	3	42	1.44
28938232--28938274	18	2.4	18	88	0	59	44	9	30	16	1.79
28938899--28938923	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
28940138--28940184	11	4.4	10	84	12	58	51	0	29	19	1.47
28940781--28940891	54	2.1	52	83	9	136	33	7	10	48	1.65
28943624--28943651	14	2.0	14	100	0	56	7	14	35	42	1.73
28944243--28944267	7	3.6	7	100	0	50	16	0	40	44	1.47
28945104--28945169	15	4.3	15	74	11	53	75	4	4	15	1.12
28945104--28945163	22	2.7	21	80	12	66	76	5	5	13	1.11
28946755--28946818	16	3.8	16	78	12	65	73	1	7	17	1.14
28946755--28946827	25	3.1	25	72	22	68	72	1	8	17	1.16
28948765--28948962	50	3.8	50	82	4	225	22	27	21	28	1.99
28951567--28951632	20	3.2	20	68	10	53	16	31	16	34	1.92
28951525--28951635	40	2.8	39	81	9	136	18	28	16	36	1.93
28952940--28952972	17	1.9	17	93	0	57	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28956366--28956414	7	7.3	7	81	4	57	16	0	36	46	1.47
28957921--28957968	25	2.0	24	83	4	60	18	8	22	50	1.74
28958483--28958767	143	2.0	143	91	0	462	28	10	22	38	1.87
28959638--28963063	705	4.9	679	79	10	2668	36	12	13	37	1.82
28966873--28966905	16	1.9	18	88	11	52	66	0	12	21	1.23
28968018--28968065	25	1.9	25	91	0	78	54	4	20	20	1.61
28969301--28969394	49	1.9	49	91	0	152	44	5	22	27	1.74
28971969--28972191	119	1.9	120	84	6	301	25	27	21	24	1.99
28971967--28972191	40	5.7	40	86	5	287	25	28	21	24	1.99
28977622--28977655	16	2.0	18	88	11	54	38	0	14	47	1.45
28977849--28977881	16	1.9	18	88	11	52	66	0	12	21	1.23
28977912--28977942	13	2.4	13	94	0	53	80	0	19	0	0.71
28978632--28978680	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
28981248--28981436	100	1.9	99	86	3	272	29	13	21	35	1.91
28998405--28998449	15	3.1	14	78	9	54	77	2	13	6	1.05
29001304--29001329	11	2.4	11	100	0	52	30	0	19	50	1.48
29005159--29005241	32	2.6	32	86	3	114	31	12	19	37	1.88
29005563--29005627	31	2.1	32	82	8	80	30	13	10	44	1.78
29011432--29011492	31	2.0	30	84	6	79	52	13	0	34	1.40
29014648--29014673	11	2.4	11	100	0	52	80	0	19	0	0.71
29014767--29014831	23	2.8	23	97	0	121	47	15	0	36	1.46
29014767--29014831	13	5.5	13	70	20	61	47	15	0	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29020070--29020115	23	2.0	23	91	0	74	47	13	0	39	1.42
29020131--29020155	12	2.1	12	100	0	50	48	8	12	32	1.69
29022665--29022711	20	2.3	20	96	0	85	29	4	10	55	1.53
29023093--29023158	6	11.0	6	87	6	98	36	0	0	63	0.95
29024944--29025097	76	2.0	77	91	1	247	26	17	25	30	1.97
29036868--29036944	31	2.5	31	87	4	102	27	16	7	48	1.74
29037494--29037527	18	1.9	17	94	5	59	47	2	0	50	1.16
29039554--29039614	29	2.1	29	90	0	95	27	13	14	44	1.83
29041047--29041136	47	1.9	47	88	0	135	35	34	10	20	1.86
29041047--29041181	24	5.7	23	74	6	108	37	35	9	17	1.82
29043175--29043288	46	2.5	46	87	8	169	18	20	28	33	1.96
29044683--29044782	24	4.2	24	80	2	85	32	39	10	19	1.84
29046907--29046946	17	2.4	16	84	12	53	52	5	5	37	1.45
29046915--29046947	17	1.9	17	93	0	57	57	3	6	33	1.38
29050297--29050372	24	3.2	24	87	9	102	39	22	22	15	1.92
29050422--29050482	26	2.3	26	81	10	63	34	24	24	16	1.95
29052662--29052709	25	2.0	24	91	4	78	43	4	2	50	1.33
29052709--29052748	22	1.9	20	85	10	53	55	0	7	37	1.29
29053596--29053639	23	1.9	23	86	9	63	52	4	15	27	1.63
29055359--29055411	28	1.9	27	85	11	72	37	0	1	60	1.08
29067773--29067830	30	1.9	30	85	0	80	31	22	8	37	1.84
29070055--29070139	24	3.5	24	75	9	66	42	5	37	14	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29079522--29079569	22	2.0	24	84	11	64	50	2	8	39	1.44
29080646--29080693	22	2.0	24	84	11	64	50	2	8	39	1.44
29083997--29084555	138	4.1	138	87	2	793	39	7	6	46	1.59
29083997--29084555	275	2.0	276	88	2	820	39	7	6	46	1.59
29085883--29085914	15	2.2	15	94	5	57	50	0	31	18	1.48
29087741--29087768	12	2.3	12	100	0	56	46	28	0	25	1.53
29092890--29093061	64	2.7	64	83	5	215	40	18	18	22	1.92
29092890--29093062	32	5.4	32	84	3	188	39	19	18	22	1.92
29093071--29093142	26	2.8	26	89	0	108	38	25	19	16	1.92
29093130--29093188	26	2.2	27	88	8	86	32	22	25	20	1.98
29093335--29093479	27	5.4	27	81	5	161	25	24	17	32	1.97
29098759--29098827	3	23.0	3	84	0	84	33	8	0	57	1.29
29100022--29100070	23	2.1	23	85	7	64	10	18	0	71	1.13
29118680--29118725	20	2.3	18	82	17	56	43	2	2	52	1.25
29122899--29122929	15	2.1	15	100	0	62	25	12	19	41	1.87
29122941--29122994	24	2.2	24	86	3	72	40	12	27	18	1.87
29125679--29125755	29	2.6	29	81	4	82	48	12	12	25	1.78
29132975--29133042	24	2.8	25	83	14	74	66	1	0	32	1.01
29134579--29134604	6	4.3	6	100	0	52	61	0	0	38	0.96
29138174--29138352	27	6.6	27	83	4	198	27	15	27	29	1.96
29138175--29138331	82	1.9	82	87	5	228	27	15	28	29	1.96
29138171--29138352	82	2.2	81	82	3	222	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29145557--29145591	2	17.5	2	93	0	52	48	5	0	45	1.26
29146351--29146528	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
29146352--29146507	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
29146348--29146528	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
29158764--29158844	31	2.5	33	73	13	87	22	7	6	64	1.42
29169660--29169827	41	4.1	41	80	4	169	33	29	21	15	1.94
29179127--29179179	27	2.0	27	92	0	88	39	11	16	32	1.85
29187388--29187420	17	1.9	17	88	11	50	27	18	12	42	1.85
29190461--29190512	27	2.0	25	81	7	59	23	26	0	50	1.50
29190462--29190546	43	2.0	43	90	4	136	22	25	1	50	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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