genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  69  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20963485--20963600	54	2.1	57	80	4	130	50	5	19	25	1.68
20968285--20968333	26	1.9	26	87	4	73	26	4	18	51	1.64
20968785--20968811	10	2.7	10	100	0	54	29	7	0	62	1.22
20972201--20972294	47	2.0	47	97	0	179	25	13	20	40	1.89
20974382--20974419	20	1.9	20	89	10	60	60	0	7	31	1.25
20994373--20994402	9	3.3	9	90	0	51	56	6	0	36	1.26
20994390--20994445	29	1.9	29	85	0	76	44	14	8	32	1.76
20996550--20996726	50	3.4	50	82	6	176	26	22	28	22	1.99
21001228--21001467	50	4.7	50	79	4	205	27	22	27	22	1.99
21001228--21001460	100	2.3	102	80	6	240	27	22	27	21	1.99
21007205--21007440	50	4.7	50	80	4	244	29	21	27	21	1.98
21016704--21016762	30	2.0	29	83	9	75	57	8	13	20	1.62
21024097--21024189	46	2.0	46	100	0	186	30	27	19	22	1.98
21035055--21035177	50	2.4	51	82	4	142	20	26	22	30	1.98
21037247--21037316	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
21037247--21037344	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
21045315--21045384	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
21045315--21045412	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
21053739--21053787	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
21053990--21054184	50	3.9	50	80	2	196	21	27	22	29	1.99
21054941--21054965	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
21060888--21060956	21	3.4	21	72	11	72	26	33	4	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21060883--21060939	18	3.2	18	80	5	53	26	33	3	36	1.74
21069387--21069495	55	2.0	55	87	0	155	33	19	21	25	1.96
21070539--21070576	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
21076405--21076442	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
21080486--21080540	27	2.0	27	85	0	74	34	25	16	23	1.95
21086633--21086673	11	3.7	11	93	0	73	41	51	0	7	1.30
21086623--21086674	22	2.3	23	87	9	81	38	51	0	9	1.35
21086633--21086697	25	2.7	25	83	6	73	38	50	3	7	1.47
21090906--21090952	14	3.3	14	82	5	58	48	4	4	42	1.42
21096910--21096971	3	21.3	3	83	6	83	1	29	1	67	1.09
21102347--21102454	43	2.6	43	81	10	125	33	25	21	20	1.97
21102461--21102568	40	2.7	41	94	2	191	23	25	19	32	1.97
21103818--21103892	23	3.3	23	88	1	107	48	9	1	41	1.44
21112534--21112571	15	2.7	15	84	12	53	60	13	0	26	1.33
21115531--21115579	16	3.1	16	87	0	80	40	4	34	20	1.71
21115780--21115968	61	3.1	59	72	11	195	49	4	1	44	1.33
21115745--21115968	120	1.9	120	98	0	430	49	4	1	44	1.30
21115783--21115966	59	3.1	59	69	20	182	48	4	1	44	1.33
21116075--21116107	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
21116452--21116590	59	2.4	58	87	2	197	36	21	18	23	1.95
21118892--21118938	19	2.6	18	78	15	53	46	2	6	44	1.40
21118892--21118941	17	2.7	19	76	11	52	46	2	6	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21120168--21120203	11	3.4	10	88	11	54	19	2	0	77	0.88
21121367--21121399	10	3.4	10	87	4	50	30	0	0	69	0.88
21127080--21127120	21	2.0	21	85	9	57	39	17	12	31	1.86
21135080--21135129	23	2.3	22	86	6	66	22	22	8	48	1.76
21139777--21139888	55	2.0	55	96	0	206	41	21	15	22	1.90
21141224--21141280	20	2.8	20	89	0	78	22	29	0	47	1.52
21141930--21142224	40	7.4	40	87	2	380	45	28	13	12	1.81
21150717--21150856	50	2.8	50	84	0	154	27	22	28	21	1.99
21150725--21150910	50	3.8	49	77	5	151	26	23	27	22	1.99
21155342--21155394	21	2.5	22	87	9	83	26	7	37	28	1.83
21155562--21155618	30	1.9	30	92	0	96	31	14	10	43	1.79
21161069--21161094	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
21161563--21161601	18	2.2	18	100	0	78	46	10	20	23	1.81
21168718--21168743	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
21169212--21169250	18	2.2	18	100	0	78	46	10	20	23	1.81
21174119--21174174	22	2.4	23	82	5	69	64	3	0	32	1.11
21177479--21177520	20	2.1	20	86	0	57	7	21	4	66	1.35
21180615--21180813	98	2.0	98	93	0	335	37	24	9	28	1.87
21182116--21182227	19	5.8	19	81	10	147	34	15	10	39	1.82
21182116--21182226	40	2.9	39	90	4	163	35	14	10	39	1.81
21182441--21183208	44	17.7	43	70	15	399	27	23	19	29	1.98
21182430--21183309	217	4.1	217	93	0	1451	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21182430--21183306	433	2.0	434	93	1	1481	27	23	19	29	1.98
21182435--21183309	44	20.2	43	67	14	285	27	22	19	29	1.98
21183302--21184049	132	5.7	132	93	0	1237	25	24	19	31	1.98
21183279--21183774	44	11.3	44	63	13	164	25	23	20	31	1.98
21185248--21185292	6	7.2	6	82	9	54	2	22	0	75	0.91
21185249--21185291	20	2.2	20	91	0	68	2	18	0	79	0.85
21190060--21190105	23	2.0	24	91	4	76	58	4	6	30	1.43
21190739--21190852	19	5.8	19	83	6	156	33	15	11	39	1.84
21190739--21190851	40	2.8	40	89	4	167	33	15	11	39	1.83
21190739--21190852	59	1.9	58	87	5	167	33	15	11	39	1.84
21199836--21199876	18	2.3	18	100	0	82	43	24	0	31	1.54
21209691--21209727	17	2.1	19	90	10	60	35	0	5	59	1.20
21210067--21210104	17	2.2	18	90	9	62	52	2	0	44	1.14
21210565--21210629	32	2.0	33	96	3	123	58	3	3	35	1.29
21215910--21215975	29	2.2	29	78	2	69	57	1	12	28	1.44
21217282--21217555	51	5.1	52	87	7	324	30	21	6	40	1.79
21221320--21221350	2	15.5	2	93	0	53	51	45	0	3	1.17
21225331--21225523	63	3.1	63	83	0	206	26	20	21	31	1.98
21227116--21228370	644	1.9	644	92	0	2082	21	28	9	39	1.86
21233816--21234863	47	21.9	48	90	5	1623	32	8	29	29	1.86
21233816--21234863	96	11.0	94	91	5	1626	32	8	29	29	1.86
21233816--21234863	145	7.3	143	91	4	1679	32	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21238399--21238482	21	4.3	19	70	14	55	48	9	3	38	1.53
21238399--21238511	58	1.9	58	98	0	217	48	10	3	37	1.55
21248769--21248848	40	2.0	40	97	0	151	26	26	10	37	1.88
21254710--21254742	15	2.2	15	100	0	66	48	6	6	39	1.53
21261841--21261958	61	1.9	61	92	0	200	48	6	2	42	1.43
21261836--21261938	31	3.4	30	70	8	91	51	5	2	39	1.41
21263547--21263598	23	2.3	23	100	0	104	48	0	11	40	1.40
21275424--21275458	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21275618--21275712	45	2.1	44	88	1	136	33	27	6	32	1.82
21275693--21275744	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
21278643--21278669	8	3.4	8	100	0	54	66	0	0	33	0.92
21280315--21280385	32	2.3	31	87	4	106	23	28	4	43	1.72
21285005--21285089	40	2.1	41	84	2	109	30	8	18	42	1.80
21292557--21292595	17	2.3	17	90	0	60	23	2	7	66	1.30
21293762--21294190	140	3.1	140	89	2	655	24	19	23	32	1.98
21298206--21298263	14	4.2	14	71	18	50	43	0	1	55	1.10
21298105--21298481	107	3.4	108	88	10	519	44	1	3	50	1.28
21298332--21298379	12	3.8	13	77	22	57	45	0	0	54	0.99
21298105--21298507	55	7.2	54	67	18	177	43	1	3	50	1.28
21298258--21298491	114	2.0	116	93	4	402	44	1	4	50	1.29
21298433--21298467	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21298309--21298465	38	4.1	38	64	20	103	45	0	3	50	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21298624--21298721	45	2.2	44	85	8	128	35	27	4	32	1.76
21299523--21299866	123	2.8	123	93	0	589	28	15	22	34	1.94
21300234--21300377	19	7.7	18	73	24	113	50	2	7	39	1.43
21300224--21300388	37	4.5	37	93	3	271	50	2	6	40	1.42
21300255--21300356	27	3.8	25	70	21	55	53	2	4	38	1.37
21300385--21301149	29	26.6	28	84	9	946	23	0	31	44	1.56
21300714--21300799	23	3.5	23	75	17	91	24	0	30	45	1.54
21303537--21303683	22	6.4	22	71	14	109	44	0	27	26	1.59
21303501--21303667	73	2.3	73	96	1	309	46	0	26	26	1.58
21303650--21303682	10	3.0	11	86	13	50	42	3	36	18	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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