genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27500185--27500279	44	2.1	46	88	3	149	26	18	23	31	1.98
27509823--27509931	29	3.8	29	67	10	80	39	22	12	25	1.89
27512266--27512335	27	2.6	27	83	0	86	31	30	22	15	1.95
27512262--27512355	27	3.5	27	80	0	71	29	30	22	17	1.96
27519177--27519266	28	3.2	28	77	1	101	44	24	21	10	1.82
27524258--27524535	138	2.0	138	99	0	547	29	24	17	29	1.97
27528163--27528266	27	3.8	27	79	7	84	51	23	16	8	1.71
27528163--27528286	28	4.5	26	80	11	97	50	22	18	8	1.75
27528234--27528279	15	3.2	15	77	20	53	52	23	19	4	1.64
27537403--27537450	24	2.0	24	87	0	69	37	4	10	47	1.57
27541672--27541723	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
27548555--27548601	12	3.9	12	81	8	60	36	4	0	59	1.17
27548629--27548709	43	1.9	42	89	2	126	33	14	3	48	1.62
27548717--27548752	17	2.1	17	94	0	63	33	0	5	61	1.19
27549307--27549343	18	2.1	18	89	0	56	32	8	13	45	1.73
27550804--27551056	30	8.7	30	76	8	161	43	23	15	17	1.87
27550801--27551056	88	3.0	88	87	6	339	43	23	15	17	1.87
27550801--27550996	28	6.9	28	76	8	137	43	22	15	17	1.87
27551379--27551529	56	2.8	54	85	4	212	23	28	14	33	1.94
27556537--27556566	14	2.1	14	93	0	51	46	0	13	40	1.43
27558316--27558366	25	2.1	22	82	13	57	76	1	5	15	1.07
27564964--27565051	45	2.0	44	88	2	131	26	15	21	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27569039--27569092	23	2.3	23	81	12	58	37	0	22	40	1.54
27574062--27574094	17	1.9	17	100	0	66	24	3	18	54	1.57
27578959--27579047	46	1.9	46	100	0	178	20	8	31	39	1.83
27580514--27580548	17	2.1	17	94	0	61	22	28	14	34	1.93
27580678--27580727	19	2.6	19	84	6	66	76	6	0	18	0.99
27581678--27581733	14	3.9	14	73	13	51	39	0	7	53	1.28
27583722--27583790	34	2.1	33	86	7	97	39	10	8	42	1.70
27591626--27591703	30	2.8	27	82	7	77	28	3	3	64	1.29
27594489--27594566	25	3.1	25	78	10	88	25	25	19	29	1.98
27594720--27594776	30	1.9	29	82	10	71	43	5	19	31	1.73
27595390--27595442	26	2.0	27	85	3	72	32	7	18	41	1.79
27601785--27601862	25	3.1	26	75	14	83	29	23	16	30	1.96
27606554--27606614	30	2.0	30	90	0	95	21	18	9	50	1.75
27607115--27607149	12	2.9	12	100	0	70	34	5	51	8	1.56
27609361--27609555	50	3.8	50	83	4	201	27	20	28	24	1.99
27618870--27618921	26	2.0	26	100	0	104	46	19	0	34	1.50
27640545--27640616	35	2.1	35	94	0	126	52	13	11	22	1.72
27643160--27643215	25	2.2	26	79	17	73	62	1	1	33	1.16
27643884--27643917	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
27646750--27646903	28	5.5	28	91	1	229	27	12	27	33	1.92
27654889--27655042	28	5.5	28	91	1	229	27	12	27	33	1.92
27658936--27658979	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27670276--27670324	20	2.5	20	86	0	62	55	0	22	22	1.44
27683684--27683723	6	6.7	6	100	0	80	85	0	0	15	0.61
27696466--27696550	28	3.1	28	70	3	82	32	15	22	29	1.94
27704800--27704830	15	2.1	15	94	5	55	61	6	6	25	1.45
27706783--27706815	9	3.7	9	100	0	66	66	0	24	9	1.20
27738367--27738488	45	2.7	45	79	13	144	28	18	26	27	1.98
27738456--27738563	43	2.5	43	76	13	105	28	17	21	32	1.96
27738367--27738833	44	10.8	44	67	16	161	28	18	23	28	1.98
27738371--27738853	216	2.2	215	88	1	635	29	18	23	28	1.98
27743124--27743162	10	3.8	10	83	6	51	46	0	0	53	1.00
27743622--27743684	21	3.2	20	74	24	55	42	19	1	36	1.61
27755617--27755703	42	2.0	43	88	2	131	47	16	12	24	1.81
27756732--27756879	74	2.0	74	100	0	296	25	18	20	35	1.96
27757628--27757864	29	8.1	29	74	10	196	25	14	23	36	1.93
27757769--27757850	30	2.8	30	81	5	96	21	15	23	39	1.92
27760231--27760273	18	2.4	18	80	7	52	23	2	4	69	1.18
27761901--27761943	21	2.0	21	95	0	77	44	13	6	34	1.72
27763470--27763546	20	3.8	20	84	0	91	11	28	33	25	1.91
27764196--27764288	18	5.4	18	71	20	65	19	3	2	75	1.05
27764199--27764345	9	15.4	9	70	19	59	20	3	4	72	1.16
27764209--27764289	19	4.2	19	76	16	67	18	3	2	75	1.07
27764202--27764294	41	2.3	39	83	7	114	19	4	2	74	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27764318--27764364	22	2.1	22	88	7	69	25	2	4	68	1.19
27764323--27764365	12	3.8	12	82	14	56	25	2	4	67	1.22
27766514--27766610	29	3.4	28	80	8	97	24	14	24	36	1.93
27766527--27766626	29	3.4	29	81	0	110	29	15	21	35	1.93
27770088--27770157	26	2.7	26	84	8	97	14	18	25	41	1.88
27770140--27770243	29	3.6	28	80	5	109	20	19	24	36	1.95
27770133--27770243	58	1.9	58	81	3	134	21	18	24	36	1.95
27770136--27770317	29	6.2	29	69	14	106	24	15	24	35	1.94
27772706--27772748	22	1.9	23	81	13	54	58	0	0	41	0.98
27773521--27773560	18	2.3	17	82	4	53	37	0	0	62	0.95
27773512--27773588	26	2.8	28	75	20	81	38	0	2	58	1.12
27788701--27788769	31	2.2	31	82	12	88	39	11	14	34	1.82
27796701--27796753	26	2.0	26	85	0	70	24	15	16	43	1.87
27796915--27796953	18	2.2	18	95	0	69	38	30	2	28	1.70
27799050--27799101	20	2.6	19	88	8	77	36	17	21	25	1.94
27803170--27803279	41	2.7	41	89	0	166	25	26	19	29	1.98
27805984--27806057	28	2.6	28	95	0	130	24	24	14	36	1.93
27806011--27806191	93	2.0	93	94	1	319	24	16	21	37	1.93
27809842--27809881	9	4.4	9	90	0	53	37	22	12	27	1.90
27809842--27809881	18	2.2	18	90	0	62	37	22	12	27	1.90
27809880--27809954	37	2.0	37	89	5	116	44	13	4	38	1.62
27821587--27821648	24	2.5	25	73	2	63	24	20	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27821786--27821837	26	2.0	26	81	7	61	40	7	17	34	1.78
27828612--27828869	61	4.2	61	74	6	193	34	13	23	27	1.93
27828612--27828839	122	1.9	122	79	3	262	33	14	24	28	1.94
27833740--27834258	262	2.0	262	94	1	907	30	13	18	37	1.90
27856699--27856741	21	2.0	22	81	4	52	20	4	11	62	1.46
27858380--27858477	30	3.3	30	68	21	96	23	5	21	50	1.69
27858367--27858490	60	2.1	60	98	0	239	22	4	23	49	1.69
27860075--27860124	25	2.0	25	100	0	100	24	12	0	64	1.27
27860310--27860359	25	2.0	25	88	0	73	44	20	10	26	1.82
27861588--27861675	42	2.1	41	95	2	158	34	28	13	23	1.93
27864536--27864583	22	2.2	21	85	3	60	56	4	4	35	1.38
27868694--27868737	24	2.0	24	82	13	58	43	13	4	38	1.65
27874826--27874882	24	2.4	24	87	0	78	36	5	8	49	1.57
27878033--27878089	29	2.0	29	89	0	87	22	12	31	33	1.91
27878189--27878245	24	2.4	24	87	0	78	36	5	8	49	1.57
27880688--27880737	24	2.1	23	85	10	66	52	2	2	44	1.24
27881294--27881337	19	2.3	19	100	0	88	59	0	11	29	1.32
27881293--27881338	9	4.9	9	84	7	56	60	0	10	28	1.30
27884002--27884032	16	2.0	16	93	6	55	19	6	3	70	1.22
27884135--27884217	19	4.4	18	75	15	71	28	2	4	63	1.27
27884149--27884199	9	5.4	9	79	6	57	31	0	3	64	1.11
27884135--27884205	28	2.4	30	79	11	85	30	1	5	61	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27884138--27884217	28	2.8	28	76	14	76	27	2	5	65	1.27
27889681--27889831	72	2.1	72	98	0	293	26	27	7	38	1.83
27889714--27889829	39	3.1	39	63	22	104	28	28	6	36	1.83
27890088--27890220	45	3.0	45	82	6	153	22	22	11	43	1.85
27896100--27896232	50	2.6	50	82	3	160	23	20	26	30	1.98
27896460--27896495	16	2.3	16	90	4	56	58	0	16	25	1.38
27906129--27906525	50	7.8	50	85	3	449	27	20	28	23	1.99
27910202--27910299	28	3.5	28	87	5	119	31	28	14	25	1.95
27918195--27918292	28	3.5	28	88	5	128	32	27	13	26	1.93
27933141--27933280	71	2.0	71	100	0	280	44	17	15	22	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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