genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23807193--23807221	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
23816783--23816826	20	2.2	20	84	4	54	47	4	40	6	1.50
23819131--23819259	48	2.6	50	78	10	158	37	24	13	24	1.91
23828829--23828983	76	2.0	76	97	0	292	22	28	7	41	1.81
23831944--23832128	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
23831945--23832128	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
23831997--23832161	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
23842372--23842451	26	3.1	26	83	0	97	40	26	18	15	1.90
23842626--23842983	27	13.3	27	85	2	443	17	19	19	43	1.89
23843627--23843704	40	2.0	40	82	10	97	44	10	34	10	1.72
23844729--23844894	79	2.1	79	92	1	271	24	23	23	28	1.99
23844919--23845003	27	3.1	27	85	6	100	27	20	9	43	1.82
23845447--23845573	61	2.1	61	94	2	220	34	20	8	36	1.83
23850743--23850811	26	2.7	26	77	8	86	39	30	13	17	1.87
23851391--23851480	42	2.1	42	93	0	153	43	20	5	31	1.74
23867947--23867981	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
23871983--23872022	20	2.0	20	90	9	64	55	5	0	40	1.22
23878244--23878275	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
23883782--23884001	45	5.0	45	82	6	254	35	25	14	24	1.93
23883782--23884002	89	2.5	88	82	9	261	35	25	14	24	1.93
23902250--23902297	5	8.8	5	84	15	60	2	20	0	77	0.88
23902250--23902292	22	1.9	23	95	4	79	0	23	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23902249--23902297	17	2.9	16	85	8	71	2	20	0	77	0.87
23902250--23902297	22	2.2	22	88	7	71	2	20	0	77	0.88
23905704--23905801	50	2.0	50	100	0	196	48	17	2	31	1.58
23926450--23926535	24	3.5	24	85	4	109	45	2	3	48	1.32
23926850--23926909	11	5.6	11	77	18	65	60	0	1	38	1.07
23926848--23926924	30	2.5	31	87	12	113	61	0	1	37	1.05
23934947--23934980	11	2.8	13	91	8	54	44	11	8	35	1.72
23936036--23936374	51	6.7	51	74	9	257	29	14	25	30	1.95
23936032--23936374	102	3.4	102	80	7	355	29	14	25	30	1.95
23939706--23940038	114	2.9	114	93	0	558	22	23	26	27	1.99
23940322--23940355	8	4.6	7	86	13	50	17	0	50	32	1.47
23940322--23940355	15	2.3	15	90	10	52	17	0	50	32	1.47
23940553--23940591	15	2.7	14	88	4	51	30	0	35	33	1.58
23940556--23940597	14	2.9	15	82	7	50	28	2	35	33	1.70
23940620--23940660	14	2.9	14	82	13	57	24	0	43	31	1.54
23941276--23941520	106	2.3	106	88	6	354	49	12	13	24	1.76
23941412--23941823	148	2.7	149	84	5	528	45	12	14	27	1.81
23941826--23942241	100	4.0	106	77	11	423	50	11	11	26	1.71
23945335--23945419	43	2.0	43	88	0	125	34	8	10	47	1.68
23945682--23945950	43	6.3	43	84	1	315	26	16	28	28	1.97
23946309--23946643	51	6.6	51	76	10	287	28	14	25	30	1.95
23946305--23946646	102	3.4	101	82	7	401	28	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23953926--23954264	51	6.7	51	76	9	302	27	15	26	29	1.96
23953926--23954267	102	3.4	102	82	6	378	27	15	26	29	1.96
23955758--23956491	357	2.1	357	88	1	1105	27	20	16	35	1.95
23958328--23958373	18	2.6	18	96	0	83	26	0	10	63	1.27
23959583--23959719	35	3.9	35	85	0	166	40	17	17	24	1.91
23967758--23967832	18	4.2	17	73	11	69	64	4	1	30	1.20
23967804--23967838	18	1.9	18	88	0	52	65	5	0	28	1.15
23968338--23968391	19	2.9	18	84	10	65	51	5	0	42	1.25
23972255--23972289	15	2.3	15	95	0	61	48	14	11	25	1.77
23980657--23980708	27	1.9	27	88	0	77	57	0	5	36	1.23
23981057--23981720	330	2.0	331	99	0	1312	35	5	20	38	1.77
23992907--23992965	23	2.6	22	75	21	59	27	8	16	47	1.76
23993860--23993925	23	3.2	23	64	28	65	19	24	28	27	1.99
23993794--23993933	40	3.6	38	86	6	181	23	21	25	30	1.99
23994345--23994517	14	12.2	14	69	10	84	22	0	30	46	1.56
23994380--23994546	21	7.8	21	67	8	77	24	0	31	43	1.59
23994350--23994547	64	3.1	64	76	4	175	23	0	32	43	1.58
24001627--24002605	119	8.2	119	98	0	1814	43	2	5	47	1.40
24002314--24002348	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24002554--24002588	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24002824--24002875	16	3.2	16	88	0	86	36	34	1	26	1.68
24005829--24005968	43	3.3	43	86	0	190	24	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24009911--24010004	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
24010388--24010706	96	3.3	97	83	3	387	29	13	19	36	1.90
24010388--24010678	48	6.1	48	73	10	209	29	13	19	37	1.90
24010458--24010706	48	5.2	47	74	7	209	28	13	20	37	1.90
24014206--24014281	37	2.1	37	87	5	109	26	30	19	23	1.98
24014403--24015371	47	20.4	47	91	5	1511	29	29	8	32	1.87
24021935--24022050	60	2.0	59	83	5	146	53	5	2	38	1.37
24026506--24026616	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
24026513--24026616	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
24026506--24026642	19	6.9	21	85	4	114	38	8	14	38	1.76
24037348--24037378	14	2.2	14	100	0	62	19	6	6	67	1.35
24038432--24038465	6	5.7	6	92	0	59	0	64	0	35	0.94
24038430--24038470	12	3.4	12	86	6	57	2	58	0	39	1.11
24040993--24041043	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
24041196--24041272	14	5.0	15	71	20	52	42	16	9	31	1.80
24041200--24041266	34	1.9	35	90	3	109	46	14	8	29	1.76
24041235--24041274	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
24045190--24045232	21	2.0	21	86	0	59	16	16	16	51	1.77
24051460--24051495	16	2.2	16	90	0	54	16	27	25	30	1.97
24051467--24051584	41	2.9	41	84	0	146	17	21	26	34	1.95
24055035--24055074	16	2.5	16	95	0	71	32	32	10	25	1.89
24058381--24058610	118	1.9	120	93	2	401	43	0	4	51	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24058542--24058588	18	2.6	18	90	6	69	42	0	0	57	0.98
24058539--24058655	41	2.7	40	73	20	101	43	0	1	53	1.16
24060895--24060933	5	7.4	5	83	11	51	76	0	2	20	0.90
24060895--24060933	11	3.6	11	82	3	53	76	0	2	20	0.90
24060888--24060928	22	1.9	21	95	5	73	75	0	4	19	0.98
24060895--24060933	16	2.4	16	84	12	53	76	0	2	20	0.90
24061249--24061291	11	3.8	12	80	20	56	25	32	0	41	1.56
24061346--24061390	12	3.8	12	79	2	56	40	0	0	60	0.97
24063114--24063153	18	2.2	18	86	0	53	22	30	10	37	1.87
24063623--24063680	25	2.3	25	93	0	98	41	0	13	44	1.44
24063579--24063708	70	1.9	70	93	1	226	38	0	12	48	1.46
24066297--24066334	19	2.0	19	89	0	58	15	18	28	36	1.92
24066386--24066469	41	2.0	41	86	0	114	23	22	25	28	1.99
24066477--24066619	41	3.5	41	83	5	191	20	16	26	35	1.94
24066994--24067044	21	2.4	21	81	12	52	25	0	41	33	1.56
24071020--24071080	18	3.3	18	90	2	95	62	1	0	36	1.05
24071046--24071237	56	3.3	54	72	18	179	51	4	1	43	1.28
24071139--24071217	28	2.9	26	80	10	86	53	1	0	45	1.08
24071047--24071251	59	3.4	60	71	11	150	51	4	0	42	1.28
24071047--24071265	119	1.8	120	95	1	397	52	4	0	42	1.28
24072655--24072760	49	2.1	51	86	6	146	50	9	5	34	1.59
24076380--24076423	20	2.2	20	95	0	79	61	9	25	4	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24077437--24077461	6	4.2	6	100	0	50	48	0	36	16	1.46
24078335--24078504	85	2.0	86	91	1	279	20	17	32	30	1.95
24078333--24078506	43	4.1	43	90	1	278	19	17	33	29	1.95
24079538--24081368	871	2.1	857	83	5	2236	34	18	14	32	1.91
24082807--24083538	157	4.7	158	92	3	1184	51	7	10	30	1.64
24082807--24083538	309	2.4	311	92	2	1224	51	7	10	30	1.64
24089154--24089211	3	19.3	3	89	0	89	0	39	0	60	0.97
24106139--24106192	21	2.5	21	75	3	54	44	0	3	51	1.19
24106178--24106257	29	2.6	31	84	13	103	45	0	2	52	1.14
24115611--24115649	21	1.9	21	89	5	62	23	0	2	74	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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